New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 110605231 (0.600)4 (0.080) 4/60 NT 8.5% coding (91/2019 nt) ycdR predicted enzyme associated with biofilm formation
?REL606 3572096 = 55 (0.920)coding (545/1470 nt) yhiP predicted transporter

CGGTTATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTGT  >  REL606/3572061‑3572130
                                   |                                  
cGGTTATTCAGTCACCTACAACCTGTgcggggcggg                                    <  1:1105546/36‑1 (MQ=255)
 ggTTATTCAGTCACCTACAACCTGTGcggggcgggg                                   <  1:1652479/36‑1 (MQ=255)
   ttATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGtt                                 >  1:5332937/1‑36 (MQ=255)
   ttATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGtt                                 <  1:1301349/36‑1 (MQ=255)
   ttATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGtt                                 <  1:7183890/36‑1 (MQ=255)
    tATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTa                                <  1:7160894/36‑1 (MQ=255)
     aTTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTaa                               <  1:6178182/36‑1 (MQ=255)
     aTTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTaa                               <  1:2446212/36‑1 (MQ=255)
      ttCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAAt                              >  1:7615933/1‑36 (MQ=255)
      ttCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAAt                              <  1:5048790/36‑1 (MQ=255)
      gcgagtaaagattcgcgatcctgtggcggGGTTAAt                              >  1:1425360‑M2/30‑36 (MQ=255)
       tCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAAtt                             >  1:1097186/1‑36 (MQ=255)
       tCAGTCACCTACAACCTGGGCGGGGCGGGGTTAAtt                             >  1:3754775/1‑36 (MQ=255)
       cgagtaaagattcgcgatcctgtggcggGGTTAAtt                             >  1:6252926‑M2/29‑36 (MQ=255)
        gagtaaagattcgcgatcctgtggcggGGTTAATTa                            >  1:2002086‑M2/28‑36 (MQ=255)
        cAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTa                            <  1:2500734/36‑1 (MQ=255)
        cAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTa                            >  1:5353063/1‑36 (MQ=255)
         agtaaagattcgcgatcctgtggcggGTTTAATTAt                           >  1:1284136‑M2/27‑36 (MQ=255)
         aGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTAt                           <  1:7254486/36‑1 (MQ=255)
          gTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATc                          >  1:3726890/1‑36 (MQ=255)
          gTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATc                          >  1:239453/1‑36 (MQ=255)
          gTCACCTACAACCTGTGCGGCGCGGGGTTAATTATc                          <  1:5402417/36‑1 (MQ=255)
            cACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGc                        <  1:7202240/36‑1 (MQ=255)
            cACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGc                        <  1:7605759/36‑1 (MQ=255)
             aCCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCa                       >  1:5214292/1‑36 (MQ=255)
             aCCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCa                       <  1:4270099/36‑1 (MQ=255)
             aCCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCa                       >  1:2843222/1‑36 (MQ=255)
              acTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCAt                      <  1:968265/35‑1 (MQ=255)
               cTACAGCCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCAtt                     <  1:3960372/36‑1 (MQ=255)
               cTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCAtt                     <  1:2931927/36‑1 (MQ=255)
                tACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTa                    <  1:729815/36‑1 (MQ=255)
                tACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTa                    <  1:2272168/36‑1 (MQ=255)
                 aCAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTAc                   >  1:975407/1‑36 (MQ=255)
                 aCAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTAc                   <  1:3106671/36‑1 (MQ=255)
                 aCAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTAc                   <  1:6138008/36‑1 (MQ=255)
                 aCAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTAc                   >  1:5452929/1‑36 (MQ=255)
                 aCAACATGTGCGGGGCGCGGTTAATTATCAAATTag                   >  1:2689601/1‑35 (MQ=16)
                  cAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACt                  >  1:3684482/1‑36 (MQ=255)
                  cAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACt                  <  1:4635386/36‑1 (MQ=255)
                  cAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACt                  >  1:804601/1‑36 (MQ=255)
                  cAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACt                  <  1:5628792/36‑1 (MQ=255)
                   aaCCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTg                 <  1:3940828/36‑1 (MQ=255)
                   aaCCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTg                 >  1:5279821/1‑36 (MQ=255)
                    aCCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTgg                >  1:7890128/1‑36 (MQ=255)
                     ccTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGt               >  1:2207452/1‑36 (MQ=255)
                      cTGTGCGGGTTGGCGTTACTTCTCGCATTACTGGtt              <  1:221997/36‑1 (MQ=16)
                      cTGTGCGGGGCGGTTTTAATTATCGCATTACTGGtt              <  1:4625209/36‑1 (MQ=37)
                      cTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGtt              <  1:5710109/36‑1 (MQ=255)
                       tgtgCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGttt             >  1:4841923/1‑36 (MQ=255)
                       tgggcggggcgggGTTAATTATCGCATTACTGGttt             >  1:2128479/4‑36 (MQ=255)
                        gtgCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTa            <  1:2960461/36‑1 (MQ=255)
                          gcggggcgggGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACa          >  1:2634627/1‑36 (MQ=255)
                          gcggggcgggGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACa          <  1:415061/36‑1 (MQ=255)
                          gcggggcgggGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACa          <  1:2731772/36‑1 (MQ=255)
                          gcggggcgggGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACa          <  1:4253326/36‑1 (MQ=255)
                            ggggcggggTTAATTATTGCATTAATGGTTTACAtg        >  1:2575363/1‑35 (MQ=37)
                            ggggcggggTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATc        <  1:538117/36‑1 (MQ=255)
                            ggggcggggTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATc        >  1:4398766/1‑36 (MQ=255)
                            ggggcggggTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATc        <  1:2862251/36‑1 (MQ=255)
                             gggcggggTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCg       >  1:5143368/1‑36 (MQ=255)
                              ggcggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGc      >  1:2162531‑M2/6‑36 (MQ=255)
                              ggcggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGc      <  1:5555276‑M2/31‑1 (MQ=255)
                              ggcggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGc      >  1:4891430‑M2/6‑36 (MQ=255)
                               gcggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGcc     >  1:6628846‑M2/5‑36 (MQ=255)
                                cggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCt    <  1:6374219‑M2/33‑1 (MQ=255)
                                 ggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTg   >  1:4065041‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                 ggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTg   >  1:4219739‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                 ggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTg   <  1:1417642‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                 ggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTg   >  1:600365‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                 ggGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTg   >  1:5965618‑M2/3‑36 (MQ=255)
                                  gGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTGt  <  1:3464515‑M2/35‑1 (MQ=255)
                                   |                                  
CGGTTATTCAGTCACCTACAACCTGTGCGGGGCGGGGTTAATTATCGCATTACTGGTTTACATCGCCTGT  >  REL606/3572061‑3572130

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG