Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,155,168 | G→A | 93.0% | G296S (GGC→AGC) | ebgR → | DNA‑binding transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,155,168 | 0 | G→A | 93.0% | 2.7 0.0 ‑0.3 | 57 | 886 | ebgR | DNA‑binding transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (26/27): ref base (2/2): total (28/29) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.86e-01 |
GTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT > REL606/3155135‑3155200
|
gTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGc < 1:4787685/36‑1 (MQ=255)
tGCTCATCCATTCGGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg < 1:4735824/36‑1 (MQ=25)
tGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg > 1:7112637/1‑36 (MQ=255)
gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt < 1:7668064/36‑1 (MQ=255)
gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt > 1:5474033/1‑36 (MQ=255)
gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt < 1:5694323/36‑1 (MQ=255)
gcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTa < 1:3091604/36‑1 (MQ=255)
cATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTaa > 1:1543169/1‑36 (MQ=255)
aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAAc > 1:1185293/1‑36 (MQ=255)
aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc < 1:5988938/36‑1 (MQ=255)
aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc > 1:2370930/1‑36 (MQ=255)
aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc > 1:3033856/1‑36 (MQ=255)
aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc > 1:6477167/1‑36 (MQ=255)
tCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc > 1:4722006/1‑36 (MQ=255)
cATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTg < 1:1062256/36‑1 (MQ=255)
cATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTg < 1:489174/36‑1 (MQ=255)
aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg > 1:7080470/1‑36 (MQ=255)
aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg > 1:5191635/1‑36 (MQ=255)
aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg > 1:4331561/1‑36 (MQ=255)
ttCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgt < 1:4582589/36‑1 (MQ=255)
tCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGgtg > 1:2724341/1‑36 (MQ=255)
tCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtg > 1:1129921/1‑36 (MQ=255)
ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt < 1:7167127/36‑1 (MQ=255)
ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt < 1:5866090/36‑1 (MQ=255)
ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt > 1:1462981/1‑36 (MQ=255)
ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt < 1:4491284/36‑1 (MQ=255)
cGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTa < 1:72877/36‑1 (MQ=255)
gagaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTAt < 1:2956566/36‑1 (MQ=255)
agaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATg > 1:3328470/1‑36 (MQ=255)
gatgatGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGa > 1:8398865/1‑36 (MQ=255)
gatgatGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGa > 1:1785786/1‑36 (MQ=255)
atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAGCCTGGTGTATGaa < 1:1716436/36‑1 (MQ=38)
atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa > 1:8010133/1‑36 (MQ=255)
atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa < 1:3175125/36‑1 (MQ=255)
atgatgGGAAGTAAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa > 1:2878169/1‑36 (MQ=37)
tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa > 1:7460864/1‑36 (MQ=255)
tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa < 1:4530824/36‑1 (MQ=255)
tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa > 1:6271093/1‑36 (MQ=255)
tcttgGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGaaa < 1:4709405/33‑1 (MQ=255)
gatgGGAAGTCAGAGCGTTACCCTGGTGTATGaaaa < 1:1145611/36‑1 (MQ=38)
gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa < 1:8296087/36‑1 (MQ=255)
gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa < 1:4623895/36‑1 (MQ=255)
gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa < 1:2298848/36‑1 (MQ=255)
atgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaaa > 1:5105397/1‑36 (MQ=255)
atgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaaa < 1:2309397/36‑1 (MQ=255)
tgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAg < 1:4727763/36‑1 (MQ=255)
ggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGcc > 1:41214/1‑36 (MQ=255)
gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc < 1:6575144/36‑1 (MQ=255)
gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc > 1:3058967/1‑36 (MQ=255)
gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc < 1:1340819/36‑1 (MQ=255)
gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc < 1:779588/36‑1 (MQ=255)
aaGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcg > 1:4408529/1‑36 (MQ=255)
aaGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcg > 1:3120682/1‑36 (MQ=255)
aGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcgc > 1:6046930/1‑36 (MQ=255)
tCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGa > 1:472626/1‑36 (MQ=255)
tCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGa < 1:7892379/36‑1 (MQ=255)
cAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAt < 1:3904572/36‑1 (MQ=255)
|
GTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT > REL606/3155135‑3155200
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|