Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,162,835 | G→T | 22.0% | E216* (GAA→TAA) | plsX → | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,162,835 | 0 | G→T | 22.0% | 7.9 ‑4.1 ‑0.0 | 41 | 646 | plsX | fatty acid/phospholipid synthesis protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/0): ref base (17/14): total (27/14) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.58e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.86e-01 |
AACAATCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGATGTG > REL606/1162801‑1162870
|
aaCAATCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTGa < 1:4747754/36‑1 (MQ=255)
aCAATCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTTaa > 1:5884221/1‑36 (MQ=255)
aTCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAgtc > 1:5179667/1‑34 (MQ=38)
aTCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAAcc > 1:6126951/1‑36 (MQ=38)
tCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAGCCa > 1:185617/1‑36 (MQ=255)
tCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAGCCCATTAg > 1:3153524/1‑36 (MQ=37)
tCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAGCCAATTAg > 1:3365359/1‑36 (MQ=38)
tCTATCAATTATATCGGCTATCTTTAAGCCAATGAg > 1:383285/1‑36 (MQ=255)
tATCAATTATATCGGCTATCTTTAAGCCAATTAgtt > 1:2019886/1‑36 (MQ=38)
aaTTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTa < 1:313791/36‑1 (MQ=255)
aaTTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTa > 1:2128802/1‑36 (MQ=255)
aaTTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTa < 1:5957193/36‑1 (MQ=255)
aaTTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTa > 1:6855027/1‑36 (MQ=255)
aaTTATATCGGCTATCTTGAAGCCAACGAGTTGTTa < 1:4791651/36‑1 (MQ=255)
aaTTATATCGGCTATATTAAAGACAATGAgtttttt > 1:4045342/1‑35 (MQ=16)
aTTATATCGGCTATCTTGAAGCTAATGAGTTGTTaa < 1:3226438/36‑1 (MQ=255)
ttATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAAc < 1:2000283/36‑1 (MQ=255)
ttATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAAc > 1:3602330/1‑36 (MQ=255)
ttATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAAc > 1:723626/1‑36 (MQ=255)
atatCGGCTATCTTTAAGCCAATGAGTTGTTAACTg > 1:1538997/1‑36 (MQ=255)
atatCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTg < 1:1102506/36‑1 (MQ=255)
atatCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTg < 1:186581/36‑1 (MQ=255)
atCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGc < 1:6866589/36‑1 (MQ=255)
atCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGc < 1:4055882/36‑1 (MQ=255)
tCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCa < 1:5706572/36‑1 (MQ=255)
cGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTTGCaa > 1:5869981/1‑36 (MQ=255)
ggCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAg > 1:297446/1‑36 (MQ=255)
ggCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAg < 1:6506749/36‑1 (MQ=255)
tATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACa < 1:1510435/36‑1 (MQ=255)
tATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACa > 1:5933592/1‑36 (MQ=255)
tATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACa > 1:2026930/1‑36 (MQ=255)
aTCTTGAAGCCAATGAGATGTTAAATGGAAAGACAg > 1:5893629/1‑36 (MQ=37)
tCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGa > 1:7491497/1‑36 (MQ=255)
tCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGa > 1:1434755/1‑36 (MQ=255)
cTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAt > 1:2548717/1‑36 (MQ=255)
cTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAt > 1:3107710/1‑36 (MQ=255)
cTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAt < 1:7372340/36‑1 (MQ=255)
ttGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtg > 1:711992/1‑36 (MQ=255)
ttGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtg > 1:7338965/1‑36 (MQ=255)
ttGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtg > 1:7489174/1‑36 (MQ=255)
ttGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtg > 1:3374669/1‑36 (MQ=255)
gAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACGGAtgtg > 1:28629/1‑36 (MQ=255)
gAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtgtg > 1:4959496/1‑36 (MQ=255)
gAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtgtg > 1:1754235/1‑36 (MQ=255)
gAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtgtg > 1:4544856/1‑36 (MQ=255)
gAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGAtgtg > 1:302497/1‑36 (MQ=255)
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AACAATCCCTTCTATCAATTATATCGGCTATCTTGAAGCCAATGAGTTGTTAACTGGCAAGACAGATGTG > REL606/1162801‑1162870
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 12 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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