Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,541,331 | A→T | 16.8% | intergenic (‑592/+124) | yddV ← / ← yddW | predicted diguanylate cyclase/predicted liprotein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,541,331 | 0 | A→T | 16.8% | 3.1 ‑4.0 0.0 | 34 | intergenic (‑592/+124) | yddV/yddW | predicted diguanylate cyclase/predicted liprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/0): ref base (11/17): total (17/17) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.84e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TACATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAC > REL606/1541300‑1541364
|
taCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTa < 1:1003895/36‑1 (MQ=255)
taCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTa < 1:116435/36‑1 (MQ=255)
aCATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTaa < 1:4333302/36‑1 (MQ=255)
atgtttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgt < 1:2767736/33‑1 (MQ=255)
aTTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgt < 1:4944582/36‑1 (MQ=255)
tttttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAgtg < 1:1169236/36‑1 (MQ=255)
ttttATTAGGGGATTTATGGCTGTTTTATTTAgtgt > 1:2473499/1‑36 (MQ=37)
tttATTAGGGGATTTATGGCCGTTTAACTAAGtgtg > 1:5490332/1‑36 (MQ=255)
ttattaGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTgg < 1:3439648/36‑1 (MQ=255)
tattaGGGGATTTATGGCTGTTTTACTAAGTGTGGt > 1:3509705/1‑36 (MQ=255)
tattaGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGt < 1:2759367/36‑1 (MQ=255)
attaGGGGATTTATGGCTGTTTTATTAAGTTGGGtt > 1:7093882/1‑36 (MQ=19)
attaGGGGATTTATGGCTGTTTTACTAAGTTTgggt > 1:181636/1‑34 (MQ=37)
aGGGGATTTATGGCTGTTTTAATAAGTGTTGTTTAt > 1:5362274/1‑36 (MQ=19)
gggATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTg < 1:6900706/36‑1 (MQ=255)
ggATTTATGGCTGTTTTACTAAATGTGGTTGAttta > 1:6784838/1‑34 (MQ=25)
ggATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGc < 1:4219546/36‑1 (MQ=255)
gATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCg < 1:1251172/36‑1 (MQ=255)
tttATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTg < 1:5495224/36‑1 (MQ=255)
ggCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTaa < 1:6992581/36‑1 (MQ=255)
ggCTGTTTAACTAAGTGGGGGTAATTGCGTGGTTaa > 1:172120/1‑36 (MQ=38)
gCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAt < 1:4291198/36‑1 (MQ=255)
gCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAt < 1:6205794/36‑1 (MQ=255)
tGTTTAACTAAGTGTTGTTAATTGCGTGGTTAAttt > 1:6484200/1‑36 (MQ=255)
tGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAttt > 1:5599302/1‑36 (MQ=255)
tGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAAttt > 1:1172757/1‑36 (MQ=255)
tGTTTAACTAAGTGGGGTTAATTGCGTGGTTAAttt > 1:4241489/1‑36 (MQ=255)
tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa < 1:7138359/36‑1 (MQ=255)
tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa > 1:6814749/1‑36 (MQ=255)
tttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGa > 1:1009678/1‑36 (MQ=255)
ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc > 1:7763519/1‑36 (MQ=255)
ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc > 1:851141/1‑36 (MQ=255)
ttAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAc < 1:1524486/36‑1 (MQ=255)
ttAACTAAGTGTGGTCAATTGCGTGGTTAATTTGAc > 1:4584685/1‑36 (MQ=255)
|
TACATTTTTATTAGGGGATTTATGGCTGTTTAACTAAGTGTGGTTAATTGCGTGGTTAATTTGAC > REL606/1541300‑1541364
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|