Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,393,595 | 1 | .→A | 5.0% | 0.6 ‑4.0 ‑0.0 | 40 | coding (697/1032 nt) | ynaI | conserved inner membrane protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (4/34): total (6/34) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.92e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01 |
ACGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATCGACG > REL606/1393560‑1393627
|
aCGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGt < 1:2425780/36‑1 (MQ=255)
cGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.c < 1:3791514/36‑1 (MQ=255)
tAAACCAATTGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAt < 1:5612440/36‑1 (MQ=255)
tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTTGtgtt > 1:3385823/1‑33 (MQ=37)
tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAt < 1:5172855/36‑1 (MQ=255)
tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGGTTGT.ctt > 1:357739/1‑34 (MQ=37)
aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt < 1:344186/36‑1 (MQ=255)
aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt < 1:5753799/36‑1 (MQ=255)
aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt < 1:3815546/36‑1 (MQ=255)
aagcAATGGGCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTc < 1:1338332/33‑1 (MQ=37)
aaCCGACGGTCGTGATAATGCGGCGGTTGGT.CATTc < 1:2658836/36‑1 (MQ=25)
aaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTc < 1:3724059/36‑1 (MQ=255)
ccAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGt < 1:136131/36‑1 (MQ=255)
ccAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGt < 1:4884670/36‑1 (MQ=255)
cAATGGTCGTGGTAATTCGGCGGTTGGT.CATTCGTc < 1:2566851/36‑1 (MQ=255)
gTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTggg < 1:5687057/36‑1 (MQ=255)
tCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGt < 1:515637/36‑1 (MQ=255)
tCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGt < 1:5926109/36‑1 (MQ=255)
cGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGtt < 1:2363452/36‑1 (MQ=255)
tGGTAATGCGGGGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGtttt < 1:3508913/36‑1 (MQ=255)
ggTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTc < 1:3855314/36‑1 (MQ=255)
ggTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTc < 1:1012751/36‑1 (MQ=255)
ggTAATGCGGCGGGTGGTACATTC.TCCTTGGttttt > 1:5746591/1‑35 (MQ=12)
gTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCt < 1:800099/36‑1 (MQ=255)
gTAAGGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCt < 1:5010874/36‑1 (MQ=255)
tAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTa < 1:1899905/36‑1 (MQ=255)
tAATGCGGCGGTGGGTACATTGTTTCGGGGtttttt > 1:4722512/1‑34 (MQ=0)
aaTGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTAc < 1:2887295/36‑1 (MQ=255)
aTGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACg < 1:520899/36‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGc < 1:682642/36‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGc < 1:2180998/36‑1 (MQ=255)
gctgcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCt < 1:2956456/33‑1 (MQ=255)
gcggcgGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCt < 1:5917187/36‑1 (MQ=255)
gcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGAt < 1:692635/36‑1 (MQ=255)
gcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGAt < 1:1390982/36‑1 (MQ=255)
gcggTTGGT.CATTCGTCCGGGGTTTTNNNAGCTgct > 1:2004172/1‑34 (MQ=25)
cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc < 1:3674339/36‑1 (MQ=255)
cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc < 1:2518429/36‑1 (MQ=255)
cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc > 1:2475562/1‑36 (MQ=255)
tgTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcg < 1:1003713/35‑1 (MQ=255)
ggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcg > 1:2171690/1‑36 (MQ=255)
gTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcga > 1:3106972/1‑36 (MQ=255)
ttGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcgac < 1:5318726/36‑1 (MQ=255)
tGGT.CATTCGTCCTGGTTTTTCTACGCTGATcgacg < 1:3345438/36‑1 (MQ=255)
|
ACGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATCGACG > REL606/1393560‑1393627
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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