Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,958,499 G→T 11.0% D126Y (GAT→TAT)  xerC → site‑specific tyrosine recombinase XerC

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,958,4990G→T11.0% 3.3 ‑4.6 0.070376xerCsite‑specific tyrosine recombinase XerC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (9/0):  ref base (34/27):  total (43/27)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.02e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

CGACGTCGACGATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCA  >  REL606/3958465‑3958534
                                  |                                   
cgacgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa                                    <  1:6021945/36‑1 (MQ=255)
cgacgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa                                    <  1:2166334/36‑1 (MQ=255)
cgacgtcgaagATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa                                    <  1:6727177/36‑1 (MQ=255)
  acgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGata                                  >  1:3500532/1‑36 (MQ=255)
   cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat                                 <  1:2428467/36‑1 (MQ=255)
   cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat                                 >  1:5947124/1‑36 (MQ=255)
   cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat                                 <  1:81332/36‑1 (MQ=255)
    ttcgacgATATGAATCGGATAATGGATATTGATATc                                <  1:6087228/35‑1 (MQ=21)
    gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGGTATTTATATc                                >  1:4629572/1‑36 (MQ=37)
    gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTTATCTc                                >  1:5758721/1‑36 (MQ=37)
    gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATc                                >  1:1708209/1‑36 (MQ=255)
    gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATc                                <  1:2797261/36‑1 (MQ=255)
     tcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGCTATCa                               >  1:2043795/1‑36 (MQ=255)
      cgacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCaa                              >  1:3304928/1‑36 (MQ=255)
      cgacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCaa                              >  1:1031454/1‑36 (MQ=255)
       gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCaaa                             >  1:4395022/1‑35 (MQ=255)
       gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATTTCAAc                             >  1:6001522/1‑36 (MQ=255)
       gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAAc                             >  1:1923671/1‑36 (MQ=255)
       gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAAc                             <  1:1430626/36‑1 (MQ=255)
       gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATACCAAc                             >  1:185337/1‑36 (MQ=255)
        acgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACg                            >  1:3720362/1‑36 (MQ=255)
        acgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACg                            >  1:7386474/1‑36 (MQ=255)
        acgaTATGAATCGGCTGCTGCATATTGATATCAACg                            >  1:2142324/1‑36 (MQ=255)
         cgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATTAACGa                           >  1:7434229/1‑36 (MQ=255)
         cgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGa                           >  1:3775531/1‑36 (MQ=255)
          gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGAt                          >  1:5353395/1‑36 (MQ=255)
          gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATTTCAACGAt                          >  1:3404412/1‑36 (MQ=255)
          gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGAt                          <  1:3420343/36‑1 (MQ=255)
          gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGAt                          <  1:4374531/36‑1 (MQ=255)
           atatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATc                         >  1:7072844/1‑36 (MQ=255)
           atatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATc                         >  1:1471423/1‑36 (MQ=255)
            tatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATcc                        >  1:3457422/1‑36 (MQ=255)
             atGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATccc                       >  1:5817459/1‑36 (MQ=255)
             atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc                       <  1:3790398/36‑1 (MQ=255)
             atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc                       <  1:6722125/36‑1 (MQ=255)
             atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc                       >  1:1909262/1‑36 (MQ=255)
             atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc                       <  1:1531372/36‑1 (MQ=255)
               gAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCt                     >  1:5358083/1‑36 (MQ=255)
               gAAGCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCt                     <  1:6302472/36‑1 (MQ=255)
                aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACTATCCCCTc                    >  1:6456351/1‑36 (MQ=255)
                aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTc                    <  1:5043304/36‑1 (MQ=255)
                aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTc                    >  1:2641982/1‑36 (MQ=255)
                 aTCGGCTGCTGGGTATTGATTTCAACGATCCCCTCg                   >  1:3738186/1‑36 (MQ=37)
                 aTCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATCCCCTCg                   >  1:4857555/1‑36 (MQ=255)
                 aTCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATCCCCTCg                   >  1:413297/1‑36 (MQ=255)
                 aTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCg                   <  1:1160119/36‑1 (MQ=255)
                  tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc                  >  1:7353480/1‑36 (MQ=255)
                  tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc                  >  1:1365043/1‑36 (MQ=255)
                  tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc                  >  1:7432529/1‑36 (MQ=255)
                  tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc                  >  1:7494809/1‑36 (MQ=255)
                   cGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCt                 <  1:658286/36‑1 (MQ=255)
                   cGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCt                 >  1:2828650/1‑36 (MQ=255)
                    ggCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTg                >  1:5368742/1‑36 (MQ=255)
                     gctgctGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGt               >  1:7022520/1‑36 (MQ=255)
                     gctgctGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGt               <  1:7369057/36‑1 (MQ=255)
                        gctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcg            >  1:377517/1‑36 (MQ=255)
                        gctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcg            >  1:226182/1‑36 (MQ=255)
                         ctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcgc           <  1:4868340/36‑1 (MQ=255)
                          tgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcgcg          <  1:819770/36‑1 (MQ=255)
                           ggATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGa         >  1:4110584/1‑36 (MQ=255)
                            gATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAc        >  1:5196164/1‑36 (MQ=255)
                            gATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAc        <  1:4436955/36‑1 (MQ=255)
                             atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc       <  1:6553377/36‑1 (MQ=255)
                             atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc       <  1:4971551/36‑1 (MQ=255)
                             atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc       <  1:2230564/36‑1 (MQ=255)
                               atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt     <  1:6124530/36‑1 (MQ=255)
                               atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt     >  1:4765156/1‑36 (MQ=255)
                               atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt     <  1:2712629/36‑1 (MQ=255)
                                ttGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTg    >  1:6253352/1‑36 (MQ=255)
                                 tGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGc   <  1:3601762/36‑1 (MQ=255)
                                  gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCa  >  1:5835363/1‑36 (MQ=255)
                                  gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCa  >  1:1063167/1‑36 (MQ=255)
                                  gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACAGTGCa  >  1:6078641/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
CGACGTCGACGATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCA  >  REL606/3958465‑3958534

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG