Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,008,867 | 1 | .→G | 4.6% | 0.8 ‑2.3 ‑0.0 | 43 | intergenic (+164/+125) | ECB_01908/yoeD | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (12/29): total (14/29) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.01e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.91e-01 |
TACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGA > REL606/2008832‑2008902
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taatGATAAACCTTCCAATGGAGGTGCGTTATGGcc > 1:1709663/4‑36 (MQ=37)
tACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGcc < 1:4954324/36‑1 (MQ=255)
aCTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.g > 1:4842695/1‑36 (MQ=255)
tGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.Gtt > 1:5025518/1‑36 (MQ=255)
tGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.Gtt < 1:234563/36‑1 (MQ=255)
tGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.Gtt < 1:2987170/36‑1 (MQ=255)
gATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGGC.Gttt > 1:3806149/1‑36 (MQ=255)
aTAAACCTTCCAGTGGAGGTGGGTTATGGCC.Ggttt > 1:862284/1‑36 (MQ=37)
aTAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.Gtttt > 1:2637081/1‑36 (MQ=255)
tAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTa < 1:3276840/36‑1 (MQ=255)
aaaCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTaa < 1:743159/36‑1 (MQ=255)
aaaCCTTCCAGTGGAGGAGCGTTATTGCC.GATTTaa > 1:4477467/1‑36 (MQ=25)
aaCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGGTTTTaa > 1:4528538/1‑36 (MQ=255)
aaCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GGTTTTAc > 1:5901219/1‑36 (MQ=255)
aCCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCCGGTTTTAAc > 1:5110299/1‑36 (MQ=255)
ctcccAGTGGAGGTGCTTTCTGGCC.GTTTTAACGAt < 1:5548405/33‑1 (MQ=25)
cTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTTACGAt > 1:5888546/1‑36 (MQ=255)
cTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGAt < 1:4944730/36‑1 (MQ=255)
cTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGAt < 1:5558092/36‑1 (MQ=255)
ttCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGAtt > 1:474544/1‑36 (MQ=255)
ttCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGAtt < 1:5817364/36‑1 (MQ=255)
ttCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGAtt < 1:1028244/36‑1 (MQ=255)
ttcAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTa < 1:583032/34‑1 (MQ=255)
ccAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.TTTTTACCGATTAg < 1:1478970/36‑1 (MQ=37)
ccAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAg < 1:3720883/36‑1 (MQ=255)
ccAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAg < 1:5025785/36‑1 (MQ=255)
cAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGc < 1:361540/36‑1 (MQ=255)
aGTGGAGGTGCGTTATGTCT.GTTTTAACGATTAGCa < 1:5632947/36‑1 (MQ=37)
aGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCa < 1:5348264/36‑1 (MQ=255)
aGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCa < 1:3070680/36‑1 (MQ=255)
gTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCAt < 1:4339392/36‑1 (MQ=255)
gTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCAt < 1:5799660/36‑1 (MQ=255)
ggAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTg < 1:5139943/36‑1 (MQ=255)
gAGGTGCGTTATGGCC.CTTTTCACGATTAGCATTGa < 1:2296033/36‑1 (MQ=38)
ggTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGAcc < 1:1191914/36‑1 (MQ=255)
gTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCt < 1:3392777/36‑1 (MQ=255)
gTGCGTTATGCCC.GTTTTAACAATTATCATTGACCt < 1:3531246/36‑1 (MQ=25)
tGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTg < 1:5681136/36‑1 (MQ=255)
cGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTgcc < 1:1190202/36‑3 (MQ=255)
cGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGAc < 1:2622175/36‑1 (MQ=255)
ttATGGCC.GTTTTAACGATTTGCATTGACCTGACaa > 1:263047/1‑36 (MQ=255)
tATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACaaa < 1:4264083/36‑1 (MQ=255)
tATCGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACaaa < 1:76402/36‑1 (MQ=255)
aTGGCC.GTTTTAAAGATTAGCATTGACCTGACaaaa > 1:5494046/1‑36 (MQ=255)
ggCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACaaaaaa > 1:1198122/1‑36 (MQ=255)
gCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAAt > 1:3022979/1‑36 (MQ=255)
c.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGa < 1:4184409/36‑1 (MQ=255)
c.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGa > 1:252771/1‑36 (MQ=255)
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TACTGATAAACCTTCCAGTGGAGGTGCGTTATGGCC.GTTTTAACGATTAGCATTGACCTGACAAAAAATGA > REL606/2008832‑2008902
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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