Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC REL606 1,733,288 8 bp x 2 100% duplication pykF → pyruvate kinase

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1733288 =60 (1.110)14 (0.260) 11/66 NT 17.8% coding (324/1413 nt) pykF pyruvate kinase
?REL606 = 1733295 69 (1.200)coding (331/1413 nt) pykF pyruvate kinase

AAATCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGG  >  REL606/1733253‑1733323
                                   |                                   
tatcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatga                                     <  1:3526090‑M1/1‑1 (MQ=255)
tatcggcaacagcgaaatggttgcggcaacgtatga                                     <  1:4563227‑M1/1‑1 (MQ=255)
aaaTCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTa                                     <  1:7054265/36‑1 (MQ=255)
 atcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaa                                    <  1:5903441‑M1/2‑1 (MQ=255)
 atcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaa                                    >  1:7032399‑M1/35‑36 (MQ=255)
 atcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaa                                    <  1:5017698‑M1/2‑1 (MQ=255)
 agcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaa                                    >  1:6257207‑M1/35‑36 (MQ=255)
 aaTCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTaa                                    >  1:6678432/1‑36 (MQ=255)
 aaTCTGTTATCGGCAACAGCCAAATGGTTGCGGTaa                                    >  1:3058459/1‑36 (MQ=255)
  tcggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaac                                   >  1:4758208‑M1/34‑36 (MQ=255)
  aTCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAAc                                   >  1:6076638/1‑36 (MQ=255)
   tCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACg                                  <  1:4106930/36‑1 (MQ=255)
    ggcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaacgt                                 >  1:2416581‑M1/32‑36 (MQ=255)
    ctattACCGACAACAGCAAAATGGTTGCGGTAACGt                                 <  1:6380987/33‑1 (MQ=16)
    cTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGt                                 >  1:1235345/1‑36 (MQ=255)
    cTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGt                                 <  1:1339791/36‑1 (MQ=255)
    cTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGt                                 <  1:1916821/36‑1 (MQ=255)
     tGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTa                                >  1:3830757/1‑36 (MQ=255)
     tGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTa                                <  1:3370015/36‑1 (MQ=255)
     tGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTa                                <  1:327466/36‑1 (MQ=255)
     tGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTa                                <  1:4574619/36‑1 (MQ=255)
     gcaacagcgaaatggttgcggtaacgtatgaacgta                                >  1:7108537‑M1/31‑36 (MQ=255)
      gTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTAt                               <  1:6366669/36‑1 (MQ=255)
      gTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTAt                               >  1:2372664/1‑36 (MQ=255)
        tATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTAtaa                             >  1:2336926/1‑34 (MQ=255)
        tATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGa                             <  1:3526090‑M2/36‑2 (MQ=255)
        tATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGCAACGTATGa                             <  1:4563227‑M2/36‑2 (MQ=255)
         agcggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                            >  1:6257207‑M2/3‑34 (MQ=255)
         aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                            >  1:7032399‑M2/1‑34 (MQ=255)
         aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                            <  1:5017698‑M2/36‑3 (MQ=255)
         aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                            <  1:5903441‑M2/36‑3 (MQ=255)
          tCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaac                           >  1:4758208‑M2/1‑33 (MQ=255)
          tCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAg                           >  1:7131193/1‑36 (MQ=255)
          agcgaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAg                           <  1:2711219‑M1/11‑1 (MQ=255)
            ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgt                         >  1:2416581‑M2/1‑31 (MQ=255)
            ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                         <  1:782535/36‑1 (MQ=255)
            ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                         <  1:2840912/36‑1 (MQ=255)
            ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                         >  1:2738154/1‑36 (MQ=255)
            ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                         >  1:2600002/1‑36 (MQ=255)
            cgaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGt                         <  1:6673123‑M1/13‑1 (MQ=255)
             gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                        <  1:6638639‑M1/14‑1 (MQ=255)
             gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                        <  1:4320091‑M1/14‑1 (MQ=255)
             gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                        <  1:7401000‑M1/14‑1 (MQ=255)
             gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgta                        >  1:7108537‑M2/1‑30 (MQ=255)
             gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                        <  1:5729166/36‑1 (MQ=255)
             gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                        <  1:1470680/36‑1 (MQ=255)
             gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                        <  1:3931183/36‑1 (MQ=255)
               atcAGCTAAATGGTTGCGGTAACGTATGAATTTTTc                      <  1:7241989/34‑1 (MQ=21)
               aaCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTc                      <  1:5926530/36‑1 (MQ=255)
                aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                     >  1:4467460/1‑36 (MQ=255)
                aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                     >  1:1549386/1‑36 (MQ=255)
                aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                     >  1:4297001/1‑36 (MQ=255)
                aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                     <  1:6567663/36‑1 (MQ=255)
                aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGGTTCa                     >  1:7224289/1‑36 (MQ=255)
                 cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                    >  1:7201213/1‑36 (MQ=255)
                 cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                    <  1:5990057/36‑1 (MQ=255)
                 cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                    <  1:1064778/36‑1 (MQ=255)
                 cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                    <  1:5037395/36‑1 (MQ=255)
                 cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                    <  1:4870785/36‑1 (MQ=255)
                  aGCGGAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                   >  1:3572291/1‑36 (MQ=255)
                  aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaag                   <  1:2711219‑M2/36‑12 (MQ=255)
                  aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                   <  1:6765741/36‑1 (MQ=255)
                  aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                   <  1:2274920/36‑1 (MQ=255)
                  aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                   >  1:4932160/1‑36 (MQ=255)
                  aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                   <  1:6143087/36‑1 (MQ=255)
                    ttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGTTTCactac                 <  1:6802879‑M1/21‑1 (MQ=255)
                    cGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggt                 <  1:6673123‑M2/36‑14 (MQ=255)
                     gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                <  1:6638639‑M2/36‑15 (MQ=255)
                     gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                <  1:7401000‑M2/36‑15 (MQ=255)
                     gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                <  1:4320091‑M2/36‑15 (MQ=255)
                     gAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCactact                >  1:5502249/1‑36 (MQ=255)
                     gAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCactact                >  1:5595914/1‑36 (MQ=255)
                      aaaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTg               >  1:5655397/1‑36 (MQ=255)
                       aaTGGTTGGGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa              <  1:6255582/36‑1 (MQ=255)
                       aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa              <  1:1880479/36‑1 (MQ=255)
                       aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa              >  1:2068739/1‑36 (MQ=255)
                       aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa              <  1:7191146/36‑1 (MQ=255)
                       aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa              >  1:5723904/1‑36 (MQ=255)
                        aTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGAc             <  1:4056894/36‑1 (MQ=255)
                           gTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctg          >  1:1556781/1‑36 (MQ=255)
                            ttGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtttcactac         <  1:6802879‑M2/36‑22 (MQ=255)
                            acgtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgt         >  1:5666042‑M1/8‑36 (MQ=255)
                             tGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtc        <  1:3279965/36‑1 (MQ=255)
                             cgtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtc        >  1:996711‑M1/7‑36 (MQ=255)
                              gtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtct       <  1:4302961‑M1/31‑1 (MQ=255)
                              gCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtct       <  1:769303/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctg      >  1:3381996/1‑36 (MQ=255)
                               cGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctg      >  1:5303888/1‑36 (MQ=255)
                                ggTAGCGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt     <  1:2144675/36‑1 (MQ=255)
                                ggTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt     <  1:6753983/36‑1 (MQ=255)
                                ggTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt     <  1:4196238/36‑1 (MQ=255)
                                ggTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt     >  1:7234925/1‑36 (MQ=255)
                                 gTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGtt    <  1:2845414/36‑1 (MQ=255)
                                 gTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGtt    >  1:4538560/1‑36 (MQ=255)
                                  tAACGTATGAAGGTTTCACTACTGTCCTGTCTGTTg   <  1:5311922/36‑1 (MQ=255)
                                  tAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg   <  1:3850389/36‑1 (MQ=255)
                                  gAACGTATGAGGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg   >  1:7050129‑M1/2‑36 (MQ=255)
                                  gAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg   >  1:45104‑M1/2‑36 (MQ=255)
                                   AACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTgg  <  1:970412‑M1/36‑1 (MQ=255)
                                   AACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGGTgg  <  1:1759118‑M1/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
AAATCTGTTATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGG  >  REL606/1733253‑1733323

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG