New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 16728NA (NA)4 (0.100) 4/60 NT 14.3% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 2448493 = 24 (0.530)intergenic (+24/+26) nupC/yfeA nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase

Only 100 of 146 total aligned reads displayed.

TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763
                                   |                                   
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:2943346‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2864236‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:3465070‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2225827‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:5883979‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:5421678‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4627699‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4611646‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:3759113‑M1/1‑36 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:2810654‑M1/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:4969008‑M1/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:5576006‑M1/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:43190‑M1/36‑2 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:2947575‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:3600495‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:4949701‑M1/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:758852‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGGTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:375989‑M1/1‑34 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  <  1:4272475‑M1/36‑4 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGatt                                  >  1:4649009‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGatt                                  <  1:4065111‑M1/36‑4 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:1155421/1‑36 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:4103315/1‑36 (MQ=32)
    gATGGTTCAACCCTTAGGGTAGCGGTTATGGGATCa                                 >  1:1250406/1‑36 (MQ=11)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgc                                 >  1:1683132‑M1/1‑32 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattc                                 <  1:3547216‑M1/36‑5 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGaatt                                 <  1:1157751‑M1/36‑5 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 >  1:3152562/1‑36 (MQ=35)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcg                                >  1:1089676‑M1/1‑31 (MQ=255)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCAc                                >  1:2269035/1‑36 (MQ=38)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcga                               <  1:3503536‑M1/36‑7 (MQ=255)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                               <  1:3173353/36‑1 (MQ=40)
       ggTTCACCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaa                              <  1:1896529‑M1/36‑8 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaa                              <  1:303236‑M1/36‑8 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              <  1:1130384/36‑1 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              >  1:4217147/1‑36 (MQ=255)
        gTTCAACCGTTAAGTTAGCGCTTATGGGataattcc                             <  1:5585479‑M1/36‑9 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTACGTCCGCGCTTCTGNNNTCAcgca                             >  1:1989467/1‑33 (MQ=9)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacc                             >  1:3446285‑M1/1‑28 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaac                             >  1:4697022‑M1/1‑28 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                             >  1:4773607/1‑36 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccc                            <  1:3685803‑M1/36‑10 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaacc                            <  1:288610‑M1/36‑10 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                            >  1:5034811/1‑36 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTCAGCCCATATGGNNNCCCCccc                            >  1:2031889/1‑36 (MQ=2)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:5586613/36‑1 (MQ=40)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccg                          <  1:3969227‑M1/36‑12 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccg                         >  1:3958077‑M1/1‑24 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         >  1:2579347/1‑36 (MQ=38)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccggg                        >  1:1661376‑M1/1‑23 (MQ=255)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccgg                        >  1:1617944‑M1/1‑23 (MQ=255)
              cccTTAATTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:5735946‑M1/36‑15 (MQ=255)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:1521643‑M1/36‑15 (MQ=255)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccgga                       <  1:534183‑M1/36‑15 (MQ=255)
               ccTTAAGTAAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGt                      <  1:400151/36‑1 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGtt                     >  1:5089451/1‑36 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgct                    <  1:3687801‑M1/36‑18 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgct                    <  1:1811718‑M1/36‑18 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggggct                    >  1:5772552‑M1/1‑19 (MQ=255)
                  tAATTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgca                   <  1:1406782‑M1/36‑19 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   >  1:2462076/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   >  1:152390/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   >  1:44921/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTAATGGGccgcaaccccgggtgctg                   <  1:4334252‑M1/36‑19 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgc                  >  1:4000619‑M1/1‑17 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgc                  <  1:2438814‑M1/36‑20 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgc                  >  1:3237707‑M1/1‑17 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgc                  <  1:2697847‑M1/36‑20 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcag                  >  1:4906171‑M1/1‑17 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGataattccccggttttttt                  <  1:5170960‑M1/36‑20 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgct                 <  1:1607389‑M1/36‑21 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagc                 >  1:1262190‑M1/1‑16 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgcta                <  1:4565293‑M1/36‑22 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACt                <  1:5811156/36‑1 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACt                >  1:5819467/1‑36 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaat              >  1:1416885‑M1/1‑13 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa              >  1:1058293/1‑36 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             >  1:2611123‑M1/1‑12 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             <  1:1790892‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagctttt             <  1:809709‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagctttt             <  1:5404389‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGataattccccggtttttttacgcc             <  1:3033985‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTAc             >  1:5167654/1‑36 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgc            <  1:5665567‑M1/36‑26 (MQ=255)
                          cgcTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcg           <  1:1608590‑M1/36‑27 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTTCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:60388/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACtag          >  1:1677384/1‑34 (MQ=255)
                            cTTATGGGattcgaaccccggatgcagcttttgacc         <  1:4043771‑M1/36‑29 (MQ=255)
                            cTTATGGGattcgaaccccggatgcagcttttgacc         <  1:1510695‑M1/36‑29 (MQ=255)
                               aTGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgc      <  1:1316326‑M1/36‑32 (MQ=255)
                               aTGGGccgcaaccccgggcgctgctaatgcggatgc      >  1:4843386‑M1/1‑5 (MQ=255)
                                 gggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcata    >  1:5606204‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                  ggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatac   >  1:2142485‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:2893614/1‑36 (MQ=255)
                                  ggATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   <  1:5322495/36‑1 (MQ=255)
                                   gataattccccggtttttttacgcctgttaatcagc  <  1:1393054‑M1/36‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:1928904/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:2193216/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:2242984/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:3347699/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG