Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,251,403 | C→A | 14.2% | L467F (TTG→TTT) | uvrA ← | excinuclease ABC subunit A |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,251,403 | 0 | C→A | 14.2% | 5.0 ‑3.9 ‑0.0 | 41 | 1401 | uvrA | excinuclease ABC subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/6): ref base (20/14): total (20/21) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.02e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.91e-01 |
GTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGC > REL606/4251368‑4251438
|
gTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTc > 1:5415833/1‑36 (MQ=255)
gTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTc > 1:3978625/1‑36 (MQ=255)
gTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTc > 1:2716021/1‑36 (MQ=255)
tCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCa < 1:4349263/36‑1 (MQ=255)
cAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCaa > 1:5220727/1‑36 (MQ=255)
aGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCaaa < 1:5532317/36‑1 (MQ=255)
ggTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAAc < 1:7588648/36‑1 (MQ=255)
ggTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAAc < 1:1852233/36‑1 (MQ=255)
aaTTCAAGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGAt < 1:7112201/36‑1 (MQ=255)
aTTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATc < 1:5098821/36‑1 (MQ=255)
aTTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATc < 1:2409979/36‑1 (MQ=255)
tCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGc < 1:615743/36‑1 (MQ=255)
tCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGc < 1:684304/36‑1 (MQ=255)
cAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGcc > 1:5364647/1‑36 (MQ=255)
gCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGAt > 1:5770430/1‑36 (MQ=255)
gCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGAt > 1:5438378/1‑36 (MQ=255)
ccGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGAtc > 1:3892268/1‑36 (MQ=255)
ccGACGTTAACGAGGAATTTCAAACCATCGCCGAtc > 1:7472434/1‑36 (MQ=255)
gACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGAtctc < 1:6655817/36‑1 (MQ=255)
aCGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATctct > 1:2620202/1‑36 (MQ=255)
aCGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATctct > 1:3838927/1‑36 (MQ=255)
ccttACCGAGTAATTTGAAACGATCGCCGATCTCtt < 1:898220/34‑1 (MQ=21)
gTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCttt < 1:1057119/36‑1 (MQ=255)
ttAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTa > 1:1395807/1‑36 (MQ=255)
ttAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTa > 1:6912758/1‑36 (MQ=255)
aaaCGAGGATTTAAAAACGATCGCCGATCTCTTTaa < 1:2579346/35‑1 (MQ=21)
aaCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAg > 1:7095015/1‑36 (MQ=255)
aaCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAg < 1:6523790/36‑1 (MQ=255)
aaCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAg > 1:2152719/1‑36 (MQ=255)
aaCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAg > 1:5394692/1‑36 (MQ=255)
aCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGa > 1:1526664/1‑36 (MQ=255)
aCGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGa > 1:891366/1‑36 (MQ=255)
aCGAGGAATTTAAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGa < 1:3464945/36‑1 (MQ=255)
aCGAGGAATTTAAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGa < 1:853742/36‑1 (MQ=255)
gAGGAATTTCAAACGATCGCCGATATCTTTAAGAAt > 1:4602227/1‑36 (MQ=255)
aagAATTTAAAACAATCGCCTATCTCTTTAAGAAtt < 1:146829/34‑1 (MQ=21)
aGGATTTTCAAACTATCGCCGATCTCTTTAAGAAtt < 1:5895701/36‑1 (MQ=37)
ggAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttt > 1:2002328/1‑36 (MQ=255)
gAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttt > 1:6575364/1‑36 (MQ=255)
aaaTTTAAAAGGATCGCCGATCTCTTTAAGAAtttt < 1:3989481/35‑1 (MQ=37)
aaTTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttttt < 1:160658/36‑1 (MQ=255)
aaTTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAAttttt > 1:4664067/1‑36 (MQ=255)
aaTTTCAAACGATCGCCGATCTATTTAAGAAttttt > 1:3919901/1‑36 (MQ=255)
aaTTTAAAACAATCGCCGATCTCTTTAAGAAttttt < 1:4238587/36‑1 (MQ=37)
cAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGc > 1:4470831/1‑36 (MQ=255)
|
GTCAGGTAATTCAGGCCGACGTTAACGAGGAATTTCAAACGATCGCCGATCTCTTTAAGAATTTTTTCCGC > REL606/4251368‑4251438
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|