Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,206,155 G→C 21.8% A111G (GCA→GGA)  garL ← alpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,206,1550G→C21.8% 7.8 ‑4.2 0.047332garLalpha‑dehydro‑beta‑deoxy‑D‑glucarate aldolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (1/10):  ref base (18/17):  total (19/28)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.56e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

GCCGCGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACA  >  REL606/3206121‑3206190
                                  |                                   
gccgcGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGc                                    >  1:6970849/1‑36 (MQ=255)
gccgcGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGc                                    >  1:6730923/1‑36 (MQ=255)
  cgcgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCa                                  >  1:2131843/1‑36 (MQ=255)
    cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc                                <  1:7818996/36‑1 (MQ=255)
    cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc                                >  1:2034145/1‑36 (MQ=255)
    cgAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCAcc                                >  1:642994/1‑36 (MQ=255)
     gAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCg                               <  1:4468069/36‑1 (MQ=255)
     gAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCg                               <  1:1805108/36‑1 (MQ=255)
      aaTGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGc                              >  1:5820926/1‑36 (MQ=255)
      aaTGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGc                              >  1:2859946/1‑36 (MQ=255)
       atcccTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGcc                             <  1:1476476/33‑1 (MQ=255)
       aTGCCTTCCGGTTGGTAACGGGTTGATCCCAACgac                             >  1:2619606/1‑34 (MQ=25)
       aTGCCTTCCGGTGGGTAACGGTTTGATGCCACCGcc                             <  1:5525388/36‑1 (MQ=255)
         gCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAg                           <  1:3486025/36‑1 (MQ=255)
         gCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAg                           <  1:3722951/36‑1 (MQ=255)
           cTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGct                         >  1:5130534/1‑36 (MQ=255)
           cTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGct                         <  1:1581744/36‑1 (MQ=255)
            ttCCGGGGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctc                        <  1:619278/36‑1 (MQ=255)
            tgccGGGGGGGAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctc                        <  1:95425/34‑1 (MQ=37)
             tCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctct                       <  1:7189770/36‑1 (MQ=255)
             cccGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGctct                       <  1:253771/35‑1 (MQ=255)
              ccGGGGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTg                      <  1:6192377/36‑1 (MQ=255)
               cGGTGGGTAACGGTTTGATGCCACCGCCAGCTCTGc                     <  1:4023676/36‑1 (MQ=255)
                 gggggTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCtt                   <  1:5409665/34‑1 (MQ=255)
                 gggggAAAAGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCtt                   <  1:1512919/34‑1 (MQ=37)
                  tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc                  >  1:3780367/1‑36 (MQ=255)
                  tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc                  >  1:6918087/1‑36 (MQ=255)
                  tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc                  >  1:3063797/1‑36 (MQ=255)
                  tGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTc                  >  1:6668976/1‑36 (MQ=255)
                   gggTAGCGGGTTCACCCCTCCGCCAGCTCTGCTTcc                 <  1:1378125/36‑1 (MQ=12)
                   gggTAACGGTTTAAGCCCTCCGCCAGCTCTGCTTcc                 <  1:3544883/36‑1 (MQ=12)
                    ggTAACGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCct                <  1:2938564/36‑1 (MQ=255)
                     gTAGCGGGTAGATCCCCCCGCCAGCTCTGCTTCctc               <  1:328780/36‑1 (MQ=16)
                     gTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctc               <  1:1217252/36‑1 (MQ=255)
                     gTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctc               >  1:3038978/1‑36 (MQ=255)
                      tAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCctct              >  1:630712/1‑36 (MQ=255)
                      aaccGGGTTAATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCctct              <  1:3836671/33‑1 (MQ=25)
                       accGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt             <  1:2548602/34‑1 (MQ=38)
                       aaCGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt             <  1:7029005/36‑1 (MQ=255)
                       aaCGGGTTGATACCCCCGCCAGCTCTGCTTCCTCtt             <  1:696803/36‑1 (MQ=37)
                         cGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt           >  1:1415390/1‑36 (MQ=255)
                         cGGGTTGATCCCCCCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt           <  1:4335250/36‑1 (MQ=37)
                         cGGGTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCtttt           <  1:7720753/36‑1 (MQ=255)
                          gggTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTg          >  1:609931/1‑36 (MQ=255)
                          gggTTGATGACAACGCCAGCTCTGCTTTCTCttttt          >  1:3623621/1‑35 (MQ=21)
                           ggTTGATCCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGt         <  1:5733601/36‑1 (MQ=255)
                               gacgCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCt     <  1:2386746/33‑1 (MQ=255)
                               gATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCt     >  1:4768180/1‑36 (MQ=255)
                                  gCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACa  >  1:1858659/1‑36 (MQ=255)
                                  gCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACa  >  1:6885252/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
GCCGCGAATGCCTTCCGGTGGGTAACGGGTTGATGCCACCGCCAGCTCTGCTTCCTCTTTTGTTTCTACA  >  REL606/3206121‑3206190

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG