Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,527,908 | 1 | .→C | 3.7% | 0.0 ‑0.7 ‑0.0 | 54 | coding (166/1581 nt) | hyfF | NADH dehydrogenase subunit N |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/2): ref base (24/28): total (24/30) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.97e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.87e-01 |
CACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCG > REL606/2527873‑2527940
|
cacTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCTa.aa > 1:2279609/1‑36 (MQ=255)
cacTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCa.aa > 1:2128452/1‑36 (MQ=255)
acTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.c > 1:7173409/1‑36 (MQ=255)
acTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.c < 1:2884205/36‑1 (MQ=255)
ctgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.Ct < 1:1425831/36‑1 (MQ=255)
ctgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.Ct > 1:6347588/1‑36 (MQ=255)
ctgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.Ct > 1:3150954/1‑36 (MQ=255)
ctgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.Ct < 1:589432/36‑1 (MQ=255)
tgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTg > 1:3153937/1‑36 (MQ=255)
tgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTg < 1:207347/36‑1 (MQ=255)
gctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGc < 1:3761898/36‑1 (MQ=255)
ctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGcc < 1:3775017/36‑1 (MQ=255)
ctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGcc < 1:1851767/36‑1 (MQ=255)
tgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCg > 1:560727/1‑36 (MQ=255)
tgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCg > 1:3718330/1‑36 (MQ=255)
tgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCg > 1:5946527/1‑36 (MQ=255)
ctcaTTCGGGCCCTCGGGGT.GTCCACAA.CTGCCGCt < 1:3044628/33‑1 (MQ=0)
tgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTg > 1:2027073/1‑36 (MQ=255)
tgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTg > 1:5198110/1‑36 (MQ=255)
tgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTg < 1:3162076/36‑1 (MQ=255)
gATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGa > 1:5254003/1‑36 (MQ=255)
aTTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGAt < 1:977443/36‑1 (MQ=255)
aTTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGAt < 1:1310878/36‑1 (MQ=255)
aTTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGAt < 1:1902946/36‑1 (MQ=255)
ttCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATg > 1:1348081/1‑36 (MQ=255)
ttCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATg < 1:6911685/36‑1 (MQ=255)
ttCGGGCACTCGGGGGGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATg < 1:2911274/36‑1 (MQ=37)
tCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATgt > 1:2196170/1‑35 (MQ=255)
tCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGc > 1:210320/1‑36 (MQ=255)
tCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGc < 1:4507092/36‑1 (MQ=255)
cTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCa > 1:2768292/1‑36 (MQ=255)
tGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAg > 1:4122598/1‑36 (MQ=255)
tGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAg > 1:4306101/1‑36 (MQ=255)
ggCACTCTGGGTTGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAgg < 1:5208231/36‑1 (MQ=255)
ggCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAgg > 1:848177/1‑36 (MQ=255)
gCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGga > 1:5194299/1‑36 (MQ=255)
gCACTCTGGGTGGTACA.AC.CTGCCGCTGATGCAGga < 1:3005370/36‑1 (MQ=25)
gCACTCTGGGTGGCCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGga > 1:839143/1‑36 (MQ=255)
aCTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGgaga > 1:7417125/1‑36 (MQ=255)
aCTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGgaga > 1:1598775/1‑36 (MQ=255)
aCTCTGGGTGGTCAA.AA.CTGCCGCTGATGCAGgaga < 1:5610135/36‑1 (MQ=255)
tctGGGTGGTCAA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGaaa < 1:4944984/36‑1 (MQ=255)
ctGGGTGGTCAA.AA.CTTCCGCTGATGCAGGAGAAat < 1:593661/36‑1 (MQ=37)
tGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAata < 1:2427786/36‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAata < 1:5040815/36‑1 (MQ=255)
ggtggtCAA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATAtt < 1:5066749/36‑1 (MQ=255)
gttgtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTc < 1:6486204/33‑1 (MQ=255)
gtggtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTc > 1:3377337/1‑36 (MQ=255)
gtggtCAA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTc < 1:326050/36‑1 (MQ=255)
gaggtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTc < 1:4257686/34‑1 (MQ=255)
tgtCAA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGc < 1:1920023/35‑1 (MQ=255)
ggtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGc > 1:5757893/1‑36 (MQ=255)
gtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGGGAAATATTCGCt > 1:1780694/1‑36 (MQ=255)
gtCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCt > 1:6802877/1‑36 (MQ=255)
ggccA.AACCTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGc < 1:5424646/34‑1 (MQ=18)
gccA.AACCTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCt < 1:3242366/35‑1 (MQ=21)
ccA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGc < 1:7660517/36‑1 (MQ=255)
cA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCg < 1:3798505/36‑1 (MQ=255)
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CACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCA.AA.CTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCG > REL606/2527873‑2527940
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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