Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,266,356 | G→C | 33.3% | intergenic (‑52/‑341) | acs ← / → nrfA | acetyl‑coenzyme A synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,266,356 | 0 | G→C | 33.3% | 67.9 ‑2.4 ‑0.1 | 57 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑coenzyme A synthetase/nitrite reductase, formate‑dependent, cytochrome |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/7): ref base (14/24): total (26/31) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.07e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.55e-01 |
GGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGC > REL606/4266323‑4266390
|
ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTa < 1:5771552/36‑1 (MQ=255)
ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTa > 1:216196/1‑36 (MQ=255)
ggATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCTa > 1:7039771/1‑36 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAg < 1:6917994/36‑1 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAg > 1:7578288/1‑36 (MQ=255)
gATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCTAg > 1:1218579/1‑36 (MQ=255)
aTGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAgg < 1:3959176/36‑1 (MQ=255)
aTGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAgg > 1:4900930/1‑36 (MQ=255)
aTGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAgg > 1:1130181/1‑36 (MQ=255)
tGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCTAggg < 1:1496970/36‑1 (MQ=255)
tGTTAATAATATGTGACATAAGCGTTAAATCTAggg < 1:7774569/36‑1 (MQ=38)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAgggg > 1:5168507/1‑36 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAgggg < 1:4794603/36‑1 (MQ=255)
gTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCTAgggg > 1:314689/1‑36 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGt > 1:2916927/1‑36 (MQ=255)
ttAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGt < 1:1286555/36‑1 (MQ=255)
taataaTATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTa > 1:4615053/1‑36 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTAt > 1:7410419/1‑36 (MQ=255)
aataatATGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTAt < 1:7012603/36‑1 (MQ=255)
ataataTGTGGCATAATCGTTAAATGTAGGGGTAtt < 1:7266498/36‑1 (MQ=255)
ataataTGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTAtt < 1:3741362/36‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTg < 1:1189737/36‑1 (MQ=255)
taataTGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTg > 1:7522214/1‑36 (MQ=255)
aataTGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTgg < 1:5622856/36‑1 (MQ=255)
aataTGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTgg > 1:7795405/1‑36 (MQ=255)
atatGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGc < 1:3758448/36‑1 (MQ=255)
atatGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTgtc > 1:2689810/1‑34 (MQ=38)
atatGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGc > 1:4522366/1‑36 (MQ=255)
tatGTGGCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCa > 1:336664/1‑36 (MQ=255)
atGTAGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAg < 1:2436494/36‑1 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGttt > 1:4886415/1‑36 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGttt < 1:5406483/36‑1 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGttt < 1:7630964/36‑1 (MQ=255)
tgGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGgtt > 1:6362905/1‑36 (MQ=255)
ggCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGgttt > 1:2480733/1‑36 (MQ=255)
ggCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCAGtttt < 1:2387513/36‑1 (MQ=255)
gCATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCAGttttt > 1:3039591/1‑35 (MQ=255)
cATAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCAGTTTTGt < 1:3173624/36‑1 (MQ=255)
aTAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGtt < 1:894268/36‑1 (MQ=255)
aTAAGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCAGTTTTTtt > 1:2782558/1‑36 (MQ=38)
aaGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTa < 1:3544791/36‑1 (MQ=255)
aaGCGTTAAATCTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTa < 1:2177997/36‑1 (MQ=255)
aGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAg < 1:6190341/36‑1 (MQ=255)
gCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGt < 1:2631698/36‑1 (MQ=255)
cGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTa < 1:5684953/36‑1 (MQ=255)
cGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTa < 1:2668501/36‑1 (MQ=255)
gTTAAATGTAGGGGTATTGTCAGTTTTGTTTATTAt < 1:1821134/36‑1 (MQ=37)
gTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAt < 1:7484794/36‑1 (MQ=255)
ttAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAtt < 1:436765/36‑1 (MQ=255)
ttAAATCTAGGGGTATTGGCAGTTTTTTTTTTTAtt > 1:6978838/1‑36 (MQ=19)
tAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTAttt < 1:1994155/36‑1 (MQ=255)
tAAATCTAGGGGTATTGGTAGTTTTTGTTATTAttt > 1:7826282/1‑36 (MQ=16)
aaaTGTAGGGGTATTGGCAGTTTTTTTTTGTGtttt > 1:7494596/1‑35 (MQ=25)
aaaTGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTg < 1:7612772/36‑1 (MQ=255)
aaaTCTAGGGGTATTGGCAGTTTTTTTTTTTAtttt > 1:5895914/1‑35 (MQ=16)
aaTGTAGGGGTATTGGCAGTTTTTTTTTTTAttttg > 1:3112836/1‑34 (MQ=21)
tGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGc < 1:2161232/36‑1 (MQ=255)
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GGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAATGTAGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGC > REL606/4266323‑4266390
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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