Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,251,403 | C→A | 16.7% | L467F (TTG→TTT) | uvrA ← | excinuclease ABC subunit A |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,251,403 | 0 | C→A | 16.7% | 2.1 ‑3.5 ‑0.0 | 38 | 1401 | uvrA | excinuclease ABC subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/7): ref base (15/16): total (15/23) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.91e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.54e-01 |
GTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGC > REL606/4251368‑4251438
|
gTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTc > 1:4467000/1‑36 (MQ=255)
gTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTc > 1:5650750/1‑36 (MQ=255)
tCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCa < 1:96923/36‑1 (MQ=255)
tCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCa < 1:3890660/36‑1 (MQ=255)
tCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCa < 1:1408982/36‑1 (MQ=255)
cAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCaa < 1:5520559/36‑1 (MQ=255)
aGGTAATACAGTCCGTCGTTAACGAGGAATTTCaaa < 1:2802474/36‑1 (MQ=37)
gTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACg < 1:1853849/36‑1 (MQ=255)
tAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGa > 1:4377113/1‑36 (MQ=255)
aaTTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGAt < 1:3883659/36‑1 (MQ=255)
cttCAGGCCGACGTTAATGATGAATTTCAAACGATc < 1:3807906/35‑1 (MQ=37)
aTTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATc < 1:659256/36‑1 (MQ=255)
aTTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATc < 1:3289928/36‑1 (MQ=255)
cAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGcc > 1:1170863/1‑36 (MQ=255)
cccGATGTAAACGGGGAATTTAAAACGATCGCCGAt < 1:345205/35‑1 (MQ=16)
ccGACTTAAACGGGGATTTTAAAACGATCGCCGAtc < 1:2762991/36‑1 (MQ=16)
ccGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGAtc > 1:3001681/1‑36 (MQ=255)
gACGTTAACGAGGAATTCCAAACGATCGCCGAtctc < 1:1946756/36‑1 (MQ=255)
aCGTTAACGAAAAATTGCAAAACATCGCCGATctct < 1:5222049/36‑1 (MQ=12)
cGTTAACGAGAAATTTAAAACGATCGCCGATCTCtt < 1:2264728/36‑1 (MQ=37)
ttAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTa > 1:3063077/1‑36 (MQ=255)
tAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTaa > 1:412876/1‑36 (MQ=255)
tAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTATTTaa > 1:3210104/1‑36 (MQ=255)
aaCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAg > 1:5010530/1‑36 (MQ=255)
cGAGGAATTTCAAACGATCCCCGATCTCTTTAAGaa > 1:4384336/1‑36 (MQ=255)
gAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAt > 1:5154035/1‑36 (MQ=255)
gAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAt > 1:1624966/1‑36 (MQ=255)
gAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAt > 1:1214232/1‑36 (MQ=255)
gAGGAATTTAAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAt < 1:2207467/36‑1 (MQ=255)
aGGAATTTCAAACGATCGCCGATCGATTTAAGAAtt > 1:5787401/1‑36 (MQ=38)
ggAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttt > 1:1076919/1‑36 (MQ=255)
gAATTTCAAACAATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttt < 1:1643582/36‑1 (MQ=255)
gAATTTAAAATGATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttt < 1:2567498/36‑1 (MQ=37)
aaTTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttttt > 1:5511081/1‑36 (MQ=255)
aaTTTAAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttttt < 1:1371191/36‑1 (MQ=255)
aTTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttttt < 1:2582904/36‑1 (MQ=255)
aTTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttttt > 1:2332828/1‑36 (MQ=255)
tttCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTc < 1:379990/36‑1 (MQ=255)
tttAAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTc < 1:3578594/36‑1 (MQ=255)
tatCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTc < 1:382917/34‑1 (MQ=255)
acAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCg < 1:5634668/35‑1 (MQ=255)
cAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTcctc > 1:4085842/1‑34 (MQ=255)
cAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGc < 1:4338822/36‑1 (MQ=255)
|
GTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGC > REL606/4251368‑4251438
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|