Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 63,483 | +T | 8.1% | coding (2586/2907 nt) | hepA ← | ATP‑dependent helicase HepA |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 63,483 | 1 | .→T | 8.1% | 6.9 ‑2.9 ‑0.0 | 37 | coding (2586/2907 nt) | hepA | ATP‑dependent helicase HepA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (7/27): total (10/27) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.71e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.22e-01 |
CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGT > REL606/63448‑63517
|
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg > 1:345808/1‑36 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t < 1:2056361/36‑1 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t < 1:3551846/36‑1 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt > 1:536403/1‑34 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt < 1:6445914/36‑1 (MQ=255)
ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggtt > 1:6929055/1‑33 (MQ=255)
ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.a < 1:3720277/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.ttgt > 1:4188914/1‑34 (MQ=255)
gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt < 1:4944312/36‑1 (MQ=255)
gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt < 1:4618371/36‑1 (MQ=255)
gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt < 1:7282597/36‑1 (MQ=255)
tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTT.AAAGGt > 1:6848547/1‑36 (MQ=37)
tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGtt < 1:7020630/36‑1 (MQ=255)
tgACGATTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGtt < 1:3960162/36‑1 (MQ=255)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt < 1:6370177/36‑1 (MQ=255)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt < 1:5294672/36‑1 (MQ=255)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGgtt > 1:2174079/1‑36 (MQ=255)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GT.TAAGGttt > 1:833499/1‑36 (MQ=37)
gACGATTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt < 1:7511467/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGCGGG.TT.AAAGGttt > 1:3711320/1‑36 (MQ=37)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTc < 1:921535/36‑1 (MQ=255)
ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTGTAAGGtttaa > 1:1620418/1‑34 (MQ=21)
gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTT.AAAGGTTTTaa > 1:3095124/1‑36 (MQ=25)
gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCaaa < 1:4397028/36‑1 (MQ=255)
gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCaaa < 1:7153925/36‑1 (MQ=255)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct < 1:6781069/36‑1 (MQ=255)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct < 1:5616978/36‑1 (MQ=255)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct < 1:3093465/36‑1 (MQ=255)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GGCTT.AAAGGTTT.AAActct > 1:3232948/1‑36 (MQ=21)
ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTa < 1:2989099/36‑1 (MQ=255)
cgcgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTAc < 1:4274422/36‑1 (MQ=255)
gcgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTAcc < 1:1855556/36‑1 (MQ=255)
cgTTAAGCTTGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCt < 1:1439962/36‑1 (MQ=255)
cgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCt < 1:1911363/36‑1 (MQ=255)
gTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTg < 1:6094149/36‑1 (MQ=255)
aaGCTGGC.GG.TT.TAAGGTTTCTAACTCTCCCCgcgc > 1:5570703/1‑36 (MQ=19)
aGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgcc < 1:987079/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgccg < 1:4312531/36‑1 (MQ=255)
cTGGC.GG.CT.AAAGGGTTCAAACTCTACCTGtgccgc > 1:4354771/1‑36 (MQ=25)
tGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCgccgcc < 1:7839801/36‑1 (MQ=255)
gC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg < 1:7231683/36‑1 (MQ=255)
gC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg < 1:1416204/36‑1 (MQ=255)
c.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg > 1:3692298/1‑36 (MQ=255)
c.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg < 1:2511953/36‑1 (MQ=255)
gg.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt > 1:5480105/1‑36 (MQ=255)
gg.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt < 1:1906540/36‑1 (MQ=255)
|
CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGT > REL606/63448‑63517
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|