New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 2448493 =23 (0.420)15 (0.270) 3/64 NT 39.5% intergenic (+24/+26) nupC/yfeA nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase
?REL606 = 2774196 NA (NA)noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region

TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCG  >  REL606/2774161‑2774231
                                   |                                   
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:2346895‑M2/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:62841‑M2/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:2736204‑M2/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:6250165‑M2/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:6813012‑M2/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:880482‑M2/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:352052‑M2/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:3974970‑M2/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4497780‑M2/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:4419163‑M2/36‑1 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGt                                    <  1:1122758/36‑1 (MQ=12)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                    >  1:4002869/1‑36 (MQ=32)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                    <  1:7577259/36‑1 (MQ=32)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGt                                    <  1:110835/36‑1 (MQ=32)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:4832192‑M2/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:5183058‑M2/1‑35 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:6824994‑M2/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:6667605‑M2/1‑35 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:1080774‑M2/1‑35 (MQ=255)
  cNNATGGTTCAACCCTTAAGTTNGCGCTTATGGGat                                   >  1:2071339‑M2/1‑34 (MQ=255)
  cATATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:2155472‑M2/1‑34 (MQ=255)
  cAGCTGGTTCAACCCTTACTTTAGCGCTTATGGGtt                                   <  1:6531979/36‑1 (MQ=11)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:2053423‑M2/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:4705316‑M2/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:3454589‑M2/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:1091181‑M2/36‑3 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGttt                                  <  1:2225183/36‑1 (MQ=38)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 >  1:2952581/1‑36 (MQ=40)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 <  1:2837425/36‑1 (MQ=40)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 >  1:920883/1‑36 (MQ=40)
    gATCGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGtttt                                 <  1:5046327/36‑1 (MQ=255)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCTCTTATGGGTTTTAc                               <  1:5735821/36‑1 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc                              <  1:5724985/36‑1 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcc                              <  1:5560162/36‑1 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAcccc                            <  1:4074866/36‑1 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGataattcccc                           <  1:1316355‑M2/36‑11 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                           <  1:6982863/36‑1 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                           <  1:7294274/36‑1 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTAccccc                           <  1:917570/36‑1 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  1:3655955/36‑1 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  1:2005659/36‑1 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCcgc                         <  1:7744961/36‑1 (MQ=255)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgt                       <  1:4874760/36‑1 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGataattccccggtttt                     >  1:5452716‑M2/1‑20 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     >  1:7859184/1‑36 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     <  1:1344483/36‑1 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     >  1:3299134/1‑36 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtgg                     <  1:4844194/36‑1 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGAGTTTTACCCCCGCgtgg                     <  1:6905612/36‑1 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGataattccccggttttt                    >  1:79624‑M2/1‑19 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGataattccccggttttt                    >  1:891755‑M2/1‑19 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                    <  1:1744169/36‑1 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggt                    >  1:2113283/1‑36 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTAGGGGTTTTACCCCCGCgtggt                    <  1:2231769/36‑1 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCTGCgtggtg                   >  1:3816740/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                   >  1:1893845/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                   <  1:121166/36‑1 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCgtggtg                   <  1:633942/36‑1 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                  <  1:3143925/36‑1 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGtggtgg                  >  1:2772406/1‑36 (MQ=255)
                    cgTTAGCGCTTATGGGTTTTAGCCCCGCGTGGTGGc                 <  1:921712/35‑1 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCt                <  1:1741547/36‑1 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAc              <  1:3037322/36‑1 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTAct             >  1:6286/1‑36 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGTTTTACACCCGCGTGGTGGCTAct             >  1:4613287/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtct          >  1:7296891/1‑36 (MQ=255)
                            cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTTGCTActtctt         <  1:2846638/36‑1 (MQ=255)
                            cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt         >  1:6019150/1‑36 (MQ=255)
                            cTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTActtctt         <  1:2299352/36‑1 (MQ=255)
                             ttATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACttcttc        <  1:2709553/36‑1 (MQ=255)
                              tATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg       <  1:4763314/36‑1 (MQ=255)
                              tATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCg       >  1:6248272/1‑36 (MQ=255)
                                tGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAt     <  1:7405716/36‑1 (MQ=255)
                                 gggataattccccggtttttttacgcctgttaatca    <  1:530462‑M2/36‑34 (MQ=255)
                                 gggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGAtt    >  1:5067409/1‑36 (MQ=255)
                                  ggataattccccggtttttttacgcctgttaatcag   <  1:2318872‑M2/36‑35 (MQ=255)
                                  ggTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGaacc   >  1:4058954/1‑33 (MQ=255)
                                   gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTTTTCGATTCg  >  1:7512537/1‑36 (MQ=255)
                                   gTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCg  >  1:532518/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTTTACCCCCGCGTGGTGGCTACTTCTTCGATTCG  >  REL606/2774161‑2774231

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 25 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG