Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,747,3010G→T 9.8% 0.4 ‑10.1 0.074961ydiKpredicted inner membrane protein
Rejected: E-value exceeds prediction threshold.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (9/0):  ref base (18/47):  total (27/47)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.24e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

TCCTGATCCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTT  >  REL606/1747266‑1747336
                                   |                                   
tcctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTg                                     <  1:432495/36‑1 (MQ=255)
 cctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTgt                                    >  1:2833084/1‑35 (MQ=255)
 cctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGc                                    <  1:4315015/36‑1 (MQ=255)
  ctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCt                                   <  1:5399758/36‑1 (MQ=255)
  ctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCt                                   <  1:5560972/36‑1 (MQ=255)
   tgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCtt                                  >  1:1787522/1‑36 (MQ=37)
    gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGTTTTGATTGCttt                                 <  1:2378100/36‑1 (MQ=255)
    gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTGCttt                                 >  1:6072119/1‑36 (MQ=255)
    gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCttt                                 >  1:1760580/1‑36 (MQ=255)
    gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCttt                                 <  1:1743253/36‑1 (MQ=255)
    gatcctCTCTGGCGTTATAGGTGGTTTGATTGCttt                                 <  1:1281220/36‑1 (MQ=255)
     atcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTc                                <  1:1297770/36‑1 (MQ=255)
     atcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTc                                <  1:1061671/36‑1 (MQ=255)
      tcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCg                               <  1:1723356/36‑1 (MQ=255)
       cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCgg                              >  1:7163757/1‑36 (MQ=255)
       cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCgg                              <  1:3554307/36‑1 (MQ=255)
       cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTCATTTCTTTCgg                              >  1:7010218/1‑36 (MQ=37)
        ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCTTTCggg                             >  1:7624136/1‑36 (MQ=37)
        ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCtgg                             >  1:2913557/1‑36 (MQ=37)
        ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCggg                             >  1:6925907/1‑36 (MQ=255)
         tctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGga                            <  1:6359915/36‑1 (MQ=255)
         tctctGGCGTTATTGGTGATTTGATTGCTTTCGGga                            <  1:4121157/36‑1 (MQ=255)
          ctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgat                           <  1:5758252/36‑1 (MQ=255)
          ctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgat                           <  1:2780504/36‑1 (MQ=255)
           tctGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCTTTCGGgatg                          >  1:2358555/1‑36 (MQ=37)
           tctGGCGTTATTGGTGGTTTGGTTGCTTTAGGgatg                          >  1:1243987/1‑36 (MQ=37)
           tctGGCGTTATTGGTGGTTTGCTTGCTTTCGGgatg                          <  1:7385209/36‑1 (MQ=255)
           tctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCGGgatg                          >  1:426551/1‑36 (MQ=255)
           tctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatg                          <  1:723508/36‑1 (MQ=255)
            ctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatta                         >  1:3234843/1‑34 (MQ=255)
             tGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatgat                        <  1:5982546/36‑1 (MQ=255)
             tGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatgat                        <  1:1276731/36‑1 (MQ=255)
              ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc                       <  1:3440926/36‑1 (MQ=255)
              ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc                       <  1:307287/36‑1 (MQ=255)
              ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc                       >  1:7206074/1‑36 (MQ=255)
              ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc                       <  1:1843701/36‑1 (MQ=255)
               gCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCg                      <  1:3326206/36‑1 (MQ=255)
               gCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCg                      <  1:5371602/36‑1 (MQ=255)
                cGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCgg                     >  1:3964807/1‑36 (MQ=255)
                 gTTATTGGTTGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGt                    <  1:6548452/36‑1 (MQ=255)
                 gTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCGGTATGATCGGt                    >  1:1855006/1‑36 (MQ=38)
                 gTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCTGt                    >  1:7281932/1‑36 (MQ=255)
                 gTTATTGGTGGTTTGATTGCTTCCGGGATGATCGGt                    <  1:4169130/36‑1 (MQ=255)
                  ttATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTc                   <  1:4176828/36‑1 (MQ=255)
                   tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATTATCGGTCt                  >  1:3534379/1‑36 (MQ=255)
                   tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCt                  <  1:443235/36‑1 (MQ=255)
                   tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCt                  <  1:589583/36‑1 (MQ=255)
                     ttGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGt                >  1:7061357/1‑36 (MQ=255)
                     ttGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGACGATCGGTCTGt                <  1:7169644/36‑1 (MQ=255)
                      tggtggTTTGATTGCTTTTGGGATGATCGGTCTGtt               >  1:3885938/1‑36 (MQ=255)
                       ggtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGttt              >  1:4513543/1‑36 (MQ=255)
                       ggtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGttt              <  1:6314568/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTa             <  1:2500109/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTa             <  1:7834130/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTGATTGCTCTCGCGATGATCGGTCTGTTTa             >  1:5585315/1‑36 (MQ=37)
                         tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt            >  1:707724/1‑36 (MQ=255)
                         tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt            <  1:7745/36‑1 (MQ=255)
                         tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt            <  1:965013/36‑1 (MQ=255)
                         tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt            <  1:522612/36‑1 (MQ=255)
                         tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt            <  1:1117253/36‑1 (MQ=255)
                          ggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAtt           <  1:2461460/36‑1 (MQ=255)
                           gtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTg          >  1:3276769/1‑36 (MQ=255)
                           gtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTg          >  1:318201/1‑36 (MQ=255)
                            tttGATTGCTTTCGGGATGCTCGGTCTGTTTATTgg         <  1:3719687/36‑1 (MQ=255)
                             ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt        <  1:4682599/36‑1 (MQ=255)
                             ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt        >  1:3703620/1‑36 (MQ=255)
                             ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt        <  1:3505923/36‑1 (MQ=255)
                              tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc       <  1:1685070/36‑1 (MQ=255)
                              tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc       <  1:2473142/36‑1 (MQ=255)
                              tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc       >  1:3139426/1‑36 (MQ=255)
                               gATTGCTTTCGTGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc      <  1:684788/36‑1 (MQ=255)
                               gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc      <  1:3526355/36‑1 (MQ=255)
                               gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc      <  1:1465560/36‑1 (MQ=255)
                               gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc      <  1:694703/36‑1 (MQ=255)
                               gATTGCTTTCGGGATGACCGGTCTGTTTATTGGTcc      <  1:2645143/36‑1 (MQ=255)
                                aTTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCg     >  1:100233/1‑36 (MQ=255)
                                   gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt  <  1:2553865/36‑1 (MQ=255)
                                   gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt  >  1:6498661/1‑36 (MQ=255)
                                   gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt  >  1:550217/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
TCCTGATCCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTT  >  REL606/1747266‑1747336

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG