New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 16728NA (NA)37 (0.700) 27/60 NT 49.3% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 2713428 = 38 (0.610)noncoding (77/93 nt) serV tRNA‑Ser

Only 100 of 104 total aligned reads displayed.

GCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTC  >  REL606/2713393‑2713463
                                    |                                   
gCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGa                                     <  1:4300563/36‑1 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:3839151‑M2/1‑1 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:1291652‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:1382644‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:6970253‑M2/1‑1 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:6272555‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:7804807‑M2/1‑1 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:1763465‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:5667865‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:6526419‑M2/36‑36 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:4573832‑M2/2‑1 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:4619327‑M2/2‑1 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:4668151‑M2/2‑1 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:2665260‑M2/35‑36 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:5069193‑M2/35‑36 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:1886600‑M2/35‑36 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:6384771‑M2/2‑1 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:1078995‑M2/2‑1 (MQ=255)
  cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:6219609‑M2/2‑1 (MQ=255)
   agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggata                                   >  1:2963975‑M2/34‑35 (MQ=255)
   agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   <  1:2279077‑M2/3‑1 (MQ=255)
   agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   >  1:5801394‑M2/34‑36 (MQ=255)
    gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTc                                  <  1:7027319‑M2/4‑1 (MQ=255)
    gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTc                                  >  1:3166461‑M2/33‑36 (MQ=255)
    gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTc                                  <  1:5000718‑M2/4‑1 (MQ=255)
    gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTc                                  <  1:8023792‑M2/4‑1 (MQ=255)
    aGCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGGtttt                                 >  1:8232945/1‑34 (MQ=38)
    aGCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCg                                 <  1:1736436/36‑1 (MQ=255)
     gCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGa                                <  1:3181270/36‑1 (MQ=255)
     atggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                 <  1:3853085‑M2/5‑1 (MQ=255)
      tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGa                                <  1:5653750‑M2/6‑1 (MQ=255)
       ggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGaa                               <  1:7203528‑M2/7‑1 (MQ=255)
        gttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAc                              >  1:436628‑M2/29‑36 (MQ=255)
         ttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcc                             >  1:391833‑M2/28‑36 (MQ=255)
         cGGATGCAAATGGCGTTGA.GGCGGGGATTCGAAccc                            <  1:481010/36‑1 (MQ=255)
         cGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAAccc                            <  1:6068186/36‑1 (MQ=255)
          tcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAccc                            <  1:1786541‑M2/10‑1 (MQ=255)
           gATGCAAATGGCGGTGAGGGGGGGGTTTGGAAcccc                           >  1:7090274/1‑36 (MQ=9)
           caacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcccc                           >  1:3687097‑M2/26‑36 (MQ=255)
           caacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcccc                           >  1:2657621‑M2/26‑36 (MQ=255)
            aacccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCg                          >  1:7495376‑M2/25‑36 (MQ=255)
              gCAAATGGCGGTGA.GGCGGGTATTCGAACCCCGGAt                       <  1:6493457/36‑1 (MQ=255)
              gCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGAt                       <  1:1587460/36‑1 (MQ=255)
              gCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGAt                       <  1:1829458/36‑1 (MQ=255)
              gCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGAt                       <  1:5269237/36‑1 (MQ=255)
              gCAAATGGCGGCGA.GGCGGGGGTTTGGAACCCGGag                       >  1:6925176/1‑35 (MQ=16)
               ccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGAt                       >  1:4297385‑M2/22‑36 (MQ=255)
               ccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGAt                       >  1:3949907‑M2/22‑36 (MQ=255)
                aaaTGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGc                     <  1:2308997/36‑1 (MQ=255)
                 ttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGc                     <  1:4143615‑M2/17‑1 (MQ=255)
                   aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                   >  1:8336647‑M2/18‑36 (MQ=255)
                   aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                   <  1:5319647‑M2/19‑1 (MQ=255)
                   aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                   >  1:32750‑M2/18‑36 (MQ=255)
                    ggCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCt                 <  1:3628078/36‑1 (MQ=255)
