Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,716,099 | 0 | A→T | 10.4% | 0.1 ‑10.8 0.0 | 90 | 3109 | ECB_03460 | putative adhesin |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/0): ref base (28/50): total (40/50) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.04e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CAGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCAG > REL606/3716065‑3716134
|
cAGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAg < 1:2116784/36‑1 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTGTTAGt > 1:7088625/1‑36 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTatt > 1:5917457/1‑34 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGt > 1:6211237/1‑36 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGt > 1:5174488/1‑36 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGt > 1:1693147/1‑36 (MQ=255)
aGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGt < 1:416028/36‑1 (MQ=255)
gCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTTTTattt > 1:5040922/1‑33 (MQ=37)
gCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTg < 1:3312780/36‑1 (MQ=255)
gCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTg < 1:2611212/36‑1 (MQ=255)
gCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTg > 1:3548681/1‑36 (MQ=255)
gCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTg < 1:6354837/36‑1 (MQ=255)
catcatCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTATTgg > 1:4586561/1‑35 (MQ=255)
catcatCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGa < 1:601776/36‑1 (MQ=255)
atcatcACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAg > 1:3001422/1‑36 (MQ=255)
tcatcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAgg < 1:606690/36‑1 (MQ=255)
catcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAGGa > 1:4815248/1‑36 (MQ=255)
catcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAGGa > 1:6500904/1‑36 (MQ=255)
catcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGa > 1:2388465/1‑36 (MQ=255)
catcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGa > 1:2399997/1‑36 (MQ=255)
atcaCTAATGTCGCTAATGGTAGTATTAGTGAGGAc < 1:6399776/36‑1 (MQ=255)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTTAGGAc > 1:2342210/1‑36 (MQ=37)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTATTTAGGat > 1:1195332/1‑35 (MQ=37)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGAc > 1:2065482/1‑36 (MQ=255)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGAc < 1:4622693/36‑1 (MQ=255)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGAc < 1:1628046/36‑1 (MQ=255)
atcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGAc < 1:2801521/36‑1 (MQ=255)
tcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTTTTAGTGAGGaga > 1:3188500/1‑34 (MQ=38)
tcaCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACa < 1:2616742/36‑1 (MQ=255)
caCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAGGACAg > 1:671898/1‑36 (MQ=255)
aCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTTAGGACAGt > 1:4697066/1‑36 (MQ=37)
aCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAGGACAGt > 1:1834788/1‑36 (MQ=255)
aCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGt < 1:3332027/36‑1 (MQ=255)
aCTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGt < 1:3795981/36‑1 (MQ=255)
tAATGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGAGGACAGTAc > 1:1949941/1‑36 (MQ=255)
tAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTAc < 1:1051519/36‑1 (MQ=255)
aTGTCGCTAATGGCAGTATTAGTTAGGACAGTACCg > 1:6456225/1‑36 (MQ=255)
tGTCGCTAATGGCAGTATTTGTGCGGGCAGTACCgg > 1:1368306/1‑35 (MQ=25)
tGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGa > 1:453094/1‑36 (MQ=255)
gTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGAt < 1:3872409/36‑1 (MQ=255)
gTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGAt < 1:4774381/36‑1 (MQ=255)
gTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGAt < 1:2562564/36‑1 (MQ=255)
tCGCTAATGGCAGTATTTGTGGGGACAATACCGATg > 1:4978907/1‑36 (MQ=25)
tCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATg < 1:2246813/36‑1 (MQ=255)
tCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATg < 1:3682507/36‑1 (MQ=255)
tCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATg < 1:47049/36‑1 (MQ=255)
acGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATg < 1:3444287/35‑1 (MQ=255)
cGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGc < 1:5428946/36‑1 (MQ=255)
gCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCa < 1:4251091/36‑1 (MQ=255)
gCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCa > 1:631448/1‑36 (MQ=255)
gCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCa > 1:2067605/1‑36 (MQ=255)
gCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCa < 1:7418633/36‑1 (MQ=255)
gCTAATGGCAGTATTAGAGTGGACACTACCGATGCa > 1:6941286/1‑36 (MQ=25)
cTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAg > 1:4975892/1‑36 (MQ=255)
cTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAg < 1:5862914/36‑1 (MQ=255)
cTAATGGCAGAATTAGGGAGGAAAGAAGCGATGGAg > 1:1753399/1‑36 (MQ=2)
tAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt < 1:6287282/36‑1 (MQ=255)
tAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt < 1:6377630/36‑1 (MQ=255)
tAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt > 1:2305108/1‑36 (MQ=255)
tAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt > 1:6973408/1‑36 (MQ=255)
tAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt < 1:5409365/36‑1 (MQ=255)
tAATGGAAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGt < 1:4197845/36‑1 (MQ=255)
aaTGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATTCAGTg > 1:1042116/1‑36 (MQ=255)
aaTGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTg < 1:6964115/36‑1 (MQ=255)
aaTGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTg < 1:6114632/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGaa < 1:7261928/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGaa < 1:6652603/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGaa < 1:2326410/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGaa < 1:3309919/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAAc < 1:849884/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAAc < 1:3974000/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAAc > 1:5840260/1‑36 (MQ=255)
ggCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAAc < 1:5001802/36‑1 (MQ=255)
gCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACg < 1:756286/36‑1 (MQ=255)
gCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACg < 1:1818202/36‑1 (MQ=255)
gCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACg < 1:455712/36‑1 (MQ=255)
cAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACgg < 1:6264733/36‑1 (MQ=255)
aGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGt > 1:4443580/1‑36 (MQ=255)
aGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGt > 1:3895337/1‑36 (MQ=255)
gTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGtt > 1:4222431/1‑36 (MQ=255)
tATTAGTGAGTACAGTACCTATGCAGTGACCGTTtc < 1:6066644/36‑1 (MQ=19)
tATTAGTGAGAAAAGTACCGATACAGTGAATGGTtc > 1:2010178/1‑36 (MQ=19)
aTTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtct < 1:6597322/36‑1 (MQ=255)
aTTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtct < 1:6610378/36‑1 (MQ=255)
aTTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtct > 1:4210605/1‑36 (MQ=255)
aTTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtct > 1:1543343/1‑36 (MQ=255)
aTTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtct < 1:6206069/36‑1 (MQ=255)
ttAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTtctc < 1:5036980/36‑1 (MQ=255)
tAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCa < 1:3586792/36‑1 (MQ=255)
tAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCa > 1:5931469/1‑36 (MQ=255)
tAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCa < 1:131158/36‑1 (MQ=255)
tAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCa > 1:587765/1‑36 (MQ=255)
aGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCAg < 1:4982797/36‑1 (MQ=255)
aGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCAg > 1:5996052/1‑36 (MQ=255)
|
CAGCATCATCACTAATGTCGCTAATGGCAGTATTAGTGAGGACAGTACCGATGCAGTGAACGGTTCTCAG > REL606/3716065‑3716134
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|