Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 2,010,988 | +G | 6.0% | coding (47/1059 nt) | yeeA ← | conserved inner membrane protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,010,988 | 1 | .→G | 6.0% | 9.0 ‑3.0 ‑0.4 | 50 | coding (47/1059 nt) | yeeA | conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/0): ref base (16/31): total (19/31) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.94e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.98e-01 |
CGACCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACTTA > REL606/2010956‑2011023
|
cgACCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGt < 1:3831922/36‑1 (MQ=255)
gACCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGta < 1:2529279/36‑1 (MQ=255)
aCCCTAGTACCATGACCAATGCGGTAATGGC.GGtat < 1:5485916/36‑1 (MQ=25)
aCCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGtat < 1:6628733/36‑1 (MQ=255)
aCCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGtat < 1:3819438/36‑1 (MQ=255)
cccGAGTACCATGCGCAATTCGGTAATGGC.GGtat.a < 1:5623444/36‑1 (MQ=37)
cccGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGtat.a < 1:1173171/36‑1 (MQ=255)
ccGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.c < 1:7283174/36‑1 (MQ=255)
ccGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.c < 1:4686782/36‑1 (MQ=255)
cGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGgat.aac > 1:5625773/1‑34 (MQ=37)
cGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTTT.A.cc > 1:882037/1‑36 (MQ=255)
gAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.ccc < 1:3055072/36‑1 (MQ=255)
aGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.tccc > 1:2943919/1‑35 (MQ=255)
aGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.acct > 1:7092227/1‑35 (MQ=255)
aGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCg > 1:5230851/1‑36 (MQ=255)
gTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTGT.A.TCCgg > 1:2969905/1‑36 (MQ=37)
gTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCgg < 1:1879274/36‑1 (MQ=255)
gTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCgg < 1:4559758/36‑1 (MQ=255)
tACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.T.ccccgg > 1:6929078/1‑33 (MQ=37)
aCCATGCACAATGCGGTAATGGCGGGTTT.A.CCCggt > 1:4238651/1‑35 (MQ=21)
aCCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGAt < 1:737360/36‑1 (MQ=255)
ccATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.ATCCCggtt > 1:5300406/1‑34 (MQ=25)
ccATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.TCCGGGtt > 1:7388868/1‑36 (MQ=37)
cATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGAttt < 1:5815409/36‑1 (MQ=255)
cATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGAttt < 1:2935649/36‑1 (MQ=255)
gCACAATGCGGTAATGGC.GGTGT.T.CCCCGGttttta > 1:2953855/1‑33 (MQ=12)
gCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCaa < 1:415420/36‑1 (MQ=255)
gCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCaa < 1:2128366/36‑1 (MQ=255)
cacaATGCGTTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCaaa < 1:1808044/36‑1 (MQ=255)
cacaATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCaaa < 1:7237413/36‑1 (MQ=255)
acaATGCGGTAATGGCGGGTTT.A.ACCGGTTTTTaaa > 1:4667081/1‑36 (MQ=9)
acaATGCGGTAATGGCGGGTTA.A.CCCGGTTTTTaaa > 1:4339774/1‑36 (MQ=9)
acaATGCGGTAATGGC.GGTATAA.CCCGGGTTTTaaa > 1:2619131/1‑36 (MQ=16)
acaATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.TCCGGGTTTTAAAc > 1:226889/1‑36 (MQ=25)
acaATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAAc < 1:6879610/36‑1 (MQ=255)
acaATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAAc < 1:680583/36‑1 (MQ=255)
caATGCGGTAATGGC.GGTGT.A.CCCGGCTTTTCAACg > 1:2200820/1‑36 (MQ=16)
caATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACg < 1:5706512/36‑1 (MQ=255)
tGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGc < 1:2414255/36‑1 (MQ=255)
cGGTAATGGC.GGTTT.A.ACCCGGTTTGTAACGGGcgt > 1:1176996/1‑34 (MQ=2)
cGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCtt < 1:6853862/36‑1 (MQ=255)
cGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCtt < 1:2384417/36‑1 (MQ=255)
gTAATGGC.GGGAT.T.CCCCGGTTTTAAACCGGCttta > 1:2809347/1‑34 (MQ=2)
tAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAAt < 1:6729435/36‑1 (MQ=255)
aTGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTTATGa > 1:4668926/1‑36 (MQ=255)
aTGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGa < 1:7089666/36‑1 (MQ=255)
aTGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGa < 1:2356472/36‑1 (MQ=255)
tGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGAc < 1:7516541/36‑1 (MQ=255)
ggC.GGTAT.C.CCCGGATTTCAACCGGGCTTAATGCCt < 1:5658095/36‑1 (MQ=25)
gC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACtt < 1:2229512/36‑1 (MQ=255)
c.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACTTa < 1:2047299/36‑1 (MQ=255)
c.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACTTa > 1:4546656/1‑36 (MQ=255)
c.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACTTa < 1:1241484/36‑1 (MQ=255)
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CGACCCGAGTACCATGCACAATGCGGTAATGGC.GGTAT.A.CCCGGATTTCAAACGGGCTTAATGACTTA > REL606/2010956‑2011023
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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