Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,976,879 T→G 100% intergenic (‑57/‑76) yedW ← / → yedX predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,976,8790T→G100.0% 222.6 60intergenic (‑57/‑76)yedW/yedXpredicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (37/23):  ref base (0/0):  total (37/23)

ATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTT  >  REL606/1976846‑1976911
                                 |                                
atGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGt                                >  1:4224300/1‑36 (MQ=255)
atGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGt                                <  1:5750861/36‑1 (MQ=255)
 tGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTa                               >  1:4434001/1‑36 (MQ=255)
 tGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTa                               <  1:3267882/36‑1 (MQ=255)
 tGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTa                               <  1:3252921/36‑1 (MQ=255)
  gTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTaa                              >  1:2303231/1‑36 (MQ=255)
   ttATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAt                             >  1:349838/1‑36 (MQ=255)
    tataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtg                            >  1:4799321/1‑36 (MQ=255)
    tataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtg                            <  1:1540103/36‑1 (MQ=255)
    tataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGCAAtg                            >  1:5574105/1‑36 (MQ=37)
     ataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgc                           >  1:37212/1‑36 (MQ=255)
       aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         <  1:5026982/36‑1 (MQ=255)
       aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         <  1:5875940/36‑1 (MQ=255)
       aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         <  1:1466751/36‑1 (MQ=255)
       aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         >  1:2822524/1‑36 (MQ=255)
       aGAAACAGCATGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctg                         >  1:3873554/1‑36 (MQ=38)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        >  1:4226001/1‑36 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        >  1:4230674/1‑36 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        >  1:5597489/1‑36 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        <  1:5212554/36‑1 (MQ=255)
        gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc                        <  1:604162/36‑1 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAACTGGTAATgctgct                       <  1:278775/36‑1 (MQ=37)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:5853444/1‑36 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       <  1:2253038/36‑1 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:5853694/1‑36 (MQ=255)
         aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct                       >  1:3678990/1‑36 (MQ=255)
          aaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGctgctg                      >  1:1707915/1‑36 (MQ=255)
           aCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGt                     >  1:5547505/1‑36 (MQ=255)
           aCAGCCTGGGTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGt                     >  1:2903021/1‑36 (MQ=37)
            cAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTa                    <  1:650118/36‑1 (MQ=255)
             aGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTaa                   >  1:2901135/1‑36 (MQ=255)
             aGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTaa                   >  1:4765567/1‑36 (MQ=255)
              gCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAg                  >  1:214865/1‑36 (MQ=255)
               ccTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAgg                 >  1:5574019/1‑36 (MQ=255)
                cTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGt                <  1:3540581/36‑1 (MQ=255)
                cTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGt                <  1:1430608/36‑1 (MQ=255)
                 tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt               <  1:1910787/36‑1 (MQ=255)
                 tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt               >  1:1611839/1‑36 (MQ=255)
                 tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt               <  1:4839539/36‑1 (MQ=255)
                  ggTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTa              <  1:2331651/36‑1 (MQ=255)
                  ggTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTa              >  1:4949123/1‑36 (MQ=255)
                   gTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAc             >  1:5721434/1‑36 (MQ=255)
                   gTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAc             >  1:5206196/1‑36 (MQ=255)
                     tCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTAccc           <  1:3991181/36‑1 (MQ=255)
                       aTTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTg         <  1:5309752/36‑1 (MQ=255)
                       aTTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTg         >  1:2410312/1‑36 (MQ=255)
                       aTTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTg         >  1:5645011/1‑36 (MQ=255)
                        ttACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTgg        >  1:4601803/1‑36 (MQ=255)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGc       <  1:4870312/36‑1 (MQ=255)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGc       >  1:1415206/1‑36 (MQ=255)
                         tACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGc       >  1:142138/1‑36 (MQ=255)
                          aCAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGcc      >  1:1157044/1‑36 (MQ=255)
                          aCAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGcc      <  1:283145/36‑1 (MQ=255)
                          aCAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGcc      <  1:3097656/36‑1 (MQ=255)
                          aCAAAATGGGAATGCTGCTGTAAGGTTACCATGGcc      >  1:4875375/1‑36 (MQ=37)
                            aaaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGc    >  1:3926118/1‑36 (MQ=255)
                            aaaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGc    >  1:4057135/1‑36 (MQ=255)
                             aaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCt   >  1:5425242/1‑36 (MQ=255)
                              aaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtt  <  1:338234/36‑1 (MQ=255)
                              aaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtt  >  1:2085061/1‑36 (MQ=255)
                                 |                                
ATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTT  >  REL606/1976846‑1976911

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG