Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 74,220 | G→T | 14.4% | L22F (TTG→TTT) | yabI → | conserved inner membrane protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 74,220 | 0 | G→T | 14.4% | 2.8 ‑5.4 0.0 | 53 | 66 | yabI | conserved inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/2): ref base (11/33): total (18/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.63e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTT > REL606/74185‑74255
|
cAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtg < 1:4219470/36‑1 (MQ=255)
aTCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTttgt > 1:7328399/1‑36 (MQ=255)
aTCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtggt < 1:6550391/36‑1 (MQ=255)
tCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGTTGTttgtg > 1:6910317/1‑36 (MQ=37)
cTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtggtgg < 1:1423537/36‑1 (MQ=255)
tACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGc < 1:617091/36‑1 (MQ=255)
ccGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTTGCCt > 1:6277095/1‑36 (MQ=255)
ccGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCt < 1:7093651/36‑1 (MQ=255)
cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt < 1:748505/36‑1 (MQ=255)
cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt < 1:6297591/36‑1 (MQ=255)
cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt < 1:2139994/36‑1 (MQ=255)
cGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCtt < 1:3105151/36‑1 (MQ=255)
gtgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCttt > 1:5117927/1‑36 (MQ=255)
gtgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCttt < 1:736115/36‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCTTTc < 1:6641089/36‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc < 1:1453546/36‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc < 1:3112907/36‑1 (MQ=255)
tgtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTc < 1:548278/36‑1 (MQ=255)
gtATTCATTGATGGCGGTGGTTTTTTTGGGCttttt > 1:6241295/1‑34 (MQ=12)
gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCttttt > 1:1841172/1‑34 (MQ=25)
gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt < 1:1754525/36‑1 (MQ=255)
gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt < 1:7486945/36‑1 (MQ=255)
gtATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCt < 1:5002284/36‑1 (MQ=255)
tATTCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGCCtttttt > 1:7061020/1‑33 (MQ=37)
tATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTg < 1:4552582/36‑1 (MQ=255)
aTTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTgg < 1:4880324/36‑1 (MQ=255)
ttCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTTGCCTTTGTggt > 1:6979735/1‑35 (MQ=21)
ttCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCTTTCttgg > 1:6106441/1‑33 (MQ=25)
ttCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGa < 1:708068/36‑1 (MQ=255)
tCATTGATGGCGGTGGTGTTTGTGGGCTTTTTgggg > 1:3132166/1‑34 (MQ=21)
tCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAg < 1:6671579/36‑1 (MQ=255)
cATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGt < 1:6853569/36‑1 (MQ=255)
aTTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTc < 1:4858812/36‑1 (MQ=255)
aTTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTc < 1:7124518/36‑1 (MQ=255)
ttGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcg < 1:2682477/36‑1 (MQ=255)
ttGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcg < 1:3466997/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggg > 1:2816315/1‑35 (MQ=255)
gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg < 1:5871535/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg < 1:4312899/36‑1 (MQ=255)
gCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcg > 1:1541024/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgc > 1:283147/1‑36 (MQ=255)
ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct < 1:1831313/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct < 1:2295765/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct < 1:306770/36‑1 (MQ=255)
ggtggtGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct > 1:3927416/1‑36 (MQ=255)
ggtggtGTTGGTAGCCTTTCTGGAGTcgctggcgct < 1:6217300/36‑1 (MQ=255)
tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg > 1:344321/1‑36 (MQ=255)
tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg > 1:6925438/1‑36 (MQ=255)
tggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTcgctggcgctgg > 1:5448408/1‑36 (MQ=255)
ggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGt < 1:597096/36‑1 (MQ=255)
ggtgTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGt < 1:6048147/36‑1 (MQ=255)
gtgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTc < 1:614615/36‑1 (MQ=255)
gtgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTc < 1:7824827/36‑1 (MQ=255)
tgtTTGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCg < 1:6769623/36‑1 (MQ=255)
tgtTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCg > 1:3149265/1‑36 (MQ=255)
ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt > 1:1557106/1‑36 (MQ=255)
ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt < 1:7487009/36‑1 (MQ=255)
ttGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGt > 1:3701895/1‑36 (MQ=255)
tggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGtt < 1:1140086/36‑1 (MQ=255)
ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGTttt < 1:2782073/36‑1 (MQ=255)
ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGttt > 1:6508441/1‑36 (MQ=255)
ggtggCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGttt > 1:942742/1‑36 (MQ=255)
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CAATCTACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTT > REL606/74185‑74255
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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