Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,721,328 G→T 17.1% W202L (TGG→TTG)  norM → multidrug efflux protein NorM

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,721,3280G→T17.1% 5.9 ‑4.3 ‑0.040605norMmultidrug efflux protein NorM
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/0):  ref base (16/17):  total (23/17)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.42e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.58e-01

GTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAC  >  REL606/1721294‑1721363
                                  |                                   
gttggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTgg                                    <  1:7257194/36‑1 (MQ=255)
 ttggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTTTTtgg                                   >  1:7251561/1‑36 (MQ=21)
   ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTc                                 <  1:7855446/36‑1 (MQ=255)
   ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGGTTTggggg                                 >  1:5386149/1‑34 (MQ=25)
   ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTGTTTGGtg                                 >  1:5215887/1‑35 (MQ=21)
     ttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCAt                               <  1:508175/36‑1 (MQ=255)
       gtggcgtggcTACTGCGGCGGGGTTTTTGGTGATGt                             >  1:2625573/1‑36 (MQ=16)
          gcgtggcTACTGCGGCGGTTTATTGGGTCATGTTcc                          <  1:871751/36‑1 (MQ=255)
          gcgtggcTACTGCGGCGGTGTTTTTGGTTATGtttc                          >  1:7758930/1‑34 (MQ=18)
          gcgtggcTACTGCGGCGGTGTATTTGGGCATTTTcc                          >  1:8272759/1‑36 (MQ=21)
          gcgtggcTACTGCGGCGGGGTGTTTGGTCGTGtttc                          >  1:4051498/1‑34 (MQ=12)
           cgtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCt                         <  1:5450670/36‑1 (MQ=255)
           cgtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCt                         <  1:3717524/36‑1 (MQ=255)
           cgtggcTACTGCGGCGGGGTTTTTGGTCATTTTTCt                         >  1:5398419/1‑36 (MQ=12)
            gtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCtt                        <  1:6981235/36‑1 (MQ=255)
                cTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCa                    <  1:7808200/36‑1 (MQ=255)
                 tACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCAt                   <  1:3549482/36‑1 (MQ=255)
                  aCTGCGGCGGTGTATTTGGTCATTTTCCTTTTCATg                  >  1:3802362/1‑36 (MQ=16)
                  aCTGCGGCGGTGTATTGGGTCATTTTTCTTTCCAtt                  >  1:1598569/1‑35 (MQ=25)
                    tGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGt                <  1:1404190/36‑1 (MQ=255)
                      cggcggTGTATTGGGTCATTTTTCTTTCCCTGGttt              >  1:2711426/1‑36 (MQ=19)
                       gtcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTc             <  1:6842430/34‑1 (MQ=255)
                       ggcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTc             >  1:292502/1‑36 (MQ=255)
                       ggcggTGGATTGGGTCATGGTACTTGCCATGGTTTc             >  1:7563154/1‑36 (MQ=25)
                        gcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCt            <  1:6992018/36‑1 (MQ=255)
                         cggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCtt           <  1:3386108/36‑1 (MQ=255)
                         cggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCtt           >  1:5599643/1‑36 (MQ=255)
                          ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCttc          >  1:7173653/1‑35 (MQ=255)
                          ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa          >  1:8018107/1‑36 (MQ=255)
                          ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa          >  1:2794355/1‑36 (MQ=255)
                          ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa          >  1:3788218/1‑36 (MQ=255)
                           gtgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTAc         >  1:6673374/1‑36 (MQ=255)
                            tgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACa        >  1:3505221/1‑36 (MQ=255)
                               aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa     >  1:6735272/1‑36 (MQ=255)
                               aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa     >  1:2945114/1‑36 (MQ=255)
                               aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa     <  1:7287882/36‑1 (MQ=255)
                               aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa     <  1:3059992/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa    <  1:5747643/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa    >  1:5665966/1‑36 (MQ=255)
                                ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa    <  1:1562471/36‑1 (MQ=255)
                                 tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa   >  1:5138079/1‑36 (MQ=255)
                                 tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa   >  1:7953750/1‑36 (MQ=255)
                                 tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa   <  1:4456645/36‑1 (MQ=255)
                                  gggTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAc  >  1:5812713/1‑36 (MQ=255)
                                  gggTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAc  <  1:1606254/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
GTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAC  >  REL606/1721294‑1721363

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG