Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,735,719 | 0 | C→G | 13.7% | 9.8 ‑23.4 0.0 | 126 | 1336 | ascF | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (19/0): ref base (24/81): total (45/81) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.99e-11 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAG > REL606/2735684‑2735754
|
tCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGc < 1:1951505/36‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGc < 1:2899066/36‑1 (MQ=255)
cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt < 1:2114503/36‑1 (MQ=255)
cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt < 1:10753/36‑1 (MQ=255)
cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt < 1:4501355/36‑1 (MQ=255)
cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt < 1:5791703/36‑1 (MQ=255)
cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt < 1:4844641/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt < 1:1916800/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt < 1:513698/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt < 1:6729316/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt < 1:3229205/36‑1 (MQ=255)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGTGGTGt > 1:1523839/1‑36 (MQ=37)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGTGGTGt > 1:4222471/1‑36 (MQ=37)
gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGTTGt > 1:3324501/1‑36 (MQ=25)
gttgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc < 1:8276900/34‑1 (MQ=255)
ggTGTTCGCGTTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc < 1:1703649/36‑1 (MQ=255)
ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc < 1:1437962/36‑1 (MQ=255)
ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc < 1:4743771/36‑1 (MQ=255)
ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGtt > 1:6002264/1‑35 (MQ=37)
ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGtt > 1:5988726/1‑35 (MQ=21)
gtgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTCg > 1:3194222/1‑36 (MQ=255)
gtgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCg < 1:2336626/36‑1 (MQ=255)
gtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTTGtt > 1:5130937/1‑36 (MQ=37)
gtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGtt < 1:4489129/36‑1 (MQ=255)
atccgcgTTCATGGCGCTGGGGGTGGTGCTGTCTtt < 1:5702000/33‑1 (MQ=16)
ttCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGttt < 1:6474431/36‑1 (MQ=255)
ttCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGTCGttt > 1:4026745/1‑36 (MQ=25)
tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTa < 1:1822884/36‑1 (MQ=255)
tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTa < 1:3410955/36‑1 (MQ=255)
tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGTTGtttt > 1:6362431/1‑35 (MQ=25)
tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGTCGtttt > 1:545965/1‑35 (MQ=37)
cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTTGttttt > 1:1823509/1‑34 (MQ=21)
cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTAt < 1:1155166/36‑1 (MQ=255)
cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTAt < 1:3464484/36‑1 (MQ=255)
gcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATc < 1:862390/36‑1 (MQ=255)
gcgGTCATGGCGCTGGCGGCGGGGGTGTTGtttttt > 1:3746216/1‑33 (MQ=12)
cgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATcc < 1:4963351/36‑1 (MQ=255)
cgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATcc < 1:6241333/36‑1 (MQ=255)
ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt < 1:7740337/36‑1 (MQ=255)
ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt < 1:465871/36‑1 (MQ=255)
ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt < 1:7414635/36‑1 (MQ=255)
gTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTATCGTTTATCCTc < 1:1435976/36‑1 (MQ=255)
gTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGTCGTTTTTTCTc > 1:4963607/1‑36 (MQ=12)
tCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTca < 1:6534384/36‑1 (MQ=255)
tCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTca < 1:1036273/36‑1 (MQ=255)
cATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTcac < 1:1180899/36‑1 (MQ=255)
cATGGCGCTGGCGGTGGGGGCGGCGTTTTTCCTcac > 1:487763/1‑36 (MQ=16)
aTGGCGCTGGCGGCGGTGCCGTTGTTTTTTCTcacc > 1:3725662/1‑35 (MQ=2)
aTGGCGCTGGCGGAGGGGGTGTCGTTTGTTCTccca > 1:7582008/1‑36 (MQ=9)
tctcgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac < 1:5257883/33‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTTTTCTCacac > 1:733774/1‑36 (MQ=25)
tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac < 1:2769347/36‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac < 1:2045594/36‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac < 1:6831923/36‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt < 1:4169022/36‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt < 1:7572008/36‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt < 1:6828619/36‑1 (MQ=255)
ggCGCTGGCGGCGGTGGTGGGGTTTATCCTaacccc > 1:7435712/1‑33 (MQ=2)
cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt < 1:7572228/36‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt < 1:7754968/36‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt < 1:6384876/36‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt < 1:5094369/36‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt < 1:8333648/36‑1 (MQ=255)
gcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAtt < 1:15483/36‑1 (MQ=255)
cTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTg < 1:8387138/36‑1 (MQ=255)
tGGCTGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc < 1:2597436/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc < 1:6676490/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc < 1:540129/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTTAAACTAttcat > 1:2198838/1‑33 (MQ=25)
ggCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCt < 1:1502699/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc < 1:5283852/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc > 1:3451628/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc > 1:8010357/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCg > 1:4980903/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCg < 1:78342/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg < 1:8208747/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg > 1:3662518/1‑36 (MQ=255)
ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg < 1:6367144/36‑1 (MQ=255)
gtggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGc < 1:3151693/36‑1 (MQ=255)
tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt < 1:6653847/36‑1 (MQ=255)
tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt < 1:2009335/36‑1 (MQ=255)
tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt > 1:7027163/1‑36 (MQ=255)
tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt > 1:2058366/1‑36 (MQ=255)
tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt > 1:3604812/1‑36 (MQ=255)
ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt > 1:8432076/1‑36 (MQ=255)
ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt < 1:3639746/36‑1 (MQ=255)
ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt > 1:3618395/1‑36 (MQ=255)
ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt > 1:5458282/1‑36 (MQ=255)
gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt < 1:4924041/36‑1 (MQ=255)
gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt < 1:5530311/36‑1 (MQ=255)
gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt > 1:5734258/1‑36 (MQ=255)
gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt < 1:7566335/36‑1 (MQ=255)
tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGGTCGGCTTTg > 1:1542963/1‑36 (MQ=255)
tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtttt > 1:3328557/1‑35 (MQ=255)
tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTg < 1:2764861/36‑1 (MQ=255)
gCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGa > 1:6766723/1‑36 (MQ=255)
gCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGa > 1:8361792/1‑36 (MQ=255)
cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg > 1:1901594/1‑36 (MQ=255)
cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg < 1:6456360/36‑1 (MQ=255)
cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg < 1:4196458/36‑1 (MQ=255)
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TCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAG > REL606/2735684‑2735754
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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