Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 43,546 | +G | 4.9% | coding (1034/1143 nt) | caiA ← | crotonobetaine reductase subunit II, FAD‑binding |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 43,546 | 1 | .→G | 4.9% | 3.0 ‑0.6 ‑0.0 | 41 | coding (1034/1143 nt) | caiA | crotonobetaine reductase subunit II, FAD‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (24/15): total (26/15) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.24e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.14e-01 |
CTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTG > REL606/43511‑43580
|
cTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt < 1:5116003/36‑1 (MQ=255)
cTACACGCAGGTCACGACAGAAGCGGCTGATGCggt < 1:3784767/36‑1 (MQ=255)
tACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.g > 1:1248423/1‑36 (MQ=255)
tACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.g > 1:5934868/1‑36 (MQ=255)
cacGCAGGTCACGCCAGCAGCGGCTGATGCggt.ggt < 1:973362/36‑1 (MQ=255)
cacGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGTTGCggg.ggc > 1:2910091/1‑35 (MQ=25)
cacGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCggt.ggg > 1:3925520/1‑35 (MQ=255)
cacGCAGGTCACGACAGAGGCGGCTGATGCggt.ggt < 1:515104/36‑1 (MQ=37)
acGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGtt > 1:6859659/1‑36 (MQ=255)
cAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGcc < 1:4730072/36‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc < 1:1777810/36‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc < 1:2412355/36‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGccc < 1:987388/36‑1 (MQ=255)
aGGTCACGCCAGAAGCCGCTGAAGGGGA.GGGTGccc > 1:2855675/1‑36 (MQ=16)
aGGTCACGCCAGAAACGGCTGATGCGGT.GGTTGccc < 1:2101180/36‑1 (MQ=255)
ggTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGGCCg > 1:6889426/1‑36 (MQ=255)
ggTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCg > 1:1851136/1‑36 (MQ=255)
tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGTGGGTTGccggg > 1:2356237/1‑33 (MQ=25)
tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGTGGGTTGccgga > 1:4187199/1‑33 (MQ=25)
tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCa < 1:4837739/36‑1 (MQ=255)
tCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCGCa > 1:2276564/1‑36 (MQ=255)
cACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGA.GGTTGCCCGcca > 1:466524/1‑34 (MQ=37)
cGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATc < 1:1143802/36‑1 (MQ=255)
gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATcc < 1:6135127/36‑1 (MQ=255)
gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATcc > 1:4908288/1‑36 (MQ=255)
gCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGGTGCCCGCAATcc > 1:4079562/1‑36 (MQ=255)
ccAGAAGCGGCTGATGCGGG.GGTTTCCCCCAATccc > 1:5110003/1‑36 (MQ=25)
aGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGa > 1:5958614/1‑36 (MQ=255)
gAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCgcc < 1:2720719/36‑3 (MQ=255)
gAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGac < 1:619521/36‑1 (MQ=255)
aaGCGGCTGATGCGGT.GGTTTCCCGCAATCCCGaca > 1:1982275/1‑36 (MQ=255)
aaGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGaca > 1:580263/1‑36 (MQ=255)
aGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGacac < 1:3981026/36‑1 (MQ=255)
gCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACAcc < 1:5138212/36‑1 (MQ=255)
gCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACAcc > 1:6070247/1‑36 (MQ=255)
cGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCg > 1:4596315/1‑36 (MQ=255)
cGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCg > 1:1249594/1‑36 (MQ=255)
gCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGcc > 1:1933986/1‑36 (MQ=255)
cTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGccc < 1:5403576/36‑1 (MQ=255)
tGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCa > 1:2901149/1‑36 (MQ=255)
gATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCCCCCAg > 1:7912976/1‑36 (MQ=255)
aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGc > 1:6129249/1‑36 (MQ=255)
aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCAGACATCGACCAGc > 1:3396838/1‑36 (MQ=21)
aTGCGGT.GGTTGCCCGCAATACCGACACCGCCCAGc > 1:3802080/1‑36 (MQ=255)
tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGcc > 1:5516019/1‑35 (MQ=255)
tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCa > 1:5913519/1‑36 (MQ=255)
tGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCa < 1:1102910/36‑1 (MQ=255)
cGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCAcc > 1:4928233/1‑36 (MQ=255)
cGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCAcc < 1:7368298/36‑1 (MQ=255)
ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt > 1:2336534/1‑36 (MQ=255)
ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt > 1:6569254/1‑36 (MQ=255)
ggt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCt < 1:679737/36‑1 (MQ=255)
gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg < 1:6344447/36‑1 (MQ=255)
gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg < 1:1731629/36‑1 (MQ=255)
gt.ggtTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTg < 1:3069362/36‑1 (MQ=255)
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CTACACGCAGGTCACGCCAGAAGCGGCTGATGCGGT.GGTTGCCCGCAATCCCGACACCGCCCAGCACCTG > REL606/43511‑43580
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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