Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,605,1750G→T14.0% 6.9 ‑12.0 0.076898yhjEpredicted transporter
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (13/0):  ref base (21/42):  total (34/42)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.08e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

GAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTG  >  REL606/3605142‑3605210
                                 |                                   
gAAGTGTTGTGTATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                   <  1:915158/36‑1 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTTATGATGGCAGTTTTTTGt                                   >  1:5031431/1‑36 (MQ=25)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGt                                   >  1:1134085/1‑36 (MQ=37)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGt                                   >  1:5350606/1‑36 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                   <  1:768524/36‑1 (MQ=255)
gAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGt                                   <  1:6722407/36‑1 (MQ=255)
 aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtt                                  >  1:2717020/1‑36 (MQ=37)
 aaGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtt                                  <  1:3337736/36‑1 (MQ=255)
  aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGttt                                 >  1:2497223/1‑36 (MQ=255)
  aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGttt                                 <  1:1123617/36‑1 (MQ=255)
  aGTGTTGTGGATGTTGATGATGGAAGTTATTTGttt                                 >  1:7093255/1‑36 (MQ=37)
   gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGtttt                                >  1:3546473/1‑36 (MQ=255)
   gtgtTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGtttt                                <  1:6207974/36‑1 (MQ=255)
    tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt                               >  1:4132071/1‑35 (MQ=37)
    tgttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGttttt                               >  1:5875105/1‑35 (MQ=37)
     gttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTTTTTGtttttg                              >  1:2790230/1‑34 (MQ=25)
     gttgtGGATGTTGATGATGGCAGGTTTTTGtttttg                              >  1:930578/1‑34 (MQ=21)
      ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc                             <  1:4238587/36‑1 (MQ=255)
      ttgtGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGc                             <  1:6562820/36‑1 (MQ=255)
        gtgGATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCgg                           >  1:5424003/1‑35 (MQ=37)
         tgGATGTTGATGATGGCAGGTATTGGTTTTTGCGTg                          >  1:3833189/1‑36 (MQ=37)
          ggATGTTGATGATGGCAGTTATTTGTTTTTGCGTGa                         >  1:2998661/1‑36 (MQ=37)
          ggATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGa                         <  1:5032756/36‑1 (MQ=255)
           gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                        <  1:1261845/36‑1 (MQ=255)
           gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                        >  1:711958/1‑36 (MQ=255)
           gATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGAt                        >  1:3344826/1‑36 (MQ=255)
            aTGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATg                       >  1:6447157/1‑36 (MQ=255)
             tGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATgg                      <  1:3544338/36‑1 (MQ=255)
              gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGTTGGt                     >  1:4863535/1‑36 (MQ=255)
              gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                     <  1:2348085/36‑1 (MQ=255)
              gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                     <  1:2925670/36‑1 (MQ=255)
              gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                     <  1:7368785/36‑1 (MQ=255)
              gTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGt                     <  1:6223081/36‑1 (MQ=255)
              gTTGATGAAGGAAGATATTGATATTGGCGTGATGGt                     <  1:3062759/36‑1 (MQ=12)
               ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATGTTg                    >  1:248059/1‑36 (MQ=25)
               ttGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTg                    <  1:5309050/36‑1 (MQ=255)
                tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTgg                   >  1:6024983/1‑35 (MQ=255)
                tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc                   >  1:7199251/1‑36 (MQ=255)
                tgatgaTGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGc                   <  1:1494204/36‑1 (MQ=255)
                 gatgatGGCAGTTATTGGTTTTTGCGTGATTGTgtc                  >  1:2836417/1‑34 (MQ=21)
                 gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc                  <  1:4559770/36‑1 (MQ=255)
                 gatgatGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGcc                  <  1:4234508/36‑1 (MQ=255)
                 gatgatGGCAGTTATCGGTTTTGGCGTGATGGTGcc                  <  1:4406820/36‑1 (MQ=255)
                  atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa                 <  1:6116905/36‑1 (MQ=255)
                  atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa                 >  1:4221091/1‑36 (MQ=255)
                  atgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCa                 <  1:4659361/36‑1 (MQ=255)
                   tgatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAg                <  1:1244744/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTTTCGTGATGGTGCCAGt               >  1:5833213/1‑36 (MQ=25)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               <  1:4783914/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               <  1:4935626/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               >  1:3659053/1‑36 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               >  1:6704869/1‑36 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               <  1:3426260/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGt               <  1:6379380/36‑1 (MQ=255)
                     atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc              <  1:1216669/36‑1 (MQ=255)
                     atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc              <  1:37499/36‑1 (MQ=255)
                     atgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTc              <  1:3282053/36‑1 (MQ=255)
                     atgGCAGTTATTGGTTTGGGCGTGATGGTGCCAGTc              <  1:2719634/36‑1 (MQ=255)
                      tgGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCg             <  1:115693/36‑1 (MQ=255)
                        gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt           >  1:996412/1‑36 (MQ=255)
                        gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt           >  1:635822/1‑36 (MQ=255)
                        gCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCt           >  1:4708609/1‑36 (MQ=255)
                          aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg         <  1:3394760/36‑1 (MQ=255)
                          aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg         <  1:2764726/36‑1 (MQ=255)
                          aGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTgg         <  1:2028086/36‑1 (MQ=255)
                           gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa        <  1:3530770/36‑1 (MQ=255)
                           gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa        <  1:5068069/36‑1 (MQ=255)
                           gTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGa        >  1:5035598/1‑36 (MQ=255)
                            ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt       >  1:2813813/1‑36 (MQ=255)
                            ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt       <  1:4938445/36‑1 (MQ=255)
                            ttATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAt       <  1:2203177/36‑1 (MQ=255)
                             tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt      <  1:1919669/36‑1 (MQ=255)
                             tATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGAtt      >  1:1726230/1‑36 (MQ=255)
                              aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGCTTa     >  1:6861846/1‑36 (MQ=255)
                              aTTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTa     <  1:1736488/36‑1 (MQ=255)
                                tGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACt   >  1:3085450/1‑36 (MQ=255)
                                 ggTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTg  >  1:5001473/1‑36 (MQ=255)
                                 ggTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTg  <  1:3038328/36‑1 (MQ=255)
                                 |                                   
GAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTG  >  REL606/3605142‑3605210

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG