Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,303,018 C→G 9.1% G84G (GGC→GGG dcuD → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,303,0180C→G 9.1% 2.4 ‑4.2 ‑0.033252dcuDpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (3/0):  ref base (6/24):  total (9/24)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.54e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.08e-01

ATTGCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAGGGGCCAG  >  REL606/3302983‑3303053
                                   |                                   
aTTGCCTGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGc                                     <  1:7525034/36‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGc                                     <  1:1544517/36‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGc                                     <  1:6240616/36‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGc                                     <  1:4821543/36‑1 (MQ=255)
   gCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGGGGGGggg                                  >  1:3735453/1‑35 (MQ=37)
    ccGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGGGGGGgggg                                 >  1:3930115/1‑34 (MQ=37)
    ccGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGGGGGGgggg                                 >  1:3775662/1‑34 (MQ=37)
      ggATTGGGTCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTAt                               <  1:3801804/36‑1 (MQ=255)
      ggATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTAt                               <  1:1039447/36‑1 (MQ=255)
       gATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATg                              <  1:2130690/36‑1 (MQ=255)
        aTTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGc                             <  1:5474195/36‑1 (MQ=255)
         ttGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGcc                            <  1:393930/36‑1 (MQ=255)
            gggCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGc                         <  1:3112316/36‑1 (MQ=255)
                tGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACa                     <  1:2032921/36‑1 (MQ=255)
                 gTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACAt                    <  1:2772362/36‑1 (MQ=255)
                 gTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACAt                    <  1:4713100/36‑1 (MQ=255)
                  tCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATg                   <  1:2902681/36‑1 (MQ=255)
                   cGATTGTGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATgg                  <  1:3299086/36‑1 (MQ=255)
                   cGATTATGGCGGTGGGCGTTTATGCCCGCTACATgg                  <  1:578684/36‑1 (MQ=255)
                   cGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATgg                  <  1:5689690/36‑1 (MQ=255)
                    gATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGa                 <  1:2193247/36‑1 (MQ=255)
                     aTTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAg                <  1:7476583/36‑1 (MQ=255)
                      ttATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAgc               <  1:4654519/36‑1 (MQ=255)
                      ttATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAgc               <  1:5401937/36‑1 (MQ=255)
                      ttATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAgc               <  1:1094701/36‑1 (MQ=255)
                      ttATGGCAGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAgc               <  1:6564599/36‑1 (MQ=255)
                       tATTGCGGTGGGCGGTTATGGCCGCTACATGGAgcg              <  1:6753742/36‑1 (MQ=37)
                        aTGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAgcgc             <  1:5993368/36‑1 (MQ=255)
                         tGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCa            <  1:6502686/36‑1 (MQ=255)
                          ggCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCAt           <  1:981082/36‑1 (MQ=255)
                            cGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCAtcg         >  1:2600688/1‑34 (MQ=255)
                            cGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAg         >  1:6517494/1‑36 (MQ=255)
                             ggTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAgg        >  1:612745/1‑36 (MQ=255)
                             ggTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAgg        >  1:3663965/1‑36 (MQ=255)
                                gggCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAGGGGc     >  1:7373109/1‑36 (MQ=255)
                                gggCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGACTAGGGGc     >  1:1861411/1‑36 (MQ=38)
                                  gCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAGGGGTCa   <  1:3685587/36‑1 (MQ=255)
                                   cGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAGGGGCCAg  >  1:2354447/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
ATTGCCGGATTGGGGCTGTCGATTATGGCGGTGGGCGGTTATGCCCGCTACATGGAGCGCATAGGGGCCAG  >  REL606/3302983‑3303053

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 13 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG