Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,250,911 | +C | 3.8% | coding (338/2673 nt) | infB ← | translation initiation factor IF‑2 |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,250,911 | 1 | .→C | 3.8% | 8.2 0.0 ‑0.6 | 80 | coding (338/2673 nt) | infB | translation initiation factor IF‑2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/2): ref base (28/49): total (29/51) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 2.45e-01 |
TAGCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCAAG > REL606/3250876‑3250945
|
tAGCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTTtt > 1:5582875/1‑36 (MQ=255)
tAGCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCtt < 1:4785455/36‑1 (MQ=255)
aGCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.c > 1:7353994/1‑36 (MQ=255)
gCCGATTCTTCTGCCTCACGAGCGGCTTGCTCTT.cc > 1:3425986/1‑36 (MQ=38)
gCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.cc > 1:2408075/1‑36 (MQ=255)
gCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.cc > 1:3419025/1‑36 (MQ=255)
gCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTATT.cc > 1:4818347/1‑36 (MQ=255)
gCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGATTGATCCT.cc > 1:1535427/1‑36 (MQ=25)
ccGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCg > 1:7483562/1‑36 (MQ=255)
ccGATTCTTCTGCCTCACGACGCGCTTGCTCTT.CCg > 1:2831740/1‑36 (MQ=255)
ctaTTCTTCTCCCTCACTCCGTGCTTGCTCTT.CCGc < 1:3735958/34‑1 (MQ=16)
cGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGc < 1:3828570/36‑1 (MQ=255)
cGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGc > 1:6915577/1‑36 (MQ=255)
cGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGc < 1:4215646/36‑1 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCt < 1:3795685/36‑1 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCt > 1:7510967/1‑36 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCt > 1:6470664/1‑36 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCt < 1:1290410/36‑1 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCt < 1:5069816/36‑1 (MQ=255)
gATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCCCt > 1:958871/1‑36 (MQ=255)
ttcttcTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTc < 1:5885741/36‑1 (MQ=255)
ttcttcTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTc < 1:241584/36‑1 (MQ=255)
tcttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCa > 1:7689356/1‑36 (MQ=255)
tcttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCa < 1:7219587/36‑1 (MQ=255)
tcttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCa < 1:7763018/36‑1 (MQ=255)
tcctctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTTCCCGCTTc < 1:5074891/33‑1 (MQ=37)
cttctGCCTCACGACGTGCTTGCTCTT.CCGCTTCAc < 1:7122919/36‑1 (MQ=255)
cttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCAc < 1:5888761/36‑1 (MQ=255)
cttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCAc < 1:2558287/36‑1 (MQ=255)
cttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCAc < 1:2005987/36‑1 (MQ=255)
ttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACg > 1:640061/1‑36 (MQ=255)
ttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACg > 1:3839666/1‑36 (MQ=255)
ttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACg > 1:4839489/1‑36 (MQ=255)
ttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACg < 1:1973101/36‑1 (MQ=255)
ttctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACg < 1:3059226/36‑1 (MQ=255)
tctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCTCTTCACGc > 1:3104628/1‑36 (MQ=255)
tctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGc > 1:7075454/1‑36 (MQ=255)
tctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGc < 1:7742760/36‑1 (MQ=255)
tctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGc < 1:1236130/36‑1 (MQ=255)
ctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCt < 1:1513204/36‑1 (MQ=255)
ctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCt < 1:5148083/36‑1 (MQ=255)
ctGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCt < 1:4543737/36‑1 (MQ=255)
tGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTg < 1:3441645/36‑1 (MQ=255)
gCCTCACGACGGGCTTGCTCTTCCCGCTTCACGCTg > 1:1849386/1‑36 (MQ=38)
gCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTgc < 1:5228171/36‑1 (MQ=255)
gCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTgc < 1:1464785/36‑1 (MQ=255)
ccTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTgcg < 1:4937786/36‑1 (MQ=255)
tCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCt < 1:4319081/36‑1 (MQ=255)
tCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCt < 1:3557345/36‑1 (MQ=255)
tCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCt > 1:2203178/1‑36 (MQ=255)
tCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCt < 1:2551877/36‑1 (MQ=255)
tCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCt < 1:7287396/36‑1 (MQ=255)
cACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCtt < 1:4620560/36‑1 (MQ=255)
cACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCtt > 1:5853248/1‑36 (MQ=255)
cACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCtt < 1:5551653/36‑1 (MQ=255)
acgacgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTg < 1:2970324/36‑1 (MQ=255)
cgacgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCAAGCTGCGCTTGc > 1:7639371/1‑36 (MQ=255)
cgacgGGCTTGCTCTT.CCACTTCACGCTGCGCtttc > 1:1170048/1‑34 (MQ=37)
gacgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGct < 1:172020/36‑1 (MQ=255)
gacgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGct < 1:6777206/36‑1 (MQ=255)
gacgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGct < 1:4135597/36‑1 (MQ=255)
acgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGctc < 1:7462759/36‑1 (MQ=255)
acgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGctc > 1:3169832/1‑36 (MQ=255)
acgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGctc > 1:5203612/1‑36 (MQ=255)
cgGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGctct < 1:2548570/36‑1 (MQ=255)
gggCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCtt > 1:1530361/1‑36 (MQ=255)
ggCTTGCTCTTCCCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCtt < 1:7799056/36‑1 (MQ=37)
ggCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTc < 1:3902656/36‑1 (MQ=255)
ggCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTc > 1:7118200/1‑36 (MQ=255)
ggCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTc < 1:5057916/36‑1 (MQ=255)
ggCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTc > 1:7366721/1‑36 (MQ=255)
gCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTcc < 1:1220360/36‑1 (MQ=255)
gCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTcc > 1:4076119/1‑36 (MQ=255)
gCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTcc < 1:385720/36‑1 (MQ=255)
ttactctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc < 1:98168/33‑1 (MQ=255)
ttGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc > 1:7154409/1‑36 (MQ=255)
ttGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc > 1:1809527/1‑36 (MQ=255)
ttGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc < 1:5070147/36‑1 (MQ=255)
ttGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc < 1:841116/36‑1 (MQ=255)
ttGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGc > 1:6256815/1‑36 (MQ=255)
tGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCt < 1:3560843/36‑1 (MQ=255)
tGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCt < 1:602806/36‑1 (MQ=255)
gCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGTTg > 1:763687/1‑36 (MQ=255)
ctctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGc < 1:4909334/36‑1 (MQ=255)
ctctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGc < 1:4646932/36‑1 (MQ=255)
tctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCa > 1:6337293/1‑36 (MQ=255)
ctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCaa < 1:2285321/36‑1 (MQ=255)
ctT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCaa > 1:2273677/1‑36 (MQ=255)
tt.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCAAg > 1:481186/1‑36 (MQ=255)
tt.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCAAg > 1:7919152/1‑36 (MQ=255)
tt.CCGCTTCACGCTACTCTTGCTCTTCCGCTGCAAg < 1:1184184/36‑1 (MQ=37)
|
TAGCCGATTCTTCTGCCTCACGACGGGCTTGCTCTT.CCGCTTCACGCTGCGCTTGCTCTTCCGCTGCAAG > REL606/3250876‑3250945
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|