Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,765,184 | A→T | 10.4% | K540* (AAA→TAA) | recG → | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,765,184 | 0 | A→T | 10.4% | 2.4 ‑4.6 ‑0.0 | 53 | 1618 | recG | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/0): ref base (20/27): total (26/27) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.95e-01 |
AACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACC > REL606/3765149‑3765219
|
aaCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGGTGGGGTCGTTTa > 1:5863575/1‑36 (MQ=25)
aCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCTTTTaa < 1:5711735/36‑1 (MQ=255)
aCCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTaa < 1:7055495/36‑1 (MQ=255)
ccTGCCGAGAAACAGGCGGAGGTGGCGGCGGTTtaa > 1:5303751/1‑36 (MQ=12)
cTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGGGTCGTTTAAAc > 1:73225/1‑36 (MQ=255)
cTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAAc < 1:8356084/36‑1 (MQ=255)
cTGCCGAGAAACAGGCGGGGGTGGGGTCGGTTgaaa > 1:4460991/1‑35 (MQ=9)
tGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACa < 1:7629045/36‑1 (MQ=255)
tGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACa < 1:5485133/36‑1 (MQ=255)
tGCCGAGAAACAGGCGGGGGTGGGGGCGTTTTAACa > 1:4455648/1‑36 (MQ=12)
tGCCGAGAAACAGGCGGGGATGGCGTCGTTTTAACa > 1:5083118/1‑36 (MQ=37)
tGCCGAGAAACAGACGGCGGTGGCGTCGTTTtaaaa > 1:6023864/1‑34 (MQ=16)
agCCGAGAAACAGGCGGTGGTGGCGTCGTTTAAACa < 1:7960348/35‑1 (MQ=37)
gCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACaa < 1:7788766/36‑1 (MQ=255)
gCCGAGAAACAGGCGGCTATGGGGGCGTTTTAAAaa > 1:1651308/1‑36 (MQ=9)
ccGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAg < 1:5676513/36‑1 (MQ=255)
ccGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAg < 1:4536507/36‑1 (MQ=255)
ccGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAg < 1:1146991/36‑1 (MQ=255)
cGAGAAACAGGCGGTGGTGGGGTCGTTTTAACAAgg > 1:5251612/1‑36 (MQ=25)
cGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAgg < 1:6545377/36‑1 (MQ=255)
agaAACAGGCGGTGGTGGCGTCGTTTTAACAAAGTg > 1:4076234/1‑36 (MQ=21)
agaAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTTAACAAgggg > 1:5191140/1‑34 (MQ=37)
gaAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGa < 1:2739211/36‑1 (MQ=255)
aaaCAGGCGGTGATGGCCTCGTTTAAACAAGGTGAg > 1:87198/1‑36 (MQ=255)
aCAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCt < 1:6392859/36‑1 (MQ=255)
ccggCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTa < 1:6173237/34‑1 (MQ=255)
cAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTa > 1:3859957/1‑36 (MQ=255)
aGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTac > 1:1925241/1‑36 (MQ=255)
aGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTac > 1:7336993/1‑36 (MQ=255)
aGGCGGTGATGGAGTCCTTTAAACAAGGTGAGCTac > 1:16433/1‑36 (MQ=37)
ggCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTaca < 1:3563030/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTaca > 1:1536186/1‑36 (MQ=255)
ggCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGGGAGCTaca > 1:2299050/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTacac > 1:5031819/1‑36 (MQ=255)
cGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACAcc < 1:7100921/36‑1 (MQ=255)
ggTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACct < 1:589820/36‑1 (MQ=255)
ggTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACct < 1:5959836/36‑1 (MQ=255)
ggTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACct < 1:4161667/36‑1 (MQ=255)
gATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACctgct < 1:7401924/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACctgctg > 1:2612688/1‑36 (MQ=255)
aTGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACctgctg < 1:8211331/36‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTgg < 1:7311823/36‑1 (MQ=255)
cgtcgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTg < 1:3955306/36‑1 (MQ=255)
gtcgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGc > 1:8274075/1‑36 (MQ=255)
gtcgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGc > 1:704668/1‑36 (MQ=255)
gtcgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGc > 1:1873007/1‑36 (MQ=255)
tcgtTTAAACAAGGTGAGCTACGCCTGCTGGTTGcc < 1:6487621/36‑1 (MQ=255)
tcgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGcc < 1:6916865/36‑1 (MQ=255)
cgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCca < 1:3304831/36‑1 (MQ=255)
cgtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGCTGCca > 1:821336/1‑36 (MQ=255)
gtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTTCTGGTTGCcac < 1:1364815/36‑1 (MQ=255)
gtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCcac > 1:3051037/1‑36 (MQ=255)
gtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCcac < 1:3967383/36‑1 (MQ=255)
gtTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCcac < 1:5391187/36‑1 (MQ=255)
tttAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCcaca > 1:1984182/1‑36 (MQ=255)
ttAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACaa > 1:68358/1‑36 (MQ=255)
tAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAc > 1:2595523/1‑36 (MQ=255)
tAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAc > 1:7629976/1‑36 (MQ=255)
tAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAc > 1:5766083/1‑36 (MQ=255)
aaaCAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAcc > 1:7563730/1‑36 (MQ=255)
aaaCAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAcc < 1:1356456/36‑1 (MQ=255)
aaaCAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAcc < 1:517339/36‑1 (MQ=255)
aaaCAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAcc > 1:7148310/1‑36 (MQ=255)
aaaCAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAAcc > 1:7071144/1‑36 (MQ=255)
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AACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACC > REL606/3765149‑3765219
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 8 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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