Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,781,0760G→T 9.6% 1.9 ‑9.1 0.0701108ECB_03520conserved hypothetical protein
Rejected: E-value exceeds prediction threshold.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (8/0):  ref base (17/45):  total (25/45)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.15e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

ATATTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTG  >  REL606/3781041‑3781111
                                   |                                   
atatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTg                                     >  1:453678/1‑36 (MQ=255)
atatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTg                                     <  1:5889384/36‑1 (MQ=255)
 tatTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTgg                                    <  1:5362874/36‑1 (MQ=255)
  atTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGt                                   <  1:4113324/36‑1 (MQ=255)
  atTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGt                                   >  1:1396604/1‑36 (MQ=255)
   ttGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtt                                  >  1:1774645/1‑35 (MQ=255)
   ttGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtc                                  <  1:719346/36‑1 (MQ=255)
    tGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtca                                 <  1:4899228/36‑1 (MQ=255)
      cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc                               <  1:1801377/36‑1 (MQ=255)
      cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc                               <  1:4926926/36‑1 (MQ=255)
      cTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatc                               <  1:5099343/36‑1 (MQ=255)
       tATTGTACTTGTCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca                              <  1:4734223/36‑1 (MQ=255)
       tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTTtcatca                              >  1:189076/1‑36 (MQ=37)
       tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca                              <  1:1845216/36‑1 (MQ=255)
       tATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGtcatca                              <  1:4446932/36‑1 (MQ=255)
        aTTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAg                             <  1:5252312/36‑1 (MQ=255)
         ttGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGa                            <  1:5889756/36‑1 (MQ=255)
          tGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGAt                           >  1:2207383/1‑36 (MQ=255)
           gTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATa                          <  1:1303535/36‑1 (MQ=255)
            tACTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGGCATAAGATaa                         >  1:5446263/1‑36 (MQ=25)
             aCTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAt                        >  1:1097661/1‑36 (MQ=255)
              cTTATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAAtt                       >  1:2928869/1‑36 (MQ=255)
              cTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTTATCAGATAAtt                       >  1:3648934/1‑36 (MQ=255)
              cTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAtt                       <  1:979387/36‑1 (MQ=255)
               ttATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAAttt                      >  1:3754209/1‑36 (MQ=255)
               ttATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAttt                      <  1:3167699/36‑1 (MQ=255)
               ttATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAAttt                      <  1:5426133/36‑1 (MQ=255)
                tATCTCCATTGGTGGTTTTTGTCATCAGATAATTTc                     >  1:2804650/1‑36 (MQ=255)
                 aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc                    <  1:4514864/36‑1 (MQ=255)
                 aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc                    <  1:4534516/36‑1 (MQ=255)
                 aTCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTcc                    <  1:4982724/36‑1 (MQ=255)
                  tctcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCt                   <  1:281893/36‑1 (MQ=255)
                   ctcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTg                  <  1:644344/36‑1 (MQ=255)
                    tcCATTGGTGGTTTTTTTAATTAGATAATTTACTGc                 >  1:2942824/1‑36 (MQ=12)
                    tcCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGc                 <  1:1553463/36‑1 (MQ=255)
                     ccATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCa                <  1:2810685/36‑1 (MQ=255)
                     ccATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCa                >  1:1123517/1‑36 (MQ=255)
                      caatggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:229568/33‑1 (MQ=255)
                      cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:5646402/36‑1 (MQ=255)
                      cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:1404716/36‑1 (MQ=255)
                      cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:4251717/36‑1 (MQ=255)
                      cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:2556343/36‑1 (MQ=255)
                      cATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCAt               <  1:231211/36‑1 (MQ=255)
                       aTTGGTGGTTTTTGTTATCAGATAATTTTCTTCAtt              >  1:1407824/1‑35 (MQ=12)
                        ttGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGt             <  1:217185/36‑1 (MQ=255)
                         tggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATTtt            >  1:4909250/1‑36 (MQ=255)
                         tggtggTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGtt            <  1:275135/36‑1 (MQ=255)
                         tgggggTTTTGATCATCAGATAATTTCCTGCATGtt            >  1:3713449/1‑36 (MQ=37)
                          ggtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTa           <  1:3386489/36‑1 (MQ=255)
                          ggtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTa           >  1:1689895/1‑36 (MQ=255)
                           gtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTac          <  1:3711777/36‑2 (MQ=255)
                           gtggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTaa          <  1:3571874/36‑1 (MQ=255)
                            tggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAg         <  1:4453343/36‑1 (MQ=255)
                             ggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGt        >  1:2188250/1‑36 (MQ=255)
                             ggtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGt        <  1:1624511/36‑1 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGCTCATTCCCCGCNNNATAAggg       >  1:2002762/1‑34 (MQ=2)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       >  1:1438505/1‑36 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       <  1:3206042/36‑1 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       <  1:4612609/36‑1 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       >  1:5105981/1‑36 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       <  1:5242567/36‑1 (MQ=255)
                              gtTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTg       <  1:3464070/36‑1 (MQ=255)
                               ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATTTTAAGTGc      >  1:1596526/1‑36 (MQ=255)
                               ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc      <  1:5038264/36‑1 (MQ=255)
                               ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc      <  1:497877/36‑1 (MQ=255)
                               ttttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGc      <  1:3792205/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGccc    <  1:5773220/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGccc    >  1:4680229/1‑36 (MQ=255)
                                  tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt   >  1:5354237/1‑36 (MQ=255)
                                  tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt   >  1:2149493/1‑36 (MQ=255)
                                  tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt   <  1:5823387/36‑1 (MQ=255)
                                  tGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCt   <  1:1244911/36‑1 (MQ=255)
                                  tGGTCATCAGATAATTTCCCGCATGTTAAGTGCCCt   >  1:2469752/1‑36 (MQ=255)
                                   ggTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTg  <  1:3710129/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
ATATTGCTATTGTACTTATCTCCATTGGTGGTTTTGGTCATCAGATAATTTCCTGCATGTTAAGTGCCCTG  >  REL606/3781041‑3781111

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 12 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG