Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 15,395 | G→A | 6.0% | intergenic (+99/‑48) | dnaJ → / → insL‑1 | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/IS186 hypothetical protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 15,395 | 0 | G→A | 6.0% | 5.1 ‑0.4 ‑1.1 | 83 | intergenic (+99/‑48) | dnaJ/insL‑1 | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/IS186 hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/2): ref base (35/43): total (38/45) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.56e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.04e-02 |
ACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > REL606/15362‑15423
|
aCCTGAAAAGTGGCGGGGGTGACCTCCCTTAGCGCt > 1:4068538/1‑36 (MQ=9)
aCCTGAAAAGTGGCGGGGATACCTCCCCCAAgcgcg > 1:5906104/1‑35 (MQ=16)
ccTGAAAAGTGGCGGGGGTTACTCCCCTAAGCGCTa > 1:816375/1‑36 (MQ=25)
ccTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa < 1:5135274/36‑1 (MQ=255)
tattttgcaaccggggccgcaaCCCAtaagcgccaa < 1:1912072‑M1/14‑4 (MQ=255)
cTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTaa < 1:2934687/36‑1 (MQ=255)
tGAAAAGTGGCGGGGGTCTCTCCCCTAAACGCTatc > 1:3125635/1‑34 (MQ=16)
tGAAAAGTGGCGGGGATCACACCCCTCAGCGCTaaa > 1:3053345/1‑35 (MQ=25)
attttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAAc < 1:4349874‑M1/15‑1 (MQ=255)
attttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAAc < 1:2124379‑M1/15‑1 (MQ=255)
gAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACt < 1:1582300/36‑1 (MQ=255)
gAAAAGTGGCGGGGATCAACCCCGTAAGCGCTTACt > 1:5642662/1‑36 (MQ=19)
tttgcagccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACtt > 1:4791943‑M1/20‑36 (MQ=255)
tttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACtt < 1:245067‑M1/17‑1 (MQ=255)
aaaaGTGGCGTGGATCACTCCCATAAGCGCTAACtt < 1:3678234/36‑1 (MQ=255)
ttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTa > 1:3946199‑M1/19‑36 (MQ=255)
ttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTa > 1:3205912‑M1/19‑36 (MQ=255)
aaaGTGGTGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTa < 1:3329290/36‑1 (MQ=255)
aaaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTa < 1:848542/36‑1 (MQ=255)
tgctaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:1061476‑M1/18‑36 (MQ=255)
gcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:4167911‑M1/20‑1 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:3122010‑M1/22‑1 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:939733‑M1/22‑1 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:1414326‑M1/22‑1 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:1584354‑M1/22‑1 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCAGAAGCGCTAACTTAAggg < 1:5076047‑M1/22‑1 (MQ=255)
ggCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt > 1:1068585/1‑36 (MQ=40)
accggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt < 1:3199915‑M1/23‑1 (MQ=255)
gCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt > 1:3366828/1‑36 (MQ=38)
ggggATCACTCCCATCAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:1162902/1‑36 (MQ=255)
ggggATAATTCCCACAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:34438/1‑36 (MQ=11)
gggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg < 1:3356146‑M1/27‑1 (MQ=255)
gggATCACTCCCATAAGCGATAACTTAAGGGAtgtg > 1:4104407/1‑36 (MQ=17)
ggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg > 1:2154019‑M1/9‑36 (MQ=255)
ggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:3197387/36‑1 (MQ=255)
gATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt < 1:5265932/36‑1 (MQ=255)
cggcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:4263118‑M1/7‑36 (MQ=255)
aTCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa < 1:3321760/36‑1 (MQ=255)
cgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:2673679‑M1/31‑1 (MQ=255)
cACTCCCATAAGCGCTATCTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:1192454/36‑1 (MQ=255)
cACTCCCATAAGCGCTAACTTCAGTGTTTTGTTAtt < 1:4930519/36‑1 (MQ=9)
cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:1561671/36‑1 (MQ=38)
cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:784089/36‑1 (MQ=38)
caaCACATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:4862711‑M1/4‑36 (MQ=255)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:1260880/1‑36 (MQ=35)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:3105718/1‑36 (MQ=35)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa < 1:3407158/36‑1 (MQ=35)
cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc > 1:755794/1‑36 (MQ=32)
cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:665711/36‑1 (MQ=32)
cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:3243438/36‑1 (MQ=32)
aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:1758086‑M1/34‑1 (MQ=255)
aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc > 1:4699319‑M1/3‑36 (MQ=255)
aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGAATTAc < 1:64882‑M1/34‑1 (MQ=255)
aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACg < 1:616437‑M1/35‑1 (MQ=255)
aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACg < 1:2337785‑M1/35‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:901655‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:2060188‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:5412084‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:3835759‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:4303701‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:4411515‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:476443‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:3566154‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGTATTACGc < 1:2938289‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:3128382‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGTTTGTGGTATTACGcc > 1:5142270‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:4978607‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:5020840‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:5070056‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:3376202‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:1539905‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:1856233‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:2272290‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:497551‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:5685911‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:216580‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:2422790‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:837409‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:3515150‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:4565599‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:497395‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:4831334‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:480835‑M1/36‑1 (MQ=255)
CATAAGCGCTAAATTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:148682‑M1/36‑1 (MQ=255)
CATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:1196298‑M1/1‑36 (MQ=255)
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ACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > REL606/15362‑15423
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 8 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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