New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 12231153 (0.880)5 (0.080) 3/68 NT 11.1% coding (227/855 nt) ampE predicted inner membrane protein
?REL606 4291982 = 27 (0.440)intergenic (‑169/‑190) rpiR/rpiB DNA‑binding transcriptional repressor/ribose‑5‑phosphate isomerase B

TTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTC  >  REL606/122277‑122346
                                  |                                    
ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTTt                                     >  1:8384056‑M1/1‑35 (MQ=255)
ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.g                                    <  1:2835458/36‑1 (MQ=255)
ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGGTt                                     >  1:7608573‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.Ga                                   <  1:7459009/36‑1 (MQ=255)
 tGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGGTtt                                    >  1:3248164‑M1/1‑34 (MQ=255)
  gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGGT.GAt                                  >  1:2650345/1‑36 (MQ=255)
   ttCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTTtttt                                  >  1:145964‑M1/1‑32 (MQ=255)
    tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTTtgttt                                 >  1:8375090‑M1/1‑31 (MQ=255)
    tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTttt                                >  1:5657192/1‑35 (MQ=255)
    tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTttt                                >  1:7697855/1‑35 (MQ=255)
    tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTg                                <  1:2146015/36‑1 (MQ=255)
    tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGGT.GTttt                                >  1:6858578/1‑35 (MQ=37)
      aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTttttt                              >  1:8405840/1‑33 (MQ=37)
      aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTTTTGt                              >  1:7336031/1‑36 (MQ=37)
      aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GGTTTGt                              >  1:6121542/1‑36 (MQ=37)
      aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GGTTTGt                              >  1:2093833/1‑36 (MQ=37)
      aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGt                              <  1:5123650/36‑1 (MQ=255)
       agtttCACACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGtt                             <  1:348846/33‑1 (MQ=38)
       aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGtt                             <  1:582615/36‑1 (MQ=255)
       aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGtt                             <  1:1522779/36‑1 (MQ=255)
        cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGttt                            <  1:660127/36‑1 (MQ=255)
        cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGttt                            <  1:1317869/36‑1 (MQ=255)
        cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGttt                            <  1:7578591/36‑1 (MQ=255)
        cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGttt                            <  1:5209651/36‑1 (MQ=255)
        cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGgtt                            <  1:11671/36‑1 (MQ=255)
         gTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTTTTGtttt                           >  1:2043290/1‑35 (MQ=37)
          ttCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTTGGTTTGGtttt                           >  1:4972720/1‑35 (MQ=21)
          ttCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GTTTTGttttt                          >  1:7380029/1‑34 (MQ=25)
           tCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCt                         <  1:5812442/36‑1 (MQ=255)
           tCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCt                         <  1:4232713/36‑1 (MQ=255)
            cccACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCtg                        <  1:3103349/36‑1 (MQ=255)
            cccACGCTACTGATGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCtg                        <  1:2508050/36‑1 (MQ=255)
             ccACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GGTTTGTTTTCttt                       >  1:8289394/1‑34 (MQ=21)
             ccACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCtgt                       <  1:1666868/36‑1 (MQ=255)
             ccACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCtgt                       <  1:6633423/36‑1 (MQ=255)
             ccACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCtgt                       <  1:7825775/36‑1 (MQ=255)
                 gCTACTGGTGTGGCTGTT.GTTTTGTTTTCTgtgttt                   >  1:208106/1‑34 (MQ=21)
                 gCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTAt                   <  1:996286/36‑1 (MQ=255)
                  cTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTAtt                  <  1:1069424/36‑1 (MQ=255)
                     cTGGTGTTGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGgc               <  1:6504960/36‑1 (MQ=255)
                     cTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGgc               <  1:8012234/36‑1 (MQ=255)
                     cTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGgc               <  1:6418845/36‑1 (MQ=255)
                        gtgtGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCa            <  1:7875383/36‑1 (MQ=255)
                         tgtgGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAg           <  1:5769163/36‑1 (MQ=255)
                          gtgGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAgg          <  1:388965/36‑1 (MQ=255)
                          gtgGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAgg          <  1:5846055/36‑1 (MQ=255)
                           tgGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt         >  1:1282597/1‑36 (MQ=255)
                            ggCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGTGCAGGTa        >  1:4338358/1‑36 (MQ=255)
                            ggCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa        <  1:4728873/36‑1 (MQ=255)
                            ggCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa        >  1:1854639/1‑36 (MQ=255)
                            ggCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa        >  1:8355694/1‑36 (MQ=255)
                             gCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa       <  1:2332931/36‑1 (MQ=255)
                              cTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa      >  1:4729929/1‑36 (MQ=255)
                               tGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAg     >  1:1202930/1‑36 (MQ=255)
                                gTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    <  1:7827450/36‑1 (MQ=255)
                                gTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    >  1:3559346/1‑36 (MQ=255)
                                 tt.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt   <  1:3638778/36‑1 (MQ=255)
                                 tt.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt   >  1:7450525/1‑36 (MQ=255)
                                  t.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  >  1:6170190/1‑36 (MQ=255)
                                  t.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  >  1:5807643/1‑36 (MQ=255)
                                  t.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  <  1:5651766/36‑1 (MQ=255)
                                  t.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  <  1:5209162/36‑1 (MQ=255)
                                  t.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  >  1:5535149/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                    
TTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCTGTT.GATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTC  >  REL606/122277‑122346

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG