Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 748,732 | +G | 5.7% | coding (1867/1977 nt) | hrsA → | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 748,732 | 1 | .→G | 5.7% | 3.5 ‑0.7 ‑0.3 | 35 | coding (1867/1977 nt) | hrsA | fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (17/16): total (19/16) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.89e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.57e-01 |
ATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCTCG > REL606/748697‑748767
|
aTAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCt < 1:4298261/36‑1 (MQ=255)
aTAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAAATTGCt > 1:4796392/1‑36 (MQ=37)
aaTGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGGAATTGGCT.gg > 1:4547467/1‑36 (MQ=255)
aaTGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.gg < 1:1644846/36‑1 (MQ=255)
aaTGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.gg < 1:7165465/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGGT.ggg > 1:7816748/1‑35 (MQ=255)
aTGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGt < 1:224804/36‑1 (MQ=255)
tGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGtt < 1:6389099/36‑1 (MQ=255)
ggCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTTGCT.GGgtt > 1:3864099/1‑36 (MQ=25)
ggCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGttt < 1:7908995/36‑1 (MQ=255)
ggCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGgtt > 1:7076936/1‑36 (MQ=255)
ggCGCGGGCGGCCTTATGGCGGACGTTGGCT.gggtc > 1:3425175/1‑33 (MQ=12)
gcgggcggTGTTATGGCGGGAATTGGGT.TGttttgg > 1:3990369/1‑33 (MQ=19)
gcgggcggTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGgc < 1:2161746/36‑1 (MQ=255)
gcgggcggTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGgc < 1:7561845/36‑1 (MQ=255)
gggcggTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGGTTTgggg > 1:6155275/1‑34 (MQ=37)
ggcggTGTTATGGCGGGAATTTGCT.GGGTTTGggcg > 1:2576282/1‑36 (MQ=9)
ggcggTGTTATGGCGGCCATTTGCTGGGTTTggggg > 1:4575755/1‑33 (MQ=16)
ggcggTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGcgcg < 1:4263043/36‑1 (MQ=255)
gcggTGTTATGGCGGCCATTTGGT.GGTTTTGGGCgg > 1:6468982/1‑36 (MQ=16)
cggTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGc < 1:4325170/36‑1 (MQ=255)
ggTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCa < 1:3226567/36‑1 (MQ=255)
tgtTATGGCGGCAATTGGTT.GGTTTGGCGCGGCAtt < 1:4207107/36‑1 (MQ=255)
ttATGGCGGCAATTTGCT.TGTTTTGCGCGGGAtttt > 1:1803020/1‑34 (MQ=16)
ttATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTTGCGCGGGAtttg > 1:5749332/1‑34 (MQ=25)
ttATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTTGCGCGGCAtttg > 1:936010/1‑34 (MQ=37)
ttATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATtgg < 1:66987/36‑1 (MQ=255)
tATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATtggt < 1:6147348/36‑1 (MQ=255)
tATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATtggt < 1:7418077/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATtggtgg > 1:6682913/1‑36 (MQ=255)
ggcggcAATTGGCT.GGTTTTGCGCGGCATTGGGggg > 1:3844486/1‑36 (MQ=37)
ggcggcAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTggg > 1:5501157/1‑36 (MQ=255)
ggcggcAATTGGCT.GGGTTGGCGCGGGTTTGGTggg > 1:1468129/1‑36 (MQ=25)
cggcAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTggggg < 1:2134730/36‑1 (MQ=255)
gcAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCt > 1:6481297/1‑36 (MQ=255)
gcAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCt < 1:7419397/36‑1 (MQ=255)
gcAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCt > 1:2876100/1‑36 (MQ=255)
aTTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCa < 1:7635211/36‑1 (MQ=255)
tGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAAt < 1:685996/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAAtc > 1:3573987/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAAtc > 1:5721808/1‑36 (MQ=255)
cT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAAtctc > 1:6185213/1‑36 (MQ=255)
t.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCTATCTCg > 1:2669987/1‑36 (MQ=255)
t.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCTCg < 1:4023824/36‑1 (MQ=255)
|
ATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCT.GGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCTCG > REL606/748697‑748767
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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