New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 1460974NA (NA)12 (0.200) 7/70 NT NA intergenic (+62/‑37) insB‑12/cybB IS1 protein InsB/cytochrome b561
?REL606 2332094 = NA (NA)intergenic (+34/‑53) yfbM/ECB_02199 hypothetical protein/PROBABLE ISRSO11‑TRANSPOSASE ORFA PROTEIN

GAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGT  >  REL606/1460939‑1461009
                                   |                                   
gAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGtt                                     <  1:6942120/36‑1 (MQ=255)
 aaCAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTa                                    >  1:7090857/1‑36 (MQ=255)
 aaCAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTa                                    <  1:7443635/36‑1 (MQ=255)
   cAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATg                                  <  1:6665825/36‑1 (MQ=255)
    aaTATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCGGTTATGt                                 >  1:291362/1‑36 (MQ=255)
    aaTATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGt                                 >  1:887565/1‑36 (MQ=255)
     atatTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGtt                                <  1:2697531/36‑1 (MQ=255)
      tatTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTa                               <  1:7367051/36‑1 (MQ=255)
      tatTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTa                               >  1:6499458/1‑36 (MQ=255)
      tatTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTa                               <  1:5698047/36‑1 (MQ=255)
       atTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTaa                              >  1:1278692/1‑36 (MQ=255)
        tttAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAAc                             <  1:1837791/36‑1 (MQ=255)
         ttAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACg                            <  1:2763561/36‑1 (MQ=255)
         ttAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACg                            <  1:7541965/36‑1 (MQ=255)
          tAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACgg                           <  1:557022/36‑1 (MQ=255)
          tAATGAAATTTTGAGAAAAGCCAGTTATGTTAACgg                           >  1:1557664/1‑36 (MQ=255)
           aaTGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGa                          <  1:487870/36‑1 (MQ=255)
           aaTGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGa                          >  1:5226620/1‑36 (MQ=255)
           aaTGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGa                          <  1:2281536/36‑1 (MQ=255)
           aaTGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGa                          >  1:6209666/1‑36 (MQ=255)
            aTGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGaa                         >  1:7020153/1‑36 (MQ=255)
               aaaTTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAAt                      >  1:7889012/1‑36 (MQ=255)
               aaaTTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAAt                      >  1:7260572/1‑36 (MQ=255)
                 aTTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTa                    <  1:6092361/36‑1 (MQ=255)
                 aTTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTa                    >  1:6775360/1‑36 (MQ=255)
                  ttttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTAt                   >  1:183267/1‑36 (MQ=255)
                  ttttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTAt                   <  1:4492582/36‑1 (MQ=255)
                  ttttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTAt                   <  1:1668964/36‑1 (MQ=255)
                  ttttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTAt                   >  1:37349/1‑36 (MQ=255)
                   ccggagaaaaGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaa                  >  1:7455072‑M1/4‑17 (MQ=255)
                   ccggagaaaaGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaa                  >  1:7928285‑M1/4‑17 (MQ=255)
                    ttGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGt                 >  1:186326/1‑36 (MQ=255)
                     tGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGtt                >  1:4966784/1‑36 (MQ=255)
                      gagaAAAGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaagtt               >  1:5179029‑M1/1‑14 (MQ=255)
                      gagaAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTa               <  1:2107706/36‑1 (MQ=255)
                       agaAAAGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaagttg              >  1:7568638‑M1/1‑13 (MQ=255)
                       agaAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTaa              <  1:1159428/36‑1 (MQ=255)
                        gaAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTaaa             >  1:6718523/1‑36 (MQ=255)
                        gaAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTaaa             <  1:924078/36‑1 (MQ=255)
                        gaAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTaaa             >  1:235669/1‑36 (MQ=255)
                         aaaaGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAg            >  1:4991461/1‑36 (MQ=255)
                           aaGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaagttggacc          >  1:2463988‑M1/1‑9 (MQ=255)
                           aaGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaagttggaca          >  1:2703957‑M1/1‑9 (MQ=255)
                           aaGCCCGTTtgtgaactgcaccccaaaagttggaca          >  1:4491339‑M1/1‑9 (MQ=255)
                           aaGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCa          >  1:6477817/1‑36 (MQ=255)
                           aaGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCa          >  1:7552928/1‑36 (MQ=255)
                            aGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAg         <  1:950377/36‑1 (MQ=255)
                            aGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAg         >  1:5477293/1‑36 (MQ=255)
                            aGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAg         <  1:1034167/36‑1 (MQ=255)
                             gCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAgg        <  1:348094/36‑1 (MQ=255)
                             gCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAgg        <  1:2739479/36‑1 (MQ=255)
                             gCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAgg        >  1:101392/1‑36 (MQ=255)
                              cccGTTtgtgaactgcaccccaaaagttggacactc       <  1:6329230‑M1/36‑31 (MQ=255)
                              cccGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGa       <  1:1710145/36‑1 (MQ=255)
                               ccGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGaa      >  1:1191525/1‑36 (MQ=255)
                                cGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGaaa     <  1:1396128/36‑1 (MQ=255)
                                 gTTtgtgaactgcaccccaaaagttggacactcaac    <  1:3167517‑M1/36‑34 (MQ=255)
                                 gTTtgtgaactgcaccccaaaagttggacactcaac    >  1:1856683‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                 gTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAAt    <  1:304847/36‑1 (MQ=255)
                                  tttgtgaactgcaccccaaaagttggacactcaacg   >  1:4117308‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  tttgtgaactgcaccccaaaagttggacactcaacg   >  1:3947342‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  ttATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATg   <  1:943934/36‑1 (MQ=255)
                                   tATGGTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGt  <  1:2704260/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
GAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGT  >  REL606/1460939‑1461009

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG