Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 860,112 +G 5.4% coding (8/1839 nt) yliA → fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606860,1121.→G 5.4% 3.3 ‑2.9 ‑0.037coding (8/1839 nt)yliAfused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (7/28):  total (9/28)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.41e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.52e-01

ACACAGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCA  >  REL606/860077‑860142
                                    |                               
acacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGc                                  <  1:6246236/36‑1 (MQ=255)
acacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGc                                  <  1:2211305/36‑1 (MQ=255)
 cacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.g                                <  1:3672862/36‑1 (MQ=255)
 cacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.g                                >  1:3438867/1‑36 (MQ=255)
  acaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.gg                               >  1:3886022/1‑36 (MQ=255)
   caGTGATGAACTTGCTGCCGGTAATGTGCTGTC.GGt                              <  1:3903383/36‑1 (MQ=25)
   caGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt                              <  1:7330920/36‑1 (MQ=255)
    aGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.gggt                             >  1:8238034/1‑34 (MQ=255)
    aGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt.t                            <  1:5609676/36‑1 (MQ=255)
      tgatgaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt.ttt                          >  1:706317/1‑34 (MQ=255)
        atgaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGaaa                        <  1:7805876/36‑1 (MQ=255)
          gaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGTAAAt                      >  1:684125/1‑36 (MQ=255)
          gaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAAt                      <  1:7730065/36‑1 (MQ=255)
           aaCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGCGGGT.TGTAAAt                      >  1:510995/1‑36 (MQ=21)
           aaCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TTTAAAtt                     >  1:7361696/1‑35 (MQ=25)
            aCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCt                    <  1:2868268/36‑1 (MQ=255)
             cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGCGGGT.TGaaaaatt                    >  1:4821650/1‑33 (MQ=21)
             cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg                   <  1:2844047/36‑1 (MQ=255)
             cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg                   <  1:3939230/36‑1 (MQ=255)
             cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg                   <  1:2752090/36‑1 (MQ=255)
              ttGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGa                  <  1:7376930/36‑1 (MQ=255)
               tGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGaa                 <  1:3716163/36‑1 (MQ=255)
                gATGCCGGTAATGTGGTGGC.GGT.TGAAAATCTGAat                <  1:3040147/36‑1 (MQ=255)
                gATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAat                <  1:3466028/36‑1 (MQ=255)
                 aTGCCGGTAATGTGCTGGC.GGG.TGGAAATATGTatt               >  1:1247064/1‑35 (MQ=16)
                  tGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAatat              <  1:7733281/36‑1 (MQ=255)
                  tGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAatat              <  1:6981240/36‑1 (MQ=255)
                   gCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATAtt             <  1:1419322/36‑1 (MQ=255)
                     cGGTAATGTGCTGGC.GGTGTGAAAA.ATGAATAtttt           >  1:5672410/1‑34 (MQ=12)
                       gTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCt         <  1:5604227/36‑1 (MQ=255)
                       gTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCt         <  1:4770056/36‑1 (MQ=255)
                        tAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCtt        <  1:1607552/36‑1 (MQ=255)
                         aaTGTGCTGGC.GGT.TTTAAAACTTTATATTTTCttt       >  1:24336/1‑36 (MQ=2)
                         aaTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCttt       <  1:2006101/36‑1 (MQ=255)
                          aTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGGATATTACCTTTa      >  1:1582814/1‑36 (MQ=37)
                          aTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTa      <  1:6513120/36‑1 (MQ=255)
                           tgtgCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTAt     <  1:1576317/36‑1 (MQ=255)
                            gtgCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATg    <  1:5755855/36‑1 (MQ=255)
                              gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa  <  1:6519626/36‑1 (MQ=255)
                              gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa  <  1:7393745/36‑1 (MQ=255)
                              gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa  <  1:5238472/36‑1 (MQ=255)
                              gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa  <  1:8037403/36‑1 (MQ=255)
                              gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa  <  1:902325/36‑1 (MQ=255)
                                    |                               
ACACAGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCA  >  REL606/860077‑860142

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG