Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 547,700 | Δ8,224 bp | 100% | IS1‑mediated | [nmpC]–[ECB_00513] | [nmpC], ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 546959–547702 | 555923–555878 | 8177–8965 | 8 [7] | [0] 66 | [insB‑6]–[ECB_00513] | [insB‑6], insA‑6, nmpC, ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513] |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | 555924 = | 0 (0.000) | 41 (1.030) | 27/62 | NT | 100% | coding (1209/2346 nt) | ECB_00513 | conserved hypothetical protein |
? | REL606 | = 2035093 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG................................... < REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < REL606/2035093‑2035059
ATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATTCGCGTTTGG > 1:1925371/1‑36 (MQ=0)
ATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGG < 1:2102470/36‑1 (MQ=1)
TTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGG > 1:94290/1‑36 (MQ=1)
TTATTAATGTATGTTTCACCTGATGCGCGTTTGGGT < 1:1385163/36‑1 (MQ=0)
TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT < 1:726795/36‑1 (MQ=1)
TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT < 1:3155749/36‑1 (MQ=1)
TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG > 1:813466/1‑36 (MQ=1)
TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG < 1:473315/36‑1 (MQ=1)
TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG > 1:4008739/1‑36 (MQ=1)
ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA < 1:2538789/36‑1 (MQ=1)
ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA < 1:3058747/36‑1 (MQ=1)
TTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGAT > 1:926487/1‑36 (MQ=1)
TTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGAT > 1:4013049/1‑36 (MQ=1)
TAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATG > 1:191197/1‑36 (MQ=1)
AATGTATGTTGCCCCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC > 1:2921671/1‑36 (MQ=0)
AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC > 1:1009596/1‑36 (MQ=1)
TGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTG > 1:3581696/1‑36 (MQ=1)
TGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTG > 1:817951/1‑36 (MQ=1)
TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC < 1:1326017/36‑1 (MQ=1)
ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA < 1:5240058/36‑1 (MQ=1)
ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA > 1:4839836/1‑36 (MQ=1)
TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA > 1:919504/1‑36 (MQ=1)
TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA < 1:4667312/36‑1 (MQ=1)
TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT < 1:243389/36‑1 (MQ=1)
GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA > 1:3912990/1‑36 (MQ=1)
GCACCTGATGCGCGTTTGGGAGATGCTGCCAACTTA > 1:3434064/1‑36 (MQ=0)
ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTCCT > 1:1028598/1‑36 (MQ=0)
ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT < 1:852418/36‑1 (MQ=1)
ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCAAACTTACT > 1:5567835/1‑36 (MQ=0)
CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG > 1:4570926/1‑36 (MQ=1)
CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG > 1:1115020/1‑36 (MQ=1)
GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT < 1:3994867/36‑1 (MQ=1)
GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT < 1:785966/36‑1 (MQ=1)
ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGACAACTTACTGATTT > 1:5661330/1‑36 (MQ=0)
CGCGTTTGGGTGATGCTGCCATCTTACTGATTTAGT < 1:2454518/36‑1 (MQ=0)
CGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:3627279/36‑1 (MQ=1)
GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 1:5101822/1‑36 (MQ=1)
GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 1:5208358/1‑36 (MQ=1)
GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG < 1:3139012/36‑1 (MQ=1)
CGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:5042855/36‑1 (MQ=1)
CGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT < 1:3985948/36‑1 (MQ=1)
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG................................... < REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < REL606/2035093‑2035059
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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