New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 277140951 (0.960)4 (0.080) 3/60 NT 8.9% intergenic (‑219/‑33) cysD/iap sulfate adenylyltransferase subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion
?REL606 4412609 = 31 (0.500)intergenic (‑376/‑158) ECB_04076/ytfA putative oxoacyl reductase/predicted transcriptional regulator

TGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATG  >  REL606/2771374‑2771444
                                    |                                     
tGTTTTAGCTCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGt                                       <  1:5612431/36‑1 (MQ=255)
 gTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGG.GGT..a                                    <  1:3937847/36‑1 (MQ=255)
 gTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..a                                    <  1:2137516/36‑1 (MQ=255)
  ttttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aa                                   <  1:1624927/36‑1 (MQ=255)
   tttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaa                                  <  1:6174494/36‑1 (MQ=255)
   tttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaa                                  <  1:2105897/36‑1 (MQ=255)
    ttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaaa                                 <  1:4801091/36‑1 (MQ=255)
    ttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaaa                                 <  1:4621318/36‑1 (MQ=255)
     tAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGG..gaaaa                                >  1:6607634/1‑36 (MQ=37)
      aGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGGtaaaaa                                 >  1:2188333‑M1/1‑30 (MQ=255)
       gcgcAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGG..gaaaaaa                              >  1:4201814/1‑36 (MQ=37)
          cAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGT..AAAAAAAtt                            >  1:8045109/1‑36 (MQ=37)
           aGCGGCAGTTTCATACTATGTC.GGT..AAAAAAATTTg                          <  1:8314114/36‑1 (MQ=255)
           aGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTg                          <  1:7464176/36‑1 (MQ=255)
            gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc                         <  1:5812333/36‑1 (MQ=255)
            gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc                         <  1:5454736/36‑1 (MQ=255)
            gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc                         <  1:5309358/36‑1 (MQ=255)
              ggCAGTTTCATACTATGGCGGGT..AAAAAAAttttat                        >  1:7896967/1‑33 (MQ=21)
              ggCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCAt                       <  1:5089807/36‑1 (MQ=255)
              ggCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCAt                       <  1:6996433/36‑1 (MQ=255)
              ggCAGGTTCATACTATGGC.GGTCGAAAAAAAttgat                         >  1:3057849/1‑33 (MQ=12)
               gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg                      <  1:2074375/36‑1 (MQ=255)
               gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg                      <  1:4625392/36‑1 (MQ=255)
               gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg                      <  1:5580765/36‑1 (MQ=255)
                cAGTTTCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttattt                       >  1:4897116‑M1/1‑20 (MQ=255)
                cAGTTTCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttattt                       >  1:1213105‑M1/1‑20 (MQ=255)
                 aGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGt                    <  1:2781119/36‑1 (MQ=255)
                   tttCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttatttttt                    >  1:4957704‑M1/1‑17 (MQ=255)
                   tttCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAt                  <  1:6204451/36‑1 (MQ=255)
                   tttCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAt                  <  1:3294289/36‑1 (MQ=255)
                     tCATACTATGGC.GGT..GAAAAAATTTTTATTGTAttt                >  1:8283382/1‑36 (MQ=16)
                     tCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAttt                <  1:3730946/36‑1 (MQ=255)
                      cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa               <  1:2061836/36‑1 (MQ=255)
                      cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa               <  1:7284443/36‑1 (MQ=255)
                      cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa               <  1:5374614/36‑1 (MQ=255)
                      cATACTATGGC.GGT..AAAAAAAAATGTATTGTAtttt               >  1:6961223/1‑35 (MQ=16)
                       aTACTATGGC.GGT..AAAAAAAATTTTATGTTAtttta              >  1:88431/1‑34 (MQ=16)
                        tACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAg             <  1:5255109/36‑1 (MQ=255)
                        tACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAg             <  1:6180963/36‑1 (MQ=255)
                         aCTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAgg            <  1:1133633/36‑1 (MQ=255)
                          cTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTGAGGa           <  1:4805817/36‑1 (MQ=255)
                            aTGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACt         <  1:4494049/36‑1 (MQ=255)
                             tGGC.GGT..AAAAAAATTTTCATGGTATTTTAGGACTc        >  1:4818075/1‑36 (MQ=37)
                             tGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTTAGGACTc        >  1:3189953/1‑36 (MQ=255)
                             tGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTc        <  1:7925815/36‑1 (MQ=255)
                             tGGC.GGT..AAAAAAAATTTCATGGTATTTTAAGACTc        >  1:1478868/1‑36 (MQ=19)
                             tGGC.GGG..AAAAAAATTTTTATGGTATTTTAGGGCTc        >  1:1296468/1‑36 (MQ=16)
                               gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc      <  1:5201149/36‑1 (MQ=255)
                               gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc      >  1:3787055/1‑36 (MQ=255)
                               gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc      <  1:4391569/36‑1 (MQ=255)
                                c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt     <  1:6721974/36‑1 (MQ=255)
                                c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt     >  1:2753764/1‑36 (MQ=255)
                                c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt     >  1:2417681/1‑36 (MQ=255)
                                c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt     >  1:1561881/1‑36 (MQ=255)
                                  ggT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTa    >  1:1516220/1‑36 (MQ=255)
                                  ggT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTa    <  1:8202623/36‑1 (MQ=255)
                                  ggT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTa    >  1:880213/1‑36 (MQ=255)
                                   gT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTAt   <  1:2777324/36‑1 (MQ=255)
                                   gT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTAt   <  1:4246900/36‑1 (MQ=255)
                                   gT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTAt   >  1:1345386/1‑36 (MQ=255)
                                   gT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTAt   <  1:8320036/36‑1 (MQ=255)
                                    t..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATg  <  1:7728087/36‑1 (MQ=255)
                                    t..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATg  <  1:8134308/36‑1 (MQ=255)
                                    t..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATg  >  1:5916883/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                     
TGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATG  >  REL606/2771374‑2771444

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG