Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 63,483 | +T | 4.9% | coding (2586/2907 nt) | hepA ← | ATP‑dependent helicase HepA |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 63,483 | 1 | .→T | 4.9% | 2.7 ‑2.4 ‑0.0 | 41 | coding (2586/2907 nt) | hepA | ATP‑dependent helicase HepA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (11/28): total (13/28) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.51e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.78e-01 |
CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT > REL606/63448‑63518
|
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg < 1:2757629/36‑1 (MQ=255)
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg < 1:5678365/36‑1 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg > 1:571677/1‑35 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg > 1:1849939/1‑35 (MQ=255)
gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt < 1:832367/36‑1 (MQ=255)
ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggtt > 1:6019107/1‑33 (MQ=255)
ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTa < 1:3759572/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTaa < 1:5587758/36‑1 (MQ=255)
cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTaa < 1:4800212/36‑1 (MQ=255)
tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt < 1:5433156/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAGCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:5884331/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:1941125/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:4401461/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc < 1:786355/36‑1 (MQ=255)
ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGtttta > 1:5115745/1‑34 (MQ=37)
ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGttttta > 1:3653595/1‑33 (MQ=37)
ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGTTTTaa > 1:540680/1‑36 (MQ=37)
gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCaaa < 1:4086333/36‑1 (MQ=255)
gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCaaa < 1:3763169/36‑1 (MQ=255)
ttAACCGCGTTAAGCGGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc < 1:4305869/36‑1 (MQ=255)
tagccGCGTTAATCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct < 1:7509610/33‑1 (MQ=25)
tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct < 1:2687070/36‑1 (MQ=255)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAATGTTTCAATctct < 1:4752390/36‑1 (MQ=37)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct < 1:7987629/36‑1 (MQ=255)
aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct < 1:3291172/36‑1 (MQ=255)
aCCGCGTAAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct < 1:2009281/36‑1 (MQ=255)
ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTa < 1:2055631/36‑1 (MQ=255)
ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGGTTTAAAatctc > 1:2496381/1‑35 (MQ=25)
gcgTTAAGCTGGC.GG.TTCAAGGTTTCAAACTCTAcc < 1:1345462/36‑1 (MQ=255)
cgTTAAGCTGGC.GG.TTTAAAGTTTTTAAATCTTCCt > 1:1393219/1‑36 (MQ=9)
gTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTg < 1:1571392/36‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGCGGG.TTAAAGGTTT.AAACTCTCCCttc > 1:3350549/1‑34 (MQ=12)
ttAAGCTGGC.GGTTTAAACGTTTTTAA.TCTACCttc > 1:3856279/1‑34 (MQ=0)
ttAAGCTGGC.GG.TTTAAGTTTTTAAACTCTACCTgc > 1:6482845/1‑36 (MQ=37)
ttAAGCTGGC.GG.TTTAAAGTTTTTAACTCTAccctt > 1:7975827/1‑33 (MQ=16)
ttAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc < 1:3734325/36‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGC.GG.GTTAAGGTTTTAAACTCTCCCttc > 1:4124644/1‑34 (MQ=16)
ttAAGCTGGC.GA.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc < 1:5124423/36‑1 (MQ=255)
aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTTAAACTCTACCTtcgc > 1:6635321/1‑36 (MQ=37)
aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcgc < 1:5804298/36‑1 (MQ=255)
aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcgc < 1:6671196/36‑1 (MQ=255)
aGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgcc < 1:8257346/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgccg < 1:635603/36‑1 (MQ=255)
ggC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCgccgccc > 1:1108975/1‑35 (MQ=255)
c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg < 1:4201463/36‑1 (MQ=255)
c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg > 1:3866897/1‑36 (MQ=255)
c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg < 1:968316/36‑1 (MQ=255)
gg.TTAAAGGTTTCAACCTCTACCTGCGCCGCCAGgt < 1:5789261/36‑1 (MQ=255)
gg.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt < 1:7577119/36‑1 (MQ=255)
gg.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt < 1:2091134/36‑1 (MQ=255)
g.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgtt < 1:3542793/36‑1 (MQ=255)
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CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT > REL606/63448‑63518
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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