Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,541,331 A→T 16.8% intergenic (‑592/+124) yddV ← / ← yddW predicted diguanylate cyclase/predicted liprotein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,541,3310A→T16.8% 3.1 ‑4.0 0.034intergenic (‑592/+124)yddV/yddWpredicted diguanylate cyclase/predicted liprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (6/0):  ref base (11/17):  total (17/17)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.84e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

TACATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAC  >  REL606/1541300‑1541364
                               |                                 
taCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTa                               <  1:1003895/36‑1 (MQ=255)
taCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTa                               <  1:116435/36‑1 (MQ=255)
 aCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTaa                              <  1:4333302/36‑1 (MQ=255)
   atgtttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgt                            <  1:2767736/33‑1 (MQ=255)
   aTTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgt                            <  1:4944582/36‑1 (MQ=255)
    tttttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgtg                           <  1:1169236/36‑1 (MQ=255)
     ttttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTTATTTAgtgt                          >  1:2473499/1‑36 (MQ=37)
      tttATTAGGGGATTTATGGCCGTTTAACTAAGtgtg                         >  1:5490332/1‑36 (MQ=255)
       ttattaGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTgg                        <  1:3439648/36‑1 (MQ=255)
        tattaGGGGATTTATGGCTGTTTTACTAAGTGTGGt                       >  1:3509705/1‑36 (MQ=255)
        tattaGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGt                       <  1:2759367/36‑1 (MQ=255)
         attaGGGGATTTATGGCTGTTTTATTAAGTTGGGtt                      >  1:7093882/1‑36 (MQ=19)
         attaGGGGATTTATGGCTGTTTTACTAAGTTTgggt                      >  1:181636/1‑34 (MQ=37)
            aGGGGATTTATGGCTGTTTTAATAAGTGTTGTTTAt                   >  1:5362274/1‑36 (MQ=19)
              gggATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTg                 <  1:6900706/36‑1 (MQ=255)
               ggATTTATGGCTGTTTTACTAAATGTGGTTGAttta                >  1:6784838/1‑34 (MQ=25)
               ggATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGc                <  1:4219546/36‑1 (MQ=255)
                gATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCg               <  1:1251172/36‑1 (MQ=255)
                  tttATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTg             <  1:5495224/36‑1 (MQ=255)
                       ggCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTaa        <  1:6992581/36‑1 (MQ=255)
                       ggCTGTTTAACTAAGTGGGGGTAATTGCGTGGTTaa        >  1:172120/1‑36 (MQ=38)
                        gCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAt       <  1:4291198/36‑1 (MQ=255)
                        gCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAt       <  1:6205794/36‑1 (MQ=255)
                          tGTTTAACTAAGTGTTGTTAATTGCGTGGTTAAttt     >  1:6484200/1‑36 (MQ=255)
                          tGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAttt     >  1:5599302/1‑36 (MQ=255)
                          tGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAttt     >  1:1172757/1‑36 (MQ=255)
                          tGTTTAACTAAGTGGGGTTAATTGCGTGGTTAAttt     >  1:4241489/1‑36 (MQ=255)
                            tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa   <  1:7138359/36‑1 (MQ=255)
                            tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa   >  1:6814749/1‑36 (MQ=255)
                            tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa   >  1:1009678/1‑36 (MQ=255)
                             ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc  >  1:7763519/1‑36 (MQ=255)
                             ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc  >  1:851141/1‑36 (MQ=255)
                             ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc  <  1:1524486/36‑1 (MQ=255)
                             ttAACTAAGTGTGGTCAATTGCGTGGTTAATTTGAc  >  1:4584685/1‑36 (MQ=255)
                               |                                 
TACATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAC  >  REL606/1541300‑1541364

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG