Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,274,330 | 0 | G→T | 9.0% | 0.7 ‑5.3 ‑0.0 | 69 | 256 | ychP | predicted invasin |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (27/35): total (34/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.99e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01 |
AGGTCATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTGG > REL606/1274296‑1274365
|
aGGTCTTTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTtgt < 1:6729334/36‑1 (MQ=255)
aGGTCATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTtgt < 1:1589644/36‑1 (MQ=255)
gTCATTTTACCGGCAGCCTTGGGAGCTGGCTTTTGc > 1:1381621/1‑36 (MQ=12)
cATTTTACCGGCAGTCGTTGAAGCTGGTTTTTGCCg > 1:6751320/1‑36 (MQ=37)
cATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGcca < 1:3215654/36‑2 (MQ=255)
cATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCg < 1:5994087/36‑1 (MQ=255)
cATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCg < 1:642552/36‑1 (MQ=255)
aTTTTGCCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGt < 1:5045410/36‑1 (MQ=255)
ttttACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGtt < 1:1909680/36‑1 (MQ=255)
tttACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTTTTCCGTTa > 1:557790/1‑36 (MQ=37)
tttACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTa < 1:2036932/36‑1 (MQ=255)
ttACCGGCAGTCGTTGAAGCTGGTTTTTGCCGttta > 1:5931980/1‑34 (MQ=25)
ttACCGGCAGTCGTGGGAGCTGGGTTTTGCGGttta > 1:5163451/1‑34 (MQ=12)
ttACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTAc < 1:2558281/36‑1 (MQ=255)
ttACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTAc < 1:2702094/36‑1 (MQ=255)
tACCGGCATTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACa < 1:2741177/36‑1 (MQ=255)
tACCGGCAGTCGTGGAAGGTGGTTTTTGTCGTTACa > 1:6572105/1‑36 (MQ=25)
tACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACa < 1:3919132/36‑1 (MQ=255)
aCCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTTTGCCGTTACaa > 1:5442797/1‑36 (MQ=255)
aCCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACaa < 1:3922449/36‑1 (MQ=255)
aCCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACaa < 1:6735222/36‑1 (MQ=255)
ccGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAg > 1:5100737/1‑36 (MQ=255)
ccGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAg > 1:4185074/1‑36 (MQ=255)
ccGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAg > 1:6663754/1‑36 (MQ=255)
ccGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGAGCCGTTAcccg > 1:7928267/1‑33 (MQ=38)
cGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGa < 1:5662835/36‑1 (MQ=255)
cGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGa > 1:5329337/1‑36 (MQ=255)
cGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGa > 1:1338084/1‑36 (MQ=255)
ggCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGAt < 1:7345288/36‑1 (MQ=255)
gCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATa > 1:3487367/1‑36 (MQ=255)
gCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATa < 1:773732/36‑1 (MQ=255)
cAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATaa < 1:4309462/36‑1 (MQ=255)
aGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAAt > 1:4865192/1‑36 (MQ=255)
aGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAAt > 1:1045968/1‑36 (MQ=255)
aGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAAt < 1:2928305/36‑1 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATg > 1:916958/1‑36 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATg < 1:1880990/36‑1 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATg > 1:7435499/1‑36 (MQ=255)
tCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGa < 1:2974545/36‑1 (MQ=255)
tCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGa < 1:6998782/36‑1 (MQ=255)
cGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGAt > 1:5257721/1‑36 (MQ=255)
cGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGAt < 1:3008470/36‑1 (MQ=255)
gTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATc > 1:5986413/1‑36 (MQ=255)
gTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATc > 1:2477151/1‑36 (MQ=255)
tGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGAtag > 1:403084/1‑34 (MQ=255)
tGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCg < 1:574350/36‑1 (MQ=255)
ggAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGt > 1:3652689/1‑36 (MQ=255)
ggAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGt > 1:7329033/1‑36 (MQ=255)
gAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGtt < 1:7640455/36‑1 (MQ=255)
gAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGtt > 1:7272964/1‑36 (MQ=255)
gAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGtt < 1:602366/36‑1 (MQ=255)
aaGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTa < 1:6241047/36‑1 (MQ=255)
aGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAt < 1:5871386/36‑1 (MQ=255)
aGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAt > 1:3548420/1‑36 (MQ=255)
aGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAt > 1:962252/1‑36 (MQ=255)
gCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAtc < 1:730139/36‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAtc < 1:1459396/36‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAtc > 1:6715253/1‑36 (MQ=255)
gCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAtc < 1:6634223/36‑1 (MQ=255)
tGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTAtctc > 1:3773886/1‑36 (MQ=255)
ggTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCa < 1:5239746/36‑1 (MQ=255)
ggTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCa < 1:7229032/36‑1 (MQ=255)
gTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCAc > 1:6798763/1‑36 (MQ=255)
gTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCAc < 1:542527/36‑1 (MQ=255)
gTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCAc > 1:3178259/1‑36 (MQ=255)
gTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCAc < 1:6310509/36‑1 (MQ=255)
gTTTGCGCCGTTACAAGGTAATGATCGTTATCTCaa > 1:2328647/1‑35 (MQ=37)
tttGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCAcc > 1:5005526/1‑36 (MQ=255)
ttGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCt < 1:7177932/36‑1 (MQ=255)
ttGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCt > 1:7138723/1‑36 (MQ=255)
ttGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCt < 1:2071333/36‑1 (MQ=255)
tgtgCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTg < 1:2989056/36‑1 (MQ=255)
tgtgCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTg > 1:4744107/1‑36 (MQ=255)
gtgCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTgg > 1:5392202/1‑36 (MQ=255)
gtgCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTgg > 1:7041913/1‑36 (MQ=255)
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AGGTCATTTTACCGGCAGTCGTGGAAGCTGGTTTGTGCCGTTACAAGATAATGATCGTTATCTCACCTGG > REL606/1274296‑1274365
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 12 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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