Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,779,430 | 0 | G→T | 11.8% | 3.3 ‑12.7 0.0 | 93 | 969 | cysJ | sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein |
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (15/0): ref base (29/49): total (44/49) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.94e-06 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTT > REL606/2779395‑2779465
|
aGCGTGGCGTAATTCTCAACATTGTTGGCGGTGTTg < 1:6039640/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTg < 1:5290319/36‑1 (MQ=255)
gCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGa < 1:7846884/36‑1 (MQ=255)
cGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTgtt > 1:5873412/1‑34 (MQ=255)
cGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGAc < 1:7738752/36‑1 (MQ=255)
gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTTGCGGTGTTGACg < 1:425404/36‑1 (MQ=255)
gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACg < 1:5138735/36‑1 (MQ=255)
gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACg < 1:7473736/36‑1 (MQ=255)
gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTCGCGGTGTTTACg > 1:6251058/1‑36 (MQ=37)
tGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACgg < 1:1807047/36‑1 (MQ=255)
ggCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGATGGt > 1:3595707/1‑36 (MQ=255)
ggCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGt < 1:961524/36‑1 (MQ=255)
gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTc > 1:7741493/1‑36 (MQ=255)
gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGtt > 1:767638/1‑35 (MQ=255)
gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTc < 1:6003945/36‑1 (MQ=255)
gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGAAGGTc > 1:6812051/1‑36 (MQ=255)
acGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTc < 1:321820/35‑1 (MQ=255)
cGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCa < 1:5283492/36‑1 (MQ=255)
cGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCa < 1:4472855/36‑1 (MQ=255)
gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTTTTTACGGtgca > 1:6657153/1‑33 (MQ=37)
gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAg < 1:5961867/36‑1 (MQ=255)
gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAg > 1:5037338/1‑36 (MQ=255)
tAATTCTGAGCAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt < 1:1056160/36‑1 (MQ=37)
tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTGCGGGCAGt > 1:3530304/1‑36 (MQ=25)
tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGt > 1:5270471/1‑36 (MQ=255)
tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt < 1:2222100/36‑1 (MQ=255)
tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt < 1:2947137/36‑1 (MQ=255)
aaTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGtt < 1:7560791/36‑1 (MQ=255)
aaTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGtt < 1:4909162/36‑1 (MQ=255)
aaTACTCACCAAAGTGGGCGGTGTTGACGGTCATtt < 1:5002166/36‑1 (MQ=16)
aTTCTCACCAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTc < 1:1544695/36‑1 (MQ=255)
aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTc > 1:2380141/1‑36 (MQ=255)
aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTc < 1:909978/36‑1 (MQ=255)
aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTGTACAGTAAGtta > 1:5817963/1‑35 (MQ=16)
tactcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCg > 1:7543511/3‑36 (MQ=255)
tctcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTcta > 1:6758366/1‑34 (MQ=37)
tctcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGa > 1:3629203/1‑36 (MQ=255)
tctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGa > 1:5465196/1‑36 (MQ=255)
ctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGaa < 1:2512054/36‑1 (MQ=255)
ctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGaa > 1:6197223/1‑36 (MQ=255)
tcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGAAg > 1:4453075/1‑36 (MQ=255)
tcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAg < 1:4303637/36‑1 (MQ=255)
caacaaTGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGAAGt > 1:3639403/1‑36 (MQ=255)
caacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGt < 1:2715502/36‑1 (MQ=255)
aacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTg < 1:6672267/36‑1 (MQ=255)
aacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTg < 1:3400275/36‑1 (MQ=255)
aacaaTGTTGGCGGTGGTTACGGTCAGTTCGAAATg > 1:6542254/1‑36 (MQ=21)
acaaTGTTGGCGGTTTTTACGGTCAGTTCGAAGTGc > 1:1051296/1‑36 (MQ=25)
acaaTGTTGGCGGTGTTTAAGGTTAGTTTTAAGttg > 1:5895783/1‑34 (MQ=9)
acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTTGAAGTGc > 1:7869682/1‑36 (MQ=255)
acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCTAAGTGc > 1:519122/1‑36 (MQ=255)
caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGCAGTGcc > 1:1419211/1‑36 (MQ=255)
caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcc < 1:7602755/36‑1 (MQ=255)
caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcc < 1:3937160/36‑1 (MQ=255)
aaTGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTTGAAGTGCCa > 1:5313798/1‑36 (MQ=37)
aaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCa < 1:1955950/36‑1 (MQ=255)
aTGTTGGCTGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCAc < 1:1468084/36‑1 (MQ=255)
aTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcccc < 1:3372623/36‑3 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTTTAAGTGCCCCt > 1:1789918/1‑36 (MQ=25)
tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt < 1:7406789/36‑1 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt < 1:7105819/36‑1 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt > 1:1553405/1‑36 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGTTGACGCTCAGTTCGAAGTGCCCCt < 1:2690804/36‑1 (MQ=37)
gTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTg < 1:7239344/36‑1 (MQ=255)
ttGGCTGTGTTGACGATCAGTTCTAAGTGCCACTGt < 1:2625543/36‑1 (MQ=21)
gCGGTGTTGACGGTCAGTTCTAAGTGCCACTGTAgc > 1:5759353/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc > 1:2101529/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc > 1:4261563/1‑36 (MQ=255)
gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc < 1:5518493/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc < 1:3430718/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg > 1:59031/1‑36 (MQ=255)
cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg < 1:7918492/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg < 1:5874654/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg > 1:3076828/1‑36 (MQ=255)
ggggtTGACGGTAAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcgc > 1:40333/4‑36 (MQ=38)
ggTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcgc > 1:2885595/1‑36 (MQ=255)
gtgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCt > 1:913708/1‑36 (MQ=255)
tgtTGGCGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt < 1:7407387/36‑1 (MQ=255)
tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt < 1:7106549/36‑1 (MQ=255)
tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt < 1:6964256/36‑1 (MQ=255)
tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt > 1:258936/1‑36 (MQ=255)
tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt < 1:525282/36‑1 (MQ=255)
tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt > 1:5777907/1‑36 (MQ=255)
gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc > 1:1375364/1‑36 (MQ=255)
gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc < 1:7342558/36‑1 (MQ=255)
gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc < 1:1846753/36‑1 (MQ=255)
gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc > 1:5912926/1‑36 (MQ=255)
ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTct > 1:3874129/1‑35 (MQ=255)
ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCg > 1:417130/1‑36 (MQ=255)
ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCg > 1:6504757/1‑36 (MQ=255)
ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCGTCg > 1:5367594/1‑36 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt < 1:7402405/36‑1 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt < 1:2537872/36‑1 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt < 1:1271122/36‑1 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt > 1:6114317/1‑36 (MQ=255)
tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt < 1:2783319/36‑1 (MQ=255)
gACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGtt < 1:823235/36‑1 (MQ=255)
gACGGTCAGTTCCAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGtt < 1:589049/36‑1 (MQ=255)
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AGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTT > REL606/2779395‑2779465
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|