Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,325,005 C→G 24.3% pseudogene (1434/1440 nt) yciQ → hypothetical protein; b1268_2

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  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,325,0050C→G24.3% 4.7 ‑3.5 0.028pseudogene (1434/1440 nt)yciQhypothetical protein; b1268_2
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (7/0):  ref base (11/10):  total (18/10)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.02e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT  >  REL606/1324971‑1325040
                                  |                                   
cTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCt                                    <  1:7054607/36‑1 (MQ=255)
     ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTaa                               <  1:4241762/36‑1 (MQ=255)
     ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGGGGGGGGTGGtga                               >  1:3982085/1‑34 (MQ=21)
         gcgcGGGTGGCGGAGGCGGGGGTGGGTGGGGATTaa                           >  1:3618368/1‑36 (MQ=19)
          cgcgGGTGGCGGTGGCGGGGGTGGGCGGTCATTTAg                          >  1:1815771/1‑36 (MQ=9)
            cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt                        <  1:1772186/36‑1 (MQ=255)
            cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt                        <  1:3173028/36‑1 (MQ=255)
             gggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGGGGTAATTTAGGTg                       >  1:1311260/1‑36 (MQ=16)
             gggTGGCGGAGGCGGGGGTGGGGGGTGATTAAGATg                       >  1:3385367/1‑36 (MQ=16)
              ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGa                      <  1:6012299/36‑1 (MQ=255)
                tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTGATTAAGCTGGTg                    >  1:6350230/1‑36 (MQ=25)
                tGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATg                    <  1:4601585/36‑1 (MQ=255)
                 ggCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGt                   <  1:5460711/36‑1 (MQ=255)
                      aGGCGGCGGTGGGTGGTAAATAAGGTGATGTTAATc              >  1:3147542/1‑36 (MQ=19)
                       ggCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCg             <  1:6599983/36‑1 (MQ=255)
                       ggCGGTGGGGGGCGGTAATTAAGGTTATGTTTAtac             >  1:6548943/1‑34 (MQ=2)
                        gCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGa            >  1:5807351/1‑36 (MQ=255)
                        gCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGa            >  1:6716099/1‑36 (MQ=255)
                         cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa           >  1:3061220/1‑36 (MQ=255)
                         cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa           <  1:4619408/36‑1 (MQ=255)
                          ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa          >  1:3805320/1‑36 (MQ=255)
                          ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa          >  1:2626849/1‑36 (MQ=255)
                           gtggtgGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAAc         >  1:7737265/1‑36 (MQ=255)
                             ggtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACaa       >  1:1296268/1‑36 (MQ=255)
                              gtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAg      >  1:453295/1‑36 (MQ=255)
                               tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc     <  1:7216434/36‑1 (MQ=255)
                               tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc     >  1:1485552/1‑36 (MQ=255)
                                ggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCt    >  1:2451787/1‑36 (MQ=255)
                                  cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt  >  1:6168023/1‑36 (MQ=255)
                                  cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt  <  1:5539885/36‑1 (MQ=255)
                                  cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt  <  1:979949/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT  >  REL606/1324971‑1325040

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG