Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,605,172 | 0 | A→T | 11.5% | 7.1 ‑10.1 0.0 | 82 | 895 | yhjE | predicted transporter |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (11/0): ref base (25/46): total (36/46) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.29e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTA > REL606/3605138‑3605207
|
tAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAt < 1:7217234/36‑1 (MQ=255)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTTATGATGGCAGTTTtt > 1:7254066/1‑36 (MQ=37)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTtt > 1:1832132/1‑36 (MQ=255)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt < 1:7158744/36‑1 (MQ=255)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt < 1:4208858/36‑1 (MQ=255)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt < 1:145825/36‑1 (MQ=255)
aaCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTAtt < 1:354036/36‑1 (MQ=255)
aCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTttt > 1:2489312/1‑35 (MQ=255)
aCGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTttt > 1:5089593/1‑35 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGTATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt < 1:915158/36‑1 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTTATGATGGCAGTTTTTTGt > 1:5031431/1‑36 (MQ=25)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGt > 1:1134085/1‑36 (MQ=37)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGt > 1:5350606/1‑36 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt < 1:768524/36‑1 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt < 1:6722407/36‑1 (MQ=255)
aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtt > 1:2717020/1‑36 (MQ=37)
aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtt < 1:3337736/36‑1 (MQ=255)
aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGttt > 1:2497223/1‑36 (MQ=255)
aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGttt < 1:1123617/36‑1 (MQ=255)
aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGAAGTTATTTGttt > 1:7093255/1‑36 (MQ=37)
gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGtttt > 1:3546473/1‑36 (MQ=255)
gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtttt < 1:6207974/36‑1 (MQ=255)
tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt > 1:4132071/1‑35 (MQ=37)
tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt > 1:5875105/1‑35 (MQ=37)
gttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtttttg > 1:2790230/1‑34 (MQ=25)
gttgtGGATGTTGATGATGGCAGGTTTTTGtttttg > 1:930578/1‑34 (MQ=21)
ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc < 1:6562820/36‑1 (MQ=255)
ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc < 1:4238587/36‑1 (MQ=255)
gtgGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCgg > 1:5424003/1‑35 (MQ=37)
tgGATGTTGATGATGGCAGGTATTGGTTTTTGCGTg > 1:3833189/1‑36 (MQ=37)
ggATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCGTGa > 1:2998661/1‑36 (MQ=37)
ggATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGa < 1:5032756/36‑1 (MQ=255)
gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt > 1:711958/1‑36 (MQ=255)
gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt > 1:3344826/1‑36 (MQ=255)
gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt < 1:1261845/36‑1 (MQ=255)
aTGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATg > 1:6447157/1‑36 (MQ=255)
tGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATgg < 1:3544338/36‑1 (MQ=255)
gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGTTGGt > 1:4863535/1‑36 (MQ=255)
gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt < 1:6223081/36‑1 (MQ=255)
gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt < 1:2925670/36‑1 (MQ=255)
gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt < 1:2348085/36‑1 (MQ=255)
gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt < 1:7368785/36‑1 (MQ=255)
gTTGATGAAGGAAGATATTGATATTGGCGTGATGGt < 1:3062759/36‑1 (MQ=12)
ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATGTTg > 1:248059/1‑36 (MQ=25)
ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTg < 1:5309050/36‑1 (MQ=255)
tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTgg > 1:6024983/1‑35 (MQ=255)
tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc > 1:7199251/1‑36 (MQ=255)
tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc < 1:1494204/36‑1 (MQ=255)
gatgatGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATTGTgtc > 1:2836417/1‑34 (MQ=21)
gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc < 1:4559770/36‑1 (MQ=255)
gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc < 1:4234508/36‑1 (MQ=255)
gatgatGGCAGTTATCGGTTTTGGCGTGATGGTGcc < 1:4406820/36‑1 (MQ=255)
atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa < 1:6116905/36‑1 (MQ=255)
atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa < 1:4659361/36‑1 (MQ=255)
atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa > 1:4221091/1‑36 (MQ=255)
tgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAg < 1:1244744/36‑1 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTTTCGTGATGGTGCCAGt > 1:5833213/1‑36 (MQ=25)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt < 1:6379380/36‑1 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt > 1:6704869/1‑36 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt < 1:3426260/36‑1 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt > 1:3659053/1‑36 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt < 1:4935626/36‑1 (MQ=255)
gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt < 1:4783914/36‑1 (MQ=255)
atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc < 1:37499/36‑1 (MQ=255)
atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc < 1:1216669/36‑1 (MQ=255)
atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc < 1:3282053/36‑1 (MQ=255)
atgGCAGTTATTGGTTTGGGCGTGATGGTGCCAGTc < 1:2719634/36‑1 (MQ=255)
tgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCg < 1:115693/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt > 1:996412/1‑36 (MQ=255)
gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt > 1:635822/1‑36 (MQ=255)
gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt > 1:4708609/1‑36 (MQ=255)
aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg < 1:3394760/36‑1 (MQ=255)
aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg < 1:2764726/36‑1 (MQ=255)
aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg < 1:2028086/36‑1 (MQ=255)
gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa < 1:3530770/36‑1 (MQ=255)
gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa < 1:5068069/36‑1 (MQ=255)
gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa > 1:5035598/1‑36 (MQ=255)
ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt > 1:2813813/1‑36 (MQ=255)
ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt < 1:2203177/36‑1 (MQ=255)
ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt < 1:4938445/36‑1 (MQ=255)
tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt < 1:1919669/36‑1 (MQ=255)
tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt > 1:1726230/1‑36 (MQ=255)
aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGCTTa > 1:6861846/1‑36 (MQ=255)
aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTa < 1:1736488/36‑1 (MQ=255)
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TAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTA > REL606/3605138‑3605207
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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