Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,142,287 | +G | 6.5% | coding (845/1101 nt) | trmA ← | tRNA (uracil‑5‑)‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,142,287 | 1 | .→G | 6.5% | 4.1 ‑3.1 ‑0.1 | 31 | coding (845/1101 nt) | trmA | tRNA (uracil‑5‑)‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (5/24): total (7/24) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.52e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.52e-01 |
CGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGT > REL606/4142252‑4142321
|
cGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGc < 1:7435044/36‑1 (MQ=255)
cGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGc < 1:5987908/36‑1 (MQ=255)
gCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTTCAGGC.g > 1:403974/1‑36 (MQ=255)
gCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.g < 1:7003437/36‑1 (MQ=255)
gCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.g > 1:608797/1‑36 (MQ=255)
gCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.g < 1:3693765/36‑1 (MQ=255)
gCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.g > 1:5479378/1‑36 (MQ=255)
aCTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.ggg > 1:4196508/1‑35 (MQ=255)
cttaTAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGtt < 1:5552931/33‑1 (MQ=255)
cTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGtt < 1:4696969/36‑1 (MQ=255)
tGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGttt > 1:3066918/1‑35 (MQ=255)
tGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTa < 1:3996163/36‑1 (MQ=255)
gATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTaa < 1:1319172/36‑1 (MQ=255)
aTAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTaaa < 1:2963930/36‑1 (MQ=255)
aTAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTaaa < 1:4267499/36‑1 (MQ=255)
tAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGGTTaaa > 1:2428900/1‑36 (MQ=38)
aaCTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGGTTaaat > 1:1593793/1‑35 (MQ=37)
aaCTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACt < 1:5539382/36‑1 (MQ=255)
aCTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTc < 1:1225562/36‑1 (MQ=255)
tctTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTcgc < 1:1225693/36‑1 (MQ=255)
ctTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTcgcg < 1:3927574/36‑1 (MQ=255)
tttAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCgcgc < 1:5067436/36‑1 (MQ=255)
ttAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGca < 1:491555/36‑1 (MQ=255)
tAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGGTAAAATCtcgccg > 1:5658790/1‑34 (MQ=21)
aaGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTTAAATCgcgcccc > 1:6366460/1‑33 (MQ=25)
aaGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCTcaca < 1:2588691/36‑1 (MQ=255)
aaGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGcaca < 1:3438736/36‑1 (MQ=255)
aaGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGcaca < 1:2191324/36‑1 (MQ=255)
aaGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGcaca < 1:1410562/36‑1 (MQ=255)
tCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCa < 1:3530227/36‑1 (MQ=255)
cccTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCAt < 1:4373347/36‑1 (MQ=255)
ccTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATc < 1:7198805/36‑1 (MQ=255)
gCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCt < 1:1842741/36‑1 (MQ=255)
gCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCt < 1:6777893/36‑1 (MQ=255)
aGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGa > 1:3878621/1‑36 (MQ=255)
ggC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAg < 1:6659813/36‑1 (MQ=255)
ggC.GGTTAAACGAACACACACCATTAATCCGCTGAg > 1:7918452/1‑36 (MQ=2)
gC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGt < 1:1911606/36‑1 (MQ=255)
gC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGt < 1:19774/36‑1 (MQ=255)
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CGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGC.GGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGT > REL606/4142252‑4142321
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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