Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,139,267 | A→T | 9.4% | *306L (TAA→TTA) | oxyR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,139,267 | 0 | A→T | 9.4% | 3.3 ‑4.4 0.0 | 45 | 917 | oxyR | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (5/0): ref base (15/25): total (20/25) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.27e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCC > REL606/4139235‑4139302
|
ccATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAAc < 1:2712439/36‑1 (MQ=255)
cATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAAcc < 1:3349059/36‑1 (MQ=255)
tttCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGt < 1:6937234/36‑1 (MQ=255)
ttCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTTAAACGtt > 1:6079112/1‑36 (MQ=37)
tCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGttt < 1:588356/36‑1 (MQ=255)
tCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGttt < 1:2851569/36‑1 (MQ=255)
cGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTTAAACGtttt > 1:5009160/1‑35 (MQ=25)
cGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTa < 1:6072098/36‑1 (MQ=255)
cGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTa < 1:6980816/36‑1 (MQ=255)
gATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTTAATCGCTTaa > 1:5730279/1‑36 (MQ=25)
gATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTaa < 1:7385141/36‑1 (MQ=255)
aTAAAGTTTTAAAACAGGCTG.TTTAAAACGtttttt > 1:370843/1‑33 (MQ=25)
aTAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAAc < 1:6305909/36‑1 (MQ=255)
aTAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAAc < 1:3990716/36‑1 (MQ=255)
aaGTTTTAAAACAGGCGGATTTAAACCTTTTaatcc > 1:3706152/1‑33 (MQ=16)
aaGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAAACGTTTAACGCa > 1:431746/1‑36 (MQ=255)
aGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAg < 1:2741454/36‑1 (MQ=255)
gTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGc < 1:2245826/36‑1 (MQ=255)
ttttAAAACAGGCGG.TTTAAAACGTTTAACGCaacg > 1:419059/1‑33 (MQ=37)
tttAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTa < 1:7142821/36‑1 (MQ=255)
ttAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTAc < 1:6800240/36‑1 (MQ=255)
ttAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTAc < 1:1703106/36‑1 (MQ=255)
tAAAACAGGCGG.TTTTTACCGTTTTAAGCAGCTaag > 1:5578823/1‑34 (MQ=16)
aaaaCAGGCGG.TTTTAAACCTTTTACGCAGCCAccc > 1:291217/1‑36 (MQ=16)
tctaGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGa < 1:407951/33‑1 (MQ=255)
aaCAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGa < 1:2594769/36‑1 (MQ=255)
aaCAGGCGG.CTTAAACCGTTTAACGAAGGTAACCGa > 1:3317845/1‑36 (MQ=19)
aCAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGAt < 1:2548241/36‑1 (MQ=255)
cAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATa > 1:4751963/1‑36 (MQ=255)
cAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATa < 1:5602583/36‑1 (MQ=255)
aGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAg > 1:288720/1‑36 (MQ=255)
ggCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAgg < 1:726141/36‑1 (MQ=255)
ggCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAgg < 1:7704953/36‑1 (MQ=255)
ggCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAgg < 1:6839767/36‑1 (MQ=255)
ggCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAgg > 1:3888034/1‑36 (MQ=255)
gCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGc > 1:3651618/1‑36 (MQ=255)
cGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCt > 1:1256157/1‑36 (MQ=255)
gg.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCtt > 1:6050073/1‑36 (MQ=255)
gg.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCtt > 1:1524487/1‑36 (MQ=255)
gg.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCtt > 1:1313574/1‑36 (MQ=255)
g.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTc > 1:451535/1‑36 (MQ=255)
g.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTc > 1:4386554/1‑36 (MQ=255)
tttAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTcc < 1:6792507/36‑1 (MQ=255)
tttAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTcc < 1:7589991/36‑1 (MQ=255)
ttAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCg < 1:5690860/36‑1 (MQ=255)
aaaCCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGcc > 1:7503604/1‑36 (MQ=255)
aaaCAGTATAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGcc < 1:5386325/36‑1 (MQ=37)
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CCATTTCGATAAAGTTTTAAAACAGGCGG.TTTAAACCGTTTAACGCAGCTACCCGATAGGCTTCCGCC > REL606/4139235‑4139302
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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