Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,660,997 | 0 | G→T | 15.7% | 8.8 ‑13.7 0.0 | 81 | 480 | tyrA | fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (15/0): ref base (22/44): total (37/44) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.15e-06 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CCAGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCACACT > REL606/2660963‑2661032
|
ccAGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGc > 1:191185/1‑36 (MQ=255)
cAGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTcc > 1:632943/1‑36 (MQ=255)
cAGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGcc < 1:7132922/36‑1 (MQ=255)
aGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTCCg > 1:5779804/1‑36 (MQ=255)
aGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCg < 1:6602586/36‑1 (MQ=255)
gAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGa < 1:3435312/36‑1 (MQ=255)
gAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGa < 1:2265420/36‑1 (MQ=255)
aaTACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGAt > 1:742097/1‑36 (MQ=255)
aaTACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGAt < 1:4370084/36‑1 (MQ=255)
aTACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTTCGATa > 1:4622984/1‑36 (MQ=37)
aTACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATa < 1:2732661/36‑1 (MQ=255)
tACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTCCGATaa > 1:2814578/1‑36 (MQ=255)
tACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTCCGATaa > 1:7692604/1‑36 (MQ=255)
tACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATaa < 1:4821989/36‑1 (MQ=255)
tACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATaa < 1:263412/36‑1 (MQ=255)
tACAATCTTTCGGTAAAGGCGGGAATTTTTCGATaa > 1:1484533/1‑36 (MQ=25)
cAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTCCGATAACt > 1:1250324/1‑36 (MQ=255)
cAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACt < 1:5539355/36‑1 (MQ=255)
cAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACt < 1:75547/36‑1 (MQ=255)
cAATCTTTAGTTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACt < 1:3738812/36‑1 (MQ=37)
aaTCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACtt < 1:7013128/36‑1 (MQ=255)
aaTCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACtt < 1:7583544/36‑1 (MQ=255)
tcttttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTg < 1:6913393/33‑1 (MQ=255)
tCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTTTCGATAACtttc > 1:859835/1‑34 (MQ=18)
cTTTCGGTAAAGGCTGTAATTTGCCGATAACTTGCt < 1:79137/36‑1 (MQ=255)
cTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCt < 1:2618941/36‑1 (MQ=255)
tttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTc < 1:3151104/36‑1 (MQ=255)
tttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTc < 1:674961/36‑1 (MQ=255)
tttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTc < 1:6884619/36‑1 (MQ=255)
ttCGGTAAAGGCGGTAATTTTCCGATAACTTGCTCa > 1:1089082/1‑36 (MQ=255)
ttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCa < 1:6913090/36‑1 (MQ=255)
ttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCa < 1:6976202/36‑1 (MQ=255)
ttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCa < 1:1950422/36‑1 (MQ=255)
ttCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCa < 1:2600844/36‑1 (MQ=255)
cGGTAAAGGCGTTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGt < 1:2306204/36‑1 (MQ=255)
cGGTAAAGGCGGTAATTTTCCGATAACTTGCTCAGt > 1:6501520/1‑36 (MQ=255)
cGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGt < 1:3711282/36‑1 (MQ=255)
ggTAAAGGCGGTAATTTTCCGATAACTTTTTCAGTa > 1:4064033/1‑36 (MQ=25)
ggTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTa < 1:858955/36‑1 (MQ=255)
ggTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTa < 1:4907001/36‑1 (MQ=255)
ggTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTa < 1:4993098/36‑1 (MQ=255)
gTAAAGGCGGTAATTTTTCGATAACTTTCTCCGTaa > 1:1837837/1‑36 (MQ=12)
gTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTaa < 1:5667849/36‑1 (MQ=255)
gTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTaa < 1:5224118/36‑1 (MQ=255)
tAAAGGCGGTAATTTTCCGATAACTTTTTCCGTaaa > 1:6077974/1‑35 (MQ=16)
tAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAAc < 1:4386430/36‑1 (MQ=255)
aaaGGCGGTAATTTTCCGATAAATTTCTCAGTAACg > 1:6768775/1‑36 (MQ=21)
aaaGGCGGGAATTTTTCGATAACTTGCTCAGTAACg > 1:669003/1‑36 (MQ=21)
aaGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGt > 1:3403938/1‑36 (MQ=255)
aaGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGt > 1:5621222/1‑36 (MQ=255)
aaGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGt < 1:216458/36‑1 (MQ=255)
aaGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGt < 1:6615086/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTg < 1:7074872/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTg > 1:7493646/1‑36 (MQ=255)
gCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGa < 1:7454781/36‑1 (MQ=255)
gCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGa > 1:4575897/1‑36 (MQ=255)
ggTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGAtt > 1:6791397/1‑36 (MQ=255)
ggTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGAtt < 1:3952865/36‑1 (MQ=255)
ggTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGAtt > 1:93950/1‑36 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTg > 1:2079078/1‑36 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTg > 1:5889760/1‑36 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTg > 1:165564/1‑36 (MQ=255)
gTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTg > 1:3482052/1‑36 (MQ=255)
tAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTgg > 1:2177293/1‑36 (MQ=255)
aaTTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGc > 1:4783430/1‑36 (MQ=255)
aaTTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGc < 1:5306429/36‑1 (MQ=255)
aaTTTGACGATAACTTGCCCAGTAACGTGGATTGGc < 1:620136/36‑1 (MQ=37)
aTTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGca < 1:3135229/36‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGca < 1:3771840/36‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGca < 1:4577281/36‑1 (MQ=255)
tttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcac < 1:4970939/36‑1 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:3674864/1‑36 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:2890762/1‑36 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:2189738/1‑36 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:7699874/1‑36 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:7702057/1‑36 (MQ=255)
ttGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGcaca > 1:6096322/1‑36 (MQ=255)
tGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCacac < 1:7903177/36‑1 (MQ=255)
tGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCacac > 1:6427824/1‑36 (MQ=255)
tGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCacac > 1:867948/1‑36 (MQ=255)
tGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCacac < 1:5403078/36‑1 (MQ=255)
gCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCACACt < 1:3562557/36‑1 (MQ=255)
|
CCAGAATACAATCTTTCGGTAAAGGCGGTAATTTGCCGATAACTTGCTCAGTAACGTGGATTGGCACACT > REL606/2660963‑2661032
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|