New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 12231155 (1.100)9 (0.180) 6/58 NT 15.1% coding (227/855 nt) ampE predicted inner membrane protein
?REL606 1529589 = 46 (0.770)coding (19/1698 nt) sfcA malate dehydrogenase, (decarboxylating, NAD‑requiring) (malic enzyme)

ATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTC  >  REL606/122276‑122346
                                    |                                   
aTTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTT                                     <  1:3873308‑M1/36‑1 (MQ=255)
 ttGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTg                                    <  1:2592906/36‑1 (MQ=255)
  tGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTtt                                   >  1:6981541‑M1/1‑34 (MQ=255)
  tGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTtt                                   >  1:5495281‑M1/1‑34 (MQ=255)
   gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTggt                                  >  1:5715148/1‑34 (MQ=255)
   gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAt                                  <  1:7883547/36‑1 (MQ=255)
   gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAt                                  <  1:3077874/36‑1 (MQ=255)
   gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAt                                  <  1:4375033/36‑1 (MQ=255)
   gTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAt                                  <  1:4950723/36‑1 (MQ=255)
    ttCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAtt                                 <  1:2921203/36‑1 (MQ=255)
    ttCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAtt                                 <  1:4196291/36‑1 (MQ=255)
    ttCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAtt                                 <  1:2537104/36‑1 (MQ=255)
    ttCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGAtt                                 <  1:5947568/36‑1 (MQ=255)
     tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTg                                <  1:3922315/36‑1 (MQ=255)
      cAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTgg                               <  1:5193032/36‑1 (MQ=255)
      cAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTtttttg                               >  1:1970347‑M1/1‑30 (MQ=255)
       aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTtttttgt                              >  1:3543888‑M1/1‑29 (MQ=255)
       aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGGGTTTGGt                              >  1:7027936/1‑36 (MQ=25)
        aCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTtttttttt                             >  1:2765457‑M1/1‑28 (MQ=255)
         cGTTCCCACGCTACTGGTGTGTCT.GTTGATTGGttt                            <  1:5365583/36‑1 (MQ=255)
         cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTGATTTGttt                            >  1:1257476/1‑36 (MQ=37)
          gTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTtttttttttt                           >  1:1698595‑M1/1‑26 (MQ=255)
          gTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTttttggtttt                           >  1:4177602‑M1/1‑26 (MQ=255)
           ttCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTttttttttttt                          >  1:186452‑M1/1‑25 (MQ=255)
           ttCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGc                          <  1:3509269/36‑1 (MQ=255)
           ttCCCACGCTACTCGTGTGGATGGTTGTTTGTtttt                           >  1:5002007/1‑35 (MQ=255)
            tCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTtttttgtttttt                         >  1:2886918‑M1/1‑24 (MQ=255)
            tCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCt                         <  1:3542689/36‑1 (MQ=255)
             cccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtg                        <  1:3296100/36‑1 (MQ=255)
              ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt                       <  1:6281131/36‑1 (MQ=255)
              ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt                       <  1:6203453/36‑1 (MQ=255)
                aCGCTCCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTgtgt                     <  1:5361456/36‑1 (MQ=255)
                aCGCTACTGGTGTGGCT.GTTGGTTTGTTTTCTttgt                     >  1:5027999/1‑36 (MQ=16)
                  gCTACTGGTGTGGCT.GTTTGTTTGTTTTCTTTTTAt                   >  1:2636249/1‑36 (MQ=2)
                  gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt                   <  1:364188/36‑1 (MQ=255)
                  gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt                   <  1:6770371/36‑1 (MQ=255)
                   cTACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTTTAtt                  >  1:2513663/1‑36 (MQ=0)
                    tACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTGTTttt                 >  1:6741545/1‑35 (MQ=0)
                    tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg                 <  1:4145711/36‑1 (MQ=255)
                    tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg                 <  1:2435364/36‑1 (MQ=255)
                     aCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTgg                <  1:136799/36‑1 (MQ=255)
                      cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc               <  1:4297878/36‑1 (MQ=255)
                      cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc               <  1:2491741/36‑1 (MQ=255)
                            tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt         <  1:7882718/36‑1 (MQ=255)
                            tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt         >  1:1636167/1‑36 (MQ=255)
                            tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt         <  1:2920493/36‑1 (MQ=255)
                            tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt         >  1:3846660/1‑36 (MQ=255)
                             ggCT.GTTGATTGGTTTGCTTTGTATTGGCGCAGGTa        >  1:4193758/1‑36 (MQ=255)
                             ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa        <  1:2266844/36‑1 (MQ=255)
                             ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa        >  1:6131459/1‑36 (MQ=255)
                             ggCT.GTTGATTGGTTTGCTCTGTATTGGCGCAGGTa        <  1:6658845/36‑1 (MQ=255)
                              gCT.GTTtttttgttttttgttccatgtaactcactc       >  1:1600772‑M1/1‑6 (MQ=255)
                              gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa       >  1:5135000/1‑36 (MQ=255)
                              gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa       <  1:3433316/36‑1 (MQ=255)
                              gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa       <  1:5829792/36‑1 (MQ=255)
                               cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa      >  1:7316653/1‑36 (MQ=255)
                               cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa      <  1:3590995/36‑1 (MQ=255)
                                t.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAg     >  1:6582488/1‑36 (MQ=255)
                                  gTTtttttgtttttggttccatgtaactcactcttt    >  1:7344240‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                  gTTtttttgtttttggttccatgtaactcactcttt    >  1:6541722‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                  gTTtttttgtttttggttccatgtaactaactcttt    >  1:1137152‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                  gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    >  1:5607073/1‑36 (MQ=255)
                                  gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    <  1:5538146/36‑1 (MQ=255)
                                  gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    >  1:5385879/1‑36 (MQ=255)
                                  gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    >  1:3172674/1‑36 (MQ=255)
                                  gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt    >  1:1366448/1‑36 (MQ=255)
                                   tttttttgtttttggttccatgtaactcactctttt   <  1:305289‑M1/36‑35 (MQ=255)
                                   ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt   <  1:605266/36‑1 (MQ=255)
                                   ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt   >  1:2579892/1‑36 (MQ=255)
                                   ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt   <  1:7910483/36‑1 (MQ=255)
                                    tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  <  1:5718376/36‑1 (MQ=255)
                                    tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  <  1:4231475/36‑1 (MQ=255)
                                    tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  <  1:3738064/36‑1 (MQ=255)
                                    tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc  >  1:7372102/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                   
ATTGTTCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTC  >  REL606/122276‑122346

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG