Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 93.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)40 (0.710) 29/64 NT 93.0% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 3 (0.150)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)46 (0.810) 31/64 NT 93.9% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 3 (0.160)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

Only 100 of 188 total aligned reads displayed.

TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763
                                   |                                   
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:8131552‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:8051536‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:7955018‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2571057‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:7290542‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:7126190‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGATTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:5584636‑M1/36‑1 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:3839151‑M1/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:1291652‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:6526419‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:1382644‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    <  1:6970253‑M1/36‑2 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGa                                    >  1:6272555‑M1/1‑35 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:1886600‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:5069193‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   >  1:2665260‑M1/1‑34 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:4668151‑M1/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:4619327‑M1/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:6384771‑M1/36‑3 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGat                                   <  1:1078995‑M1/36‑3 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  <  1:800679‑M1/36‑4 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGatt                                  <  1:2279077‑M1/36‑4 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattc                                 >  1:3166461‑M1/1‑32 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattc                                 <  1:5000718‑M1/36‑5 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattc                                 <  1:8023792‑M1/36‑5 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:5938940/36‑1 (MQ=35)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcg                                <  1:3853085‑M1/36‑6 (MQ=255)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                               >  1:7702234/1‑36 (MQ=40)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                               >  1:2231474/1‑36 (MQ=40)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaac                              >  1:1859660‑M1/1‑29 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaac                              >  1:1536771‑M1/1‑29 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaa                              <  1:7203528‑M1/36‑8 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacc                             >  1:3704833‑M1/1‑28 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaac                             >  1:436628‑M1/1‑28 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                             <  1:863465/36‑1 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                             >  1:1828351/1‑36 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaacc                            >  1:391833‑M1/1‑27 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                            <  1:1615438/36‑1 (MQ=255)
          ttaaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:7183800/34‑1 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacccc                           <  1:8358876‑M1/36‑11 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccc                           <  1:1786541‑M1/36‑11 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:5299945/36‑1 (MQ=40)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           >  1:8470301/1‑36 (MQ=40)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccg                          <  1:1471348/36‑1 (MQ=38)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgg                         >  1:4840964‑M1/1‑24 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         <  1:6775926/36‑1 (MQ=38)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         >  1:7489183/1‑36 (MQ=38)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccggg                        <  1:3421608‑M1/36‑14 (MQ=255)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgcc                        >  1:4296828/1‑36 (MQ=40)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:1578810‑M1/36‑15 (MQ=255)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:7569420‑M1/36‑15 (MQ=255)
               ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggat                      >  1:3949907‑M1/1‑21 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGtt                     >  1:7391518/1‑36 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGtt                     >  1:4029112/1‑36 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgc                    <  1:4143615‑M1/36‑18 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTg                    >  1:456699/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   >  1:5655713/1‑36 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcag                  <  1:5319647‑M1/36‑20 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcag                  >  1:32750‑M1/1‑17 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgct                 <  1:1084723‑M1/36‑21 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgct                 >  1:2782757‑M1/1‑16 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagc                 <  1:6845184‑M1/36‑21 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagc                 <  1:2892769‑M1/36‑21 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCAc                 <  1:8192233/36‑1 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgcta                >  1:1685063‑M1/1‑15 (MQ=255)
                      ttAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaa               >  1:4883119‑M1/1‑14 (MQ=255)
                      ttAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaa               >  1:3527162‑M1/1‑14 (MQ=255)
                      ttAGCGCTTATGGGacgcaaccccgggtgctgctaa               >  1:4343052‑M1/1‑14 (MQ=255)
                      tgaGCGCTTAGGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACtt               <  1:1328987/34‑1 (MQ=25)
                       tAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaat              >  1:2217040‑M1/1‑13 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             >  1:2636411‑M1/1‑12 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             <  1:1309081‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             >  1:1416796‑M1/1‑12 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagctttt             >  1:1167295‑M1/1‑12 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGattcgaaccccggatgcagctttt             >  1:6998041‑M1/1‑12 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgc            <  1:2025934‑M1/36‑26 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:3471968/36‑1 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:8318807/36‑1 (MQ=255)
                           gcTTATGGGccgcaaccccgggtgctgttaatgcgg          >  1:5632960‑M1/1‑9 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCATTCACAGCCGCTGCACTTACTCg          >  1:7344623/1‑36 (MQ=19)
                            cTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcgga         >  1:2745663‑M1/1‑8 (MQ=255)
                            cTTATGGGattcgaaccccggatgcagcttttgacc         <  1:7517983‑M1/36‑29 (MQ=255)
                            cTTATGGGattcgaaccccggatgcagcctttgacc         >  1:6286547‑M1/1‑8 (MQ=255)
                            cTTAGGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCgg         <  1:7142562/36‑1 (MQ=255)
                             ttATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGa        >  1:6094792/1‑36 (MQ=255)
                              tATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAt       <  1:6209495/36‑1 (MQ=255)
                              tATGGGACCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAt       <  1:1675125/36‑1 (MQ=255)
                               aTGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      <  1:7077875/36‑1 (MQ=255)
                               aTGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      >  1:2620160/1‑36 (MQ=255)
                               aTGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      <  1:4927523/36‑1 (MQ=255)
                                tGGGattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcat     <  1:1762807‑M1/36‑33 (MQ=255)
                                 gggccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcga    >  1:3623406‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                  ggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatac   >  1:615117‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTcat   >  1:6237446/1‑34 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:5737417/1‑36 (MQ=255)
                                   gccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcgacc  >  1:782183‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   gattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatact  <  1:4589882‑M1/36‑36 (MQ=255)
                                   gATCCCTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  <  1:2963050/36‑1 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:2135964/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:3447162/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG