Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,318,480 | 0 | A→T | 14.8% | 2.6 ‑14.8 0.0 | 76 | 759 | adiA | biodegradative arginine decarboxylase |
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (14/0): ref base (17/45): total (31/45) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.86e-07 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCA > REL606/4318445‑4318515
|
aGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTa > 1:7799625/1‑36 (MQ=255)
aGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTa < 1:5325835/36‑1 (MQ=255)
gCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTAc < 1:4973875/36‑1 (MQ=255)
gCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTAc < 1:4315877/36‑1 (MQ=255)
gCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTAc < 1:386348/36‑1 (MQ=255)
cATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCg > 1:858531/1‑36 (MQ=255)
cATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACg < 1:4920563/36‑1 (MQ=255)
cATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACg < 1:3604168/36‑1 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACgg < 1:7233802/36‑1 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACgg < 1:5598302/36‑1 (MQ=255)
tCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGt < 1:592274/36‑1 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTc > 1:3535568/1‑36 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTc < 1:6964710/36‑1 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGGTTCGGTc > 1:490472/1‑36 (MQ=38)
aagccTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCa < 1:3056377/33‑1 (MQ=255)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTTGGTCa > 1:3468565/1‑36 (MQ=38)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCa > 1:5283511/1‑36 (MQ=255)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCa < 1:3118745/36‑1 (MQ=255)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCa > 1:6452876/1‑36 (MQ=255)
aaaCCTTATTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCa < 1:6599830/36‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCCAc > 1:2473109/1‑36 (MQ=38)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTATTGTCAAc > 1:1358138/1‑36 (MQ=38)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAAc < 1:6584796/36‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAAc < 1:5976276/36‑1 (MQ=255)
ccTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACg < 1:1418563/36‑1 (MQ=255)
cTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGa < 1:3599934/36‑1 (MQ=255)
cTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGa < 1:6078030/36‑1 (MQ=255)
ttGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGGCAACGAc > 1:6743719/1‑36 (MQ=37)
ttGTTCGATGGATTTATGGCAGTTATTGTCAACGAc > 1:1787283/1‑36 (MQ=38)
tGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGGCCACGAcc > 1:3824275/1‑36 (MQ=25)
tGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGAcc < 1:2477135/36‑1 (MQ=255)
tGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGAcc < 1:1685471/36‑1 (MQ=255)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAAAGACCAc > 1:6075831/1‑36 (MQ=38)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAAAGACCAc > 1:417379/1‑36 (MQ=38)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTTCCGTTAACGTCCAc > 1:7142962/1‑36 (MQ=19)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTATGGTCCACTACCAc > 1:7006098/1‑36 (MQ=37)
gATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGAc < 1:1153787/36‑1 (MQ=255)
aTGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACa < 1:277461/36‑1 (MQ=255)
tGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACAt < 1:600300/36‑1 (MQ=255)
tGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACAt < 1:1292138/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTTCGGTTAACCACCCCCACATc > 1:5715877/1‑36 (MQ=16)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc < 1:4525436/36‑1 (MQ=255)
gATTTATGGCAGTTTCGGTCGACGTCCGCGCTATCg > 1:19289/1‑36 (MQ=12)
gATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCg > 1:237405/1‑36 (MQ=255)
gATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCg < 1:7937116/36‑1 (MQ=255)
gATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCg < 1:2742032/36‑1 (MQ=255)
gATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCg < 1:2827418/36‑1 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGt < 1:7496147/36‑1 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGt < 1:439011/36‑1 (MQ=255)
tttATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGtt < 1:1193522/36‑1 (MQ=255)
ttATGGCAGTTTCCGTCAACGACCACGACATCGttt > 1:6074897/1‑35 (MQ=37)
tATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTAt < 1:2388792/36‑1 (MQ=255)
tATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTAt < 1:300497/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGTTCAACGACCACGACATCGTTATc < 1:5891838/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCCCGACATCGTTATc > 1:7414593/1‑36 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACGTCGTTTTc > 1:4454387/1‑36 (MQ=37)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc > 1:74540/1‑36 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGATATGGTTAtgg > 1:6658858/1‑34 (MQ=25)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg > 1:6424525/1‑36 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg < 1:6010692/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCgg > 1:3658014/1‑36 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:1359159/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt > 1:7122153/1‑36 (MQ=255)
cAGTTAAGGACAACGACCACGACATCGTTATCGGTc < 1:5811708/36‑1 (MQ=38)
aGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCa > 1:434027/1‑36 (MQ=255)
aGTTACGGTCAACGACCACGACAGCGTTATCGGTCa > 1:6046876/1‑36 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCGCGACATCGTTATCGGTCAt < 1:546465/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt < 1:3632717/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt < 1:3238342/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt > 1:3412119/1‑36 (MQ=255)
ttACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATg > 1:5827729/1‑36 (MQ=255)
ttACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATg < 1:6079732/36‑1 (MQ=255)
ttAAGGTCAACGACCACGACATCGGTATCGGTCATg < 1:5807363/36‑1 (MQ=37)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc < 1:6878356/36‑1 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc < 1:3577576/36‑1 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc < 1:6465819/36‑1 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc < 1:5059150/36‑1 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc > 1:7606733/1‑36 (MQ=255)
aCGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCa < 1:1719524/36‑1 (MQ=255)
aCGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCa > 1:3502288/1‑36 (MQ=255)
aCGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGGCATGCa > 1:2460977/1‑36 (MQ=255)
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AGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCA > REL606/4318445‑4318515
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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