Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,344,267 G→A 7.5% V448V (GTG→GTA acrF → multidrug efflux system protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,344,2670G→A 7.5% 6.2 ‑2.9 ‑0.0671344acrFmultidrug efflux system protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (5/0):  ref base (28/33):  total (33/34)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.31e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.91e-01

CAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGG  >  REL606/3344232‑3344302
                                   |                                   
cAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTg                                     >  1:7480606/1‑36 (MQ=255)
 aaaTTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGc                                    <  1:6658954/36‑1 (MQ=255)
 aaaTTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGc                                    >  1:6636243/1‑36 (MQ=255)
 aaaTTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGc                                    >  1:7288659/1‑36 (MQ=255)
 aaaTTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGc                                    <  1:1927674/36‑1 (MQ=255)
     tCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTc                                <  1:7435500/36‑1 (MQ=255)
      cAGGGCGCCCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCa                               <  1:209943/36‑1 (MQ=255)
       aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg                              >  1:892815/1‑36 (MQ=255)
       aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg                              >  1:2310627/1‑36 (MQ=255)
        gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                             >  1:6730651/1‑36 (MQ=255)
        gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                             <  1:4740503/36‑1 (MQ=255)
        gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                             >  1:5315312/1‑36 (MQ=255)
          gcgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCgg                           >  1:1857633/1‑36 (MQ=255)
            gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGta                         >  1:7760824/1‑36 (MQ=255)
              ccTGGTGAGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       <  1:6114699/35‑1 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       >  1:4652643/1‑36 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       <  1:591136/36‑1 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       >  1:6521998/1‑36 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       <  1:2548703/36‑1 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       >  1:2293821/1‑36 (MQ=255)
              aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                       >  1:1121667/1‑36 (MQ=255)
               cTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtattt                      <  1:3624429/36‑1 (MQ=255)
                 ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                    <  1:6198327/36‑1 (MQ=255)
                 ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                    <  1:5359784/36‑1 (MQ=255)
                 ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                    <  1:896096/36‑1 (MQ=255)
                 ggtcgGTATCGCGCTGGGACTGTCGGCGGtttttgt                    >  1:1863025/1‑34 (MQ=12)
                  gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCATCGGtatttatt                   <  1:1911251/36‑1 (MQ=255)
                  gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt                   >  1:7057678/1‑36 (MQ=255)
                  gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt                   >  1:5481043/1‑36 (MQ=255)
                   tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                  <  1:7039108/36‑1 (MQ=255)
                   tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                  <  1:901532/36‑1 (MQ=255)
                   tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                  <  1:2408699/36‑1 (MQ=255)
                   tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                  <  1:3028609/36‑1 (MQ=255)
                   tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                  >  1:4183838/1‑36 (MQ=255)
                    cggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGtattttttgg                 >  1:5191356/2‑34 (MQ=17)
                     ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg                >  1:5152276/1‑36 (MQ=255)
                     ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg                >  1:4644583/1‑36 (MQ=255)
                     ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGttttttttacc                >  1:1538378/1‑33 (MQ=17)
                     ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGGATTTTTTCCg                >  1:6226845/1‑36 (MQ=11)
                      gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa               <  1:1476285/36‑1 (MQ=255)
                      gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa               <  1:5922649/36‑1 (MQ=255)
                      gTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGTTTTTGTTGCgg               >  1:864975/1‑35 (MQ=17)
                       tgtCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt              <  1:2624003/34‑1 (MQ=255)
                       tATCGCGATGTTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt              <  1:7734423/36‑1 (MQ=255)
                       tATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt              <  1:5701377/36‑1 (MQ=255)
                        aTCTCGATGGTTCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg             <  1:5340125/36‑1 (MQ=25)
                        aTCTCGATGGTGCTGTCAGGGGTATTTATTCCGATg             <  1:5852878/36‑1 (MQ=37)
                        aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg             <  1:7392091/36‑1 (MQ=255)
                        aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg             >  1:4370279/1‑36 (MQ=255)
                         tCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATgg            <  1:937919/36‑1 (MQ=255)
                          cgcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGc           <  1:5482321/36‑1 (MQ=255)
                           gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCa          >  1:4224925/1‑36 (MQ=255)
                            cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCTATGGCAt         >  1:2121570/1‑36 (MQ=255)
                            cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGTTGGCAt         >  1:4857324/1‑36 (MQ=255)
                            cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt         >  1:5684432/1‑36 (MQ=255)
                            cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt         <  1:6627497/36‑1 (MQ=255)
                            cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt         <  1:6543773/36‑1 (MQ=255)
                             gATGGTGCTTTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt        <  1:6945574/36‑1 (MQ=255)
                             gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt        <  1:2536235/36‑1 (MQ=255)
                             gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt        <  1:3800408/36‑1 (MQ=255)
                             gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt        >  1:7592593/1‑36 (MQ=255)
                              aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc       <  1:7515888/36‑1 (MQ=255)
                              aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc       >  1:670897/1‑36 (MQ=255)
                               tGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttct      >  1:1785118/1‑36 (MQ=255)
                                ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttctt     <  1:1350934/36‑1 (MQ=255)
                                 gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttcttc    >  1:7912077/1‑36 (MQ=255)
                                  tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg   >  1:7010133/1‑36 (MQ=255)
                                  tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg   >  1:1259882/1‑36 (MQ=255)
                                   gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg  <  1:7629424/36‑1 (MQ=255)
                                   gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg  >  1:2632206/1‑36 (MQ=255)
                                   gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg  >  1:5392967/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
CAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGG  >  REL606/3344232‑3344302

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG