Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 462,914 | 0 | T→A | 7.8% | 1.2 ‑9.1 0.0 | 54 | intergenic (‑35/‑35) | priC/ybaN | primosomal replication protein N''/conserved inner membrane protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/6): ref base (40/8): total (40/14) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.16e-04 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CGATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCAATA > REL606/462879‑462949
|
cGATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCt < 1:4604752/36‑1 (MQ=255)
cGATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCt > 1:2286560/1‑36 (MQ=255)
cGATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCt > 1:2677423/1‑36 (MQ=255)
gagaaGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:1315646/4‑36 (MQ=255)
gATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:163060/1‑36 (MQ=255)
gATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:4576246/1‑36 (MQ=255)
gATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:2427807/1‑36 (MQ=255)
gATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:2559195/1‑36 (MQ=255)
gATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTa > 1:2758705/1‑36 (MQ=255)
aTAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTaa > 1:1619471/1‑36 (MQ=255)
aTAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTaa > 1:2651464/1‑36 (MQ=255)
aTAAGACCTCAATGAAAATGATAATAGTTATGCTaa > 1:4766213/1‑36 (MQ=255)
tAAGCCCTCAATGAAAATTATAATTGTTATGCTaaa < 1:817897/36‑1 (MQ=37)
aaGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAg < 1:1599109/36‑1 (MQ=255)
aGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGt < 1:4655969/36‑1 (MQ=255)
aGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGt > 1:696103/1‑36 (MQ=255)
aGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGt < 1:741415/36‑1 (MQ=255)
gACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTa < 1:3205695/36‑1 (MQ=255)
gACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTa > 1:4988404/1‑36 (MQ=255)
aCCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAg > 1:4481655/1‑36 (MQ=255)
ccTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGc < 1:186136/36‑1 (MQ=255)
ccTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGc < 1:5263611/36‑1 (MQ=255)
cTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGcc > 1:2476158/1‑36 (MQ=255)
tCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCa > 1:2933802/1‑36 (MQ=255)
tCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCa > 1:308432/1‑36 (MQ=255)
cAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCAc > 1:5524693/1‑36 (MQ=255)
aaTGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCAct > 1:1529180/1‑36 (MQ=255)
aTGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCActc > 1:3019963/1‑36 (MQ=255)
tGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCAatct > 1:3451887/1‑36 (MQ=255)
gAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTg > 1:5796108/1‑36 (MQ=255)
gAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGAAGCCActctt > 1:3349434/1‑35 (MQ=255)
aaaaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGt > 1:3232766/1‑36 (MQ=255)
aaaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTa > 1:4929278/1‑36 (MQ=255)
aaaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTa > 1:783303/1‑36 (MQ=255)
aaaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGACACTCTGTa > 1:2579635/1‑36 (MQ=255)
aaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTaa > 1:2258762/1‑36 (MQ=255)
aaTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTaa > 1:5898646/1‑36 (MQ=255)
aaTAATATTTTTAATACTAATTTAGCCACTCTGTaa < 1:3773579/36‑1 (MQ=0)
aTGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAg > 1:2919730/1‑36 (MQ=255)
tGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGc > 1:4059170/1‑36 (MQ=255)
tGATAATTGTTATGCTAAAGGAGCCACTCTGTAAGc > 1:4374521/1‑36 (MQ=255)
gATAATTGTTATGCTAAAGTAGCAACTCTGTAAGCt > 1:3018080/1‑36 (MQ=255)
aTAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTg > 1:1633753/1‑36 (MQ=255)
tAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGa > 1:1967757/1‑36 (MQ=255)
tAATTGTTATACAAAATTAGCCACTCTGTAAGCTGa < 1:5756836/36‑1 (MQ=25)
aaTTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGac > 1:3760914/1‑36 (MQ=255)
aTTTTTATGAAAAATTAGCCACTCTGTAAGCTGaca < 1:682709/36‑1 (MQ=16)
tGTTGTGCAAAAGTAGCCAATCTGTAAGCTGacaac < 1:5705811/36‑1 (MQ=25)
tGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGacaac > 1:472639/1‑36 (MQ=255)
tGTTATGCAAAATTAGCCACTCTGTAAGCTGacaac < 1:4924959/36‑1 (MQ=37)
ttATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAacac > 1:940275/1‑36 (MQ=255)
ttATGCAAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAacac < 1:718965/36‑1 (MQ=255)
tATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACt > 1:5724333/1‑36 (MQ=255)
aTGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTc > 1:264946/1‑36 (MQ=255)
aTGCAAAAATAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTc < 1:4865813/36‑1 (MQ=37)
tGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCa > 1:5518324/1‑36 (MQ=255)
gCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCaa > 1:4216173/1‑36 (MQ=255)
tAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCAata > 1:3507984/1‑36 (MQ=255)
tAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCAata > 1:4734500/1‑36 (MQ=255)
|
CGATAAGACCTCAATGAAAATGATAATTGTTATGCTAAAGTAGCCACTCTGTAAGCTGACAACACTCAATA > REL606/462879‑462949
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|