Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,032,399 | 1 | .→G | 3.4% | 0.6 ‑2.9 0.0 | 59 | coding (398/549 nt) | ymbA | hypothetical protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (12/45): total (14/45) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.32e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGT > REL606/1032364‑1032434
|
cTATGATGGCAAGGTCATTGTCGGTGGTGAGTGGCt < 1:1037325/36‑1 (MQ=255)
cTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCt < 1:595165/36‑1 (MQ=255)
cTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCt < 1:6606908/36‑1 (MQ=255)
cTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCt > 1:6918093/1‑36 (MQ=255)
tATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.g < 1:7936498/36‑1 (MQ=255)
tATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.g > 1:2963959/1‑36 (MQ=255)
tATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.g < 1:6019584/36‑1 (MQ=255)
atgattGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.Gt < 1:5462089/36‑1 (MQ=255)
atgatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGTT.gg > 1:3710317/1‑35 (MQ=255)
atgatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.gg > 1:3783905/1‑35 (MQ=255)
atgatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.Gt < 1:442315/36‑1 (MQ=255)
tgatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.Gtt < 1:1975871/36‑1 (MQ=255)
gatgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTg < 1:632905/36‑1 (MQ=255)
gataGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTg < 1:3381848/36‑1 (MQ=255)
atgGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.Gtttt > 1:5532848/1‑34 (MQ=255)
ggCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGTac > 1:4554311/1‑36 (MQ=255)
cAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGGTTGAacc > 1:2033673/1‑36 (MQ=37)
gaGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAaccac < 1:2947696/35‑1 (MQ=255)
aaGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAaccac < 1:937839/36‑1 (MQ=255)
aGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAaccacc < 1:7358859/36‑1 (MQ=255)
ggTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAAccacca < 1:3609354/36‑1 (MQ=255)
ggTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAAccacca < 1:714507/36‑1 (MQ=255)
gTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAg < 1:951735/36‑1 (MQ=255)
gTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAg < 1:5839907/36‑1 (MQ=255)
tCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAgg < 1:2444328/36‑1 (MQ=255)
tCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GGTGGaccccccag > 1:4255976/1‑33 (MQ=19)
cATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAggg < 1:6918503/36‑1 (MQ=255)
cATTGTCAG.GGTGAGTGGCT.GTTTAACCACCAGGGa < 1:4485758/36‑1 (MQ=37)
aTTGTCAGTGGTGAGTGGCTGGTTGAGCCCCCGggg > 1:3484240/1‑36 (MQ=16)
aTTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGa < 1:1090648/36‑1 (MQ=255)
ttGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGAc < 1:7668607/36‑1 (MQ=255)
ttGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGAc < 1:6722663/36‑1 (MQ=255)
tGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACa < 1:7700549/36‑1 (MQ=255)
tCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAAc < 1:5967342/36‑1 (MQ=255)
cAGTGGTGAGTGGCT.GTTGTAACACCAGGGGGAACt > 1:4929432/1‑36 (MQ=19)
cAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACt < 1:4692238/36‑1 (MQ=255)
cAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACt < 1:6537910/36‑1 (MQ=255)
cAGTGGTGAGTGGCT.GGTTTAACACCAGGGAGaaat > 1:4928890/1‑34 (MQ=9)
aGTGGTGAGTGGCT.GGTGAACCACCCGGGACTAccg > 1:4134905/1‑34 (MQ=21)
gtggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGa < 1:4505177/36‑1 (MQ=255)
gtggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGa < 1:3803700/36‑1 (MQ=255)
gtggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGa < 1:6746765/36‑1 (MQ=255)
tggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGAt < 1:5283527/36‑1 (MQ=255)
ggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATc < 1:1840863/36‑1 (MQ=255)
ggtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATc < 1:3975222/36‑1 (MQ=255)
gtgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCa < 1:1964859/36‑1 (MQ=255)
tgAGTGGCT.GTTGAACCACCGGGGACAACTGATCaa < 1:1962473/36‑1 (MQ=255)
tgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCaa < 1:5995777/36‑1 (MQ=255)
tgAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCaa < 1:1473721/36‑1 (MQ=255)
gAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCaaa < 1:7918579/36‑1 (MQ=255)
aatGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAAc < 1:1623294/34‑1 (MQ=255)
aGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAAc < 1:6006235/36‑1 (MQ=255)
aGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAAc < 1:2862944/36‑1 (MQ=255)
aGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAAc < 1:6882275/36‑1 (MQ=255)
aGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAAc < 1:3385121/36‑1 (MQ=255)
tGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGt > 1:1705663/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtc < 1:681096/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtc < 1:7430521/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtc > 1:7823631/1‑36 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc < 1:3817413/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc > 1:87756/1‑36 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc < 1:4650949/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc > 1:5392562/1‑36 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc < 1:3178094/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtcc < 1:3172842/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtccg < 1:5182644/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtccg > 1:6981444/1‑36 (MQ=255)
cT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtccg > 1:2115612/1‑36 (MQ=255)
t.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGtccgt < 1:808459/36‑1 (MQ=255)
|
CTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCT.GTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGT > REL606/1032364‑1032434
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|