Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,729,224 | 0 | G→T | 13.0% | 5.6 ‑13.9 0.0 | 95 | 453 | ygbD | nitric oxide reductase |
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (15/0): ref base (27/53): total (42/53) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.94e-07 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGC > REL606/2729189‑2729259
|
gATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTg < 1:1486372/36‑1 (MQ=255)
gATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTg < 1:5236879/36‑1 (MQ=255)
aTGCCCGTCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGa < 1:8312965/36‑1 (MQ=255)
aTGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTgt > 1:3140250/1‑35 (MQ=255)
aTGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGa < 1:3002581/36‑1 (MQ=255)
tGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAt < 1:2034543/36‑1 (MQ=255)
tGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAt < 1:7991091/36‑1 (MQ=255)
gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGGtt < 1:2959805/36‑1 (MQ=255)
gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAtt < 1:660882/36‑1 (MQ=255)
gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAtt < 1:5859749/36‑1 (MQ=255)
cccGACGCGTGTTGATTGTNNGCGGTGGTTTGATTg < 1:4283937/36‑1 (MQ=255)
ccGCCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTgg < 1:2918950/36‑1 (MQ=255)
ccGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTAtttt > 1:1552953/1‑34 (MQ=37)
cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt < 1:3635235/36‑1 (MQ=255)
cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt < 1:6214353/36‑1 (MQ=255)
cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt < 1:3669703/36‑1 (MQ=255)
cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt > 1:2928303/1‑36 (MQ=255)
cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt < 1:4931402/36‑1 (MQ=255)
aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTGGTAg > 1:1750930/1‑36 (MQ=25)
aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAg > 1:6396229/1‑36 (MQ=37)
aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTGGTAg > 1:2697003/1‑36 (MQ=255)
aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAg < 1:2707429/36‑1 (MQ=255)
aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAg < 1:5323554/36‑1 (MQ=255)
cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc < 1:3754423/36‑1 (MQ=255)
cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc < 1:5554985/36‑1 (MQ=255)
cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc < 1:6169912/36‑1 (MQ=255)
cgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTTGTAGCGa > 1:3173284/1‑36 (MQ=25)
gtgtTGATTGTTGGCGGTTTTTTTATTTGTAGCgta > 1:97892/1‑34 (MQ=12)
gtgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGaa > 1:7673518/1‑36 (MQ=37)
gtgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGaa < 1:5240834/36‑1 (MQ=255)
tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTTTCGAAc > 1:223371/1‑36 (MQ=21)
tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc < 1:4200265/36‑1 (MQ=255)
tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc < 1:5968898/36‑1 (MQ=255)
tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc < 1:7185206/36‑1 (MQ=255)
tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc < 1:6676883/36‑1 (MQ=255)
tttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACt < 1:1410377/35‑1 (MQ=255)
gtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACt > 1:7759211/1‑36 (MQ=37)
gtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTGGTAGGGaaat > 1:1770503/1‑34 (MQ=25)
gtTGATTGTTGGCGGGGGTTTTTTTGGTAGGGGACt > 1:3734106/1‑36 (MQ=16)
ttGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTTGTTGGGAACtt > 1:1806206/1‑35 (MQ=12)
ttGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACTg > 1:2989339/1‑36 (MQ=37)
ttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTg > 1:7696930/1‑36 (MQ=255)
ttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTg < 1:4026272/36‑1 (MQ=255)
tGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACTgg > 1:1642855/1‑36 (MQ=37)
gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTggt > 1:7433051/1‑35 (MQ=255)
gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGGGAACTggg > 1:434632/1‑35 (MQ=255)
gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc < 1:455145/36‑1 (MQ=255)
gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc < 1:6435696/36‑1 (MQ=255)
gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc < 1:3498981/36‑1 (MQ=255)
aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTGGCg > 1:4289214/1‑36 (MQ=255)
aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCg < 1:3860468/36‑1 (MQ=255)
aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCg < 1:5593380/36‑1 (MQ=255)
ttgttgGCGGTGGTTTTGTTTGTAGGGGACTggggg > 1:7542322/1‑33 (MQ=9)
tgttgGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAAATGGCGAt > 1:641861/1‑36 (MQ=37)
tgttgGCGGTGGGTTTATTGGTAGGGGACTGGGGAt > 1:6005426/1‑36 (MQ=12)
gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg < 1:7392770/36‑1 (MQ=255)
gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg < 1:3868067/36‑1 (MQ=255)
gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg < 1:1990281/36‑1 (MQ=255)
ttgTCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATgg < 1:7621456/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAt > 1:5205328/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt > 1:2645100/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt < 1:7825645/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt < 1:1600074/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt > 1:3654980/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt > 1:8341719/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt > 1:8131586/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt > 1:1293398/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt > 1:6880229/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTTTGACTGGTAGCGAACTGGCTATGGAttt < 1:1925185/36‑1 (MQ=37)
ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGCtttt > 1:41862/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt > 1:3561961/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt > 1:6054394/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt > 1:456431/1‑36 (MQ=255)
gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGGttttt > 1:3653189/1‑36 (MQ=255)
gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttt > 1:1688542/1‑36 (MQ=255)
gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttt < 1:7329663/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg < 1:7300549/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg < 1:2575347/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg < 1:2673244/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg < 1:6270058/36‑1 (MQ=255)
ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttttt > 1:7652047/1‑34 (MQ=255)
ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt < 1:2017061/36‑1 (MQ=255)
ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt < 1:8162500/36‑1 (MQ=255)
ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt > 1:6400894/1‑36 (MQ=255)
gtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTc < 1:5232256/36‑1 (MQ=255)
gtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTc < 1:608387/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt > 1:5921833/1‑36 (MQ=255)
ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt < 1:3970718/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt > 1:3267026/1‑36 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCTATGGATTTTTGTCGTg < 1:7391600/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg < 1:7725667/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg < 1:8473184/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg < 1:7472661/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg < 1:2336390/36‑1 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg > 1:6851281/1‑36 (MQ=255)
tGATTGGTAGCGAAATGGCGATGGATTTTTGTTGTg > 1:1974498/1‑36 (MQ=38)
tGATTGGTAGAGAACTGGCGATGGATTTTTTTGGTg > 1:1282296/1‑36 (MQ=21)
gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc < 1:3596123/36‑1 (MQ=255)
gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc < 1:5047959/36‑1 (MQ=255)
gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc > 1:3026610/1‑36 (MQ=255)
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GATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGC > REL606/2729189‑2729259
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 8 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|