Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,605,1720A→T11.5% 7.1 ‑10.1 0.082895yhjEpredicted transporter
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (11/0):  ref base (25/46):  total (36/46)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.29e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

TAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTA  >  REL606/3605138‑3605207
                                  |                                   
tAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAt                                    <  1:7217234/36‑1 (MQ=255)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTTATGATGGCAGTTTtt                                   >  1:7254066/1‑36 (MQ=37)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTtt                                   >  1:1832132/1‑36 (MQ=255)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt                                   <  1:7158744/36‑1 (MQ=255)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt                                   <  1:4208858/36‑1 (MQ=255)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt                                   <  1:145825/36‑1 (MQ=255)
 aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt                                   <  1:354036/36‑1 (MQ=255)
  aCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTttt                                  >  1:2489312/1‑35 (MQ=255)
  aCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTttt                                  >  1:5089593/1‑35 (MQ=255)
    gAAGTGTTGTGTATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                <  1:915158/36‑1 (MQ=255)
    gAAGTGTTGTGGATGTTTATGATGGCAGTTTTTTGt                                >  1:5031431/1‑36 (MQ=25)
    gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGt                                >  1:1134085/1‑36 (MQ=37)
    gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGt                                >  1:5350606/1‑36 (MQ=255)
    gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                <  1:768524/36‑1 (MQ=255)
    gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                <  1:6722407/36‑1 (MQ=255)
     aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtt                               >  1:2717020/1‑36 (MQ=37)
     aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtt                               <  1:3337736/36‑1 (MQ=255)
      aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGttt                              >  1:2497223/1‑36 (MQ=255)
      aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGttt                              <  1:1123617/36‑1 (MQ=255)
      aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGAAGTTATTTGttt                              >  1:7093255/1‑36 (MQ=37)
       gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGtttt                             >  1:3546473/1‑36 (MQ=255)
       gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtttt                             <  1:6207974/36‑1 (MQ=255)
        tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt                            >  1:4132071/1‑35 (MQ=37)
        tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt                            >  1:5875105/1‑35 (MQ=37)
         gttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtttttg                           >  1:2790230/1‑34 (MQ=25)
         gttgtGGATGTTGATGATGGCAGGTTTTTGtttttg                           >  1:930578/1‑34 (MQ=21)
          ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc                          <  1:6562820/36‑1 (MQ=255)
          ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc                          <  1:4238587/36‑1 (MQ=255)
            gtgGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCgg                        >  1:5424003/1‑35 (MQ=37)
             tgGATGTTGATGATGGCAGGTATTGGTTTTTGCGTg                       >  1:3833189/1‑36 (MQ=37)
              ggATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCGTGa                      >  1:2998661/1‑36 (MQ=37)
              ggATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGa                      <  1:5032756/36‑1 (MQ=255)
               gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                     >  1:711958/1‑36 (MQ=255)
               gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                     >  1:3344826/1‑36 (MQ=255)
               gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                     <  1:1261845/36‑1 (MQ=255)
                aTGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATg                    >  1:6447157/1‑36 (MQ=255)
                 tGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATgg                   <  1:3544338/36‑1 (MQ=255)
                  gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGTTGGt                  >  1:4863535/1‑36 (MQ=255)
                  gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                  <  1:6223081/36‑1 (MQ=255)
                  gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                  <  1:2925670/36‑1 (MQ=255)
                  gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                  <  1:2348085/36‑1 (MQ=255)
                  gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                  <  1:7368785/36‑1 (MQ=255)
                  gTTGATGAAGGAAGATATTGATATTGGCGTGATGGt                  <  1:3062759/36‑1 (MQ=12)
                   ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATGTTg                 >  1:248059/1‑36 (MQ=25)
                   ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTg                 <  1:5309050/36‑1 (MQ=255)
                    tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTgg                >  1:6024983/1‑35 (MQ=255)
                    tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc                >  1:7199251/1‑36 (MQ=255)
                    tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc                <  1:1494204/36‑1 (MQ=255)
                     gatgatGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATTGTgtc               >  1:2836417/1‑34 (MQ=21)
                     gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc               <  1:4559770/36‑1 (MQ=255)
                     gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc               <  1:4234508/36‑1 (MQ=255)
                     gatgatGGCAGTTATCGGTTTTGGCGTGATGGTGcc               <  1:4406820/36‑1 (MQ=255)
                      atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa              <  1:6116905/36‑1 (MQ=255)
                      atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa              <  1:4659361/36‑1 (MQ=255)
                      atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa              >  1:4221091/1‑36 (MQ=255)
                       tgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAg             <  1:1244744/36‑1 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTTTCGTGATGGTGCCAGt            >  1:5833213/1‑36 (MQ=25)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            <  1:6379380/36‑1 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            >  1:6704869/1‑36 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            <  1:3426260/36‑1 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            >  1:3659053/1‑36 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            <  1:4935626/36‑1 (MQ=255)
                        gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt            <  1:4783914/36‑1 (MQ=255)
                         atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc           <  1:37499/36‑1 (MQ=255)
                         atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc           <  1:1216669/36‑1 (MQ=255)
                         atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc           <  1:3282053/36‑1 (MQ=255)
                         atgGCAGTTATTGGTTTGGGCGTGATGGTGCCAGTc           <  1:2719634/36‑1 (MQ=255)
                          tgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCg          <  1:115693/36‑1 (MQ=255)
                            gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt        >  1:996412/1‑36 (MQ=255)
                            gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt        >  1:635822/1‑36 (MQ=255)
                            gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt        >  1:4708609/1‑36 (MQ=255)
                              aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg      <  1:3394760/36‑1 (MQ=255)
                              aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg      <  1:2764726/36‑1 (MQ=255)
                              aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg      <  1:2028086/36‑1 (MQ=255)
                               gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa     <  1:3530770/36‑1 (MQ=255)
                               gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa     <  1:5068069/36‑1 (MQ=255)
                               gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa     >  1:5035598/1‑36 (MQ=255)
                                ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt    >  1:2813813/1‑36 (MQ=255)
                                ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt    <  1:2203177/36‑1 (MQ=255)
                                ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt    <  1:4938445/36‑1 (MQ=255)
                                 tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt   <  1:1919669/36‑1 (MQ=255)
                                 tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt   >  1:1726230/1‑36 (MQ=255)
                                  aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGCTTa  >  1:6861846/1‑36 (MQ=255)
                                  aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTa  <  1:1736488/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
TAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTA  >  REL606/3605138‑3605207

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG