Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,297,867 | G→T | 9.5% | L159F (TTG→TTT) | ychE → | predicted inner membrane protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,297,867 | 0 | G→T | 9.5% | 2.5 ‑3.9 0.0 | 49 | 477 | ychE | predicted inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/1): ref base (10/34): total (14/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.94e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
AGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATGGC > REL606/1297832‑1297902
|
aGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTg < 1:80523/36‑1 (MQ=255)
aGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTg < 1:2149831/36‑1 (MQ=255)
aGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTg < 1:3012786/36‑1 (MQ=255)
cTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGtt < 1:7321838/36‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTc < 1:5001969/36‑1 (MQ=255)
tATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTc < 1:7434423/36‑1 (MQ=255)
aTCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCg < 1:3182514/36‑1 (MQ=255)
tCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGc < 1:2731945/36‑1 (MQ=255)
tCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGc < 1:7418931/36‑1 (MQ=255)
cTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTTTTCGCt < 1:332464/36‑1 (MQ=255)
tGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCtt < 1:361896/36‑1 (MQ=255)
gTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTTCTTTTTTCTCttt > 1:5283048/1‑36 (MQ=19)
gTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCttt < 1:7992827/36‑1 (MQ=255)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTTTATTTTTCGCtttt > 1:303221/1‑35 (MQ=25)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTTCATTTTTTTCtttt > 1:5874835/1‑35 (MQ=16)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTTCATTTTTCGCtttt > 1:3483216/1‑35 (MQ=37)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTa < 1:5909318/36‑1 (MQ=255)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTa < 1:4340303/36‑1 (MQ=255)
tttGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTa < 1:5643602/36‑1 (MQ=255)
ttGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTAt < 1:2370618/36‑1 (MQ=255)
ggTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGt < 1:5351242/36‑1 (MQ=255)
gTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGtt < 1:8084265/36‑1 (MQ=255)
tttCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTg < 1:889601/36‑1 (MQ=255)
tttCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTg < 1:4811610/36‑1 (MQ=255)
ttCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGc < 1:1350611/36‑1 (MQ=255)
cTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTg < 1:557681/36‑1 (MQ=255)
gtgGCTATTGCCTTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGa < 1:7299477/36‑1 (MQ=255)
tgGCTATTGCATTGTTCTCTTTATGTTGCTGGGGAt < 1:4575434/36‑1 (MQ=255)
tgGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGAt < 1:7731487/36‑1 (MQ=255)
tgGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGAt < 1:5785444/36‑1 (MQ=255)
ggCTCTTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGAtt < 1:7240315/36‑1 (MQ=255)
ggCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGAtt > 1:5808829/1‑36 (MQ=255)
cTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGt < 1:2343480/36‑1 (MQ=255)
tATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGtt > 1:1034439/1‑36 (MQ=255)
tATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGtt > 1:2152872/1‑36 (MQ=255)
aTTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTc > 1:6994084/1‑36 (MQ=255)
ttGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTcc < 1:5173330/36‑1 (MQ=255)
ttGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTcc < 1:7356409/36‑1 (MQ=255)
ttGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTcc < 1:7177378/36‑1 (MQ=255)
ttGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTcc < 1:7019730/36‑1 (MQ=255)
ttGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTcc < 1:5894664/36‑1 (MQ=255)
tGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCg > 1:1977037/1‑36 (MQ=255)
gCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGc > 1:7171901/1‑36 (MQ=255)
gCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGc < 1:7606176/36‑1 (MQ=255)
gCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGc < 1:4623742/36‑1 (MQ=255)
cATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCa < 1:6684577/36‑1 (MQ=255)
cATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCa < 1:5499240/36‑1 (MQ=255)
aTTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCAt < 1:3985752/36‑1 (MQ=255)
ttGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATg > 1:2996939/1‑36 (MQ=255)
tGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATgg > 1:4450731/1‑36 (MQ=255)
tGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATgg > 1:4516786/1‑36 (MQ=255)
tGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATgg > 1:4631681/1‑36 (MQ=255)
gTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATGGc < 1:3701477/36‑1 (MQ=255)
gTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATGGc < 1:7436778/36‑1 (MQ=255)
gTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATGGc > 1:5125773/1‑36 (MQ=255)
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AGCTATCTGTTTGGTTTCTTTGTGGCTATTGCATTGTTCGCTTTATGTTGCTGGGGATTGTTCCGCATGGC > REL606/1297832‑1297902
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 28 ≤
ATCG
< 34 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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