Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 25.9% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)6 (0.110) 6/64 NT 21.4% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 22 (0.490)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)9 (0.170) 8/64 NT 30.0% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 21 (0.420)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763
                                   |                                   
ttcATATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:3779953‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2884667‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:2686477‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:2440958‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:6738217‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:6882053‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:4981918‑M1/1‑36 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGc                                    >  1:2834139‑M1/1‑35 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  >  1:4378286‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  <  1:4357489/36‑1 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:690094/1‑36 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  <  1:4465065/36‑1 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:2490599/1‑36 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:2556767/1‑36 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:7458663/1‑36 (MQ=32)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgc                                 >  1:7238266‑M1/1‑32 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:4980106/36‑1 (MQ=35)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:6328600/36‑1 (MQ=35)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCAc                                >  1:5085786/1‑36 (MQ=38)
      tGGTTTAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaa                               <  1:7201532‑M1/36‑7 (MQ=255)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                               <  1:3654256/36‑1 (MQ=40)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              >  1:5583200/1‑36 (MQ=255)
        gctCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                             >  1:4956448/3‑36 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAANTTAGCGCTTATGGGATCACTcc                             >  1:4301201/1‑36 (MQ=255)
        gTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacc                             <  1:7332263‑M1/36‑9 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                            >  1:5460446/1‑36 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacccc                           >  1:4148069‑M1/1‑26 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:7158378/36‑1 (MQ=40)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccg                          <  1:3522534/36‑1 (MQ=38)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccg                          >  1:6499204/1‑36 (MQ=38)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         <  1:3079647/36‑1 (MQ=38)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgcc                        >  1:5895981/1‑36 (MQ=40)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgcc                        >  1:5969995/1‑36 (MQ=40)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:5014619‑M1/36‑15 (MQ=255)
               ccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGt                      >  1:5379092/1‑36 (MQ=255)
                cTTAAGTTAGCGCTTAGGGGATCACCCCCCGCCGtt                     <  1:7390936/36‑1 (MQ=18)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   <  1:2937134/36‑1 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCa                  >  1:5976506/1‑36 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCa                  <  1:2310356/36‑1 (MQ=255)
                   aaGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCAGTTGCa                  >  1:1772918/1‑36 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCAc                 >  1:563691/1‑36 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGAAc                 <  1:1713861/36‑1 (MQ=255)
                     gTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACt                >  1:2079845/1‑36 (MQ=255)
                      ttAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACtt               >  1:5610501/1‑36 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa              >  1:1228143/1‑36 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa              >  1:1676217/1‑36 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTAc             >  1:2069923/1‑36 (MQ=255)
                         gcgcTTGTGGGATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:1985540/36‑1 (MQ=37)
                         gcgcTTATGGGATCACTCCGCGCCGTTGCACTTACt            <  1:5840792/36‑1 (MQ=255)
                         gcgcTTAGGGGATCCCGCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:6990663/36‑1 (MQ=25)
                          cgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTc           >  1:4754575/1‑36 (MQ=255)
                          cgcTTATGGGATCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTc           <  1:4054644/36‑1 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:7326877/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:4717504/1‑36 (MQ=255)
                            cTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcgga         <  1:1372558‑M1/36‑29 (MQ=255)
                             ttATCGGAGCACTCCCCGACGTTGCACTTACTCGGa        <  1:5148573/36‑1 (MQ=255)
                              tATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAt       >  1:4403437/1‑36 (MQ=255)
                              cctggGccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatg       <  1:6440325‑M1/34‑31 (MQ=255)
                               aTGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      >  1:3055826/1‑36 (MQ=255)
                                tGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     >  1:2251399/1‑36 (MQ=255)
                                tGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     <  1:5523790/36‑1 (MQ=255)
                                tGGGATCACTCCCAGCCGCTGCACTTCCTCGGATTc     >  1:1309934/1‑36 (MQ=25)
                                ggggGTCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     <  1:1348364/35‑1 (MQ=255)
                                 gggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCg    >  1:6488848/1‑36 (MQ=255)
                                 gggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCg    >  1:4963928/1‑36 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:6857383/1‑36 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:450209/1‑36 (MQ=255)
                                   gccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcgacc  >  1:3995582‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   gccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcgacc  >  1:1499155‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:2866644/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  <  1:3365063/36‑1 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:711429/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG