Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC REL606 1,733,288 8 bp x 2 17.7% duplication pykF → pyruvate kinase

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 1733288 =62 (1.140)14 (0.260) 11/66 NT 17.7% coding (324/1413 nt) pykF pyruvate kinase
?REL606 = 1733295 68 (1.180)coding (331/1413 nt) pykF pyruvate kinase

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

TATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAACACC  >  REL606/1733261‑1733330
                                  |                                   
tATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGa                                    <  1:3526090‑M2/36‑2 (MQ=255)
tATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGCAACGTATGa                                    <  1:4563227‑M2/36‑2 (MQ=255)
 agcggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                                   >  1:6257207‑M2/3‑34 (MQ=255)
 aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                                   <  1:5017698‑M2/36‑3 (MQ=255)
 aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                                   >  1:7032399‑M2/1‑34 (MQ=255)
 aTCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaa                                   <  1:5903441‑M2/36‑3 (MQ=255)
  tCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaac                                  >  1:4758208‑M2/1‑33 (MQ=255)
  tCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAg                                  >  1:7131193/1‑36 (MQ=255)
  agcgaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAg                                  <  1:2711219‑M1/11‑1 (MQ=255)
    ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgt                                >  1:2416581‑M2/1‑31 (MQ=255)
    ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                                >  1:2600002/1‑36 (MQ=255)
    ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                                >  1:2738154/1‑36 (MQ=255)
    ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                                <  1:2840912/36‑1 (MQ=255)
    ggCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGt                                <  1:782535/36‑1 (MQ=255)
    cgaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGt                                <  1:6673123‑M1/13‑1 (MQ=255)
     gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                               <  1:4320091‑M1/14‑1 (MQ=255)
     gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                               <  1:6638639‑M1/14‑1 (MQ=255)
     gaaatggttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGtt                               <  1:7401000‑M1/14‑1 (MQ=255)
     gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgta                               >  1:7108537‑M2/1‑30 (MQ=255)
     gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                               <  1:5729166/36‑1 (MQ=255)
     gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                               <  1:1470680/36‑1 (MQ=255)
     gCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGtt                               <  1:3931183/36‑1 (MQ=255)
       atcAGCTAAATGGTTGCGGTAACGTATGAATTTTTc                             <  1:7241989/34‑1 (MQ=21)
       aaCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTc                             <  1:5926530/36‑1 (MQ=255)
        aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                            >  1:4297001/1‑36 (MQ=255)
        aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                            <  1:6567663/36‑1 (MQ=255)
        aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                            >  1:4467460/1‑36 (MQ=255)
        aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCa                            >  1:1549386/1‑36 (MQ=255)
        aCAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGGTTCa                            >  1:7224289/1‑36 (MQ=255)
         cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                           <  1:1064778/36‑1 (MQ=255)
         cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                           <  1:5037395/36‑1 (MQ=255)
         cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                           <  1:4870785/36‑1 (MQ=255)
         cAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCac                           >  1:7201213/1‑36 (MQ=255)
          aGCGGAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                          >  1:3572291/1‑36 (MQ=255)
          aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaag                          <  1:2711219‑M2/36‑12 (MQ=255)
          aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                          <  1:6143087/36‑1 (MQ=255)
          aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                          >  1:4932160/1‑36 (MQ=255)
          aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                          <  1:2274920/36‑1 (MQ=255)
          aGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCact                          <  1:6765741/36‑1 (MQ=255)
            ttgcggtaacgtatgAACGTATGAAGGTTTCactac                        <  1:6802879‑M1/21‑1 (MQ=255)
            cGAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggt                        <  1:6673123‑M2/36‑14 (MQ=255)
             gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                       <  1:7401000‑M2/36‑15 (MQ=255)
             gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                       <  1:4320091‑M2/36‑15 (MQ=255)
             gAAATGGTTGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtt                       <  1:6638639‑M2/36‑15 (MQ=255)
             gAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCactact                       >  1:5595914/1‑36 (MQ=255)
             gAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCactact                       >  1:5502249/1‑36 (MQ=255)
              aaaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTg                      >  1:5655397/1‑36 (MQ=255)
               aaTGGTTGGGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa                     <  1:6255582/36‑1 (MQ=255)
               aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa                     <  1:7191146/36‑1 (MQ=255)
               aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa                     >  1:5723904/1‑36 (MQ=255)
               aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa                     >  1:2068739/1‑36 (MQ=255)
               aaTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGa                     <  1:1880479/36‑1 (MQ=255)
                aTGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGAc                    <  1:4056894/36‑1 (MQ=255)
                   gTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctg                 >  1:1556781/1‑36 (MQ=255)
                    ttGCGGTAACGTATGaacgtatgaaggtttcactac                <  1:6802879‑M2/36‑22 (MQ=255)
                    acgtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgt                >  1:5666042‑M1/8‑36 (MQ=255)
                     tGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtc               <  1:3279965/36‑1 (MQ=255)
                     cgtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtc               >  1:996711‑M1/7‑36 (MQ=255)
                      gtatgAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtct              <  1:4302961‑M1/31‑1 (MQ=255)
                      gCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtct              <  1:769303/36‑1 (MQ=255)
                       cGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctg             >  1:3381996/1‑36 (MQ=255)
                       cGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctg             >  1:5303888/1‑36 (MQ=255)
                        ggTAGCGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt            <  1:2144675/36‑1 (MQ=255)
                        ggTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt            <  1:6753983/36‑1 (MQ=255)
                        ggTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACctgtctgt            >  1:7234925/1‑36 (MQ=255)
                         gTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGtt           >  1:4538560/1‑36 (MQ=255)
                         gTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGtt           <  1:2845414/36‑1 (MQ=255)
                          tAACGTATGAAGGTTTCACTACTGTCCTGTCTGTTg          <  1:5311922/36‑1 (MQ=255)
                          tAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg          <  1:3850389/36‑1 (MQ=255)
                          gAACGTATGAGGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg          >  1:7050129‑M1/2‑36 (MQ=255)
                          gAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTg          >  1:45104‑M1/2‑36 (MQ=255)
                           aaggTATGAAGGGTTCACTACTGAACTGTCTGTTgg         >  1:4198373/4‑36 (MQ=37)
                           AACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTgg         <  1:970412‑M1/36‑1 (MQ=255)
                           AACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGGTgg         <  1:1759118‑M1/36‑1 (MQ=255)
                            acgtatgaacgtatgaaggtttcactactgacctgt        >  1:5666042‑M2/1‑7 (MQ=255)
                            aCGTATGAAGGTTTCACTAATGAACTGTCTTTTggt        >  1:2197110/1‑35 (MQ=25)
                            aCGTATGAAGGTTTCAATACTGACCTGGATGTTGGc        >  1:213684/1‑36 (MQ=25)
                            ACGTACGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGc        >  1:5444242‑M1/1‑36 (MQ=255)
                             cGTATGAAGGTTTCACTGCTGCCCTGTCTGTTGGCa       <  1:4834288/36‑1 (MQ=38)
                             cGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCa       <  1:4658649/36‑1 (MQ=255)
                             cGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCa       >  1:7051346/1‑36 (MQ=255)
                             cGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCa       <  1:732531/36‑1 (MQ=255)
                             cGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCa       >  1:4336646/1‑36 (MQ=255)
                              gtatgaacgtatgaaggtttcactactgacctgtct      <  1:4302961‑M2/36‑32 (MQ=255)
                              gTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCaa      <  1:3920829/36‑1 (MQ=255)
                              gTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCaa      <  1:6963960/36‑1 (MQ=255)
                              gTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCaa      <  1:2615010/36‑1 (MQ=255)
                              gTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCaa      <  1:4650200/36‑1 (MQ=255)
                              gTATGAAGGGTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCaa      >  1:2087267/1‑36 (MQ=255)
                               tATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAac     >  1:173287/1‑36 (MQ=255)
                               tATGAAGGTTTCACTACTGACATGTAGGTTGGCAac     >  1:4328601/1‑36 (MQ=255)
                                aTGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAaca    >  1:2368974/1‑36 (MQ=255)
                                aTGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAaca    >  1:6758930/1‑36 (MQ=255)
                                 tGAAGGTTTCACTACTGGCCTGTCTGTTGGCAacac   <  1:33184/36‑1 (MQ=255)
                                 tGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAacac   >  1:6092101/1‑36 (MQ=255)
                                 tGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAacac   <  1:4193889/36‑1 (MQ=255)
                                 tGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAacac   >  1:3919315/1‑36 (MQ=255)
                                  gaacgtatgagggtttcactactgacctgtctgttg  >  1:7050129‑M2/1‑1 (MQ=255)
                                  gaacgtatgaaggtttcactactgacctgtctgttg  >  1:45104‑M2/1‑1 (MQ=255)
                                  gAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAACAcc  >  1:1179071/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
TATCGGCAACAGCGAAATGGTTGCGGTAACGTATGAAGGTTTCACTACTGACCTGTCTGTTGGCAACACC  >  REL606/1733261‑1733330

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG