Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,344,2730A→G 6.7% 5.5 ‑2.9 ‑0.2741350acrFmultidrug efflux system protein
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (5/0):  ref base (34/35):  total (39/35)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.59e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.04e-01

CAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTC  >  REL606/3344238‑3344308
                                   |                                   
cAGGGCGCCCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCa                                     <  1:209943/36‑1 (MQ=255)
 aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg                                    >  1:892815/1‑36 (MQ=255)
 aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg                                    >  1:2310627/1‑36 (MQ=255)
  gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                                   >  1:6730651/1‑36 (MQ=255)
  gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                                   >  1:5315312/1‑36 (MQ=255)
  gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc                                   <  1:4740503/36‑1 (MQ=255)
    gcgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCgg                                 >  1:1857633/1‑36 (MQ=255)
      gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGta                               >  1:7760824/1‑36 (MQ=255)
        ccTGGTGAGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             <  1:6114699/35‑1 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             >  1:6521998/1‑36 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             <  1:591136/36‑1 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             >  1:4652643/1‑36 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             <  1:2548703/36‑1 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             >  1:2293821/1‑36 (MQ=255)
        aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt                             >  1:1121667/1‑36 (MQ=255)
         cTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtattt                            <  1:3624429/36‑1 (MQ=255)
           ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                          <  1:5359784/36‑1 (MQ=255)
           ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                          <  1:6198327/36‑1 (MQ=255)
           ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat                          <  1:896096/36‑1 (MQ=255)
           ggtcgGTATCGCGCTGGGACTGTCGGCGGtttttgt                          >  1:1863025/1‑34 (MQ=12)
            gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCATCGGtatttatt                         <  1:1911251/36‑1 (MQ=255)
            gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt                         >  1:7057678/1‑36 (MQ=255)
            gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt                         >  1:5481043/1‑36 (MQ=255)
             tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                        <  1:7039108/36‑1 (MQ=255)
             tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                        >  1:4183838/1‑36 (MQ=255)
             tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                        <  1:3028609/36‑1 (MQ=255)
             tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                        <  1:2408699/36‑1 (MQ=255)
             tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc                        <  1:901532/36‑1 (MQ=255)
              cggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGtattttttgg                       >  1:5191356/2‑34 (MQ=17)
               ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg                      >  1:4644583/1‑36 (MQ=255)
               ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg                      >  1:5152276/1‑36 (MQ=255)
               ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGttttttttacc                      >  1:1538378/1‑33 (MQ=17)
               ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGGATTTTTTCCg                      >  1:6226845/1‑36 (MQ=11)
                gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa                     <  1:1476285/36‑1 (MQ=255)
                gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa                     <  1:5922649/36‑1 (MQ=255)
                gTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGTTTTTGTTGCgg                     >  1:864975/1‑35 (MQ=17)
                 tgtCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt                    <  1:2624003/34‑1 (MQ=255)
                 tATCGCGATGTTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt                    <  1:7734423/36‑1 (MQ=255)
                 tATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt                    <  1:5701377/36‑1 (MQ=255)
                  aTCTCGATGGTTCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg                   <  1:5340125/36‑1 (MQ=25)
                  aTCTCGATGGTGCTGTCAGGGGTATTTATTCCGATg                   <  1:5852878/36‑1 (MQ=37)
                  aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg                   >  1:4370279/1‑36 (MQ=255)
                  aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg                   <  1:7392091/36‑1 (MQ=255)
                   tCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATgg                  <  1:937919/36‑1 (MQ=255)
                    cgcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGc                 <  1:5482321/36‑1 (MQ=255)
                     gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCa                >  1:4224925/1‑36 (MQ=255)
                      cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCTATGGCAt               >  1:2121570/1‑36 (MQ=255)
                      cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGTTGGCAt               >  1:4857324/1‑36 (MQ=255)
                      cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt               <  1:6627497/36‑1 (MQ=255)
                      cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt               <  1:6543773/36‑1 (MQ=255)
                      cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt               >  1:5684432/1‑36 (MQ=255)
                       gATGGTGCTTTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt              <  1:6945574/36‑1 (MQ=255)
                       gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt              >  1:7592593/1‑36 (MQ=255)
                       gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt              <  1:2536235/36‑1 (MQ=255)
                       gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt              <  1:3800408/36‑1 (MQ=255)
                        aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc             <  1:7515888/36‑1 (MQ=255)
                        aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc             >  1:670897/1‑36 (MQ=255)
                         tGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttct            >  1:1785118/1‑36 (MQ=255)
                          ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttctt           <  1:1350934/36‑1 (MQ=255)
                           gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttcttc          >  1:7912077/1‑36 (MQ=255)
                            tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg         >  1:1259882/1‑36 (MQ=255)
                            tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg         >  1:7010133/1‑36 (MQ=255)
                             gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg        <  1:7629424/36‑1 (MQ=255)
                             gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg        >  1:2632206/1‑36 (MQ=255)
                             gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg        >  1:5392967/1‑36 (MQ=255)
                              cTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggc       <  1:6566304/36‑1 (MQ=255)
                              cTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggc       >  1:3532881/1‑36 (MQ=255)
                               tGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcg      >  1:6663480/1‑36 (MQ=255)
                               tGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcg      >  1:1713104/1‑36 (MQ=255)
                                gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgg     <  1:7164026/36‑1 (MQ=255)
                                gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgg     >  1:4968565/1‑36 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGt    <  1:3784787/36‑1 (MQ=255)
                                 tCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGt    >  1:1407405/1‑36 (MQ=255)
                                  cAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcggct   >  1:3130086/1‑34 (MQ=255)
                                  cAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGtt   <  1:2137953/36‑1 (MQ=255)
                                   aGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgggtt  >  1:7367922/1‑33 (MQ=255)
                                   aGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTc  <  1:4643652/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
CAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTC  >  REL606/3344238‑3344308

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG