Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,206,155 | G→C | 21.8% | A111G (GCA→GGA) | garL ← | alpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,206,155 | 0 | G→C | 21.8% | 7.8 ‑4.2 0.0 | 47 | 332 | garL | alpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/10): ref base (18/17): total (19/28) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.56e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
GCCGCGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACA > REL606/3206121‑3206190
|
gccgcGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGc > 1:6970849/1‑36 (MQ=255)
gccgcGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGc > 1:6730923/1‑36 (MQ=255)
cgcgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCa > 1:2131843/1‑36 (MQ=255)
cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc < 1:7818996/36‑1 (MQ=255)
cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc > 1:2034145/1‑36 (MQ=255)
cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc > 1:642994/1‑36 (MQ=255)
gAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCg < 1:4468069/36‑1 (MQ=255)
gAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCg < 1:1805108/36‑1 (MQ=255)
aaTGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGc > 1:5820926/1‑36 (MQ=255)
aaTGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGc > 1:2859946/1‑36 (MQ=255)
atcccTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGcc < 1:1476476/33‑1 (MQ=255)
aTGCCTTCCGGTTGGTAACGGGTTGATCCCAACgac > 1:2619606/1‑34 (MQ=25)
aTGCCTTCCGGTGGGTAACGGTTTGATGCCACCGcc < 1:5525388/36‑1 (MQ=255)
gCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAg < 1:3486025/36‑1 (MQ=255)
gCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAg < 1:3722951/36‑1 (MQ=255)
cTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGct > 1:5130534/1‑36 (MQ=255)
cTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGct < 1:1581744/36‑1 (MQ=255)
ttCCGGGGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctc < 1:619278/36‑1 (MQ=255)
tgccGGGGGGGAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctc < 1:95425/34‑1 (MQ=37)
tCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctct < 1:7189770/36‑1 (MQ=255)
cccGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctct < 1:253771/35‑1 (MQ=255)
ccGGGGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTg < 1:6192377/36‑1 (MQ=255)
cGGTGGGTAACGGTTTGATGCCACCGCCAGCTCTGc < 1:4023676/36‑1 (MQ=255)
gggggTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCtt < 1:5409665/34‑1 (MQ=255)
gggggAAAAGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCtt < 1:1512919/34‑1 (MQ=37)
tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc > 1:3780367/1‑36 (MQ=255)
tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc > 1:6918087/1‑36 (MQ=255)
tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc > 1:3063797/1‑36 (MQ=255)
tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc > 1:6668976/1‑36 (MQ=255)
gggTAGCGGGTTCACCCCTCCGCCAGCTCTGCTTcc < 1:1378125/36‑1 (MQ=12)
gggTAACGGTTTAAGCCCTCCGCCAGCTCTGCTTcc < 1:3544883/36‑1 (MQ=12)
ggTAACGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCct < 1:2938564/36‑1 (MQ=255)
gTAGCGGGTAGATCCCCCCGCCAGCTCTGCTTCctc < 1:328780/36‑1 (MQ=16)
gTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctc < 1:1217252/36‑1 (MQ=255)
gTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctc > 1:3038978/1‑36 (MQ=255)
tAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctct > 1:630712/1‑36 (MQ=255)
aaccGGGTTAATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCctct < 1:3836671/33‑1 (MQ=25)
accGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt < 1:2548602/34‑1 (MQ=38)
aaCGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt < 1:7029005/36‑1 (MQ=255)
aaCGGGTTGATACCCCCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt < 1:696803/36‑1 (MQ=37)
cGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt > 1:1415390/1‑36 (MQ=255)
cGGGTTGATCCCCCCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt < 1:4335250/36‑1 (MQ=37)
cGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt < 1:7720753/36‑1 (MQ=255)
gggTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTg > 1:609931/1‑36 (MQ=255)
gggTTGATGACAACGCCAGCTCTGCTTTCTCttttt > 1:3623621/1‑35 (MQ=21)
ggTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGt < 1:5733601/36‑1 (MQ=255)
gacgCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCt < 1:2386746/33‑1 (MQ=255)
gATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCt > 1:4768180/1‑36 (MQ=255)
gCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACa > 1:1858659/1‑36 (MQ=255)
gCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACa > 1:6885252/1‑36 (MQ=255)
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GCCGCGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACA > REL606/3206121‑3206190
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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