Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 74,220 G→T 14.4% L22F (TTG→TTT yabI → conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60674,2200G→T14.4% 2.8 ‑5.4 0.05366yabIconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/2):  ref base (11/33):  total (18/35)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.63e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

CAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTT  >  REL606/74185‑74255
                                   |                                   
cAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtg                                     <  1:4219470/36‑1 (MQ=255)
  aTCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTttgt                                   >  1:7328399/1‑36 (MQ=255)
  aTCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtggt                                   <  1:6550391/36‑1 (MQ=255)
   tCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGTTGTttgtg                                  >  1:6910317/1‑36 (MQ=37)
    cTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtggtgg                                 <  1:1423537/36‑1 (MQ=255)
     tACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGc                                <  1:617091/36‑1 (MQ=255)
       ccGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTTGCCt                              >  1:6277095/1‑36 (MQ=255)
       ccGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCt                              <  1:7093651/36‑1 (MQ=255)
        cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt                             <  1:748505/36‑1 (MQ=255)
        cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt                             <  1:6297591/36‑1 (MQ=255)
        cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt                             <  1:2139994/36‑1 (MQ=255)
        cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt                             <  1:3105151/36‑1 (MQ=255)
         gtgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCttt                            >  1:5117927/1‑36 (MQ=255)
         gtgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCttt                            <  1:736115/36‑1 (MQ=255)
          tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCTTTc                           <  1:6641089/36‑1 (MQ=255)
          tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc                           <  1:1453546/36‑1 (MQ=255)
          tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc                           <  1:3112907/36‑1 (MQ=255)
          tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc                           <  1:548278/36‑1 (MQ=255)
           gtATTCATTGATGGCGGTGGTTTTTTTGGGCttttt                          >  1:6241295/1‑34 (MQ=12)
           gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCttttt                          >  1:1841172/1‑34 (MQ=25)
           gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt                          <  1:1754525/36‑1 (MQ=255)
           gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt                          <  1:7486945/36‑1 (MQ=255)
           gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt                          <  1:5002284/36‑1 (MQ=255)
            tATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCtttttt                         >  1:7061020/1‑33 (MQ=37)
            tATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTg                         <  1:4552582/36‑1 (MQ=255)
             aTTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTgg                        <  1:4880324/36‑1 (MQ=255)
              ttCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTTGCCTTTGTggt                       >  1:6979735/1‑35 (MQ=21)
              ttCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCTTTCttgg                       >  1:6106441/1‑33 (MQ=25)
              ttCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGa                       <  1:708068/36‑1 (MQ=255)
               tCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCTTTTTgggg                      >  1:3132166/1‑34 (MQ=21)
               tCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAg                      <  1:6671579/36‑1 (MQ=255)
                cATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGt                     <  1:6853569/36‑1 (MQ=255)
                 aTTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTc                    <  1:4858812/36‑1 (MQ=255)
                 aTTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTc                    <  1:7124518/36‑1 (MQ=255)
                  ttGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcg                   <  1:2682477/36‑1 (MQ=255)
                  ttGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcg                   <  1:3466997/36‑1 (MQ=255)
                       ggCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggg              >  1:2816315/1‑35 (MQ=255)
                        gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg             <  1:5871535/36‑1 (MQ=255)
                        gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg             <  1:4312899/36‑1 (MQ=255)
                        gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg             >  1:1541024/1‑36 (MQ=255)
                         cGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgc            >  1:283147/1‑36 (MQ=255)
                          ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct           <  1:1831313/36‑1 (MQ=255)
                          ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct           <  1:2295765/36‑1 (MQ=255)
                          ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct           <  1:306770/36‑1 (MQ=255)
                          ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct           >  1:3927416/1‑36 (MQ=255)
                          ggtggtGTTGGTAGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct           <  1:6217300/36‑1 (MQ=255)
                            tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg         >  1:344321/1‑36 (MQ=255)
                            tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg         >  1:6925438/1‑36 (MQ=255)
                            tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg         >  1:5448408/1‑36 (MQ=255)
                             ggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGt        <  1:597096/36‑1 (MQ=255)
                             ggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGt        <  1:6048147/36‑1 (MQ=255)
                              gtgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTc       <  1:614615/36‑1 (MQ=255)
                              gtgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTc       <  1:7824827/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTTGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCg      <  1:6769623/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCg      >  1:3149265/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt    >  1:1557106/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt    <  1:7487009/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt    >  1:3701895/1‑36 (MQ=255)
                                  tggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGtt   <  1:1140086/36‑1 (MQ=255)
                                   ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGTttt  <  1:2782073/36‑1 (MQ=255)
                                   ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGttt  >  1:6508441/1‑36 (MQ=255)
                                   ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGttt  >  1:942742/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
CAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTT  >  REL606/74185‑74255

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG