New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 592057NA (NA)5 (0.100) 5/60 NT 11.4% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 1391825 = 39 (0.640)coding (230/1614 nt) mppA murein tripeptide (L‑ala‑gamma‑D‑glutamyl‑meso‑DAP) transporter subunit

TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAT  >  REL606/592023‑592092
                                  |                                   
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:1632272‑M1/36‑2 (MQ=255)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:7450619‑M1/1‑35 (MQ=255)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:200019‑M1/1‑35 (MQ=255)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:2500076‑M1/1‑35 (MQ=255)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:5361957‑M1/1‑35 (MQ=255)
tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTAAGCGCTTATGGGa                                    <  1:793746‑M1/36‑2 (MQ=255)
 cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGag                                   <  1:5135958‑M1/36‑3 (MQ=255)
 cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGag                                   >  1:6204150‑M1/1‑34 (MQ=255)
  aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGt                                  >  1:3998713/1‑36 (MQ=35)
  aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGt                                  <  1:7402040/36‑1 (MQ=35)
   gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTa                                 <  1:3620574/36‑1 (MQ=38)
   gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTa                                 >  1:3281021/1‑36 (MQ=38)
    aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTaa                                >  1:7875646/1‑36 (MQ=40)
    aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTaa                                <  1:942615/36‑1 (MQ=40)
     tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAAt                               >  1:2278396/1‑36 (MQ=255)
      ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATTGGAGTAATc                              >  1:2729157/1‑36 (MQ=255)
      ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATc                              <  1:6157471/36‑1 (MQ=255)
      ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATc                              <  1:534464/36‑1 (MQ=255)
      ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATc                              >  1:7425125/1‑36 (MQ=255)
       gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAATTATcc                             <  1:1066803/36‑1 (MQ=11)
        ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATccc                            >  1:7447208/1‑36 (MQ=255)
         tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATcccc                           <  1:5017974/36‑1 (MQ=40)
         tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATcccc                           <  1:3203053/36‑1 (MQ=40)
         tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATcccc                           <  1:4014910/36‑1 (MQ=40)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGagattgtcccc                          <  1:6483187‑M1/36‑12 (MQ=255)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          <  1:3147688/36‑1 (MQ=38)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          >  1:6683643/1‑36 (MQ=38)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          <  1:411859/36‑1 (MQ=38)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          <  1:726678/36‑1 (MQ=38)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          <  1:3765382/36‑1 (MQ=38)
          cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCg                          >  1:3625859/1‑36 (MQ=38)
           aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGc                         >  1:6948994/1‑36 (MQ=38)
            aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa                        <  1:703937/36‑1 (MQ=40)
            aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa                        >  1:4317694/1‑36 (MQ=40)
            aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa                        >  1:903149/1‑36 (MQ=40)
            aCCCCTAAGCTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCa                        <  1:2681072/36‑1 (MQ=14)
             gccTTAAGTTATCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCat                       <  1:5079739/35‑1 (MQ=255)
             cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCat                       >  1:6194800/1‑36 (MQ=255)
             cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCat                       <  1:5568354/36‑1 (MQ=255)
              ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGagattgtccccggcg                      <  1:2515403‑M1/36‑16 (MQ=255)
                ttAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATc                    <  1:6800513/36‑1 (MQ=255)
                ttAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATc                    >  1:3383306/1‑36 (MQ=255)
                 tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATcc                   >  1:6749681/1‑36 (MQ=255)
                 tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATcc                   <  1:4767004/36‑1 (MQ=255)
                 tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATcc                   <  1:1604938/36‑1 (MQ=255)
                 tAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATcc                   <  1:4089832/36‑1 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg                  >  1:4339245/1‑36 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg                  <  1:6269314/36‑1 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg                  <  1:4796796/36‑1 (MQ=255)
                  aaGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg                  >  1:4989469/1‑36 (MQ=255)
                  aaGTTACCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCg                  <  1:5715502/36‑1 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGtt               <  1:5729675/36‑1 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGtt               <  1:747628/36‑1 (MQ=255)
                     ttAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGtt               <  1:440048/36‑1 (MQ=255)
                      tAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTg              <  1:6107481/36‑1 (MQ=255)
                        gcgcTTATGGGAGTAATCCCCGCACATCCGGTTgtc            >  1:2746737/1‑36 (MQ=255)
                        gcgcTTATGGGAGTAATACCCGCATATCCGGTTgtc            >  1:2735281/1‑36 (MQ=255)
                          gcTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcag          >  1:1372119/1‑36 (MQ=255)
                          gcTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcag          >  1:3291474/1‑36 (MQ=255)
                           cTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcagg         >  1:4977904/1‑36 (MQ=255)
                            ttATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt        <  1:5981467/36‑1 (MQ=255)
                            ttATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt        <  1:5638354/36‑1 (MQ=255)
                             tATGGGagattgtccccggcgttgcgactcagtgga       <  1:6746571‑M1/36‑31 (MQ=255)
                             tATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTttcaggtc       <  1:3871204/36‑1 (MQ=255)
                             tATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtc       <  1:4187594/36‑1 (MQ=255)
                             tATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggtc       <  1:3201860/36‑1 (MQ=255)
                              aTGGGagattgtccccggcgttgcgactcagtggaa      <  1:53044‑M1/36‑32 (MQ=255)
                               tGGGagattgtccccggcgttgcgactcagtggaaa     <  1:5299704‑M1/36‑33 (MQ=255)
                                gggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGtctggccagg    >  1:5998587/1‑36 (MQ=38)
                                gggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGtcaggtcagg    <  1:3637688/36‑1 (MQ=255)
                                 ggagattgtccccggcgttgcgactcagtggaaaag   >  1:6246133‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                 ggagattgtccccggcgttgcgactcagtggaaaag   >  1:6156147‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                 ggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGa   <  1:6431398/36‑1 (MQ=255)
                                 ggAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGa   >  1:3127345/1‑36 (MQ=255)
                                  gagattgtccccggcgttgcgactcagtggaaaagt  >  1:3673900‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                  gAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAt  >  1:6956663/1‑36 (MQ=255)
                                  gAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAt  <  1:4067587/36‑1 (MQ=255)
                                  gAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAt  <  1:1744636/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGAT  >  REL606/592023‑592092

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 25 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG