Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 2,771,406 | +G | 4.0% | intergenic (‑216/‑36) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,771,406 | 1 | .→G | 4.0% | 3.1 ‑2.2 ‑0.5 | 50 | intergenic (‑216/‑36) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (15/33): total (17/33) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.11e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.53e-01 |
AATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACT > REL606/2771371‑2771441
|
aaTTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGc < 1:8187052/36‑1 (MQ=255)
ttGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.gg < 1:6012281/36‑1 (MQ=255)
ttGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.gg < 1:4708823/36‑1 (MQ=255)
tGTTTTAGCTCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGt < 1:5612431/36‑1 (MQ=255)
tGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.ggg > 1:3912742/1‑35 (MQ=255)
tGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.ggg > 1:8030517/1‑35 (MQ=255)
tGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGA.ggg > 1:4363174/1‑35 (MQ=255)
tGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACGATGGC.ggg > 1:647137/1‑35 (MQ=255)
gTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGG.GGT..a < 1:3937847/36‑1 (MQ=255)
gTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..a < 1:2137516/36‑1 (MQ=255)
ttttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.gggtg > 1:6953601/1‑33 (MQ=255)
ttttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.ggggt > 1:2144597/1‑33 (MQ=255)
ttttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aa < 1:1624927/36‑1 (MQ=255)
tttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaa < 1:2105897/36‑1 (MQ=255)
tttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaa < 1:6174494/36‑1 (MQ=255)
ttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaaa < 1:4801091/36‑1 (MQ=255)
ttAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..aaaa < 1:4621318/36‑1 (MQ=255)
tAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGG..gaaaa > 1:6607634/1‑36 (MQ=37)
aGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGGtaaaaa > 1:2188333‑M1/1‑30 (MQ=255)
gcgcAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGG..gaaaaaa > 1:4201814/1‑36 (MQ=37)
cAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGGT..AAAAAAAtt > 1:8045109/1‑36 (MQ=37)
aGCGGCAGTTTCATACTATGTC.GGT..AAAAAAATTTg < 1:8314114/36‑1 (MQ=255)
aGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTg < 1:7464176/36‑1 (MQ=255)
gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc < 1:5812333/36‑1 (MQ=255)
gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc < 1:5309358/36‑1 (MQ=255)
gCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGc < 1:5454736/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTTTCATACTATGGCGGGT..AAAAAAAttttat > 1:7896967/1‑33 (MQ=21)
ggCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCAt < 1:6996433/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCAt < 1:5089807/36‑1 (MQ=255)
ggCAGGTTCATACTATGGC.GGTCGAAAAAAAttgat > 1:3057849/1‑33 (MQ=12)
gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg < 1:5580765/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg < 1:4625392/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATg < 1:2074375/36‑1 (MQ=255)
cAGTTTCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttattt > 1:1213105‑M1/1‑20 (MQ=255)
cAGTTTCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttattt > 1:4897116‑M1/1‑20 (MQ=255)
aGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGt < 1:2781119/36‑1 (MQ=255)
tttCATACTATGGC.GGTtaaaaaaaatttatttttt > 1:4957704‑M1/1‑17 (MQ=255)
tttCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAt < 1:3294289/36‑1 (MQ=255)
tttCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAt < 1:6204451/36‑1 (MQ=255)
tCATACTATGGC.GGT..GAAAAAATTTTTATTGTAttt > 1:8283382/1‑36 (MQ=16)
tCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTAttt < 1:3730946/36‑1 (MQ=255)
cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa < 1:5374614/36‑1 (MQ=255)
cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa < 1:7284443/36‑1 (MQ=255)
cATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTa < 1:2061836/36‑1 (MQ=255)
cATACTATGGC.GGT..AAAAAAAAATGTATTGTAtttt > 1:6961223/1‑35 (MQ=16)
aTACTATGGC.GGT..AAAAAAAATTTTATGTTAtttta > 1:88431/1‑34 (MQ=16)
tACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAg < 1:5255109/36‑1 (MQ=255)
tACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAg < 1:6180963/36‑1 (MQ=255)
aCTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAgg < 1:1133633/36‑1 (MQ=255)
cTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTGAGGa < 1:4805817/36‑1 (MQ=255)
aTGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACt < 1:4494049/36‑1 (MQ=255)
tGGC.GGT..AAAAAAATTTTCATGGTATTTTAGGACTc > 1:4818075/1‑36 (MQ=37)
tGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTTAGGACTc > 1:3189953/1‑36 (MQ=255)
tGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTc < 1:7925815/36‑1 (MQ=255)
tGGC.GGT..AAAAAAAATTTCATGGTATTTTAAGACTc > 1:1478868/1‑36 (MQ=19)
tGGC.GGG..AAAAAAATTTTTATGGTATTTTAGGGCTc > 1:1296468/1‑36 (MQ=16)
gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc < 1:5201149/36‑1 (MQ=255)
gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc < 1:4391569/36‑1 (MQ=255)
gC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCAc > 1:3787055/1‑36 (MQ=255)
c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt < 1:6721974/36‑1 (MQ=255)
c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt > 1:2753764/1‑36 (MQ=255)
c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt > 1:2417681/1‑36 (MQ=255)
c.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACt > 1:1561881/1‑36 (MQ=255)
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AATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC.GGT..AAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACT > REL606/2771371‑2771441
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|