New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 16728NA (NA)26 (0.680) 19/60 NT 78.8% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 2713428 = 7 (0.160)noncoding (77/93 nt) serV tRNA‑Ser

GCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTC  >  REL606/2713393‑2713463
                                   |                                   
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:5576006‑M2/1‑1 (MQ=255)
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     >  1:4999701‑M2/36‑36 (MQ=255)
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:4969008‑M2/1‑1 (MQ=255)
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:3003959‑M2/1‑1 (MQ=255)
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:43190‑M2/1‑1 (MQ=255)
tcagatggttcaacccttaagttagcgcttatggga                                     <  1:2810654‑M2/1‑1 (MQ=255)
 cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:758852‑M2/35‑36 (MQ=255)
 cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:3600495‑M2/35‑36 (MQ=255)
 cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    <  1:4949701‑M2/2‑1 (MQ=255)
 cagatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:2947575‑M2/35‑36 (MQ=255)
 cagatgggtcaacccttaagttagcgcttatgggAt                                    >  1:375989‑M2/35‑36 (MQ=255)
  tGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGAtt                                   <  1:5175329/36‑1 (MQ=255)
  agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggata                                   >  1:1283424‑M2/34‑35 (MQ=255)
  agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   >  1:3984910‑M2/34‑36 (MQ=255)
  agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   <  1:3219038‑M2/3‑1 (MQ=255)
  agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   <  1:4065111‑M2/3‑1 (MQ=255)
  agatggttcaacccttaagttagcgcttatgggAtt                                   >  1:4649009‑M2/34‑36 (MQ=255)
   gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggaatt                                  >  1:3351763‑M2/33‑33 (MQ=255)
   gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggaatt                                  <  1:1157751‑M2/4‑4 (MQ=255)
   gatggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTc                                  <  1:3547216‑M2/4‑1 (MQ=255)
    atggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCg                                 >  1:1089676‑M2/32‑36 (MQ=255)
     tggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGa                                <  1:3503536‑M2/6‑1 (MQ=255)
      ggttcaccccttaagttagcgcttatgggATTCGaa                               <  1:1896529‑M2/7‑1 (MQ=255)
      ggttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGaa                               <  1:303236‑M2/7‑1 (MQ=255)
      ggctcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGaa                               >  1:520245‑M2/30‑36 (MQ=255)
       gttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAc                              >  1:4697022‑M2/29‑36 (MQ=255)
        ttcaacccttaagttagcgcttatgggATTCGAAcc                             <  1:288610‑M2/9‑1 (MQ=255)
           aacccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCg                          >  1:3958077‑M2/25‑36 (MQ=255)
            acccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCgg                         >  1:1617944‑M2/24‑36 (MQ=255)
             cccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGa                        <  1:534183‑M2/14‑1 (MQ=255)
              ccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGAt                       <  1:560613‑M2/15‑1 (MQ=255)
              ccttaagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGAt                       >  1:1663129‑M2/22‑36 (MQ=255)
               cAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATg                      <  1:1726340/36‑1 (MQ=255)
                 taatttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCa                    <  1:1406782‑M2/18‑1 (MQ=255)
                  aagttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAg                   >  1:4906171‑M2/18‑36 (MQ=255)
                   agttagcgcttatgggATTCGACCCCCGGATGCAGc                  <  1:5369947‑M2/20‑1 (MQ=255)
                   agttagcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGc                  >  1:1262190‑M2/17‑36 (MQ=255)
                      cagcgcttatgggCTTCGAACCCCGGATGCAGCttt               <  1:89715‑M2/23‑1 (MQ=255)
                       agcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt              <  1:5404389‑M2/24‑1 (MQ=255)
                       agcgcttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCtttt              <  1:809709‑M2/24‑1 (MQ=255)
                           cttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:1510695‑M2/28‑1 (MQ=255)
                           cttatgggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:4043771‑M2/28‑1 (MQ=255)
                           aGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:5268773/36‑1 (MQ=255)
                           aGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGAcc          <  1:5799494/36‑1 (MQ=255)
                             gCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGc        >  1:5175090/1‑36 (MQ=255)
                               ggggATTCCAACCCCCTATGCAGCTTTTTACCGCAt      <  1:864917/36‑1 (MQ=19)
                                gggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATa     >  1:5606204‑M2/4‑36 (MQ=255)
                                 gnNNNCGAACCCCGGATGCAGCNTTTGACCGCATAc    <  1:2828692/36‑1 (MQ=38)
                                 ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc    >  1:2142485‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                 ggATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATAc    >  1:1144852‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                  gATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACt   >  1:2185013‑M2/2‑36 (MQ=255)
                                   ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTc  <  1:5205010‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   ATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTc  <  1:1859924‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
GCTGAGCTACGGATGCAAATGGCGGTGAGGCGGGGATTCGAACCCCGGATGCAGCTTTTGACCGCATACTC  >  REL606/2713393‑2713463

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG