Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,293,877 | 0 | A→T | 8.7% | 0.3 ‑7.4 0.0 | 67 | 4011 | gltB | glutamate synthase, large subunit |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (18/41): total (26/41) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.17e-04 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCG > REL606/3293842‑3293912
|
aaCGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGGTTa > 1:821893/1‑36 (MQ=25)
aaCGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTa < 1:5483084/36‑1 (MQ=255)
aaCGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTa < 1:1947223/36‑1 (MQ=255)
aCGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTaa < 1:5418345/36‑1 (MQ=255)
aCGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTaa < 1:2589776/36‑1 (MQ=255)
cGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGGTTTAt > 1:6762448/1‑36 (MQ=21)
cGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGGTTGAt > 1:6925205/1‑36 (MQ=25)
cGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAAt < 1:3803129/36‑1 (MQ=255)
gACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGGTTTAtt > 1:1002601/1‑35 (MQ=18)
gACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATc < 1:3334694/36‑1 (MQ=255)
gACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCCTTATc > 1:848548/1‑36 (MQ=25)
aCTGTGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCg < 1:2524530/36‑1 (MQ=255)
aCTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGCTTTATCg > 1:283450/1‑36 (MQ=25)
aCTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGGTTTATCg > 1:5364580/1‑36 (MQ=25)
aCTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCg < 1:7165971/36‑1 (MQ=255)
cTATGTCGGTAAATGCATGCCGAGCGGCTTAATCGc < 1:856081/36‑1 (MQ=25)
cTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGc < 1:2174739/36‑1 (MQ=255)
cTAAGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGc < 1:3118315/36‑1 (MQ=255)
aTGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCa < 1:1884928/36‑1 (MQ=255)
tGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCAt < 1:6049276/36‑1 (MQ=255)
tGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCAt < 1:105536/36‑1 (MQ=255)
gTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGGGTTATAGCCAtt > 1:4226519/1‑36 (MQ=16)
gTCGGTAAAGGCATGGCGGGGGGCTTTATCGCCAtt > 1:6151712/1‑36 (MQ=37)
tCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTc < 1:6906385/36‑1 (MQ=255)
tCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTc < 1:3272287/36‑1 (MQ=255)
cGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCg < 1:6843956/36‑1 (MQ=255)
ggTAAGGGCATGGAGGGCGGCTTAATCGCCATTCGt < 1:5698199/36‑1 (MQ=38)
gTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTctgg > 1:1551112/1‑33 (MQ=255)
gTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtc < 1:5147872/36‑1 (MQ=255)
gTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtc < 1:3384651/36‑1 (MQ=255)
tAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcc < 1:5646987/36‑1 (MQ=255)
aaaGGCATGGCGGGCGGGTTAATTGCGCTTCGtccc > 1:3394071/1‑35 (MQ=16)
aaaGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcct < 1:2378503/36‑1 (MQ=255)
aaaGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcct < 1:6945867/36‑1 (MQ=255)
aGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcctcc > 1:3898086/1‑36 (MQ=255)
aGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcctcc < 1:6234572/36‑1 (MQ=255)
aGGCATCGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGtcctcc < 1:3659937/36‑1 (MQ=255)
ggCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCg < 1:5999308/36‑1 (MQ=255)
ggCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCg > 1:4236447/1‑36 (MQ=255)
gCATGTCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCgg < 1:7636231/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggtt < 1:2490290/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCgggt > 1:7573077/1‑34 (MQ=255)
tGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttg < 1:6249968/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttg > 1:6269424/1‑36 (MQ=255)
tGGCGAGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttg < 1:1105744/36‑1 (MQ=255)
ggcgggcgGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttgg < 1:7395640/36‑1 (MQ=255)
ggcgggcgGCTTAATCGCCATACGTCCTCCggttgg < 1:1808701/36‑1 (MQ=255)
gcgggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttggt > 1:2255675/1‑36 (MQ=255)
gcgggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttggt < 1:2843987/36‑1 (MQ=255)
gcgggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttggt > 1:3747103/1‑36 (MQ=255)
cgggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttggtt > 1:6518378/1‑36 (MQ=255)
cgggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCggttggtt < 1:748257/36‑1 (MQ=255)
cgggcggCTTAATCGCCATCCGTCCTCCggttggtt < 1:4045621/36‑1 (MQ=255)
gggcggCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTc > 1:2644069/1‑36 (MQ=255)
ggcggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTcc > 1:911707/1‑36 (MQ=255)
ggcggcTTAATCGCCATTCGGCCTCCGGTTGGTGcc > 1:2095528/1‑36 (MQ=37)
gcggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCg > 1:2809114/1‑36 (MQ=255)
gcggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCg < 1:1344738/36‑1 (MQ=255)
gcggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCg < 1:1960513/36‑1 (MQ=255)
cggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGc < 1:4311230/36‑1 (MQ=255)
ggcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGcc > 1:1847655/1‑36 (MQ=255)
gcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCt < 1:458263/36‑1 (MQ=255)
gcTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCt < 1:5860934/36‑1 (MQ=255)
cTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCtt > 1:4935053/1‑36 (MQ=255)
cTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCtt < 1:4380134/36‑1 (MQ=255)
ttAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTc < 1:4988601/36‑1 (MQ=255)
ttAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTc > 1:7782797/1‑36 (MQ=255)
ttAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCATTc > 1:5261714/1‑36 (MQ=255)
tAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTcc < 1:2170752/36‑1 (MQ=255)
tAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTcc < 1:1460927/36‑1 (MQ=255)
tAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTcc < 1:5993322/36‑1 (MQ=255)
tAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTAGTTCCGCCttgc > 1:6419050/1‑34 (MQ=38)
aaTCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCg > 1:3392829/1‑36 (MQ=255)
aaTCGCCATTCGTCCTCAGGTTGGTTCCGCCTTCCg > 1:1122007/1‑36 (MQ=255)
aaTCGCCATTCGGCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCg < 1:3225000/36‑1 (MQ=255)
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AACGACTATGTCGGTAAAGGCATGGCGGGCGGCTTAATCGCCATTCGTCCTCCGGTTGGTTCCGCCTTCCG > REL606/3293842‑3293912
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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