Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,038,458 | 0 | G→. | 3.6% | 1.0 0.0 ‑0.9 | 55 | coding (537/2061 nt) | ECB_02838 | GspD, hypothetical type II secretion protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (29/24): total (30/25) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.38e-01 |
ACGGAGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTGCGCT > REL606/3038423‑3038493
|
aCGGAGGCGCGTCCGGTGAAAATAATCACGTTGGAg > 1:1333616/1‑36 (MQ=37)
ggAGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAggg > 1:2474667/1‑36 (MQ=255)
ggAGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAggg > 1:5493724/1‑36 (MQ=255)
aGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGAt > 1:1160261/1‑36 (MQ=255)
aGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGAt < 1:1386904/36‑1 (MQ=255)
ggCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATc > 1:856059/1‑36 (MQ=255)
ggCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATc < 1:328610/36‑1 (MQ=255)
gcgcGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCg < 1:3341029/36‑1 (MQ=255)
gcgcGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCg < 1:1853968/36‑1 (MQ=255)
gcgcGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCg > 1:3932470/1‑36 (MQ=255)
cgTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTaa > 1:5417035/1‑36 (MQ=255)
gTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAAt < 1:1894891/36‑1 (MQ=255)
gTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAAt > 1:4308419/1‑36 (MQ=255)
gTCCGGGGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAAt > 1:909987/1‑36 (MQ=255)
tCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAAtt > 1:348733/1‑36 (MQ=255)
tCCGGTGAGCATAATCACGTTGGA.GGATCGTAATTa > 1:1602342/1‑36 (MQ=38)
cGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaa < 1:198913/36‑1 (MQ=255)
ggTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaac < 1:5219287/36‑1 (MQ=255)
ggTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaac > 1:5541736/1‑36 (MQ=255)
ggTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaac > 1:3273746/1‑36 (MQ=255)
ggTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaac < 1:1203245/36‑1 (MQ=255)
ggTGAGCATAATCACGTTGGAGAGATCGTAATTaac > 1:293710/1‑36 (MQ=255)
gTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaaca > 1:1754896/1‑36 (MQ=255)
gTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaaca > 1:3037132/1‑36 (MQ=255)
gTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATGaaca > 1:5804256/1‑36 (MQ=255)
tGAGCATAATCACGTTGGTGGGATAGTAATTaacaa > 1:1411358/1‑36 (MQ=37)
tGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaa < 1:1301745/36‑1 (MQ=255)
tGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaa > 1:1288134/1‑36 (MQ=255)
tGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaa > 1:4177487/1‑36 (MQ=255)
tGAGAATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaa < 1:4015202/36‑1 (MQ=255)
ggAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaa < 1:3782242/35‑1 (MQ=255)
gAGAATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTaacaac < 1:1631284/36‑1 (MQ=255)
aaGCATAAACACATTGGAGGTATCGTAATTaacaac < 1:3422084/35‑1 (MQ=25)
aGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACg > 1:4651218/1‑36 (MQ=255)
gCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGt < 1:5156536/36‑1 (MQ=255)
aaTAATCACGTTGGAGGGGTCGTAATTAACAACGtt < 1:3086149/35‑1 (MQ=37)
aTAATCACGTTGGCGGGATCGTAATTAACAACGTTg < 1:4798999/36‑1 (MQ=255)
aTAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTg > 1:3742947/1‑36 (MQ=255)
tAATCCCGTGGGA.GGATCGTAATTAACAACGTTGcc < 1:2440744/36‑1 (MQ=21)
tAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGtttc < 1:2711317/36‑3 (MQ=255)
tAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGc > 1:2939388/1‑36 (MQ=255)
tAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGc > 1:3125583/1‑36 (MQ=255)
aaTCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGcc < 1:2567315/36‑1 (MQ=255)
aTCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCt > 1:4126399/1‑36 (MQ=255)
aTCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCt > 1:4429840/1‑36 (MQ=255)
aTCACGTTGGAGCGATCGTAATTAACAACGTTGTCt > 1:1784349/1‑36 (MQ=37)
cACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGa < 1:3716838/36‑1 (MQ=255)
aCGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAg > 1:3446810/1‑36 (MQ=255)
gTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGcc > 1:2692450/1‑36 (MQ=255)
gTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGcc > 1:2755752/1‑36 (MQ=255)
gTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGcc < 1:190754/36‑1 (MQ=255)
ttGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCt < 1:4972407/36‑1 (MQ=255)
ttGGAGGGATCGAAATTAACAACGTTGCCTGAGCCt > 1:4800459/1‑36 (MQ=255)
tGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTg < 1:5562202/36‑1 (MQ=255)
ggAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTgc < 1:5106917/36‑1 (MQ=255)
ggAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTgc < 1:5764410/36‑1 (MQ=255)
gAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTgcg > 1:139972/1‑36 (MQ=255)
gAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTgcg > 1:1136695/1‑36 (MQ=255)
gggATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTGCGCt < 1:2198595/36‑1 (MQ=255)
|
ACGGAGGCGCGTCCGGTGAGCATAATCACGTTGGAGGGATCGTAATTAACAACGTTGCCTGAGCCTGCGCT > REL606/3038423‑3038493
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|