Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,568,519 | G→T | 7.1% | L63F (TTG→TTT) | pitA → | phosphate transporter, low‑affinity |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,568,519 | 0 | G→T | 7.1% | 2.4 ‑2.2 ‑0.0 | 57 | 189 | pitA | phosphate transporter, low‑affinity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/0): ref base (24/28): total (28/29) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.11e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.76e-01 |
TCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGC > REL606/3568485‑3568554
|
tCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTgg < 1:2586338/36‑1 (MQ=255)
cGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTggg < 1:1724856/36‑1 (MQ=255)
cGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTggg < 1:4292652/36‑1 (MQ=255)
cGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGgtgt < 1:853420/36‑1 (MQ=255)
cGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGgtgt < 1:5099888/36‑1 (MQ=255)
gTGGTTATGGCGGGGGTGTTTAAATTTTTTTGTGtt > 1:1521381/1‑36 (MQ=12)
gTGGTTATGGCGGCGGTGTTCGTCTTTTTGGGTGtt < 1:4332898/36‑1 (MQ=37)
gTGGTTATGGCGGCGGGGTTCAAATTTTTTTGTGtt > 1:4961330/1‑36 (MQ=19)
gTGGTTATGGCGGCCGGGGTTTACTTTTTTGGTGtt > 1:7511636/1‑36 (MQ=9)
tGGTTATTGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGttt < 1:4937895/36‑1 (MQ=255)
tGGTTATGGCGGCCGCGTTTTAATTTTTTTGTGttt > 1:7039137/1‑36 (MQ=2)
ggTTCTGGCGGCGGTGTTCCACTTTTTGGGTGtttt < 1:761228/36‑1 (MQ=37)
gTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTg < 1:4460746/36‑1 (MQ=255)
gTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTg < 1:4463060/36‑1 (MQ=255)
ttATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGc < 1:3111608/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTgg < 1:3426710/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTgg < 1:1389859/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGTGTTAAACTTTTTGGGTGTTTTTCTgg > 1:2741459/1‑36 (MQ=37)
ggcggcGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTggg < 1:1988330/36‑1 (MQ=255)
gcggcgGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGggt < 1:7651083/36‑1 (MQ=255)
ggcggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGgttgg > 1:1783480/1‑36 (MQ=255)
ggcggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGggtgg > 1:6329553/1‑36 (MQ=255)
gcggTGTTCAACTCTTTAGGTGTTTTGCTGggtggt < 1:3216925/36‑1 (MQ=37)
cggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTc > 1:4470563/1‑36 (MQ=255)
gtgtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTg > 1:4223004/1‑36 (MQ=255)
tgtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGa < 1:7037517/36‑1 (MQ=255)
gtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAg > 1:3957752/1‑36 (MQ=255)
gtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAg < 1:5063983/36‑1 (MQ=255)
ttNACCTTTTTGGGTGTTTNGCTGGGTGGTCTGAgt < 1:8005681/36‑1 (MQ=37)
ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTTAgt > 1:6000323/1‑36 (MQ=255)
ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgt > 1:7547271/1‑36 (MQ=255)
ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgt < 1:181794/36‑1 (MQ=255)
tCAACTTTTTGGTTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg > 1:6534848/1‑36 (MQ=255)
tCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg < 1:7635577/36‑1 (MQ=255)
tCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg > 1:541283/1‑36 (MQ=255)
catcTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt < 1:6727536/33‑1 (MQ=255)
cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGTGTGGTCTGAgtgt > 1:2631649/1‑36 (MQ=255)
cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGTTGGTCTGAttgt > 1:2244081/1‑36 (MQ=37)
cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt < 1:4490902/36‑1 (MQ=255)
cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt > 1:5322184/1‑36 (MQ=255)
aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTTtt > 1:3464088/1‑36 (MQ=255)
aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGtt < 1:5208913/36‑1 (MQ=255)
aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGtt > 1:8412964/1‑36 (MQ=255)
cTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGc > 1:3178784/1‑36 (MQ=255)
tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc < 1:2798862/36‑1 (MQ=255)
tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc > 1:1882308/1‑36 (MQ=255)
tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc < 1:6839245/36‑1 (MQ=255)
tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc > 1:928824/1‑36 (MQ=255)
tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGGCTGTGTGTTGct > 1:4090273/1‑35 (MQ=37)
ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCt > 1:3414930/1‑36 (MQ=255)
ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCt > 1:4599493/1‑36 (MQ=255)
tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGTCTa > 1:3682495/1‑36 (MQ=255)
tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa > 1:3334919/1‑36 (MQ=255)
tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa < 1:2933396/36‑1 (MQ=255)
tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa < 1:7471302/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt > 1:950289/1‑36 (MQ=255)
ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt < 1:2428535/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt < 1:5527750/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt < 1:2968161/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTATTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt < 1:6135062/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc > 1:2026482/1‑36 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc > 1:50712/1‑36 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc < 1:8187245/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc > 1:4773543/1‑36 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc < 1:1532453/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc > 1:321025/1‑36 (MQ=255)
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TCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGC > REL606/3568485‑3568554
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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