Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 68.8% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)16 (0.290) 14/64 NT 61.5% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 10 (0.230)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)28 (0.500) 20/64 NT 73.7% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 10 (0.250)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG..................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  >  REL606/4524522‑4524555
                                                                        
   TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC                                   <  1:1773295/36‑1 (MQ=32)
    CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC                                  <  1:7427683/36‑1 (MQ=35)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                 >  1:521101/1‑36 (MQ=38)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                 >  1:2472392/1‑36 (MQ=38)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                 >  1:2712266/1‑36 (MQ=38)
      GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                                >  1:3356954/1‑36 (MQ=40)
       ATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTGATGGGCCGCA                               >  1:7647249/1‑36 (MQ=255)
           TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                           <  1:3294312/36‑1 (MQ=35)
            ttAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          >  1:6835638/3‑36 (MQ=1)
            TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          <  1:490759/36‑1 (MQ=32)
            TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                          <  1:1223911/36‑1 (MQ=32)
             CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                         <  1:7235455/36‑1 (MQ=1)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        >  1:2776955/1‑36 (MQ=1)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                        >  1:3652032/1‑36 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                       <  1:3000885/36‑1 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                       <  1:5619271/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                      <  1:4500986/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                  >  1:1650628/1‑36 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                  <  1:4457500/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                  >  1:3288968/1‑36 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                <  1:750232/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGTTGCTGCTAAT             <  1:153577/36‑1 (MQ=0)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT             <  1:6135238/36‑1 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG            <  1:1802188/36‑1 (MQ=1)
                              CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA        <  1:7318405/36‑1 (MQ=1)
                               TTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGAT       <  1:1986219/36‑1 (MQ=1)
                                TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG      <  1:5794824/36‑1 (MQ=1)
                                  TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG    <  1:7084599/36‑1 (MQ=1)
                                                                        
TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG..................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGAC  >  REL606/4524522‑4524555

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 25 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG