Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,781,076 | 0 | G→T | 9.6% | 1.9 ‑9.1 0.0 | 70 | 1108 | ECB_03520 | conserved hypothetical protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/0): ref base (17/45): total (25/45) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.15e-04 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
ATATTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTG > REL606/3781041‑3781111
|
atatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTg > 1:453678/1‑36 (MQ=255)
atatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTg < 1:5889384/36‑1 (MQ=255)
tatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTgg < 1:5362874/36‑1 (MQ=255)
atTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGt < 1:4113324/36‑1 (MQ=255)
atTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGt > 1:1396604/1‑36 (MQ=255)
ttGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtt > 1:1774645/1‑35 (MQ=255)
ttGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtc < 1:719346/36‑1 (MQ=255)
tGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtca < 1:4899228/36‑1 (MQ=255)
cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc < 1:1801377/36‑1 (MQ=255)
cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc < 1:4926926/36‑1 (MQ=255)
cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc < 1:5099343/36‑1 (MQ=255)
tATTGTACTTGTCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca < 1:4734223/36‑1 (MQ=255)
tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTTtcatca > 1:189076/1‑36 (MQ=37)
tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca < 1:1845216/36‑1 (MQ=255)
tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca < 1:4446932/36‑1 (MQ=255)
aTTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAg < 1:5252312/36‑1 (MQ=255)
ttGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGa < 1:5889756/36‑1 (MQ=255)
tGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGAt > 1:2207383/1‑36 (MQ=255)
gTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATa < 1:1303535/36‑1 (MQ=255)
tACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGGCATAAGATaa > 1:5446263/1‑36 (MQ=25)
aCTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAt > 1:1097661/1‑36 (MQ=255)
cTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAAtt > 1:2928869/1‑36 (MQ=255)
cTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTTATCAGATAAtt > 1:3648934/1‑36 (MQ=255)
cTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAtt < 1:979387/36‑1 (MQ=255)
ttATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAAttt > 1:3754209/1‑36 (MQ=255)
ttATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAttt < 1:3167699/36‑1 (MQ=255)
ttATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAttt < 1:5426133/36‑1 (MQ=255)
tATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAATTTc > 1:2804650/1‑36 (MQ=255)
aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc < 1:4514864/36‑1 (MQ=255)
aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc < 1:4534516/36‑1 (MQ=255)
aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc < 1:4982724/36‑1 (MQ=255)
tctcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCt < 1:281893/36‑1 (MQ=255)
ctcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTg < 1:644344/36‑1 (MQ=255)
tcCATTGGTGGTTTTTTTAATTAGATAATTTACTGc > 1:2942824/1‑36 (MQ=12)
tcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGc < 1:1553463/36‑1 (MQ=255)
ccATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCa < 1:2810685/36‑1 (MQ=255)
ccATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCa > 1:1123517/1‑36 (MQ=255)
caatggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:229568/33‑1 (MQ=255)
cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:5646402/36‑1 (MQ=255)
cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:1404716/36‑1 (MQ=255)
cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:4251717/36‑1 (MQ=255)
cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:2556343/36‑1 (MQ=255)
cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt < 1:231211/36‑1 (MQ=255)
aTTGGTGGTTTTTGTTATCAGATAATTTTCTTCAtt > 1:1407824/1‑35 (MQ=12)
ttGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGt < 1:217185/36‑1 (MQ=255)
tggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATTtt > 1:4909250/1‑36 (MQ=255)
tggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGtt < 1:275135/36‑1 (MQ=255)
tgggggTTTTGATCATCAGATAATTTCCTGCATGtt > 1:3713449/1‑36 (MQ=37)
ggtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTa < 1:3386489/36‑1 (MQ=255)
ggtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTa > 1:1689895/1‑36 (MQ=255)
gtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTac < 1:3711777/36‑2 (MQ=255)
gtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTaa < 1:3571874/36‑1 (MQ=255)
tggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAg < 1:4453343/36‑1 (MQ=255)
ggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGt > 1:2188250/1‑36 (MQ=255)
ggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGt < 1:1624511/36‑1 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGCTCATTCCCCGCNNNATAAggg > 1:2002762/1‑34 (MQ=2)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg > 1:1438505/1‑36 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg < 1:3206042/36‑1 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg < 1:4612609/36‑1 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg > 1:5105981/1‑36 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg < 1:5242567/36‑1 (MQ=255)
gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg < 1:3464070/36‑1 (MQ=255)
ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATTTTAAGTGc > 1:1596526/1‑36 (MQ=255)
ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc < 1:5038264/36‑1 (MQ=255)
ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc < 1:497877/36‑1 (MQ=255)
ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc < 1:3792205/36‑1 (MQ=255)
ttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGccc < 1:5773220/36‑1 (MQ=255)
ttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGccc > 1:4680229/1‑36 (MQ=255)
tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt > 1:5354237/1‑36 (MQ=255)
tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt > 1:2149493/1‑36 (MQ=255)
tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt < 1:5823387/36‑1 (MQ=255)
tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt < 1:1244911/36‑1 (MQ=255)
tGGTCATCAGATAATTTCCCGCATGTTAAGTGCCCt > 1:2469752/1‑36 (MQ=255)
ggTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTg < 1:3710129/36‑1 (MQ=255)
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ATATTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTG > REL606/3781041‑3781111
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 12 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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