                    agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGc                  <  1:2892769‑M2/20‑1 (MQ=255)
                    agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGc                  <  1:6845184‑M2/20‑1 (MQ=255)
                     gttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCt                 <  1:6471454‑M2/21‑1 (MQ=255)
                     gCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCtt                >  1:785825/1‑36 (MQ=255)
                      ttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtt                <  1:1418350‑M2/22‑1 (MQ=255)
                      cGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCttt               <  1:3538047/36‑1 (MQ=255)
                      cGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCttt               <  1:3627821/36‑1 (MQ=255)
                       tagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCttt               <  1:5269143‑M2/23‑1 (MQ=255)
                       ggTGA.GGCGGGTATTCGAACCCCTGATGCAGCtttt              <  1:7996049/36‑1 (MQ=25)
                       ggTGA.GGCGGGGGGTTGAATCACGGATGGAGCtttt              >  1:5630816/1‑36 (MQ=255)
                       ggTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGGTGCAGGtttt              >  1:4020942/1‑36 (MQ=21)
                       ggTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt              <  1:5864511/36‑1 (MQ=255)
                        gTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTg             >  1:5998056/1‑36 (MQ=255)
                        agcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt              >  1:1167295‑M2/13‑36 (MQ=255)
                        agcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt              >  1:6998041‑M2/13‑36 (MQ=255)
                         tGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGGAGCTTTTGa            >  1:7533707/1‑36 (MQ=255)
                          gA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc           <  1:8424228/36‑1 (MQ=255)
                          gA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAc           >  1:3155744/1‑36 (MQ=255)
                           a.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:947672/36‑1 (MQ=255)
                           a.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          >  1:6070988/1‑36 (MQ=255)
                            cttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:7517983‑M2/28‑1 (MQ=255)
                            cttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCCTTTGAcc          >  1:6286547‑M2/9‑36 (MQ=255)
                             ggCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCg         <  1:6011443/36‑1 (MQ=255)
                             ggCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCg         <  1:6538972/36‑1 (MQ=255)
                              tatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGc        <  1:5039287‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              tatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGc        >  1:1399271‑M2/7‑36 (MQ=255)
                              tatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGc        <  1:7268517‑M2/30‑1 (MQ=255)
                              gCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGc        >  1:4913148/1‑36 (MQ=255)
                               cGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCa       <  1:7791488/36‑1 (MQ=255)
                               atgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCa       <  1:3782967‑M2/31‑1 (MQ=255)
                                tgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt      <  1:1762807‑M2/32‑1 (MQ=255)
                                ggggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt      <  1:3632199/36‑1 (MQ=255)
                                ggggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt      <  1:7165646/36‑1 (MQ=255)
                                ggggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAt      >  1:8357568/1‑36 (MQ=255)
                                ggggATTCGAACACCGGATGCAGCTTTTGACAGCaa      >  1:6441450/1‑35 (MQ=25)
                                gaggATTCGAGCCCCGGATGCAGCTTTTGGCCGCAt      <  1:5654274/34‑1 (MQ=37)
                                 gggATTCGAACCCCGGAGGCAGGTTTTGACCGCATa     >  1:6684363/1‑36 (MQ=37)
                                  ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc    >  1:8362745‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                  ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc    >  1:615117‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                   gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt   >  1:1610151‑M2/2‑36 (MQ=255)
                                   gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt   >  1:609517‑M2/2‑36 (MQ=255)
                                   gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt   <  1:4589882‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                    ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCAtaccc  >  1:6475346‑M2/1‑34 (MQ=255)
                                    ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTc  <  1:8344018‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                    ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTc  >  1:3292221‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                    ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTc  >  1:4361057‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                   
GCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGA.GGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTC  >  REL606/2713393‑2713463

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG