Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | REL606 | 3,894,997 | Δ6,934 bp | 100% | IS150‑mediated | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | REL606 | 3894997 | 3901930 | 6934 | 52 [2] | [1] 42 | rbsD–[yieO] | rbsD, rbsA, rbsC, rbsB, rbsK, rbsR, [yieO] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | REL606 | = 3894996 | NA (NA) | 36 (0.680) | 26/64 | NT | 97.3% | noncoding (1443/1443 nt) | IS150 | repeat region |
? | REL606 | 3901931 = | 1 (0.020) | coding (489/1428 nt) | yieO | predicted multidrug or homocysteine efflux system |
CCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGG > REL606/3901896‑3901965
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cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 1:5154731‑M2/1‑1 (MQ=255)
cgtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacag < 1:2033233‑M2/1‑1 (MQ=255)
gtgtttaactgtccaactttttggggtcagtacagg < 1:4511524‑M2/2‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt < 1:2502327‑M2/3‑1 (MQ=255)
tgtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGt > 1:5941901‑M2/34‑36 (MQ=255)
gtttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGtt < 1:415321‑M2/4‑1 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggtcagtacaTGTTg > 1:4306690‑M2/32‑36 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg < 1:3296812‑M2/5‑1 (MQ=255)
tttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTg > 1:7273294‑M2/32‑36 (MQ=255)
ttaactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGc > 1:6106442‑M2/31‑36 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc > 1:1668192‑M2/30‑36 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc > 1:55872‑M2/30‑36 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc < 1:3356077‑M2/7‑1 (MQ=255)
taactgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGcc < 1:636296‑M2/7‑1 (MQ=255)
ctgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAg < 1:1606942‑M2/10‑1 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg > 1:1605999‑M2/26‑36 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg > 1:2628626‑M2/26‑36 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg < 1:4993825‑M2/11‑1 (MQ=255)
tgtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAgg < 1:1390497‑M2/11‑1 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 1:5756695‑M2/25‑36 (MQ=255)
gtccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGt > 1:4396828‑M2/25‑36 (MQ=255)
tccaactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTg < 1:6739700‑M2/13‑1 (MQ=255)
caactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAc > 1:2479516‑M2/22‑36 (MQ=255)
aactttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGAcc < 1:1571106‑M2/16‑1 (MQ=255)
ctttttggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAg < 1:1894995‑M2/18‑1 (MQ=255)
tggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgc > 1:1674917‑M2/14‑36 (MQ=255)
ggggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgcc < 1:1074735‑M2/24‑1 (MQ=255)
gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg < 1:5467170‑M2/25‑1 (MQ=255)
gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg > 1:1219124‑M2/12‑36 (MQ=255)
gggtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCAcgccg > 1:4436011‑M2/12‑36 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc < 1:6077468‑M2/27‑1 (MQ=255)
gtcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc < 1:7169086‑M2/27‑1 (MQ=255)
ccAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACgccgcc > 1:2554208/1‑36 (MQ=255)
tcagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCa > 1:3528745‑M2/9‑36 (MQ=255)
cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa > 1:4592622‑M2/8‑36 (MQ=255)
cagtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCaa > 1:4504166‑M2/8‑36 (MQ=255)
agtacaTGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg < 1:6438483‑M2/30‑1 (MQ=255)
agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg > 1:5726451‑M2/7‑36 (MQ=255)
agtacaGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAg < 1:5785792‑M2/30‑1 (MQ=255)
caGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACg > 1:606162‑M2/3‑36 (MQ=255)
aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg > 1:3616706‑M2/2‑36 (MQ=255)
aGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACgg > 1:4132375‑M2/2‑36 (MQ=255)
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CCTATGGGGATATTGATTAAAAATATCCAGTGCCAGGTTGCCCAGGTGACCAGCACGCCGCCAAGAACGG > REL606/3901896‑3901965
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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