New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 70144739 (1.050)8 (0.220) 4/58 NT 19.3% coding (1109/2199 nt) speF ornithine decarboxylase isozyme, inducible
?REL606 3424883 = 28 (0.620)intergenic (+101/‑25) nirD/nirC nitrite reductase small subunit/nitrite transporter

GCGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGAAAAACCA  >  REL606/701412‑701482
                                   |                                   
gCGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGt                                     <  1:742156/36‑1 (MQ=255)
gCGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGt                                     <  1:4247423/36‑1 (MQ=255)
 cGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTc                                    <  1:394063/36‑1 (MQ=255)
 cGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTc                                    <  1:1933706/36‑1 (MQ=255)
  ggTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCt                                   <  1:5449392/36‑1 (MQ=255)
   gTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtt                                  <  1:760852/36‑1 (MQ=255)
    tACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCttt                                 <  1:4432730/36‑1 (MQ=255)
     aCATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTgtttt                                >  1:216878‑M1/1‑31 (MQ=255)
     aCATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtttt                                <  1:1277508/36‑1 (MQ=255)
     aCATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtttt                                <  1:3777535/36‑1 (MQ=255)
     aCATAACGCTGTTGCACTTTGATGTGGCTGTCtttt                                <  1:3308049/36‑1 (MQ=255)
      cATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCttttt                               <  1:3019103/36‑1 (MQ=255)
      cATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGGtttttt                               >  1:948223‑M1/1‑30 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTttttttt                              >  1:5566605‑M1/1‑29 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTttttttt                              >  1:1529536‑M1/1‑29 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTgtttttt                              >  1:731478‑M1/1‑29 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtttttt                              <  1:14476/36‑1 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtttttt                              <  1:5814406/36‑1 (MQ=255)
       aTAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCtttttt                              <  1:1390585/36‑1 (MQ=255)
         aaCGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTAt                            <  1:1523516/36‑1 (MQ=255)
         aaCGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGGGtttttttt                            >  1:5168290/1‑34 (MQ=37)
         aaCGCTGTTGACCTTTGATGTGGCTGGTtttttttt                            >  1:1196353/1‑34 (MQ=21)
          aCGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTtttttttttt                           >  1:1328821‑M1/1‑26 (MQ=255)
          aCGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTcttttttttt                           >  1:642320‑M1/1‑26 (MQ=255)
          aCGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATg                           <  1:822704/36‑1 (MQ=255)
            gCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGaa                         <  1:5673497/36‑1 (MQ=255)
             cTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAAt                        <  1:3528354/36‑1 (MQ=255)
              tGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAAtt                       <  1:4059435/36‑1 (MQ=255)
               gTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAAttt                      <  1:3302685/36‑1 (MQ=255)
                ttGCCCTTTGATGTGGCTGTtttttttttttatttt                     >  1:4850735‑M1/1‑20 (MQ=255)
                ttGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTtg                     <  1:4629887/36‑1 (MQ=255)
                 tGCCCTTTGATGTGGCTGTtttttttttttattttt                    >  1:5303689‑M1/1‑19 (MQ=255)
                 tGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTtgt                    <  1:3358849/36‑1 (MQ=255)
                  gCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTtgtg                   <  1:3721039/36‑1 (MQ=255)
                   cccTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGa                  <  1:1910861/36‑1 (MQ=255)
                   cccTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGa                  <  1:259996/36‑1 (MQ=255)
                    ccTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGaa                 <  1:3600607/36‑1 (MQ=255)
                     cTTTGATGTGGCTGTcttttttttttattttttaag                >  1:4334951‑M1/1‑15 (MQ=255)
                       ttGATGTGGCTGTCTTTTTTATTAATTTTTGAAGtt              >  1:643276/1‑35 (MQ=37)
                        tGATGTGGCTGTTTTTTTTTTTAATTTTTGTAGTCt             >  1:5460171/1‑36 (MQ=12)
                        tGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCt             <  1:5483981/36‑1 (MQ=255)
                        tGATGTGGCTGTCTTTCTTATGAATTTGTGAAGTCt             <  1:5385875/36‑1 (MQ=255)
                         gATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTg            <  1:3461478/36‑1 (MQ=255)
                          aTGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTga           <  1:1523136/36‑1 (MQ=255)
                          aTGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTga           <  1:2085623/36‑1 (MQ=255)
                           tgtgGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTgag          <  1:470536/36‑1 (MQ=255)
                             tgGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGaa        <  1:5127322/36‑1 (MQ=255)
                             tgGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGaa        <  1:2612277/36‑1 (MQ=255)
                              ggCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGaaa       >  1:3161380/1‑36 (MQ=255)
                                cTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTTATaaaaa     >  1:2871953/1‑36 (MQ=37)
                                 tGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGAAAAAc    >  1:2088855/1‑36 (MQ=255)
                                   tCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGAAAAACCa  <  1:4723290/36‑1 (MQ=255)
                                   tCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGAAAAACCa  <  1:1980814/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
GCGGTACATAACGCTGTTGCCCTTTGATGTGGCTGTCTTTTTTATGAATTTGTGAAGTCTGAGAAAAACCA  >  REL606/701412‑701482

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG