Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 43,546 +G 4.9% coding (1034/1143 nt) caiA ← crotonobetaine reductase subunit II, FAD‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60643,5461.→G 4.9% 3.0 ‑0.6 ‑0.041coding (1034/1143 nt)caiAcrotonobetaine reductase subunit II, FAD‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (24/15):  total (26/15)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.24e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.14e-01

CTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTG  >  REL606/43511‑43580
                                    |                                  
cTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt                                     <  1:5116003/36‑1 (MQ=255)
cTACACGCAGGTCACGACAGAAGCGGCTGATGCggt                                     <  1:3784767/36‑1 (MQ=255)
 tACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.g                                   >  1:1248423/1‑36 (MQ=255)
 tACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.g                                   >  1:5934868/1‑36 (MQ=255)
   cacGCAGGTCACGCCAGCAGCGGCTGATGCggt.ggt                                 <  1:973362/36‑1 (MQ=255)
   cacGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGTTGCggg.ggc                                 >  1:2910091/1‑35 (MQ=25)
   cacGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.ggg                                 >  1:3925520/1‑35 (MQ=255)
   cacGCAGGTCACGACAGAGGCGGCTGATGCggt.ggt                                 <  1:515104/36‑1 (MQ=37)
    acGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGtt                                >  1:6859659/1‑36 (MQ=255)
       cAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGcc                             <  1:4730072/36‑1 (MQ=255)
        aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc                            <  1:1777810/36‑1 (MQ=255)
        aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc                            <  1:2412355/36‑1 (MQ=255)
        aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc                            <  1:987388/36‑1 (MQ=255)
        aGGTCACGCCAGAAGCCGCTGAAGGGGA.GGGTGccc                            >  1:2855675/1‑36 (MQ=16)
        aGGTCACGCCAGAAACGGCTGATGCGGT.GGTTGccc                            <  1:2101180/36‑1 (MQ=255)
         ggTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGGCCg                           >  1:6889426/1‑36 (MQ=255)
         ggTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCg                           >  1:1851136/1‑36 (MQ=255)
           tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGTGGGTTGccggg                          >  1:2356237/1‑33 (MQ=25)
           tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGTGGGTTGccgga                          >  1:4187199/1‑33 (MQ=25)
           tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCa                         <  1:4837739/36‑1 (MQ=255)
           tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCGCa                         >  1:2276564/1‑36 (MQ=255)
            cACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGA.GGTTGCCCGcca                        >  1:466524/1‑34 (MQ=37)
              cGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATc                      <  1:1143802/36‑1 (MQ=255)
               gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATcc                     <  1:6135127/36‑1 (MQ=255)
               gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATcc                     >  1:4908288/1‑36 (MQ=255)
               gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCGCAATcc                     >  1:4079562/1‑36 (MQ=255)
                ccAGAAGCGGCTGATGCGGG.GGTTTCCCCCAATccc                    >  1:5110003/1‑36 (MQ=25)
                  aGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGa                  >  1:5958614/1‑36 (MQ=255)
                   gAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCgcc                 <  1:2720719/36‑3 (MQ=255)
                   gAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGac                 <  1:619521/36‑1 (MQ=255)
                    aaGCGGCTGATGCGGT.GGTTTCCCGCAATCCCGaca                >  1:1982275/1‑36 (MQ=255)
                    aaGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGaca                >  1:580263/1‑36 (MQ=255)
                     aGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGacac               <  1:3981026/36‑1 (MQ=255)
                      gCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACAcc              <  1:5138212/36‑1 (MQ=255)
                      gCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACAcc              >  1:6070247/1‑36 (MQ=255)
                       cGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCg             >  1:4596315/1‑36 (MQ=255)
                       cGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCg             >  1:1249594/1‑36 (MQ=255)
                         gCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGcc           >  1:1933986/1‑36 (MQ=255)
                          cTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGccc          <  1:5403576/36‑1 (MQ=255)
                           tGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCa         >  1:2901149/1‑36 (MQ=255)
                            gATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCCCCCAg        >  1:7912976/1‑36 (MQ=255)
                             aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGc       >  1:6129249/1‑36 (MQ=255)
                             aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCAGACATCGACCAGc       >  1:3396838/1‑36 (MQ=21)
                             aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATACCGACACCGCCCAGc       >  1:3802080/1‑36 (MQ=255)
                              tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGcc      >  1:5516019/1‑35 (MQ=255)
                              tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCa      >  1:5913519/1‑36 (MQ=255)
                              tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCa      <  1:1102910/36‑1 (MQ=255)
                                cGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCAcc    >  1:4928233/1‑36 (MQ=255)
                                cGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCAcc    <  1:7368298/36‑1 (MQ=255)
                                 ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt   >  1:2336534/1‑36 (MQ=255)
                                 ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt   >  1:6569254/1‑36 (MQ=255)
                                 ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt   <  1:679737/36‑1 (MQ=255)
                                  gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg  <  1:6344447/36‑1 (MQ=255)
                                  gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg  <  1:1731629/36‑1 (MQ=255)
                                  gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg  <  1:3069362/36‑1 (MQ=255)
                                    |                                  
CTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTG  >  REL606/43511‑43580

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG