Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
MC JC REL606 547,700 Δ8,224 bp 100% IS1‑mediated [nmpC][ECB_00513] [nmpC], ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513]

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ REL606 546958–547700 555923–555877 8178–8966 17 [14] [0] 105 [insB‑6]–[ECB_00513] [insB‑6], insA‑6, nmpC, ybcR, ybcS, ybcT, ybcU, ECB_00510, nohB, ECB_00512, [ECB_00513]

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 555924 =0 (0.000)60 (1.120) 39/62 NT 100% coding (1209/2346 nt) ECB_00513 conserved hypothetical protein
?REL606 = 2035093 NA (NA)noncoding (1/768 nt) IS1 repeat region

CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059
                                                                          
    ATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGG                                    >  1:7595119/1‑36 (MQ=1)
    ATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGG                                    >  1:7494102/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:6333627/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  >  1:3052510/1‑36 (MQ=1)
      TTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGT                                  <  1:4359470/36‑1 (MQ=1)
       TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 >  1:5523639/1‑36 (MQ=1)
       TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 <  1:2763463/36‑1 (MQ=1)
       TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 >  1:2474774/1‑36 (MQ=1)
       TATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTG                                 <  1:5388516/36‑1 (MQ=1)
        ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA                                <  1:6749529/36‑1 (MQ=1)
        ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA                                >  1:4750557/1‑36 (MQ=1)
        ATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGA                                <  1:7753631/36‑1 (MQ=1)
          TAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATG                              >  1:2280401/1‑36 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             <  1:4983379/36‑1 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             <  1:5995560/36‑1 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             >  1:2940324/1‑36 (MQ=1)
           AATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGC                             >  1:6303298/1‑36 (MQ=1)
            ATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCT                            <  1:2932644/36‑1 (MQ=1)
             TGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTG                           >  1:929313/1‑36 (MQ=1)
             TGTATGTTGCACCTGATGCGCGGTTGGGTGATGCTG                           <  1:5905090/36‑1 (MQ=0)
              GTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGC                          >  1:5500129/1‑36 (MQ=1)
              GTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGC                          >  1:6732598/1‑36 (MQ=1)
              GTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGC                          >  1:1372197/1‑36 (MQ=1)
               TATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:1690029/36‑1 (MQ=1)
               TATGGTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCC                         <  1:5175186/36‑1 (MQ=0)
                ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA                        <  1:2907091/36‑1 (MQ=1)
                ATGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCA                        <  1:1947148/36‑1 (MQ=1)
                 TGTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAA                       <  1:410424/36‑1 (MQ=1)
                  GTTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAAC                      >  1:1690125/1‑36 (MQ=1)
                   TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT                     >  1:6426746/1‑36 (MQ=1)
                   TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT                     <  1:6783772/36‑1 (MQ=1)
                   TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT                     <  1:1520159/36‑1 (MQ=1)
                   TTGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACT                     <  1:1380728/36‑1 (MQ=1)
                    TGCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTT                    >  1:6746416/1‑36 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:950636/36‑1 (MQ=1)
                     GCACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTA                   <  1:2189957/36‑1 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTAC                  <  1:4690790/36‑1 (MQ=1)
                      CACCTGATGCGCGTTTCGGTGATGCTGCCAACTTAC                  >  1:2759949/1‑36 (MQ=38)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 <  1:4906011/36‑1 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 >  1:4655251/1‑36 (MQ=1)
                       ACCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACT                 <  1:2467166/36‑1 (MQ=1)
                        CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG                <  1:3159885/36‑1 (MQ=1)
                        CCTGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTG                >  1:3892727/1‑36 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              >  1:1321356/1‑36 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              <  1:7040273/36‑1 (MQ=1)
                          TGATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGAT              <  1:74091/36‑1 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             >  1:2077964/1‑36 (MQ=1)
                           GATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATT             <  1:5472432/36‑1 (MQ=1)
                            ATGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTT            <  1:4400150/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           <  1:3955454/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           <  1:4010806/36‑1 (MQ=1)
                             TGCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA           >  1:4044959/1‑36 (MQ=1)
                              GCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAG          <  1:3393072/36‑1 (MQ=1)
                              GCGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAG          <  1:6115669/36‑1 (MQ=1)
                               CGCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT         >  1:1801292/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:1301525/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        <  1:1974560/36‑1 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:2566308/1‑36 (MQ=1)
                                GCGTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG        >  1:4766599/1‑36 (MQ=1)
                                  GTTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA      >  1:1071359/1‑36 (MQ=1)
                                                                          
CCTGATTTATTAATGTATGTTGCACCTGATGCGCGTTTG...................................  <  REL606/555962‑555924
...................................TTTGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT  <  REL606/2035093‑2035059

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG