Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,211,087 | 1 | .→G | 4.0% | 2.9 ‑0.7 ‑0.1 | 50 | coding (1078/1350 nt) | lysC | aspartate kinase III |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (24/24): total (26/24) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.91e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.21e-01 |
CAGCAGAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACG > REL606/4211052‑4211121
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cagcagAGATTGCGTCAGCAACGAATCGCCAGGGGa > 1:3473154/1‑36 (MQ=37)
agcagAGATTGCGTCAGCAGCGTATCGCCAGTGGA.g < 1:2078312/36‑1 (MQ=255)
agcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.g > 1:615651/1‑36 (MQ=255)
agcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.g < 1:1612584/36‑1 (MQ=255)
gcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gg < 1:199588/36‑1 (MQ=255)
gcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gg < 1:1855764/36‑1 (MQ=255)
cagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGt < 1:2911556/36‑1 (MQ=255)
cagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGt < 1:2516785/36‑1 (MQ=255)
atagaTTACGTCAGCAACTTATCGCCAGTGGA.GGtt < 1:1510467/34‑1 (MQ=25)
agagATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gggt > 1:812040/1‑34 (MQ=255)
gagaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gggtt > 1:2568265/1‑33 (MQ=255)
gagaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTg < 1:3015601/36‑1 (MQ=255)
agaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGa > 1:10223/1‑36 (MQ=255)
agaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGa > 1:5057890/1‑36 (MQ=255)
gaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGaa > 1:2764660/1‑36 (MQ=255)
aTTTCGTCAGCACCGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAc < 1:1251739/36‑1 (MQ=37)
aTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTTaaa > 1:3701811/1‑35 (MQ=255)
aTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAc < 1:4286082/36‑1 (MQ=255)
tggCGTGAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAcc < 1:4407843/34‑1 (MQ=37)
tccGTCAGAAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCg < 1:2614752/34‑1 (MQ=37)
cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggt < 1:5498779/36‑1 (MQ=255)
cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggt < 1:2519909/36‑1 (MQ=255)
cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACAggg > 1:5196682/1‑35 (MQ=255)
gTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggtg < 1:1612990/36‑1 (MQ=255)
gTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAACggtg > 1:5386740/1‑36 (MQ=255)
tCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGAAACggggg > 1:3466368/1‑36 (MQ=21)
cAGCAACGTATCGCGAGTGGA.GGTTGAACCggtggt < 1:21121/36‑1 (MQ=255)
cAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggtggt < 1:2373802/36‑1 (MQ=255)
aGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAACgggggga > 1:5216344/1‑34 (MQ=25)
aGCAAAGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTa < 1:3828044/36‑1 (MQ=255)
gCAACGTATCGCCATTGGA.GGTTGAACCGGTTGTAt < 1:5088888/36‑1 (MQ=25)
gCAACGTATCGCCAGTGGAGGGTTAAACCgggggat > 1:4981384/1‑34 (MQ=16)
gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt < 1:3041363/36‑1 (MQ=255)
gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt < 1:1078998/36‑1 (MQ=255)
gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt < 1:4468752/36‑1 (MQ=255)
gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGAACCGGGGGCAt > 1:1199/1‑36 (MQ=25)
cAACGTATCGCCAGTGGAGGGTTTAACCGGGGGGAt > 1:3532720/1‑36 (MQ=12)
aaCGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCa > 1:4766338/1‑36 (MQ=255)
aCGTATCGCCAGTGGA.GGTTTAACCGGTGGGATCaa > 1:968356/1‑36 (MQ=37)
aTCGCCAGTGGA.GTTTGCACCGGTGGTATCAAGGGt < 1:5014774/36‑1 (MQ=37)
cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAggggtt > 1:3831264/1‑33 (MQ=255)
cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTa < 1:3763240/36‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGGGGTATCAAGGGTTa > 1:5139660/1‑36 (MQ=255)
cGCCAGTGGA.GGTTGAAACGGTGGTATCAAGGGTTa > 1:947441/1‑36 (MQ=255)
cAGTGGA.GGTTTAACCGGTGGGATCAAGGGTTAATg > 1:157806/1‑36 (MQ=38)
cAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGGTAATg > 1:5089373/1‑36 (MQ=255)
gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc > 1:4540588/1‑36 (MQ=255)
gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc > 1:4812237/1‑36 (MQ=255)
gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc < 1:2383585/36‑1 (MQ=255)
tGGA.GGTTGAACTGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCa > 1:2801058/1‑36 (MQ=255)
tGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCa > 1:4376731/1‑36 (MQ=255)
tGGA.GGTTGAACCGGTGGTATAAAGGGTTAATGCCa > 1:1235733/1‑36 (MQ=255)
tGGA.GGTTGAAACGGTGGTATCAAGGGGTAATGCCa > 1:1112576/1‑36 (MQ=37)
gta.GGTTTAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc < 1:5494392/34‑1 (MQ=38)
ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc < 1:900650/36‑1 (MQ=255)
ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc < 1:3686471/36‑1 (MQ=255)
ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc < 1:1749441/36‑1 (MQ=255)
ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGGTAATGCCAc > 1:2568442/1‑36 (MQ=255)
gA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACg > 1:268986/1‑36 (MQ=255)
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CAGCAGAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACG > REL606/4211052‑4211121
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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