Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | 100% | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3894997 | 3901930 | 6934 | 47 [4] | [2] 31 | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 29 (0.530) | 21/64 | NT | 93.5% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901931 = | 2 (0.030) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
CTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAC > REL606/3901897‑3901963
|
gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:3124728‑M2/2‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:6676501‑M2/34‑36 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:4333004‑M2/34‑36 (MQ=255)
taactgtccgactttttggggtcagtacaGGTTGcc < 1:2257480‑M2/7‑1 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc < 1:6885048‑M2/8‑1 (MQ=255)
aactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGccc < 1:4300724‑M2/8‑1 (MQ=255)
actgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCa > 1:3241439‑M2/28‑36 (MQ=255)
ctgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg < 1:1501402‑M2/10‑1 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg > 1:5260205‑M2/26‑36 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt < 1:7182572‑M2/12‑1 (MQ=255)
ttGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTg > 1:6907870/1‑36 (MQ=255)
tGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGa > 1:6673499/1‑36 (MQ=255)
aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 1:3944526‑M2/16‑1 (MQ=255)
aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc > 1:2295320‑M2/21‑36 (MQ=255)
aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGCGAcc > 1:5208128‑M2/21‑36 (MQ=255)
aactttttcgggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc > 1:2802335‑M2/21‑36 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg > 1:1798994‑M2/19‑36 (MQ=255)
tttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGc < 1:2402067‑M2/19‑1 (MQ=255)
tttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAc < 1:5389028‑M2/21‑1 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:5473568‑M2/24‑1 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:5727704‑M2/24‑1 (MQ=255)
ggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccgc < 1:7057901‑M2/26‑1 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc < 1:2322056‑M2/27‑1 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc < 1:1546030‑M2/27‑1 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:7214063‑M2/10‑36 (MQ=255)
tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa < 1:3049105‑M2/28‑1 (MQ=255)
cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa < 1:5746792‑M2/29‑1 (MQ=255)
cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa > 1:633399‑M2/8‑36 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:94320‑M2/33‑1 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:2415721‑M2/33‑1 (MQ=255)
acaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAc < 1:2402568‑M2/33‑1 (MQ=255)
|
CTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAAC > REL606/3901897‑3901963
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|