New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 288616747 (0.950)6 (0.120) 4/56 NT 13.3% coding (68/2259 nt) xdhA xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit
?REL606 3650766 = 31 (0.500)intergenic (+47/+140) cspA/hokA major cold shock protein/toxic polypeptide, small

CGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCG  >  REL606/2886133‑2886202
                                  |                                   
cgggcACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGg                                    >  1:7560246‑M1/1‑35 (MQ=255)
 gggcACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGgg                                   >  1:448471‑M1/1‑34 (MQ=255)
 gggcACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGgc                                   >  1:106900‑M1/1‑34 (MQ=255)
    cACGATATACTGACGATTATGTTATTGCGGGTAttt                                >  1:3781212/1‑34 (MQ=25)
     aCGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGGCtgtg                               >  1:101329/1‑36 (MQ=37)
     aCGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCAtgtg                               <  1:8062150/36‑1 (MQ=255)
      cGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGggttttt                              >  1:6708099‑M1/1‑29 (MQ=255)
      cGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATgtgt                              <  1:4421901/36‑1 (MQ=255)
      cGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATgtgt                              <  1:3293028/36‑1 (MQ=255)
       gATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGtt                             <  1:7249583/36‑1 (MQ=255)
       gATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGtt                             <  1:2350832/36‑1 (MQ=255)
        atatACTGACGATTATGTTATGGCGGGgagtttttt                            >  1:6641227‑M1/1‑27 (MQ=255)
        atatACTGACGATTATGTTATGGCGGGGGTGTGttt                            >  1:2875692/1‑35 (MQ=37)
        atatACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTa                            <  1:8388586/36‑1 (MQ=255)
        atatACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTa                            <  1:4098770/36‑1 (MQ=255)
        atatACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTa                            <  1:1972123/36‑1 (MQ=255)
         tataCTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTAt                           <  1:5440143/36‑1 (MQ=255)
          ataCTGACGATTATGTTATGGCGGGGATTTGttttt                          >  1:3971980/1‑33 (MQ=25)
          ataCTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGTTttttt                          >  1:3465096/1‑33 (MQ=25)
          ataCTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATg                          <  1:5917785/36‑1 (MQ=255)
          ataCTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATg                          <  1:7975515/36‑1 (MQ=255)
           taCTGACGATTATGTTATGGCGGGgatttttttttt                         >  1:2043834‑M1/1‑24 (MQ=255)
           taCTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGc                         <  1:1450667/36‑1 (MQ=255)
            aCTTACGATTCTTTTGTGGCTTGCATGTGTTATTCg                        <  1:7719560/36‑1 (MQ=2)
            aCTGACGATTATGTTATGGCGGGGATGTGTTTTgtg                        >  1:1155684/1‑34 (MQ=37)
              tGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGaa                      <  1:2451342/36‑1 (MQ=255)
                aCGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTTTGAAat                    >  1:1917226/1‑36 (MQ=21)
                  gATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTTTTCGAAatat                  >  1:4391396/1‑36 (MQ=37)
                  gATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAatat                  <  1:6468472/36‑1 (MQ=255)
                   aTTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATg                 <  1:6371528/36‑1 (MQ=255)
                   aTTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATg                 <  1:2756384/36‑1 (MQ=255)
                     tatgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTa               <  1:1635665/36‑1 (MQ=255)
                     tatgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTa               <  1:6096782/36‑1 (MQ=255)
                     tatgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTa               <  1:1199170/36‑1 (MQ=255)
                     tatgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTa               <  1:7958617/36‑1 (MQ=255)
                      atgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTAc              <  1:2364507/36‑1 (MQ=255)
                       tgttatgGCGGGCCTGTGTTTTGCGAAATATTTACg             >  1:1120500/1‑36 (MQ=25)
                       tgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACg             <  1:6277448/36‑1 (MQ=255)
                       tgttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACg             <  1:2998154/36‑1 (MQ=255)
                        gttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGt            <  1:8242226/36‑1 (MQ=255)
                        gttatgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGt            <  1:2954085/36‑1 (MQ=255)
                           atgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGc         >  1:1763267/1‑36 (MQ=255)
                            tgGCGGGgatttttttatttgttttcaggaaataaa        <  1:3080534‑M1/36‑30 (MQ=255)
                            tgGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGcc        <  1:5994846/36‑1 (MQ=255)
                             ggCGGGgatttttttatttgttttcaggaaataaat       <  1:7245473‑M1/36‑31 (MQ=255)
                             ggCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGccc       >  1:4486444/1‑36 (MQ=255)
                              gCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCt      >  1:5054050/1‑36 (MQ=255)
                              gCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCt      >  1:6589908/1‑36 (MQ=255)
                               cGGGgatttttttatttgttttcaggaaataaataa     <  1:7364016‑M1/36‑33 (MQ=255)
                               cGGGgatttttttatttgttttcaggaaataaataa     <  1:2649038‑M1/36‑33 (MQ=255)
                               cGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTa     >  1:1054558/1‑36 (MQ=255)
                               cGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTa     >  1:5330286/1‑36 (MQ=255)
                               cGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTa     <  1:2884760/36‑1 (MQ=255)
                                ggggatttttttatttgttttcaggaaataaataat    <  1:7822298‑M1/36‑34 (MQ=255)
                                ggggatttttttatttgttttcaggaaataaataat    >  1:1682586‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                gggCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTAt    <  1:5354979/36‑1 (MQ=255)
                                gggCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTAt    >  1:2630785/1‑36 (MQ=255)
                                gggCATGTGTTATGCGAAATATGTACATAGCCCTAt    >  1:3854854/1‑36 (MQ=255)
                                 gggatttttttatttgttttcaggaaataaataatc   <  1:4691756‑M1/36‑35 (MQ=255)
                                 ggCCTGTGTTATGCGGAATATGTACGTAGCCCTATc   <  1:3233061/36‑1 (MQ=37)
                                  gCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCg  >  1:4962477/1‑36 (MQ=255)
                                  gCATGTGTTATGCGAAATAGGTACGTAGCCCTATCg  >  1:6411691/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
CGGGCACGATATACTGACGATTATGTTATGGCGGGCATGTGTTATGCGAAATATGTACGTAGCCCTATCG  >  REL606/2886133‑2886202

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG