Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 129,997 | +G | 5.1% | coding (1499/1893 nt) | aceF → | dihydrolipoamide acetyltransferase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 129,997 | 1 | .→G | 5.1% | 3.2 ‑2.4 ‑0.1 | 39 | coding (1499/1893 nt) | aceF | dihydrolipoamide acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (10/27): total (12/27) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.91e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.37e-01 |
GACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCA > REL606/129962‑130032
|
gACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGt < 1:5194620/36‑1 (MQ=255)
aCCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.g < 1:3847378/36‑1 (MQ=255)
aCCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.g > 1:6678562/1‑36 (MQ=255)
cccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.gg < 1:1248890/36‑1 (MQ=255)
cccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.gg < 1:3166448/36‑1 (MQ=255)
cccTGAAGAAATACATCAACAGCGGTGTGGCGGT.gg < 1:3456147/36‑1 (MQ=255)
ccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGa < 1:42134/36‑1 (MQ=255)
ccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGa < 1:3811898/36‑1 (MQ=255)
gaagaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAc < 1:32827/36‑1 (MQ=255)
aagaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAcc < 1:4697013/36‑1 (MQ=255)
gaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAcccc < 1:3900193/36‑1 (MQ=255)
aaTACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGa < 1:2964322/36‑1 (MQ=255)
tACATCAACATCGGTGTGGCGGA.GGATACCCCGAAc < 1:2583873/36‑1 (MQ=255)
aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGGTAACCCGaaac > 1:3589406/1‑34 (MQ=21)
aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACg < 1:2968589/36‑1 (MQ=255)
aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACg < 1:3181095/36‑1 (MQ=255)
cATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGGTAATCCCAACgg > 1:1098994/1‑36 (MQ=16)
aTCAACATCGGTGTGGCGGG.GGGTATCCCCAACggg > 1:16636/1‑35 (MQ=16)
tCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTc < 1:448332/36‑1 (MQ=255)
aaCATCGGTGTGGCGGTGGGTTACCCCCAACggctg > 1:5981502/1‑33 (MQ=9)
cATCGGTGTGGCGGTGGGTTACCCCCAACGGCCTgt > 1:1526258/1‑35 (MQ=9)
cATCGGTGTGGCGGG.GGGTACACCCCACGGGCTGgt > 1:3847241/1‑36 (MQ=9)
agcGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:764961/34‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:5480052/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:7105123/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:4533024/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:7371014/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:1055098/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:2846365/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt < 1:3665397/36‑1 (MQ=255)
tCGGTGTGGCGGT.GGGTACCCCCAACGGGCTGggtg > 1:7040695/1‑36 (MQ=16)
gtgtGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTc < 1:6939362/36‑1 (MQ=255)
gtgtGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTc < 1:6469926/36‑1 (MQ=255)
tgtgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTcc < 1:4595136/36‑1 (MQ=255)
gtgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCg < 1:2693445/36‑1 (MQ=255)
tgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTTCgg > 1:6813711/1‑36 (MQ=255)
ggCGGT.GGATACCCCGAGCGGTCTGGTTGTTCCGGt < 1:7382925/36‑1 (MQ=255)
ggCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGt > 1:5918259/1‑36 (MQ=255)
cgCGGA.GGATCCCCCGAGCGGTCTGGTTGTTCCGGt < 1:2638371/35‑1 (MQ=21)
cGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAt < 1:3877122/36‑1 (MQ=255)
ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTTCGGTAtt > 1:2873954/1‑36 (MQ=255)
ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAtt > 1:5604653/1‑36 (MQ=255)
ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAtt < 1:7451778/36‑1 (MQ=255)
gT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTc > 1:2860988/1‑36 (MQ=255)
gT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTc < 1:7315046/36‑1 (MQ=255)
t.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCa < 1:6414856/36‑1 (MQ=255)
t.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCa > 1:313247/1‑36 (MQ=255)
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GACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCA > REL606/129962‑130032
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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