Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | 100% | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3894997 | 3901930 | 6934 | 77 [1] | [0] 63 | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 57 (1.010) | 36/64 | NT | 100% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901931 = | 0 (0.000) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
CCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGG > REL606/3901896‑3901966
|
cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 1:3023244‑M2/1‑1 (MQ=255)
cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 1:7305990‑M2/1‑1 (MQ=255)
gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:1624707‑M2/2‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:4833706‑M2/3‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:7705569‑M2/34‑36 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:3538333‑M2/3‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:4710063‑M2/34‑36 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:7136559‑M2/34‑36 (MQ=255)
gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaTGtt > 1:3311491‑M2/33‑36 (MQ=255)
gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGgta > 1:4167577‑M2/33‑35 (MQ=255)
gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt < 1:2609794‑M2/4‑1 (MQ=255)
gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt > 1:4482414‑M2/33‑36 (MQ=255)
gtttaactgtccaacgttttggggtcagtacaGGtt < 1:4319256‑M2/4‑1 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggttagtacaGGTTg > 1:8226643‑M2/32‑36 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggtcagtacagggag < 1:5584253‑M2/5‑4 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggtcagtacaTGTTg > 1:5908830‑M2/32‑36 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaTGTtga < 1:1624369‑M2/6‑2 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaTGTtga < 1:5231184‑M2/6‑2 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:5407903‑M2/31‑36 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:2825879‑M2/31‑36 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc < 1:7670961‑M2/6‑1 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGGTGc < 1:7786761‑M2/6‑1 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc < 1:2825816‑M2/7‑1 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc > 1:3778376‑M2/30‑36 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc > 1:6553673‑M2/29‑36 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc < 1:6680120‑M2/8‑1 (MQ=255)
actgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 1:5874836‑M2/28‑36 (MQ=255)
actgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa < 1:76155‑M2/9‑1 (MQ=255)
ctgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg > 1:967041‑M2/27‑36 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg < 1:8477120‑M2/11‑1 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg < 1:3430011‑M2/11‑1 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:2605940‑M2/12‑1 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:4755067‑M2/12‑1 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:5094003‑M2/12‑1 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:7815033‑M2/12‑1 (MQ=255)
tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg > 1:3508877‑M2/24‑36 (MQ=255)
tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:1222132‑M2/13‑1 (MQ=255)
ccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGa < 1:5912454‑M2/14‑1 (MQ=255)
caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 1:5767882‑M2/22‑36 (MQ=255)
actttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCa > 1:1083409‑M2/20‑36 (MQ=255)
ctttttgtggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:2153779‑M2/18‑1 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 1:3430241‑M2/19‑36 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:3431494‑M2/18‑1 (MQ=255)
tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc < 1:5555194‑M2/19‑1 (MQ=255)
tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc < 1:5212371‑M2/19‑1 (MQ=255)
tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc < 1:4565127‑M2/19‑1 (MQ=255)
ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 1:7798038‑M2/20‑1 (MQ=255)
ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa > 1:2798417‑M2/17‑36 (MQ=255)
ttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCa < 1:2804682‑M2/20‑1 (MQ=255)
tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc < 1:1104239‑M2/21‑1 (MQ=255)
tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc < 1:5712223‑M2/23‑1 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:741927‑M2/24‑1 (MQ=255)
gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg < 1:7969831‑M2/25‑1 (MQ=255)
ggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCTcgccgc < 1:4317586‑M2/26‑1 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc < 1:3281441‑M2/27‑1 (MQ=255)
cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa > 1:7714081‑M2/8‑36 (MQ=255)
agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 1:2868249‑M2/7‑36 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:7358151‑M2/33‑1 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:1787008‑M2/33‑1 (MQ=255)
aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg > 1:5404303‑M2/2‑36 (MQ=255)
aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg < 1:3777699‑M2/35‑1 (MQ=255)
GGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg < 1:2675262‑M2/36‑1 (MQ=255)
GGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACggg > 1:1609349‑M2/1‑36 (MQ=255)
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CCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGGG > REL606/3901896‑3901966
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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