Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,675,280 | 0 | G→T | 10.1% | 0.9 ‑4.7 0.0 | 70 | 21 | yiaN | predicted transporter |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/1): ref base (24/37): total (32/38) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.08e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
GCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCC > REL606/3675245‑3675315
|
gCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTg < 1:648164/36‑1 (MQ=255)
aaGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTTTggg > 1:1669836/1‑36 (MQ=255)
aaGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTggg < 1:5128823/36‑1 (MQ=255)
aGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTTGGc < 1:4694783/36‑1 (MQ=255)
ggAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTTTTGGct > 1:5178671/1‑36 (MQ=38)
ggAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTTTTGGct > 1:5920569/1‑36 (MQ=38)
ggAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTggggt > 1:33734/1‑34 (MQ=255)
ggAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGct < 1:4571809/36‑1 (MQ=255)
ggAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGct < 1:5815134/36‑1 (MQ=255)
ggAGCTTAATCATGGCTGGGCTGTTTTTTCTTGGct > 1:836114/1‑36 (MQ=25)
aGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGctgt < 1:6211619/36‑1 (MQ=255)
cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGTctttct > 1:1103310/1‑36 (MQ=37)
cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGctgtct < 1:896759/36‑1 (MQ=255)
cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGctgtct < 1:6938883/36‑1 (MQ=255)
cTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGctgtct < 1:828100/36‑1 (MQ=255)
ttAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTTGGctgtctg > 1:5362928/1‑36 (MQ=255)
tAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTTGGgtgtctgt > 1:5684767/1‑36 (MQ=25)
tAATCATGGCTGTGCTGATTTTTATTGGgtgtttgt > 1:5524710/1‑36 (MQ=19)
aaTCATGGCTGTGCTGATTTTTCTTGGCTGTCTTtt > 1:6697543/1‑36 (MQ=37)
aaTCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGtt < 1:5801114/36‑1 (MQ=255)
aTCATGGCTGTGGTGATTTTTTTTGGCTGTCTTttt > 1:4320030/1‑35 (MQ=12)
tCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTgg < 1:71119/36‑1 (MQ=255)
tCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTgg < 1:959703/36‑1 (MQ=255)
aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggt < 1:5660177/36‑1 (MQ=255)
aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggt < 1:4922248/36‑1 (MQ=255)
aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggt < 1:7031146/36‑1 (MQ=255)
aTGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggt < 1:1279127/36‑1 (MQ=255)
tGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtt > 1:190145/1‑35 (MQ=255)
ggCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtgg > 1:3205727/1‑36 (MQ=255)
gCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt < 1:5416815/36‑1 (MQ=255)
gCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGggtggt < 1:5656010/36‑1 (MQ=255)
cTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTa < 1:3700371/36‑1 (MQ=255)
tgtgCTGACTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTAt < 1:521453/36‑1 (MQ=255)
gtgCTGATTTTTCTGGTCTGTCTGTTTGGTGGTAtt > 1:4508840/1‑36 (MQ=37)
gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTAtt > 1:4258470/1‑36 (MQ=255)
gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTAtt < 1:6390211/36‑1 (MQ=255)
gtgCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTAtt > 1:4013233/1‑36 (MQ=255)
tgCTGATTTTTCGGGGATGTCTGTTGGGTGGTATTg > 1:6678793/1‑36 (MQ=25)
gCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGc < 1:1151314/36‑1 (MQ=255)
gCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGc > 1:1692634/1‑36 (MQ=255)
gCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGc > 1:5924394/1‑36 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt > 1:7395537/1‑36 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt < 1:5093498/36‑1 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt > 1:7927339/1‑36 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt < 1:5570153/36‑1 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt < 1:236893/36‑1 (MQ=255)
cTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCt > 1:2446023/1‑36 (MQ=255)
gATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTAt > 1:1692122/1‑36 (MQ=255)
gATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTAt < 1:7325608/36‑1 (MQ=255)
aTTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATc < 1:2163164/36‑1 (MQ=255)
aTTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATc > 1:5989459/1‑36 (MQ=255)
aTTTATCTGGGCTGTCTGTTGTTTGGTATTGCTATc < 1:1850371/36‑1 (MQ=25)
tttttCTGGGCTGTCTGTTTGGTGGTATTGCTCTCg > 1:2993729/1‑36 (MQ=37)
tttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCg > 1:2584157/1‑36 (MQ=255)
tttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCg < 1:421155/36‑1 (MQ=255)
tttttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCg < 1:6523434/36‑1 (MQ=255)
tttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGt < 1:520278/36‑1 (MQ=255)
tttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGt < 1:1510832/36‑1 (MQ=255)
tttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGt < 1:12491/36‑1 (MQ=255)
ttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGtt > 1:6997133/1‑36 (MQ=255)
ttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGtt < 1:969104/36‑1 (MQ=255)
ttCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGtt > 1:5361370/1‑36 (MQ=255)
tCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGttt < 1:5974403/36‑1 (MQ=255)
tCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGttt > 1:4837500/1‑36 (MQ=255)
cTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTg < 1:5131661/36‑1 (MQ=255)
cTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTg < 1:3976691/36‑1 (MQ=255)
cTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTg > 1:1267913/1‑36 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGttttc > 1:7232809/1‑34 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc < 1:5834556/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc < 1:5590030/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc > 1:5520404/1‑36 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc < 1:7516536/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc > 1:3312246/1‑36 (MQ=255)
tGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGc > 1:1397907/1‑36 (MQ=255)
gggCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGcc < 1:6372675/36‑1 (MQ=255)
gggCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGcc > 1:7048468/1‑36 (MQ=255)
gggCTGTCTGTTGGGTGGTATTGATATCGGTTTGcc > 1:210678/1‑36 (MQ=255)
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GCAAGGAGCTTAATCATGGCTGTGCTGATTTTTCTGGGCTGTCTGTTGGGTGGTATTGCTATCGGTTTGCC > REL606/3675245‑3675315
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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