New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 420234937 (0.630)38 (0.640) 29/68 NT 51.7% coding (211/825 nt) iclR DNA‑binding transcriptional repressor
?REL606 4202661 = 34 (0.560)intergenic (‑102/‑98) iclR/metH DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase

TGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCG  >  REL606/4202627‑4202696
                                  |                                   
tGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAtctc                                    >  1:6989761/1‑36 (MQ=255)
aatgtcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTc                                    >  1:5496005‑M2/35‑36 (MQ=255)
 gAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCa                                   <  1:1786733/36‑1 (MQ=255)
 atgtcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCa                                   >  1:5238930‑M2/34‑36 (MQ=255)
 atgtcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCa                                   <  1:3938582‑M2/3‑1 (MQ=255)
  tgtcccagttcgccgacctgacgcacgaacccTCAt                                  <  1:3591113‑M2/4‑1 (MQ=255)
  tgtcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCAt                                  <  1:4420897‑M2/4‑1 (MQ=255)
  aaCTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCAt                                  >  1:3267581/1‑36 (MQ=255)
   gtcccagttcgccgacctgactcacgaaaccTCATg                                 <  1:5222481‑M2/5‑1 (MQ=255)
   gtcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATg                                 >  1:4601646‑M2/32‑36 (MQ=255)
   aCTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATg                                 >  1:733763/1‑36 (MQ=255)
   aCTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATg                                 <  1:7460803/36‑1 (MQ=255)
    tcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGt                                <  1:523832‑M2/6‑1 (MQ=255)
    tcccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGt                                >  1:6832570‑M2/31‑36 (MQ=255)
    cTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGt                                <  1:5004630/36‑1 (MQ=255)
    acccagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGt                                <  1:5892133‑M2/6‑1 (MQ=255)
     cccagttcgccggcctgacgcacgaaaccTCATGtt                               <  1:5403276‑M2/7‑1 (MQ=255)
      gATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTg                              <  1:7604547/36‑1 (MQ=255)
       cagttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGc                             <  1:7732369‑M2/9‑1 (MQ=255)
       aTCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGc                             <  1:4189102/36‑1 (MQ=255)
       aTCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGc                             <  1:2092149/36‑1 (MQ=255)
        tCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCg                            >  1:5949588/1‑36 (MQ=255)
         gttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCgt                           <  1:3337716‑M2/11‑1 (MQ=255)
         ccGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgt                           >  1:2913276/1‑36 (MQ=255)
         ccGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgt                           <  1:3841023/36‑1 (MQ=255)
          ttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCgtg                          <  1:2291203‑M2/12‑1 (MQ=255)
          ttcgccgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCgtg                          <  1:4219580‑M2/12‑1 (MQ=255)
           gATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg                         >  1:3438359/1‑36 (MQ=255)
           gATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg                         <  1:5209811/36‑1 (MQ=255)
           gATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg                         >  1:6165746/1‑36 (MQ=255)
           gATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg                         <  1:876021/36‑1 (MQ=255)
            cgccgacctgacgcacgaacccTCATGTTGCgtggt                        <  1:5969308‑M2/14‑1 (MQ=255)
            aTGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggt                        <  1:661856/36‑1 (MQ=255)
             tGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg                       >  1:7469414/1‑36 (MQ=255)
             gccgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCgtggtg                       <  1:6280743‑M2/15‑1 (MQ=255)
              gAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg                      <  1:2209871/36‑1 (MQ=255)
              gAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg                      >  1:3850244/1‑36 (MQ=255)
              gAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg                      <  1:7469821/36‑1 (MQ=255)
               cgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTggtggt                     <  1:7258016‑M2/17‑1 (MQ=255)
               cgacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTggtggt                     <  1:7018487‑M2/17‑1 (MQ=255)
               aGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt                     <  1:3258729/36‑1 (MQ=255)
               aGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt                     <  1:3661196/36‑1 (MQ=255)
                gacctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTc                    >  1:4863916‑M2/19‑36 (MQ=255)
                  tAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGc                  >  1:406291/1‑36 (MQ=255)
                  tAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGc                  <  1:7273319/36‑1 (MQ=255)
                   ctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCt                 >  1:7319751‑M2/16‑36 (MQ=255)
                   ctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCt                 <  1:6787823‑M2/21‑1 (MQ=255)
                   ctgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCt                 >  1:6361430‑M2/16‑36 (MQ=255)
                    tgacgcactaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt                <  1:4749353‑M2/22‑1 (MQ=255)
                    tgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt                <  1:3341701‑M2/22‑1 (MQ=255)
                    tgacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt                <  1:2707451‑M2/22‑1 (MQ=255)
                     tGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCttt               <  1:3010676/36‑1 (MQ=255)
                     gacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCttt               >  1:3371640‑M2/14‑36 (MQ=255)
                     gacgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCttt               <  1:1545676‑M2/23‑1 (MQ=255)
                      acgcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt              <  1:5732715‑M2/24‑1 (MQ=255)
                        gcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc            <  1:1294843‑M2/26‑1 (MQ=255)
                        gcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc            >  1:3450944‑M2/11‑36 (MQ=255)
                        gcacgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc            <  1:5501705‑M2/26‑1 (MQ=255)
                         gAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc           >  1:4603655/1‑36 (MQ=255)
                          gcgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTTCca          <  1:4977113‑M2/28‑1 (MQ=255)
                          aaCAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACca          >  1:898530/1‑36 (MQ=255)
                          aaCAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACca          <  1:5441375/36‑1 (MQ=255)
                          aaCAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACca          <  1:4037138/36‑1 (MQ=255)
                           cgaaaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcac         <  1:6565782‑M2/29‑1 (MQ=255)
                           aCAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcac         <  1:5275150/36‑1 (MQ=255)
                           aCAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcac         <  1:3190869/36‑1 (MQ=255)
                            cAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcaca        >  1:7622690/1‑36 (MQ=255)
                              aaccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGa      >  1:1910669‑M2/5‑36 (MQ=255)
                               accTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt     <  1:4829025‑M2/33‑1 (MQ=255)
                               accTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt     >  1:4016585‑M2/4‑36 (MQ=255)
                               aTCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt     <  1:2221844/36‑1 (MQ=255)
                                ccTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATg    <  1:3399137‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 cTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc   <  1:1159257‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                 cTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc   <  1:2409766‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                 cTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc   <  1:4351758‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                 cTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc   <  1:5425439‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                 cTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc   <  1:5586482‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                  tcATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCg  >  1:2507412/1‑36 (MQ=255)
                                  tcATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCg  >  1:5365095/1‑36 (MQ=255)
                                  tcATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCg  <  1:1734277/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
TGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCG  >  REL606/4202627‑4202696

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG