Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,318,480 | 0 | A→T | 16.0% | 6.9 ‑15.2 0.0 | 96 | 759 | adiA | biodegradative arginine decarboxylase |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (18/0): ref base (28/49): total (47/49) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.54e-07 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCA > REL606/4318445‑4318515
|
aGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTa < 1:418037/36‑1 (MQ=255)
gCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTAc < 1:686117/36‑1 (MQ=255)
gCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTAc < 1:3978492/36‑1 (MQ=255)
cATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACg < 1:7696148/36‑1 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCgg > 1:1427101/1‑36 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCgg > 1:5563581/1‑36 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTGCgg > 1:6292535/1‑36 (MQ=255)
aTCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACgg < 1:4471871/36‑1 (MQ=255)
tCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGt > 1:6106191/1‑36 (MQ=255)
tCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGt < 1:6878667/36‑1 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTTGGTc > 1:199248/1‑36 (MQ=38)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTc > 1:4473618/1‑36 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTc < 1:7131790/36‑1 (MQ=255)
cAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTc < 1:6886774/36‑1 (MQ=255)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTTGGTCa > 1:3497539/1‑36 (MQ=38)
aaaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGtta > 1:2937094/1‑34 (MQ=255)
aaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCaa > 1:23640/1‑36 (MQ=255)
aaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGGCaa > 1:6792193/1‑36 (MQ=38)
aaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCaa < 1:6025603/36‑1 (MQ=255)
aaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCaa < 1:6361413/36‑1 (MQ=255)
aaCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCaa < 1:1034697/36‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTTGGTCAAc > 1:824141/1‑36 (MQ=38)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAAc > 1:3492861/1‑36 (MQ=255)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAAc < 1:6492287/36‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAAc < 1:4510281/36‑1 (MQ=255)
cTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTTGGGCAACGa > 1:1561731/1‑36 (MQ=25)
ttGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGAc < 1:7550468/36‑1 (MQ=255)
ttGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGAc < 1:7809000/36‑1 (MQ=255)
tGTTCGATGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAACGAcc > 1:2341149/1‑36 (MQ=255)
tGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGAcc < 1:7744480/36‑1 (MQ=255)
gTTCGATGGATTTATGGCAGATTTGGTGTACGAccc > 1:6812035/1‑35 (MQ=12)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTACTGTCAACGACCAc < 1:1782261/36‑1 (MQ=255)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTTAACGACCAc > 1:6822774/1‑36 (MQ=255)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCAc < 1:782979/36‑1 (MQ=255)
ttCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCAc < 1:4524342/36‑1 (MQ=255)
tCGATGGATTTATGGCAGTTATGGGCATCCTCCACg > 1:2908717/1‑36 (MQ=16)
tCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACg < 1:6836231/36‑1 (MQ=255)
cGATGGATTTATGGCAGGTATCGTCTACGACCAcaa > 1:7611563/1‑34 (MQ=16)
gATGGATTTATGGCAGTTTTGGTCAAAGACCACGAc > 1:1450863/1‑36 (MQ=37)
gATGGATTTATGGCAGTTATGGTCAACCACCACGAc > 1:1287979/1‑36 (MQ=37)
aTGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAAAGAACCCGaga > 1:5641152/1‑34 (MQ=16)
aTGGATTTATGGCAGTTATGGTCAACGACCACGACa > 1:661568/1‑36 (MQ=255)
aTGGATTTATGGCAGTTACTGTCAACCACCCCGAcc > 1:6385696/1‑35 (MQ=21)
tGGATTTATGGCAGTTTCGGTCAACGACCCCGACAt > 1:4619440/1‑36 (MQ=37)
tGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGActt > 1:6755379/1‑34 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc < 1:243221/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc < 1:6732383/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc < 1:5757357/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc < 1:3569876/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATc > 1:1217936/1‑36 (MQ=255)
gATTTATGGCAGGTACGGTTAACGACCCCGCCATCg > 1:752453/1‑36 (MQ=19)
aTTTATGGCATTTACGGTCAACGACCACGACATCGt < 1:4153691/36‑1 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTTCGGTCAACGACCACGACATCGt > 1:1507578/1‑36 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTACGGTCAACGGCCACGACATCGt > 1:225910/1‑36 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGt < 1:3982504/36‑1 (MQ=255)
aTTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGt < 1:7713635/36‑1 (MQ=255)
tttATGGCAGTTTCGGTCAACCACCCCGACCTCGtt > 1:7447043/1‑36 (MQ=19)
tttATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGCCATCGtt < 1:1747735/36‑1 (MQ=255)
tttATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGtt < 1:3572841/36‑1 (MQ=255)
ttATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTa < 1:337628/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc > 1:7093260/1‑36 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc < 1:7811540/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc < 1:105588/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc < 1:5175892/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc > 1:5480623/1‑36 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc < 1:3762943/36‑1 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATc > 1:149022/1‑36 (MQ=255)
aTGGCAGTTACGGTAAACGACCACGACATCGTTATc > 1:5480061/1‑36 (MQ=255)
tGGCGGTTACGGTCAACGACCACGACCTCGTTATCg < 1:7620029/36‑1 (MQ=25)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg < 1:655655/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg < 1:7291603/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg > 1:7613051/1‑36 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg < 1:2910339/36‑1 (MQ=255)
tGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCg > 1:2923675/1‑36 (MQ=255)
ggCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCgg > 1:6334474/1‑36 (MQ=255)
ggCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCgg < 1:6592522/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:1122506/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:5893132/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:3175617/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:4150047/36‑1 (MQ=255)
gCAGTTACGGAAAACGACCACGACATCGTTATCGGt < 1:4912487/36‑1 (MQ=37)
cAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTc > 1:6286484/1‑36 (MQ=255)
cAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTc > 1:135477/1‑36 (MQ=255)
cAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTc > 1:6690575/1‑36 (MQ=255)
agatACCGTCAGTGACCAAGATATCGTTATCGGTCa < 1:6270739/33‑1 (MQ=12)
aGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCa > 1:3993571/1‑36 (MQ=255)
aGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCa < 1:705837/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTTTCGGTCAt > 1:3605522/1‑36 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt > 1:7583507/1‑36 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt < 1:2233180/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt < 1:1214821/36‑1 (MQ=255)
gTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCAt < 1:5731620/36‑1 (MQ=255)
ttACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATg < 1:194729/36‑1 (MQ=255)
ttACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATg > 1:6764690/1‑36 (MQ=255)
ttACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATg > 1:1549833/1‑36 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc > 1:6042824/1‑36 (MQ=255)
tACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGc > 1:2658749/1‑36 (MQ=255)
aCGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCa > 1:1600661/1‑36 (MQ=255)
|
AGCATCAAACCTTGTTCGATGGATTTATGGCAGTTACGGTCAACGACCACGACATCGTTATCGGTCATGCA > REL606/4318445‑4318515
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 28 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|