Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 84.3% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)40 (0.710) 29/64 NT 78.4% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 11 (0.180)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)46 (0.810) 31/64 NT 90.2% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 5 (0.080)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556
                                                                         
   TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC                                    >  1:3924413/1‑36 (MQ=32)
    CAGATGGTTAAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC                                   >  1:2840441/1‑36 (MQ=255)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                  <  1:800679/36‑1 (MQ=38)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                  >  1:1757542/1‑36 (MQ=38)
        TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                               >  1:3606800/1‑36 (MQ=255)
         GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAAC                              >  1:1859660/1‑36 (MQ=40)
         GGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAAC                              >  1:1536771/1‑36 (MQ=40)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                             >  1:1177990/1‑36 (MQ=38)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                             >  1:3704833/1‑36 (MQ=38)
            TCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCC                           <  1:8358876/36‑1 (MQ=32)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                         >  1:4840964/1‑36 (MQ=1)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                         <  1:2225958/36‑1 (MQ=1)
              AACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGG                         >  1:3199496/1‑36 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                        <  1:3421608/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  1:1578810/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                       <  1:7569420/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                    >  1:1631082/1‑36 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                    <  1:344172/36‑1 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                  >  1:4209795/1‑36 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                  <  1:1880996/36‑1 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 <  1:7336645/36‑1 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 >  1:2782757/1‑36 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 <  1:1084723/36‑1 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT                 >  1:1679557/1‑36 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                <  1:7967347/36‑1 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                >  1:7191779/1‑36 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA                >  1:1685063/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               >  1:2681902/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               >  1:4883119/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               >  1:3527162/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               >  1:1557447/1‑36 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGACGCAACCCCGGGTGCTGCTAA               >  1:4343052/1‑36 (MQ=0)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              >  1:2217040/1‑36 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              <  1:5611100/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              <  1:2524820/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT              <  1:1090672/36‑1 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG             >  1:1416796/1‑36 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG             <  1:1309081/36‑1 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG             >  1:2636411/1‑36 (MQ=1)
                           GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC            <  1:2025934/36‑1 (MQ=1)
                             GCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGTTAATGCGG          >  1:5632960/1‑36 (MQ=0)
                              CTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGA         >  1:2745663/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATG       >  1:1379534/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAAGCGGATG       >  1:5329693/1‑36 (MQ=0)
                                 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC      >  1:3848683/1‑36 (MQ=1)
                                  TGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCG     <  1:2069515/36‑1 (MQ=1)
                                                                         
TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGACC  >  REL606/4524522‑4524556

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 25 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG