Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,779,4300G→T11.8% 3.3 ‑12.7 0.093969cysJsulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (15/0):  ref base (29/49):  total (44/49)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.94e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

AGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTT  >  REL606/2779395‑2779465
                                   |                                   
aGCGTGGCGTAATTCTCAACATTGTTGGCGGTGTTg                                     <  1:6039640/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTg                                     <  1:5290319/36‑1 (MQ=255)
 gCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGa                                    <  1:7846884/36‑1 (MQ=255)
  cGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTgtt                                   >  1:5873412/1‑34 (MQ=255)
  cGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGAc                                   <  1:7738752/36‑1 (MQ=255)
   gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTTGCGGTGTTGACg                                  <  1:425404/36‑1 (MQ=255)
   gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACg                                  <  1:5138735/36‑1 (MQ=255)
   gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACg                                  <  1:7473736/36‑1 (MQ=255)
   gTGGCGTAATTCTCAACAATGTTCGCGGTGTTTACg                                  >  1:6251058/1‑36 (MQ=37)
    tGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACgg                                 <  1:1807047/36‑1 (MQ=255)
     ggCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGATGGt                                >  1:3595707/1‑36 (MQ=255)
     ggCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGt                                <  1:961524/36‑1 (MQ=255)
      gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTc                               >  1:7741493/1‑36 (MQ=255)
      gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGtt                               >  1:767638/1‑35 (MQ=255)
      gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTc                               <  1:6003945/36‑1 (MQ=255)
      gCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGAAGGTc                               >  1:6812051/1‑36 (MQ=255)
      acGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTc                               <  1:321820/35‑1 (MQ=255)
       cGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCa                              <  1:5283492/36‑1 (MQ=255)
       cGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCa                              <  1:4472855/36‑1 (MQ=255)
        gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTTTTTACGGtgca                             >  1:6657153/1‑33 (MQ=37)
        gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAg                             <  1:5961867/36‑1 (MQ=255)
        gTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAg                             >  1:5037338/1‑36 (MQ=255)
         tAATTCTGAGCAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt                            <  1:1056160/36‑1 (MQ=37)
         tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTGCGGGCAGt                            >  1:3530304/1‑36 (MQ=25)
         tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGt                            >  1:5270471/1‑36 (MQ=255)
         tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt                            <  1:2222100/36‑1 (MQ=255)
         tAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGt                            <  1:2947137/36‑1 (MQ=255)
          aaTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGtt                           <  1:7560791/36‑1 (MQ=255)
          aaTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGtt                           <  1:4909162/36‑1 (MQ=255)
          aaTACTCACCAAAGTGGGCGGTGTTGACGGTCATtt                           <  1:5002166/36‑1 (MQ=16)
           aTTCTCACCAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTc                          <  1:1544695/36‑1 (MQ=255)
           aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTc                          >  1:2380141/1‑36 (MQ=255)
           aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTc                          <  1:909978/36‑1 (MQ=255)
           aTTCTCAACAATGTTGGCGGTGTGTACAGTAAGtta                          >  1:5817963/1‑35 (MQ=16)
            tactcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCg                         >  1:7543511/3‑36 (MQ=255)
             tctcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTcta                        >  1:6758366/1‑34 (MQ=37)
             tctcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGa                        >  1:3629203/1‑36 (MQ=255)
             tctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGa                        >  1:5465196/1‑36 (MQ=255)
              ctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGaa                       <  1:2512054/36‑1 (MQ=255)
              ctcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGaa                       >  1:6197223/1‑36 (MQ=255)
               tcAACAATGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGAAg                      >  1:4453075/1‑36 (MQ=255)
               tcAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAg                      <  1:4303637/36‑1 (MQ=255)
                caacaaTGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTCGAAGt                     >  1:3639403/1‑36 (MQ=255)
                caacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGt                     <  1:2715502/36‑1 (MQ=255)
                 aacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTg                    <  1:6672267/36‑1 (MQ=255)
                 aacaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTg                    <  1:3400275/36‑1 (MQ=255)
                 aacaaTGTTGGCGGTGGTTACGGTCAGTTCGAAATg                    >  1:6542254/1‑36 (MQ=21)
                  acaaTGTTGGCGGTTTTTACGGTCAGTTCGAAGTGc                   >  1:1051296/1‑36 (MQ=25)
                  acaaTGTTGGCGGTGTTTAAGGTTAGTTTTAAGttg                   >  1:5895783/1‑34 (MQ=9)
                  acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTTGAAGTGc                   >  1:7869682/1‑36 (MQ=255)
                  acaaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCTAAGTGc                   >  1:519122/1‑36 (MQ=255)
                   caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGCAGTGcc                  >  1:1419211/1‑36 (MQ=255)
                   caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcc                  <  1:7602755/36‑1 (MQ=255)
                   caaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcc                  <  1:3937160/36‑1 (MQ=255)
                    aaTGTTGGCGGTGTTTACGGTCAGTTTGAAGTGCCa                 >  1:5313798/1‑36 (MQ=37)
                    aaTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCa                 <  1:1955950/36‑1 (MQ=255)
                     aTGTTGGCTGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCAc                <  1:1468084/36‑1 (MQ=255)
                     aTGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGcccc                <  1:3372623/36‑3 (MQ=255)
                      tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTTTAAGTGCCCCt               >  1:1789918/1‑36 (MQ=25)
                      tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt               <  1:7406789/36‑1 (MQ=255)
                      tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt               <  1:7105819/36‑1 (MQ=255)
                      tGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACt               >  1:1553405/1‑36 (MQ=255)
                      tGTTGGCGGTGTTGACGCTCAGTTCGAAGTGCCCCt               <  1:2690804/36‑1 (MQ=37)
                       gTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTg              <  1:7239344/36‑1 (MQ=255)
                        ttGGCTGTGTTGACGATCAGTTCTAAGTGCCACTGt             <  1:2625543/36‑1 (MQ=21)
                           gCGGTGTTGACGGTCAGTTCTAAGTGCCACTGTAgc          >  1:5759353/1‑36 (MQ=255)
                           gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc          >  1:2101529/1‑36 (MQ=255)
                           gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc          >  1:4261563/1‑36 (MQ=255)
                           gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc          <  1:5518493/36‑1 (MQ=255)
                           gCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgc          <  1:3430718/36‑1 (MQ=255)
                            cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg         >  1:59031/1‑36 (MQ=255)
                            cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg         <  1:7918492/36‑1 (MQ=255)
                            cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg         <  1:5874654/36‑1 (MQ=255)
                            cGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcg         >  1:3076828/1‑36 (MQ=255)
                             ggggtTGACGGTAAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcgc        >  1:40333/4‑36 (MQ=38)
                             ggTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAgcgc        >  1:2885595/1‑36 (MQ=255)
                              gtgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCt       >  1:913708/1‑36 (MQ=255)
                               tgtTGGCGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      <  1:7407387/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      <  1:7106549/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      <  1:6964256/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      >  1:258936/1‑36 (MQ=255)
                               tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      <  1:525282/36‑1 (MQ=255)
                               tgtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCtt      >  1:5777907/1‑36 (MQ=255)
                                gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc     >  1:1375364/1‑36 (MQ=255)
                                gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc     <  1:7342558/36‑1 (MQ=255)
                                gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc     <  1:1846753/36‑1 (MQ=255)
                                gtTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTc     >  1:5912926/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTct    >  1:3874129/1‑35 (MQ=255)
                                 ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCg    >  1:417130/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCg    >  1:6504757/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCGTCg    >  1:5367594/1‑36 (MQ=255)
                                  tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt   <  1:7402405/36‑1 (MQ=255)
                                  tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt   <  1:2537872/36‑1 (MQ=255)
                                  tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt   <  1:1271122/36‑1 (MQ=255)
                                  tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt   >  1:6114317/1‑36 (MQ=255)
                                  tGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGt   <  1:2783319/36‑1 (MQ=255)
                                   gACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGtt  <  1:823235/36‑1 (MQ=255)
                                   gACGGTCAGTTCCAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGtt  <  1:589049/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
AGCGTGGCGTAATTCTCAACAATGTTGGCGGTGTTGACGGTCAGTTCGAAGTGCCACTGTAGCGCTTCGTT  >  REL606/2779395‑2779465

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG