Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,325,005 | C→G | 24.3% | pseudogene (1434/1440 nt) | yciQ → | hypothetical protein; b1268_2 |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,325,005 | 0 | C→G | 24.3% | 4.7 ‑3.5 0.0 | 28 | pseudogene (1434/1440 nt) | yciQ | hypothetical protein; b1268_2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (11/10): total (18/10) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.02e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT > REL606/1324971‑1325040
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cTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCt < 1:7054607/36‑1 (MQ=255)
ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTaa < 1:4241762/36‑1 (MQ=255)
ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGGGGGGGGTGGtga > 1:3982085/1‑34 (MQ=21)
gcgcGGGTGGCGGAGGCGGGGGTGGGTGGGGATTaa > 1:3618368/1‑36 (MQ=19)
cgcgGGTGGCGGTGGCGGGGGTGGGCGGTCATTTAg > 1:1815771/1‑36 (MQ=9)
cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt < 1:1772186/36‑1 (MQ=255)
cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt < 1:3173028/36‑1 (MQ=255)
gggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGGGGTAATTTAGGTg > 1:1311260/1‑36 (MQ=16)
gggTGGCGGAGGCGGGGGTGGGGGGTGATTAAGATg > 1:3385367/1‑36 (MQ=16)
ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGa < 1:6012299/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTGATTAAGCTGGTg > 1:6350230/1‑36 (MQ=25)
tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATg < 1:4601585/36‑1 (MQ=255)
ggCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGt < 1:5460711/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGCGGTGGGTGGTAAATAAGGTGATGTTAATc > 1:3147542/1‑36 (MQ=19)
ggCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCg < 1:6599983/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGGGGGCGGTAATTAAGGTTATGTTTAtac > 1:6548943/1‑34 (MQ=2)
gCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGa > 1:5807351/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGa > 1:6716099/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa > 1:3061220/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa < 1:4619408/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa > 1:3805320/1‑36 (MQ=255)
ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa > 1:2626849/1‑36 (MQ=255)
gtggtgGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAAc > 1:7737265/1‑36 (MQ=255)
ggtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACaa > 1:1296268/1‑36 (MQ=255)
gtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAg > 1:453295/1‑36 (MQ=255)
tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc < 1:7216434/36‑1 (MQ=255)
tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc > 1:1485552/1‑36 (MQ=255)
ggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCt > 1:2451787/1‑36 (MQ=255)
cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt > 1:6168023/1‑36 (MQ=255)
cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt < 1:5539885/36‑1 (MQ=255)
cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt < 1:979949/36‑1 (MQ=255)
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CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT > REL606/1324971‑1325040
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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