New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 287442118 (0.340)9 (0.170) 4/60 NT 24.3% coding (780/936 nt) lysR DNA‑binding transcriptional dual regulator
?REL606 3419921 = 38 (0.610)coding (282/573 nt) ppiA peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase A (rotamase A)

CTAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCTGAT  >  REL606/2874386‑2874456
                                   |                                   
cTAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGG                                     >  1:7633198‑M1/1‑36 (MQ=255)
 tAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGt                                    <  1:1325164/36‑1 (MQ=255)
 tAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGt                                    <  1:4844761/36‑1 (MQ=255)
 tAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGg                                    >  1:6786511‑M1/1‑35 (MQ=255)
 tAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGg                                    >  1:816826‑M1/1‑35 (MQ=255)
  aGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGtt                                   <  1:7996864/36‑1 (MQ=255)
   gATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGtgg                                  >  1:688639/1‑34 (MQ=255)
   gATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGggt                                  >  1:2219883‑M1/1‑33 (MQ=255)
   gATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTc                                  <  1:3166190/36‑1 (MQ=255)
   gATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTc                                  <  1:1106950/36‑1 (MQ=255)
   gATTATGCGGAAAGCGGTTTAGAGGTGCGGTGGTTc                                  >  1:5138741/1‑36 (MQ=37)
    aTTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTCa                                 <  1:551259/36‑1 (MQ=255)
     ttATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGttttt                                >  1:715608/1‑33 (MQ=255)
     ttATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtttg                                >  1:5245034‑M1/1‑31 (MQ=255)
     ttATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtggg                                >  1:2067990‑M1/1‑31 (MQ=255)
      tATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtttgt                               >  1:7528231‑M1/1‑30 (MQ=255)
      tATGCGGCAAGAGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTCAGt                               <  1:4620943/36‑1 (MQ=255)
       aTGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtttgtg                              >  1:2960693‑M1/1‑29 (MQ=255)
        tGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtttggtt                             >  1:897566‑M1/1‑28 (MQ=255)
        tGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTCAGTAt                             <  1:6813502/36‑1 (MQ=255)
          cGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGgtttggtttt                           >  1:3865290‑M1/1‑26 (MQ=255)
              aaGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGGTCTGTATTTCGGt                       >  1:4850006/1‑36 (MQ=25)
                   gTTTAGTGGTGCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGt                  <  1:3639771/36‑1 (MQ=255)
                       aGTGGTGCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCAc              <  1:2722114/36‑1 (MQ=255)
                       aGTGGTGCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCAc              <  1:2892011/36‑1 (MQ=255)
                          ggtgCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGt           <  1:6549494/36‑1 (MQ=255)
                           gtgCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTc          <  1:4395881/36‑1 (MQ=255)
                               ggcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGcc      <  1:910010/36‑1 (MQ=255)
                               ggcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGcc      >  1:5261686/1‑36 (MQ=255)
                               ggcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGcc      <  1:5145662/36‑1 (MQ=255)
                                gcgggtttggttttttctgctgcatctgctcggtga     >  1:6163135‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                gcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCt     <  1:5187928/36‑1 (MQ=255)
                                gcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCt     <  1:4160720/36‑1 (MQ=255)
                                gcggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCt     <  1:18649/36‑1 (MQ=255)
                                 cggTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACTGTCAGCCTg    >  1:1398626/1‑36 (MQ=255)
                                   ggtttggttttttctgctgcatctgctcggtgaaac  <  1:5540143‑M1/36‑36 (MQ=255)
                                   gTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCTGAt  <  1:597389/36‑1 (MQ=255)
                                   gTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCTGAt  >  1:3150696/1‑36 (MQ=255)
                                   gTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCTGAt  <  1:843093/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
CTAGATTATGCGGCAAGCGGTTTAGTGGTGCGGCGGTTCAGTATTGCGGTTCCGTTCACCGTCAGCCTGAT  >  REL606/2874386‑2874456

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG