Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 475,911 | G→C | 15.9% | P285A (CCT→GCT) | fsr ← | predicted fosmidomycin efflux system |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 475,911 | 0 | G→C | 15.9% | 3.6 ‑3.5 0.0 | 41 | 853 | fsr | predicted fosmidomycin efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/6): ref base (22/12): total (23/18) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.13e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AATCACATATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACGGCAAACA > REL606/475876‑475946
|
aaTCACATATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAgg < 1:3782014/36‑1 (MQ=255)
tCACATATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGcc < 1:3746652/36‑1 (MQ=255)
tCACATATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGcc < 1:5359253/36‑1 (MQ=255)
cacaTATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGccc > 1:1462485/1‑36 (MQ=255)
acaTATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCccg > 1:5897528/1‑36 (MQ=255)
atatTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCccgcc > 1:6769794/1‑36 (MQ=255)
tatTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCccgccg > 1:7357426/1‑36 (MQ=255)
tttCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGNCCCGCCGCt > 1:4564379/1‑36 (MQ=255)
tCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTcc > 1:5795557/1‑35 (MQ=255)
cccGCCGAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCa < 1:6100597/35‑1 (MQ=255)
ctcccAATTTTACCCCGTACAGGCCCGCCGCTCAcc < 1:1493285/34‑1 (MQ=255)
cGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCAcc > 1:336448/1‑36 (MQ=255)
cGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCAcc < 1:2370852/36‑1 (MQ=255)
cGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCAcc < 1:2026304/36‑1 (MQ=255)
cGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCAcc > 1:7513585/1‑36 (MQ=255)
gCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCAGCCGCTCACCg > 1:4150596/1‑36 (MQ=255)
ccAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTa > 1:2472831/1‑36 (MQ=255)
cAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTAc > 1:2692593/1‑36 (MQ=255)
cAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTAc > 1:5714233/1‑36 (MQ=255)
aaTTTTATCCCCTGCAGGCTCGCCGCTCACCGTAcc > 1:3206527/1‑36 (MQ=37)
aaTTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTAcc < 1:5354473/36‑1 (MQ=255)
aTTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCt < 1:2640080/36‑1 (MQ=255)
aTTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCt > 1:2572676/1‑36 (MQ=255)
aTTTTATCCCCTACAGCACCGCCGCTCACCGGACCt > 1:4942472/1‑36 (MQ=21)
ttttATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTg > 1:6411407/1‑36 (MQ=255)
ttttATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTg > 1:4179606/1‑36 (MQ=255)
ttttATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTg < 1:4837060/36‑1 (MQ=255)
tttATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGc < 1:1148313/36‑1 (MQ=255)
ttATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGcc < 1:4235027/36‑1 (MQ=255)
tacccccTACAGCCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCg < 1:4109147/33‑1 (MQ=37)
ccccTACAGCCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCaa < 1:6270812/36‑1 (MQ=255)
ccccAACAGCCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCaa < 1:5226369/36‑1 (MQ=37)
cccTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAAc > 1:1310466/1‑36 (MQ=255)
cccCACAGCCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAAc < 1:1414887/36‑1 (MQ=37)
ccaaCAGCCCCGCCCCTCACCGTACCTGCCGCAACg < 1:4585221/33‑1 (MQ=37)
cTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACgg > 1:6507479/1‑36 (MQ=255)
cTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACgg > 1:1024990/1‑36 (MQ=255)
tACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACGGc > 1:6982697/1‑36 (MQ=255)
tACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACGGc > 1:732507/1‑36 (MQ=255)
tACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCCCAACGGc > 1:123883/1‑36 (MQ=255)
tACAGGCCCGCCGCTCACCGAACCTGCCCCAACGGc > 1:3098202/1‑36 (MQ=37)
cAGCCCCGCCCCTCACCGTACCTGCCGCAACGGCaa < 1:1445437/36‑1 (MQ=37)
aGGCCCGCCCCTCACCGTCCCTGCCGCAACGGCaaa < 1:3921269/36‑1 (MQ=37)
gCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACGGCAAACa > 1:1223598/1‑36 (MQ=255)
gCCCGCCGCTCACCGCACCTGCCGCAACGGCAAACa > 1:1715280/1‑36 (MQ=255)
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AATCACATATTTCCGCCCAATTTTATCCCCTACAGGCCCGCCGCTCACCGTACCTGCCGCAACGGCAAACA > REL606/475876‑475946
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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