Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 63,483 | +T | 5.9% | coding (2586/2907 nt) | hepA ← | ATP‑dependent helicase HepA |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 63,483 | 1 | .→T | 5.9% | 4.3 ‑2.5 ‑0.2 | 34 | coding (2586/2907 nt) | hepA | ATP‑dependent helicase HepA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (8/24): total (10/24) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.02e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.89e-01 |
TGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT > REL606/63449‑63518
|
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg > 1:1723093/1‑35 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t < 1:2817614/36‑1 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t < 1:437104/36‑1 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt > 1:5875087/1‑34 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt > 1:1768232/1‑34 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt < 1:4643846/36‑1 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt < 1:1701572/36‑1 (MQ=255)
ggTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TAaaa < 1:698115/36‑1 (MQ=255)
gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGt < 1:2566905/36‑1 (MQ=255)
gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGt < 1:1032354/36‑1 (MQ=255)
tgACGTTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt < 1:3225525/36‑1 (MQ=255)
tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt < 1:1524868/36‑1 (MQ=255)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GTTAAAGttt > 1:1862202/1‑36 (MQ=25)
gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GTAAAGGatt > 1:1884730/1‑36 (MQ=37)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:4222018/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:84401/36‑1 (MQ=255)
cGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCa < 1:2136153/36‑1 (MQ=255)
ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGtttta > 1:2169479/1‑34 (MQ=37)
ttAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc < 1:3158027/36‑1 (MQ=255)
ttAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc < 1:110764/36‑1 (MQ=255)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGTTTTaaat > 1:865200/1‑35 (MQ=25)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct < 1:3056174/36‑1 (MQ=255)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct < 1:4654939/36‑1 (MQ=255)
aaCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActc < 1:2122869/36‑1 (MQ=255)
aaCCGCGTTAAGCGGGC.GG.CGTAAGGGTTCaaatta > 1:883467/1‑33 (MQ=9)
tccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAATGTTTCAAActct < 1:5766590/35‑1 (MQ=255)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAACctct < 1:1468242/36‑1 (MQ=255)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct < 1:5577328/36‑1 (MQ=255)
ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTa < 1:4851149/36‑1 (MQ=255)
gcgTTAAGCTGTC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTAcc < 1:5277822/36‑1 (MQ=255)
gcgTTAAGCTGGCGGG.TTAAGGGTTTTAAAATCAAc > 1:5093186/1‑36 (MQ=9)
cgTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGGTTTAAACACTAccc > 1:1236577/1‑35 (MQ=16)
cgTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCt < 1:1970646/36‑1 (MQ=255)
gTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGTTTTAAACTCTCCCtt > 1:5446913/1‑35 (MQ=25)
ttAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc < 1:3099737/36‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGC.GG.TTAAAAGGTTCTAAACCTACCTgc > 1:2936246/1‑36 (MQ=12)
tAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcg < 1:5363687/36‑1 (MQ=255)
tAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcg < 1:4143744/36‑1 (MQ=255)
aaGCTGGC.GG.TTAAAAGGTTTAAACACTACCCgcgc > 1:1861908/1‑36 (MQ=12)
ggC.GG.TTAAAGATTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCa < 1:150692/36‑1 (MQ=255)
gC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg < 1:3781218/36‑1 (MQ=255)
g.TTAAGGGTTTCAAACTCTCCCGGCGCCGCCAGgtt < 1:5474195/36‑1 (MQ=37)
g.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgtt > 1:4044675/1‑36 (MQ=255)
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TGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT > REL606/63449‑63518
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 5 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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