Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,450,516 | +C | 4.3% | coding (274/1293 nt) | ynbD → | predicted phosphatase, inner membrane protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,450,516 | 1 | .→C | 4.3% | 4.5 ‑0.7 ‑0.1 | 47 | coding (274/1293 nt) | ynbD | predicted phosphatase, inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (22/23): total (24/23) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.89e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.95e-01 |
TTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGT > REL606/1450481‑1450551
|
ttGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct < 1:1505422/36‑1 (MQ=255)
ttGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct > 1:1736292/1‑36 (MQ=255)
tGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.g < 1:929918/36‑1 (MQ=255)
tGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.g < 1:6683958/36‑1 (MQ=255)
gTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.gc > 1:4726008/1‑36 (MQ=255)
gTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.gc > 1:5315500/1‑36 (MQ=255)
tCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.gc.t < 1:5547671/36‑1 (MQ=255)
ccACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.gc.tg > 1:3932414/1‑36 (MQ=255)
ccACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCct.gc.tg > 1:7553563/1‑36 (MQ=255)
cACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCt.gc.tgc < 1:3251707/36‑1 (MQ=255)
aCCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCg > 1:1665257/1‑36 (MQ=255)
aCCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCg < 1:7860310/36‑1 (MQ=255)
ccGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCgg < 1:5749593/36‑1 (MQ=255)
cGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGt < 1:1662254/36‑1 (MQ=255)
cGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGt < 1:3622135/36‑1 (MQ=255)
ggCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGtt > 1:5646401/1‑36 (MQ=255)
ggCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GA.TGCGGtt > 1:6801901/1‑36 (MQ=255)
gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttt < 1:591308/36‑1 (MQ=255)
gCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttt > 1:2405232/1‑36 (MQ=255)
cTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGtttt < 1:1208672/36‑1 (MQ=255)
ttATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttttt < 1:5036406/36‑1 (MQ=255)
ttATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttttt > 1:1626553/1‑36 (MQ=255)
ttATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttttt < 1:7886675/36‑1 (MQ=255)
ttATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGttttt > 1:350530/1‑36 (MQ=255)
tATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGtttttt > 1:5423153/1‑36 (MQ=255)
ttCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGtttttttc > 1:4338162/1‑34 (MQ=255)
tcaggCAGCGGTAATGGCCT.GC.CGCGGTTTTTTGct < 1:3957563/33‑1 (MQ=25)
acTGGCGACGGTAATCGCCTCGCAGGCGGttttttt > 1:4283104/2‑35 (MQ=38)
acTGGCGACGGTAATCGCCTCGCAGGCGGttttttc > 1:1983500/2‑35 (MQ=38)
cTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGctc < 1:1864125/36‑1 (MQ=255)
cTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGGTTTTTGctc > 1:5600252/1‑36 (MQ=255)
tGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGctct < 1:978616/36‑1 (MQ=255)
tGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGctct < 1:6191822/36‑1 (MQ=255)
tGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGctct > 1:6253411/1‑36 (MQ=255)
ggCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTa < 1:2431933/36‑1 (MQ=255)
ggCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTa < 1:2948954/36‑1 (MQ=255)
ggCAACGGTAAGGGCCT.CC.TGCTGTTTTTGGCTCTa > 1:5480270/1‑36 (MQ=19)
gCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGATCTAt > 1:2878264/1‑36 (MQ=255)
cAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATc < 1:2239550/36‑1 (MQ=255)
aaCGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATcc < 1:2718930/36‑1 (MQ=255)
aaCGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATcc > 1:3977675/1‑36 (MQ=255)
cGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGc > 1:7317202/1‑36 (MQ=255)
ggTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCt < 1:5448223/36‑1 (MQ=255)
ggTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCt > 1:7346601/1‑36 (MQ=255)
ggTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCt < 1:7581935/36‑1 (MQ=255)
gTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTg > 1:5227639/1‑36 (MQ=255)
gTAAGGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTg > 1:3259666/1‑36 (MQ=255)
aaTGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGaa > 1:6944363/1‑36 (MQ=255)
aaTGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGaa < 1:2606526/36‑1 (MQ=255)
aTGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAag > 1:2457598/1‑36 (MQ=255)
aTGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAag > 1:1504939/1‑36 (MQ=255)
tGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagt < 1:5371839/36‑1 (MQ=255)
tGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagt > 1:2742744/1‑36 (MQ=255)
tGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagt < 1:1751539/36‑1 (MQ=255)
tGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagt > 1:3857890/1‑36 (MQ=255)
ggCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtt < 1:4627961/36‑1 (MQ=255)
gCCT.GC.TGCGGTTTTTTTCTCTATCCGCTGAagttt < 1:5546118/36‑1 (MQ=255)
ct.gc.tgCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtttag < 1:60510/36‑1 (MQ=255)
ct.gc.tgCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtttag > 1:265790/1‑36 (MQ=255)
t.gc.tgcGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtttagt < 1:3388178/36‑1 (MQ=255)
t.gc.tgcGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtttagt > 1:3448091/1‑36 (MQ=255)
t.gc.tgcGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAagtttagt < 1:1350219/36‑1 (MQ=255)
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TTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGGCCT.GC.TGCGGTTTTTTGCTCTATCCGCTGAAGTTTAGT > REL606/1450481‑1450551
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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