Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,280,884 | 0 | C→A | 8.5% | 0.8 ‑2.7 0.0 | 77 | 933 | rpoN | DNA‑directed RNA polymerase subunit N |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/8): ref base (32/36): total (33/44) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.97e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AACCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATCT > REL606/3280849‑3280919
|
aaCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACgcgcgc > 1:4442470/1‑36 (MQ=255)
aaCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACgcgcgc > 1:6831029/1‑36 (MQ=255)
aaCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACgcgcgc > 1:6286649/1‑36 (MQ=255)
aaCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACgcgcgc < 1:6866030/36‑1 (MQ=255)
aaCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACgcgcgc > 1:3665606/1‑36 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa < 1:2257544/36‑1 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa > 1:6770019/1‑36 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa < 1:1679387/36‑1 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa > 1:4929718/1‑36 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa < 1:1240144/36‑1 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa > 1:514562/1‑36 (MQ=255)
aCCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCa > 1:5171/1‑36 (MQ=255)
ccAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCaa > 1:3785484/1‑36 (MQ=255)
ccAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCaa < 1:3174145/36‑1 (MQ=255)
ccAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCaa < 1:2540161/36‑1 (MQ=255)
cAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAAc > 1:3921831/1‑36 (MQ=255)
aGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACg < 1:4745264/36‑1 (MQ=255)
aGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACg > 1:1690327/1‑36 (MQ=255)
aGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACg > 1:7314564/1‑36 (MQ=255)
cACTACGCCTCGCTGTGCAATAACGCGCGAAACGAt > 1:6670672/1‑36 (MQ=37)
cACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:3811234/36‑1 (MQ=255)
cACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:348429/36‑1 (MQ=255)
cACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:5740252/36‑1 (MQ=255)
cACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:5806174/36‑1 (MQ=255)
cACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:7149066/36‑1 (MQ=255)
cACTACGCCTCGATATGCAATAACGCGCGCAACGAt < 1:4688564/36‑1 (MQ=255)
aCTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATg > 1:2207588/1‑36 (MQ=255)
aCTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATg > 1:1469568/1‑36 (MQ=255)
cTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATgg > 1:3613163/1‑36 (MQ=255)
cTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATgg > 1:3155643/1‑36 (MQ=255)
tACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGt < 1:7160223/36‑1 (MQ=255)
tACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGt > 1:1443152/1‑36 (MQ=255)
tACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGt < 1:1693486/36‑1 (MQ=255)
tACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGt < 1:2420073/36‑1 (MQ=255)
aCGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTg > 1:3884107/1‑36 (MQ=255)
cGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGa < 1:6180330/36‑1 (MQ=255)
cGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGa > 1:2038063/1‑36 (MQ=255)
gCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGAc < 1:3474463/36‑1 (MQ=255)
gCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGAc < 1:6551938/36‑1 (MQ=255)
gCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGAc > 1:5352191/1‑36 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa < 1:4644470/36‑1 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa < 1:6021665/36‑1 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa < 1:1435258/36‑1 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa > 1:3542674/1‑36 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa < 1:6903153/36‑1 (MQ=255)
ccTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACa < 1:6035503/36‑1 (MQ=255)
cTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAg < 1:3397848/36‑1 (MQ=255)
cTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAg < 1:5628665/36‑1 (MQ=255)
cGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGcc > 1:6673956/1‑36 (MQ=255)
cGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGcc < 1:168882/36‑1 (MQ=255)
cGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGcc < 1:5350388/36‑1 (MQ=255)
gATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCa > 1:7472619/1‑36 (MQ=255)
aTGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAg > 1:5397969/1‑36 (MQ=255)
aTGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAg < 1:2114344/36‑1 (MQ=255)
aTGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAg < 1:131702/36‑1 (MQ=255)
aTGTGCAATAACGCGAGCAACGATGGTGACAGCCAg > 1:1482337/1‑36 (MQ=255)
tgtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGt > 1:3903947/1‑36 (MQ=255)
tgtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGt > 1:6489654/1‑36 (MQ=255)
tgtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGt > 1:5861893/1‑36 (MQ=255)
tgtgAAATAACGCGCGAAACGAGGGTGACAGCCAGt < 1:6062980/36‑1 (MQ=25)
gtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGtt > 1:431443/1‑36 (MQ=255)
gtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGtt > 1:4029173/1‑36 (MQ=255)
gtgCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGtt < 1:833815/36‑1 (MQ=255)
tgCAATAACGCGCGCAGCGATGGTGACAGCCAGttt < 1:4378912/36‑1 (MQ=255)
tgCAATAACGCGCGAAACGATGGTGACAGCCAGttt < 1:2355880/36‑1 (MQ=255)
tgCAATAACGCGCGAAAAGATGGTGACAGCCAGttt < 1:1186456/36‑1 (MQ=25)
gCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTa > 1:5288322/1‑36 (MQ=255)
gCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTa > 1:2300759/1‑36 (MQ=255)
aaTAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATc > 1:6225153/1‑36 (MQ=255)
aaTAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATc < 1:3345852/36‑1 (MQ=255)
aaTAACGCGCGAAACGATGGTGACAGCCAGTTTATc < 1:6702591/36‑1 (MQ=255)
aTAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTCTcc > 1:2921822/1‑36 (MQ=255)
aTAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATcc < 1:4636266/36‑1 (MQ=255)
aTAACGCGCGAAACGATGGTGACAGCCAGTTTATcc < 1:2293662/36‑1 (MQ=255)
aTAACGCGCGAAACCACGGTCACAGCCAGTTTATcc < 1:7317952/36‑1 (MQ=19)
tAACGCGCGCAACGATGGGGACAGCCAGTTTATcag > 1:5384315/1‑34 (MQ=37)
tAACGCGCGAAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCg < 1:2045907/36‑1 (MQ=255)
aaaCGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCg < 1:4738382/35‑1 (MQ=255)
aaCGCGCGCAACGATGGTAACAGCCAGTTTATCCgc < 1:4787275/36‑1 (MQ=255)
aCGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgca < 1:7287392/36‑1 (MQ=255)
aCGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgca > 1:6870801/1‑36 (MQ=255)
cgcgcgAAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgcag < 1:7439685/36‑1 (MQ=255)
gcgcgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagc > 1:1138908/1‑36 (MQ=255)
gcgcgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagc > 1:1214483/1‑36 (MQ=255)
gcgcgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagc > 1:1429335/1‑36 (MQ=255)
gcgcgcAACGAGGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagc < 1:5038819/36‑1 (MQ=255)
gcgcgcAACGAGGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagc < 1:6484344/36‑1 (MQ=255)
acgcggAACAATGGTGGCAGCCAGTTTATCCgcagc < 1:177853/35‑1 (MQ=25)
cgcgaAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCgcagca < 1:1022703/36‑1 (MQ=255)
gcgcAACGATGGTGACAGCGAGTTTATCCGCAGCaa > 1:6867857/1‑36 (MQ=255)
gcgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCaa > 1:5758622/1‑36 (MQ=255)
gcgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCaa > 1:583578/1‑36 (MQ=255)
cgcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAAt > 1:4021539/1‑36 (MQ=255)
gcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATc > 1:7233871/1‑36 (MQ=255)
gcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATc < 1:3556165/36‑1 (MQ=255)
gcAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATc < 1:5194533/36‑1 (MQ=255)
cAAGGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATCt < 1:1699927/36‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTGACAGCTAGTTTGTCCGCAGCAATCt < 1:2576566/36‑1 (MQ=37)
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AACCAGCACTACGCCTCGATGTGCAATAACGCGCGCAACGATGGTGACAGCCAGTTTATCCGCAGCAATCT > REL606/3280849‑3280919
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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