Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,747,301 | 0 | G→T | 9.8% | 0.4 ‑10.1 0.0 | 74 | 961 | ydiK | predicted inner membrane protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/0): ref base (18/47): total (27/47) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.24e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TCCTGATCCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTT > REL606/1747266‑1747336
|
tcctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTg < 1:432495/36‑1 (MQ=255)
cctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTgt > 1:2833084/1‑35 (MQ=255)
cctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGc < 1:4315015/36‑1 (MQ=255)
ctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCt < 1:5399758/36‑1 (MQ=255)
ctgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCt < 1:5560972/36‑1 (MQ=255)
tgatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCtt > 1:1787522/1‑36 (MQ=37)
gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGTTTTGATTGCttt < 1:2378100/36‑1 (MQ=255)
gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTTATTGCttt > 1:6072119/1‑36 (MQ=255)
gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCttt > 1:1760580/1‑36 (MQ=255)
gatcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCttt < 1:1743253/36‑1 (MQ=255)
gatcctCTCTGGCGTTATAGGTGGTTTGATTGCttt < 1:1281220/36‑1 (MQ=255)
atcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTc < 1:1297770/36‑1 (MQ=255)
atcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTc < 1:1061671/36‑1 (MQ=255)
tcctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCg < 1:1723356/36‑1 (MQ=255)
cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCgg > 1:7163757/1‑36 (MQ=255)
cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCgg < 1:3554307/36‑1 (MQ=255)
cctCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTCATTTCTTTCgg > 1:7010218/1‑36 (MQ=37)
ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCTTTCggg > 1:7624136/1‑36 (MQ=37)
ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCtgg > 1:2913557/1‑36 (MQ=37)
ctctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCggg > 1:6925907/1‑36 (MQ=255)
tctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGga < 1:6359915/36‑1 (MQ=255)
tctctGGCGTTATTGGTGATTTGATTGCTTTCGGga < 1:4121157/36‑1 (MQ=255)
ctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgat < 1:5758252/36‑1 (MQ=255)
ctctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgat < 1:2780504/36‑1 (MQ=255)
tctGGCGTTATTGGTGGTTTTATTTCTTTCGGgatg > 1:2358555/1‑36 (MQ=37)
tctGGCGTTATTGGTGGTTTGGTTGCTTTAGGgatg > 1:1243987/1‑36 (MQ=37)
tctGGCGTTATTGGTGGTTTGCTTGCTTTCGGgatg < 1:7385209/36‑1 (MQ=255)
tctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCGGgatg > 1:426551/1‑36 (MQ=255)
tctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatg < 1:723508/36‑1 (MQ=255)
ctGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatta > 1:3234843/1‑34 (MQ=255)
tGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatgat < 1:5982546/36‑1 (MQ=255)
tGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGgatgat < 1:1276731/36‑1 (MQ=255)
ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc < 1:3440926/36‑1 (MQ=255)
ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc < 1:307287/36‑1 (MQ=255)
ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc > 1:7206074/1‑36 (MQ=255)
ggCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATc < 1:1843701/36‑1 (MQ=255)
gCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCg < 1:3326206/36‑1 (MQ=255)
gCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCg < 1:5371602/36‑1 (MQ=255)
cGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCgg > 1:3964807/1‑36 (MQ=255)
gTTATTGGTTGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGt < 1:6548452/36‑1 (MQ=255)
gTTATTGGTGGTTTGATTTCTTTCGGTATGATCGGt > 1:1855006/1‑36 (MQ=38)
gTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCTGt > 1:7281932/1‑36 (MQ=255)
gTTATTGGTGGTTTGATTGCTTCCGGGATGATCGGt < 1:4169130/36‑1 (MQ=255)
ttATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTc < 1:4176828/36‑1 (MQ=255)
tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATTATCGGTCt > 1:3534379/1‑36 (MQ=255)
tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCt < 1:443235/36‑1 (MQ=255)
tATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCt < 1:589583/36‑1 (MQ=255)
ttGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGt > 1:7061357/1‑36 (MQ=255)
ttGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGACGATCGGTCTGt < 1:7169644/36‑1 (MQ=255)
tggtggTTTGATTGCTTTTGGGATGATCGGTCTGtt > 1:3885938/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGttt > 1:4513543/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGttt < 1:6314568/36‑1 (MQ=255)
gtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTa < 1:2500109/36‑1 (MQ=255)
gtggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTa < 1:7834130/36‑1 (MQ=255)
gtggtTTGATTGCTCTCGCGATGATCGGTCTGTTTa > 1:5585315/1‑36 (MQ=37)
tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt > 1:707724/1‑36 (MQ=255)
tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt < 1:7745/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt < 1:965013/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt < 1:522612/36‑1 (MQ=255)
tggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAt < 1:1117253/36‑1 (MQ=255)
ggtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTAtt < 1:2461460/36‑1 (MQ=255)
gtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTg > 1:3276769/1‑36 (MQ=255)
gtTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTg > 1:318201/1‑36 (MQ=255)
tttGATTGCTTTCGGGATGCTCGGTCTGTTTATTgg < 1:3719687/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt < 1:4682599/36‑1 (MQ=255)
ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt > 1:3703620/1‑36 (MQ=255)
ttGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGt < 1:3505923/36‑1 (MQ=255)
tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc < 1:1685070/36‑1 (MQ=255)
tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc < 1:2473142/36‑1 (MQ=255)
tGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTc > 1:3139426/1‑36 (MQ=255)
gATTGCTTTCGTGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc < 1:684788/36‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc < 1:3526355/36‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc < 1:1465560/36‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTcc < 1:694703/36‑1 (MQ=255)
gATTGCTTTCGGGATGACCGGTCTGTTTATTGGTcc < 1:2645143/36‑1 (MQ=255)
aTTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCg > 1:100233/1‑36 (MQ=255)
gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt < 1:2553865/36‑1 (MQ=255)
gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt > 1:6498661/1‑36 (MQ=255)
gCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGtt > 1:550217/1‑36 (MQ=255)
|
TCCTGATCCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGATTGCTTTCGGGATGATCGGTCTGTTTATTGGTCCGGTT > REL606/1747266‑1747336
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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