Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,721,328 | G→T | 17.1% | W202L (TGG→TTG) | norM → | multidrug efflux protein NorM |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,721,328 | 0 | G→T | 17.1% | 5.9 ‑4.3 ‑0.0 | 40 | 605 | norM | multidrug efflux protein NorM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (16/17): total (23/17) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.42e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.58e-01 |
GTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAC > REL606/1721294‑1721363
|
gttggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTgg < 1:7257194/36‑1 (MQ=255)
ttggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTTTTtgg > 1:7251561/1‑36 (MQ=21)
ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTc < 1:7855446/36‑1 (MQ=255)
ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGGTTTggggg > 1:5386149/1‑34 (MQ=25)
ggttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGGGTGTTTGGtg > 1:5215887/1‑35 (MQ=21)
ttgTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCAt < 1:508175/36‑1 (MQ=255)
gtggcgtggcTACTGCGGCGGGGTTTTTGGTGATGt > 1:2625573/1‑36 (MQ=16)
gcgtggcTACTGCGGCGGTTTATTGGGTCATGTTcc < 1:871751/36‑1 (MQ=255)
gcgtggcTACTGCGGCGGTGTTTTTGGTTATGtttc > 1:7758930/1‑34 (MQ=18)
gcgtggcTACTGCGGCGGTGTATTTGGGCATTTTcc > 1:8272759/1‑36 (MQ=21)
gcgtggcTACTGCGGCGGGGTGTTTGGTCGTGtttc > 1:4051498/1‑34 (MQ=12)
cgtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCt < 1:5450670/36‑1 (MQ=255)
cgtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCt < 1:3717524/36‑1 (MQ=255)
cgtggcTACTGCGGCGGGGTTTTTGGTCATTTTTCt > 1:5398419/1‑36 (MQ=12)
gtggcTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCtt < 1:6981235/36‑1 (MQ=255)
cTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCa < 1:7808200/36‑1 (MQ=255)
tACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCAt < 1:3549482/36‑1 (MQ=255)
aCTGCGGCGGTGTATTTGGTCATTTTCCTTTTCATg > 1:3802362/1‑36 (MQ=16)
aCTGCGGCGGTGTATTGGGTCATTTTTCTTTCCAtt > 1:1598569/1‑35 (MQ=25)
tGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGt < 1:1404190/36‑1 (MQ=255)
cggcggTGTATTGGGTCATTTTTCTTTCCCTGGttt > 1:2711426/1‑36 (MQ=19)
gtcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTc < 1:6842430/34‑1 (MQ=255)
ggcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTc > 1:292502/1‑36 (MQ=255)
ggcggTGGATTGGGTCATGGTACTTGCCATGGTTTc > 1:7563154/1‑36 (MQ=25)
gcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCt < 1:6992018/36‑1 (MQ=255)
cggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCtt < 1:3386108/36‑1 (MQ=255)
cggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCtt > 1:5599643/1‑36 (MQ=255)
ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCttc > 1:7173653/1‑35 (MQ=255)
ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa > 1:8018107/1‑36 (MQ=255)
ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa > 1:2794355/1‑36 (MQ=255)
ggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTa > 1:3788218/1‑36 (MQ=255)
gtgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTAc > 1:6673374/1‑36 (MQ=255)
tgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACa > 1:3505221/1‑36 (MQ=255)
aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa > 1:6735272/1‑36 (MQ=255)
aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa > 1:2945114/1‑36 (MQ=255)
aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa < 1:7287882/36‑1 (MQ=255)
aTTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTa < 1:3059992/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa < 1:5747643/36‑1 (MQ=255)
ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa > 1:5665966/1‑36 (MQ=255)
ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaa < 1:1562471/36‑1 (MQ=255)
tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa > 1:5138079/1‑36 (MQ=255)
tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa > 1:7953750/1‑36 (MQ=255)
tGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTaaa < 1:4456645/36‑1 (MQ=255)
gggTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAc > 1:5812713/1‑36 (MQ=255)
gggTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAc < 1:1606254/36‑1 (MQ=255)
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GTTGGTTGTGGCGTGGCTACTGCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAAC > REL606/1721294‑1721363
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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