Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 15,395 G→A 6.0% intergenic (+99/‑48) dnaJ → / → insL‑1 chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/IS186 hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60615,3950G→A 6.0% 5.1 ‑0.4 ‑1.183intergenic (+99/‑48)dnaJ/insL‑1chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/IS186 hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (3/2):  ref base (35/43):  total (38/45)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.56e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.04e-02

ACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT  >  REL606/15362‑15423
                                 |                            
aCCTGAAAAGTGGCGGGGGTGACCTCCCTTAGCGCt                            >  1:4068538/1‑36 (MQ=9)
aCCTGAAAAGTGGCGGGGATACCTCCCCCAAgcgcg                            >  1:5906104/1‑35 (MQ=16)
 ccTGAAAAGTGGCGGGGGTTACTCCCCTAAGCGCTa                           >  1:816375/1‑36 (MQ=25)
 ccTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTa                           <  1:5135274/36‑1 (MQ=255)
  tattttgcaaccggggccgcaaCCCAtaagcgccaa                          <  1:1912072‑M1/14‑4 (MQ=255)
  cTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTaa                          <  1:2934687/36‑1 (MQ=255)
   tGAAAAGTGGCGGGGGTCTCTCCCCTAAACGCTatc                         >  1:3125635/1‑34 (MQ=16)
   tGAAAAGTGGCGGGGATCACACCCCTCAGCGCTaaa                         >  1:3053345/1‑35 (MQ=25)
   attttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAAc                         <  1:4349874‑M1/15‑1 (MQ=255)
   attttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAAc                         <  1:2124379‑M1/15‑1 (MQ=255)
    gAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACt                        <  1:1582300/36‑1 (MQ=255)
    gAAAAGTGGCGGGGATCAACCCCGTAAGCGCTTACt                        >  1:5642662/1‑36 (MQ=19)
     tttgcagccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACtt                       >  1:4791943‑M1/20‑36 (MQ=255)
     tttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACtt                       <  1:245067‑M1/17‑1 (MQ=255)
     aaaaGTGGCGTGGATCACTCCCATAAGCGCTAACtt                       <  1:3678234/36‑1 (MQ=255)
      ttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTa                      >  1:3946199‑M1/19‑36 (MQ=255)
      ttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTa                      >  1:3205912‑M1/19‑36 (MQ=255)
      aaaGTGGTGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTa                      <  1:3329290/36‑1 (MQ=255)
      aaaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTa                      <  1:848542/36‑1 (MQ=255)
       tgctaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTaa                     >  1:1061476‑M1/18‑36 (MQ=255)
        gcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAg                    <  1:4167911‑M1/20‑1 (MQ=255)
          aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg                  <  1:3122010‑M1/22‑1 (MQ=255)
          aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg                  <  1:939733‑M1/22‑1 (MQ=255)
          aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg                  <  1:1414326‑M1/22‑1 (MQ=255)
          aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg                  <  1:1584354‑M1/22‑1 (MQ=255)
          aaccggggccgcaaCCCAGAAGCGCTAACTTAAggg                  <  1:5076047‑M1/22‑1 (MQ=255)
           ggCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt                 >  1:1068585/1‑36 (MQ=40)
           accggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt                 <  1:3199915‑M1/23‑1 (MQ=255)
            gCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt                >  1:3366828/1‑36 (MQ=38)
              ggggATCACTCCCATCAGCGCTAACTTAAGGGTtgt              >  1:1162902/1‑36 (MQ=255)
              ggggATAATTCCCACAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt              >  1:34438/1‑36 (MQ=11)
               gggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg             <  1:3356146‑M1/27‑1 (MQ=255)
               gggATCACTCCCATAAGCGATAACTTAAGGGAtgtg             >  1:4104407/1‑36 (MQ=17)
                ggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg            >  1:2154019‑M1/9‑36 (MQ=255)
                ggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg            <  1:3197387/36‑1 (MQ=255)
                 gATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt           <  1:5265932/36‑1 (MQ=255)
                  cggcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa          >  1:4263118‑M1/7‑36 (MQ=255)
                  aTCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa          <  1:3321760/36‑1 (MQ=255)
                   cgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt         <  1:2673679‑M1/31‑1 (MQ=255)
                    cACTCCCATAAGCGCTATCTTAAGGGTTGTGGTAtt        <  1:1192454/36‑1 (MQ=255)
                    cACTCCCATAAGCGCTAACTTCAGTGTTTTGTTAtt        <  1:4930519/36‑1 (MQ=9)
                    cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt        <  1:1561671/36‑1 (MQ=38)
                    cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt        <  1:784089/36‑1 (MQ=38)
                     caaCACATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa       >  1:4862711‑M1/4‑36 (MQ=255)
                     aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa       >  1:1260880/1‑36 (MQ=35)
                     aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa       >  1:3105718/1‑36 (MQ=35)
                     aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa       <  1:3407158/36‑1 (MQ=35)
                      cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc      >  1:755794/1‑36 (MQ=32)
                      cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc      <  1:665711/36‑1 (MQ=32)
                      cTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc      <  1:3243438/36‑1 (MQ=32)
                      aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc      <  1:1758086‑M1/34‑1 (MQ=255)
                      aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc      >  1:4699319‑M1/3‑36 (MQ=255)
                      aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGAATTAc      <  1:64882‑M1/34‑1 (MQ=255)
                       aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACg     <  1:616437‑M1/35‑1 (MQ=255)
                       aCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACg     <  1:2337785‑M1/35‑1 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    >  1:901655‑M1/1‑36 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    >  1:2060188‑M1/1‑36 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    <  1:5412084‑M1/36‑1 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    <  1:3835759‑M1/36‑1 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    >  1:4303701‑M1/1‑36 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    >  1:4411515‑M1/1‑36 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    <  1:476443‑M1/36‑1 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    >  1:3566154‑M1/1‑36 (MQ=255)
                        CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGTATTACGc    <  1:2938289‑M1/36‑1 (MQ=255)
                        CCCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc    <  1:3128382‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGTTTGTGGTATTACGcc   >  1:5142270‑M1/1‑36 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:4978607‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:5020840‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:5070056‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   >  1:3376202‑M1/1‑36 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:1539905‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:1856233‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   >  1:2272290‑M1/1‑36 (MQ=255)
                         CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   >  1:497551‑M1/1‑36 (MQ=255)
                         CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   <  1:5685911‑M1/36‑1 (MQ=255)
                         CCATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc   >  1:216580‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:2422790‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:837409‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:3515150‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:4565599‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:497395‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:4831334‑M1/1‑36 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  <  1:480835‑M1/36‑1 (MQ=255)
                          CATAAGCGCTAAATTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  <  1:148682‑M1/36‑1 (MQ=255)
                          CATAAGCACTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt  >  1:1196298‑M1/1‑36 (MQ=255)
                                 |                            
ACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT  >  REL606/15362‑15423

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 8 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG