Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,193,228 | +C | 9.4% | coding (341/444 nt) | yjaB ← | predicted acetyltransferase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,193,228 | 1 | .→C | 9.4% | 5.0 ‑2.4 ‑0.0 | 32 | coding (341/444 nt) | yjaB | predicted acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/3): ref base (17/12): total (17/15) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.17e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.74e-01 |
CGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTC > REL606/4193194‑4193263
|
cGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.c > 1:4788988/1‑36 (MQ=255)
cGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.c < 1:3920803/36‑1 (MQ=255)
gTAACCTTAAAACCCACGTTCTTAT.AGAACCC.AA.cc > 1:5702363/1‑36 (MQ=255)
gTAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.cc > 1:275542/1‑36 (MQ=255)
tAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCg < 1:5077414/36‑1 (MQ=255)
tAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCg > 1:2337386/1‑36 (MQ=255)
aaCCTTAAAACCCGCCTACTTAT.AGAACCC.AA.CCGc < 1:1628969/36‑1 (MQ=38)
aaCCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGc > 1:129639/1‑36 (MQ=255)
aaCCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGc > 1:1366808/1‑36 (MQ=255)
aaCCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGc > 1:3112709/1‑36 (MQ=255)
aCCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGcc > 1:4769888/1‑36 (MQ=255)
aCCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGcc > 1:1835468/1‑36 (MQ=255)
cTTAAAACCCCCCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTg < 1:2740963/36‑1 (MQ=255)
tAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCt > 1:699883/1‑36 (MQ=255)
tAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCt > 1:1604680/1‑36 (MQ=255)
aaCCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCAt > 1:906617/1‑36 (MQ=255)
aCCCCCCTTTTTAAAAGACCCA.AA.CCGCCTGCTCAt < 1:3233082/36‑1 (MQ=2)
cccACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTCATCAttt > 1:2357667/1‑36 (MQ=37)
ccACCTTCTTA..AAAACCC.AACCCGCCTGCTCAtttt < 1:2078416/36‑1 (MQ=16)
aCCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGc > 1:250955/1‑36 (MQ=255)
aCCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGc > 1:72605/1‑36 (MQ=255)
ccTTCTTAA.AAAACCC.AC.CCGCCTGCTCATTTTGCt < 1:1514571/36‑1 (MQ=25)
ccTTCTAAA.ACAACCA.AC.CCGCCTGCTCATTTTGCt < 1:1597267/36‑1 (MQ=16)
cttAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCAtt > 1:2742441/1‑36 (MQ=255)
tat.aGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTaa > 1:1351975/1‑36 (MQ=255)
tat.aGAACCC.AA.CCGCCTGATCATTTTGCACATTaa > 1:5231448/1‑36 (MQ=37)
taaaGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTaa < 1:414170/33‑1 (MQ=255)
aaaaaCCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACg < 1:1292327/33‑1 (MQ=255)
aacaCCC.AACCCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACg < 1:4031692/33‑1 (MQ=25)
accccc.AC.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACgtt < 1:4928290/33‑1 (MQ=37)
aaaCCCAAA.CCGCCTGCTCATTTCGCTCATTAACgt < 1:3598804/35‑1 (MQ=21)
aaaCCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACgtt < 1:3565033/35‑1 (MQ=255)
acccc.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACgttg < 1:827442/34‑1 (MQ=255)
aaCCC.AACCCGCCTGCTCATTTGGCTCATTAACgtt < 1:2716671/36‑1 (MQ=37)
aaCCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACgttg > 1:1210580/1‑36 (MQ=255)
ccc.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACgttggt > 1:1428716/1‑36 (MQ=255)
a.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTc > 1:5410542/1‑36 (MQ=255)
a.CCGACTGCTCATTGTGCTCATTAACgttggttttt > 1:4415935/1‑33 (MQ=25)
|
CGTAACCTTAAAACCCACCTTCTTAT.AGAACCC.AA.CCGCCTGCTCATTTTGCTCATTAACGTTGGTTGTC > REL606/4193194‑4193263
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|