Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,318,122 | A→G | 15.4% | I236V (ATC→GTC) | yhcS → | predicted DNA‑binding transcriptional regulator, efflux system |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,318,122 | 0 | A→G | 15.4% | 3.1 ‑4.3 0.0 | 41 | 706 | yhcS | predicted DNA‑binding transcriptional regulator, efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/1): ref base (11/23): total (17/24) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.41e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
GACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAG > REL606/3318088‑3318157
|
gACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGAt < 1:494855/36‑1 (MQ=255)
gcGCTTGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATc < 1:1603901/35‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTc > 1:3828056/1‑36 (MQ=21)
aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTc > 1:19235/1‑36 (MQ=21)
cGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTCg > 1:5847105/1‑36 (MQ=21)
cGCTGGTGCGCTGGCGAACGGCGGGTGCCGGGATCg < 1:4347883/36‑1 (MQ=255)
gCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGc < 1:3666046/36‑1 (MQ=255)
tGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCt < 1:6732979/36‑1 (MQ=255)
ggTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTa < 1:2878880/36‑1 (MQ=255)
gggcgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAt < 1:5703785/34‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAt < 1:2014572/36‑1 (MQ=255)
tGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAtg < 1:4033591/36‑1 (MQ=255)
gcgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAtgt < 1:5697379/36‑1 (MQ=255)
cgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGGTCGCCTCtgtg > 1:2682163/1‑36 (MQ=37)
gcTGGCTAACGGCGGGTGGCCGGGTCGGCTTtgtgg > 1:7281012/1‑35 (MQ=16)
gcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGc < 1:5820596/36‑1 (MQ=255)
gcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGc < 1:8016664/36‑1 (MQ=255)
gCTCACGGCGGGTGCTGGGATCGCCTATGTGCCGCt < 1:991954/36‑1 (MQ=38)
gCTAACGGCGGGTGCCGGGGTCGCCTATTTGGCGCt > 1:1781044/1‑36 (MQ=25)
cTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTg < 1:5255833/36‑1 (MQ=255)
aCGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtg > 1:8241545/1‑36 (MQ=255)
aCGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtg < 1:4820569/36‑1 (MQ=255)
cggcggGTGCCGGGGTCGCCTATGTGCCGCTGAtgt < 1:1420885/36‑1 (MQ=255)
cggcggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtgt > 1:8053911/1‑36 (MQ=255)
ggcggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtgtg < 1:5082986/36‑1 (MQ=255)
cggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTggg < 1:5835813/36‑1 (MQ=255)
ggTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTg > 1:7597949/1‑36 (MQ=255)
ggTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTg < 1:2165314/36‑1 (MQ=255)
gggCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGa < 1:4898359/34‑1 (MQ=255)
gTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGTGTGa > 1:3677269/1‑36 (MQ=255)
gCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATc < 1:5578375/36‑1 (MQ=255)
cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa > 1:1298497/1‑36 (MQ=255)
cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa > 1:2155146/1‑36 (MQ=255)
cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa > 1:4820277/1‑36 (MQ=255)
cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa < 1:5464621/36‑1 (MQ=255)
gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc > 1:6696105/1‑36 (MQ=255)
gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc > 1:6505141/1‑36 (MQ=255)
gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc < 1:4141161/36‑1 (MQ=255)
gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc > 1:5326814/1‑36 (MQ=255)
ggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACg < 1:886989/36‑1 (MQ=255)
gATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACga > 1:7524389/1‑36 (MQ=255)
aTCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACgag > 1:6632956/1‑36 (MQ=255)
aTCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACgag > 1:7333759/1‑36 (MQ=255)
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GACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAG > REL606/3318088‑3318157
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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