Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
MC JC REL606 547,700 Δ8,224 bp 100% IS1‑mediated [nmpC][ECB_00513] [nmpC], ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513]

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ REL606 546952–547700 555923–555877 8178–8972 24 [20] [1] 87 [insB‑6]–[ECB_00513] [insB‑6], insA‑6, nmpC, ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513]

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 555924 =1 (0.020)59 (1.080) 34/62 NT 98.3% coding (1209/2346 nt) ECB_00513 conserved hypothetical protein
?REL606 = 2035093 NA (NA)noncoding (1/768 nt) IS1 repeat region

CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059
                                                                          
    ATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGG                                    >  1:4345663/1‑36 (MQ=1)
    ATTTAGTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGG                                    >  1:1763430/1‑36 (MQ=0)
     TTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGG                                   <  1:5744156/36‑1 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:1124218/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:5905836/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:2050442/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:2646675/1‑36 (MQ=1)
       TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 <  1:1543643/36‑1 (MQ=1)
         TTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGAT                               <  1:7735116/36‑1 (MQ=1)
         TTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGAT                               >  1:2106613/1‑36 (MQ=1)
          TAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATG                              <  1:6197517/36‑1 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             >  1:4238016/1‑36 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             <  1:5970938/36‑1 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             >  1:495220/1‑36 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:2174424/36‑1 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:6463915/36‑1 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:6894830/36‑1 (MQ=1)
              GTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGC                          >  1:8434819/1‑36 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:4620746/36‑1 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:5038146/36‑1 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:2457432/36‑1 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         >  1:7213344/1‑36 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:1016159/36‑1 (MQ=1)
                ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA                        <  1:5399559/36‑1 (MQ=1)
                ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA                        >  1:4757901/1‑36 (MQ=1)
                 TGTTTCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA                       <  1:885786/36‑1 (MQ=0)
                 TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA                       <  1:6695932/36‑1 (MQ=1)
                 TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA                       >  1:3673814/1‑36 (MQ=1)
                  GTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAAC                      <  1:5720617/36‑1 (MQ=1)
                  GTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAAC                      <  1:7264574/36‑1 (MQ=1)
                  GTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAAC                      <  1:4652621/36‑1 (MQ=1)
                   TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT                     <  1:8413599/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   >  1:3738787/1‑36 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:550628/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   >  1:5730491/1‑36 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:7714341/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   >  1:1862891/1‑36 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  <  1:5728958/36‑1 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  >  1:1305260/1‑36 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  >  1:7138902/1‑36 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  <  1:6838838/36‑1 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:7740360/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:1150883/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:6143101/1‑36 (MQ=1)
                        CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG                >  1:5236137/1‑36 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              <  1:7245457/36‑1 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              >  1:8204109/1‑36 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             <  1:2600843/36‑1 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             <  1:5185725/36‑1 (MQ=1)
                            ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT            <  1:6125692/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGTGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           <  1:6098238/36‑1 (MQ=0)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           <  1:1797031/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           <  1:8212636/36‑1 (MQ=1)
                               CGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT         <  1:2947633/36‑1 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        <  1:322216/36‑1 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        <  1:4206068/36‑1 (MQ=1)
                                 CGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT       <  1:925918/36‑1 (MQ=1)
                                 CGTTTGGGTCATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT       <  1:7071116/36‑1 (MQ=0)
                                  GTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA      <  1:2053384/36‑1 (MQ=1)
                                                                          
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG