Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,804,363 | 0 | G→. | 2.6% | 0.7 ‑0.7 ‑0.1 | 77 | coding (468/1767 nt) | ade | cryptic adenine deaminase |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (39/35): total (42/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.96e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.70e-01 |
CAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCT > REL606/3804328‑3804398
|
cAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTg < 1:7622261/36‑1 (MQ=255)
cAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTg < 1:2067792/36‑1 (MQ=255)
gTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGa < 1:3529126/36‑1 (MQ=255)
gTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGa > 1:6676079/1‑36 (MQ=255)
tACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGaa < 1:6773076/36‑1 (MQ=255)
tACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGaa > 1:6071778/1‑36 (MQ=255)
aCTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAg < 1:394405/36‑1 (MQ=255)
aCTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAg > 1:2107733/1‑36 (MQ=255)
aCTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAg < 1:1995426/36‑1 (MQ=255)
cTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAgg > 1:2845048/1‑36 (MQ=255)
ttACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGc < 1:7767847/36‑1 (MQ=255)
ttACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGc > 1:1556028/1‑36 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt > 1:2380768/1‑36 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt > 1:2661733/1‑36 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt > 1:5750988/1‑36 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt < 1:6301319/36‑1 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt > 1:6869138/1‑36 (MQ=255)
tACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt < 1:8361033/36‑1 (MQ=255)
aCAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCT.GAAGGCTGc > 1:7362460/1‑36 (MQ=37)
cAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGc < 1:6247406/36‑1 (MQ=255)
cAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGc < 1:3737499/36‑1 (MQ=255)
cAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGc < 1:2030411/36‑1 (MQ=255)
cAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGc > 1:5339772/1‑36 (MQ=255)
cAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGc > 1:1059997/1‑36 (MQ=255)
aGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCg > 1:347208/1‑36 (MQ=255)
aGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCg > 1:170808/1‑36 (MQ=255)
aGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCg < 1:964520/36‑1 (MQ=255)
ggTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGa > 1:1447328/1‑36 (MQ=255)
gTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGAt < 1:4589994/36‑1 (MQ=255)
gTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGAt > 1:945359/1‑36 (MQ=255)
gTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGAt < 1:3124127/36‑1 (MQ=255)
gTCAGCCATTGCGTCCCCGCCAGGGAAGGCTGCGAt < 1:1579786/36‑1 (MQ=16)
taaGCTCTTGCGTACCCGCACTGGAAGGCTGCGATg > 1:4796387/3‑36 (MQ=38)
tCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATg < 1:7461348/36‑1 (MQ=255)
tCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATg > 1:4465000/1‑36 (MQ=255)
tCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATg > 1:137124/1‑36 (MQ=255)
aGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGTTGtt > 1:89818/1‑36 (MQ=255)
aGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGtt > 1:6726712/1‑36 (MQ=255)
aGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGtt < 1:5487852/36‑1 (MQ=255)
gCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTa > 1:7427674/1‑36 (MQ=255)
gCTCTTGCGTACCCGCCCT.GAAGGCTGCGATGTTaa > 1:6756785/1‑36 (MQ=38)
ctctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTaa > 1:1651802/1‑36 (MQ=255)
ctctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTaa > 1:1143988/1‑36 (MQ=255)
ctctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTaa < 1:2915213/36‑1 (MQ=255)
tctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAAc < 1:5288468/36‑1 (MQ=255)
tctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAAc > 1:6774873/1‑36 (MQ=255)
ctTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACg > 1:1132994/1‑36 (MQ=255)
tGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGt > 1:5168306/1‑36 (MQ=255)
tGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGt < 1:575796/36‑1 (MQ=255)
gCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTg > 1:6412846/1‑36 (MQ=255)
gCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTg > 1:6940752/1‑36 (MQ=255)
gCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTg > 1:7101337/1‑36 (MQ=255)
cGTACCCGCCCTGTAAGGCTGCGATGTTAACGTTGc < 1:1536403/36‑1 (MQ=37)
cGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGc < 1:7767348/36‑1 (MQ=255)
gTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGcc < 1:1784633/36‑1 (MQ=255)
gTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGcc < 1:2286153/36‑1 (MQ=255)
gTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGcc < 1:2990096/36‑1 (MQ=255)
tACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGACa < 1:1054714/36‑1 (MQ=255)
aCCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAg > 1:3897467/1‑36 (MQ=255)
aCCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAg > 1:1098067/1‑36 (MQ=255)
ccggCCCTGGAATGCTGCGCTGTTAACGGTGCCAGt < 1:939665/33‑1 (MQ=25)
cccGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGt < 1:3238643/36‑1 (MQ=255)
cccGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGt > 1:4082993/1‑36 (MQ=255)
cccGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGt < 1:4662809/36‑1 (MQ=255)
cccGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGt > 1:2240741/1‑36 (MQ=255)
cGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGttt > 1:6627560/1‑36 (MQ=255)
cGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGttt < 1:1847560/36‑1 (MQ=255)
gCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGtttt < 1:1760582/36‑1 (MQ=255)
gCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGtttt < 1:6299472/36‑1 (MQ=255)
gCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGtttt > 1:1446968/1‑36 (MQ=255)
cccTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTa > 1:3352630/1‑36 (MQ=255)
cccTCGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTa > 1:7145744/1‑36 (MQ=255)
ccTGTAATGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAc < 1:6747960/36‑1 (MQ=37)
ccTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAc > 1:8138744/1‑36 (MQ=255)
ccTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAc < 1:4486261/36‑1 (MQ=255)
tGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAccc > 1:1372028/1‑36 (MQ=255)
tGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAccc < 1:6253297/36‑1 (MQ=255)
tGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAccc < 1:7174012/36‑1 (MQ=255)
tGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAccc > 1:6431164/1‑36 (MQ=255)
ggAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCt < 1:2525600/36‑1 (MQ=255)
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CAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCT > REL606/3804328‑3804398
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 15 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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