Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 98.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)30 (0.730) 19/64 NT 96.8% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 1 (0.130)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)35 (0.850) 27/64 NT 100% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 0 (0.040)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG.................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA  >  REL606/4524522‑4524554
                                                                       
   TCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGC                                  >  1:4028586/1‑36 (MQ=32)
    CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC                                 >  1:1173358/1‑36 (MQ=35)
    CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC                                 <  1:4400817/36‑1 (MQ=35)
    CAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCC                                 <  1:2848554/36‑1 (MQ=35)
     AGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCG                                <  1:4272475/36‑1 (MQ=38)
      GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                               >  1:1683132/1‑36 (MQ=40)
      GATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGC                               >  1:2240867/1‑36 (MQ=40)
        TGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAA                             <  1:146696/36‑1 (MQ=255)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                           >  1:3446285/1‑36 (MQ=38)
          GTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACC                           <  1:2901081/36‑1 (MQ=38)
           TTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCC                          <  1:3685803/36‑1 (MQ=35)
             CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCG                        <  1:3969227/36‑1 (MQ=1)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGG                      >  1:1661376/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAATTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                     <  1:5735946/36‑1 (MQ=0)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGT                     <  1:1521643/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                  <  1:3687801/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCT                  <  1:1811718/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGGGCT                  >  1:5772552/1‑36 (MQ=0)
                    TAAGTTAGCGCTAATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTG                 <  1:4334252/36‑1 (MQ=0)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                <  1:2697847/36‑1 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                >  1:3237707/1‑36 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                <  1:2438814/36‑1 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGC                >  1:4000619/1‑36 (MQ=1)
                      AGTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCT               <  1:1607389/36‑1 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA              <  1:5530837/36‑1 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTA              <  1:4565293/36‑1 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAGCCCCGGGTGCTGCTAAT            <  1:2496134/36‑1 (MQ=0)
                         TAGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAAT            >  1:1416885/1‑36 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG           <  1:1790892/36‑1 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATG           >  1:2611123/1‑36 (MQ=1)
                           cctCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC          <  1:5775243/33‑1 (MQ=0)
                           GCGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGC          <  1:5665567/36‑1 (MQ=1)
                            CGCTTATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCG         <  1:1608590/36‑1 (MQ=1)
                                 ATGGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGC    <  1:1316326/36‑1 (MQ=1)
                                 ATGGGCCGCAACCCCGGGCGCTGCTAATGCGGATGC    >  1:4843386/1‑36 (MQ=0)
                                                                       
TCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG.................................  >  REL606/16691‑16728
...................................GGGCCGCAACCCCGGGTGCTGCTAATGCGGATGCGA  >  REL606/4524522‑4524554

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 13 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG