Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 122,316 | G→T | 8.1% | G78C (GGT→TGT) | ampE → | predicted inner membrane protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 122,316 | 0 | G→T | 8.1% | 2.4 ‑4.1 ‑0.0 | 54 | 232 | ampE | predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (5/0): ref base (20/29): total (25/29) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.68e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01 |
TCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTT > REL606/122281‑122351
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tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTg < 1:3922315/36‑1 (MQ=255)
cAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTgg < 1:5193032/36‑1 (MQ=255)
aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGGGTTTGGt > 1:7027936/1‑36 (MQ=25)
cGTTCCCACGCTACTGGTGTGTCT.GTTGATTGGttt < 1:5365583/36‑1 (MQ=255)
cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTGATTTGttt > 1:1257476/1‑36 (MQ=37)
ttCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGc < 1:3509269/36‑1 (MQ=255)
ttCCCACGCTACTCGTGTGGATGGTTGTTTGTtttt > 1:5002007/1‑35 (MQ=255)
tCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCt < 1:3542689/36‑1 (MQ=255)
cccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtg < 1:3296100/36‑1 (MQ=255)
ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt < 1:6203453/36‑1 (MQ=255)
ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt < 1:6281131/36‑1 (MQ=255)
aCGCTCCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTgtgt < 1:5361456/36‑1 (MQ=255)
aCGCTACTGGTGTGGCT.GTTGGTTTGTTTTCTttgt > 1:5027999/1‑36 (MQ=16)
gCTACTGGTGTGGCT.GTTTGTTTGTTTTCTTTTTAt > 1:2636249/1‑36 (MQ=2)
gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt < 1:6770371/36‑1 (MQ=255)
gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt < 1:364188/36‑1 (MQ=255)
cTACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTTTAtt > 1:2513663/1‑36 (MQ=0)
tACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTGTTttt > 1:6741545/1‑35 (MQ=0)
tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg < 1:2435364/36‑1 (MQ=255)
tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg < 1:4145711/36‑1 (MQ=255)
aCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTgg < 1:136799/36‑1 (MQ=255)
cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc < 1:2491741/36‑1 (MQ=255)
cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc < 1:4297878/36‑1 (MQ=255)
tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt < 1:7882718/36‑1 (MQ=255)
tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt > 1:1636167/1‑36 (MQ=255)
tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt > 1:3846660/1‑36 (MQ=255)
tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt < 1:2920493/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GTTGATTGGTTTGCTTTGTATTGGCGCAGGTa > 1:4193758/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa > 1:6131459/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa < 1:2266844/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GTTGATTGGTTTGCTCTGTATTGGCGCAGGTa < 1:6658845/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa < 1:5829792/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa > 1:5135000/1‑36 (MQ=255)
gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa < 1:3433316/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa > 1:7316653/1‑36 (MQ=255)
cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa < 1:3590995/36‑1 (MQ=255)
t.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAg > 1:6582488/1‑36 (MQ=255)
gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:1366448/1‑36 (MQ=255)
gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:3172674/1‑36 (MQ=255)
gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:5385879/1‑36 (MQ=255)
gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt < 1:5538146/36‑1 (MQ=255)
gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt > 1:5607073/1‑36 (MQ=255)
ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt < 1:7910483/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt < 1:605266/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt > 1:2579892/1‑36 (MQ=255)
tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc < 1:5718376/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc < 1:3738064/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc > 1:7372102/1‑36 (MQ=255)
tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc < 1:4231475/36‑1 (MQ=255)
gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:6050543/1‑36 (MQ=255)
gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:3888551/1‑36 (MQ=255)
gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg > 1:397939/1‑36 (MQ=255)
gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg < 1:4251956/36‑1 (MQ=255)
ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc > 1:6980275/1‑36 (MQ=255)
ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc < 1:7269458/36‑1 (MQ=255)
ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc > 1:117119/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAATTTCGTCtt < 1:6196299/36‑1 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:5875758/36‑1 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt > 1:3971522/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt > 1:3331121/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt > 1:3096571/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt < 1:1348753/36‑1 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt > 1:1213179/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt > 1:975783/1‑36 (MQ=255)
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TCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTT > REL606/122281‑122351
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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