New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 381468662 (1.130)6 (0.110) 5/64 NT 7.8% coding (834/1185 nt) emrD multidrug efflux system protein
?REL606 = 4414859 79 (1.310)intergenic (+305/‑4) fklB/cycA FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase)/D‑alanine/D‑serine/glycine transporter

AATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGAT  >  REL606/3814651‑3814721
                                   |                                   
aaTAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTTGGTT                                     >  1:6848796‑M1/1‑36 (MQ=255)
aaTAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTT                                     <  1:79698‑M1/36‑1 (MQ=255)
aaTAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTT                                     <  1:6296016‑M1/36‑1 (MQ=255)
aaTAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTT                                     <  1:2680600‑M1/36‑1 (MQ=255)
aaTAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGGCGGTT                                     >  1:5527168‑M1/1‑36 (MQ=255)
 aTAAACGCTTCTCCACGTTTATGTGGCAGTAGGttt                                    >  1:6853723/1‑35 (MQ=37)
 aTAAACGCTTCTCCACGTTAACGTGGCAGTCGGTTc                                    >  1:973709‑M1/1‑35 (MQ=255)
  tAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTAt                                   <  1:7881484/36‑1 (MQ=255)
   aaaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTttt                                  >  1:7565209‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aaaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTttt                                  >  1:5814247‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aaaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTAtt                                  >  1:1346848/1‑35 (MQ=255)
   aaaCGCTTATCCACGGTAATGTGGCAGTCGGtttta                                  >  1:513828/1‑33 (MQ=25)
    aaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTAttt                                 >  1:4531491/1‑34 (MQ=255)
    aaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATct                                 <  1:7335765/36‑1 (MQ=255)
    aaCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATct                                 <  1:2313429/36‑1 (MQ=255)
     aCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTttttt                                >  1:4693414‑M1/1‑31 (MQ=255)
      cGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATcttc                               >  1:1645139/1‑34 (MQ=255)
      cGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATctgc                               <  1:7601091/36‑1 (MQ=255)
       gCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTttcttct                              >  1:4061390‑M1/1‑29 (MQ=255)
       gCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATctgct                              <  1:7514349/36‑1 (MQ=255)
         ttCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCtgctgc                            <  1:7587903/36‑1 (MQ=255)
          tctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTtttttcttcc                           >  1:5263847‑M1/1‑26 (MQ=255)
           ctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTtttttcttcct                          >  1:5000345‑M1/1‑25 (MQ=255)
           ctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGctgcct                          <  1:218110/36‑1 (MQ=255)
            tcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGctgcctg                         <  1:5850308/36‑1 (MQ=255)
             ccACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGctgcctgc                        <  1:2405207/36‑1 (MQ=255)
             ccACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGctgcctgc                        <  1:1450616/36‑1 (MQ=255)
               aCGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCctgctg                      <  1:1261110/36‑1 (MQ=255)
               aCGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCctgctg                      <  1:7222406/36‑1 (MQ=255)
               aCGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCctgctg                      <  1:280324/36‑1 (MQ=255)
               aCGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCctgctg                      <  1:6346984/36‑1 (MQ=255)
                cGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctgg                     <  1:7246871/36‑1 (MQ=255)
                cGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctgg                     <  1:2666977/36‑1 (MQ=255)
                cGTTAATGAGGCGGTCGGTTATCTGCTGCCTgctgg                     <  1:6188457/36‑1 (MQ=37)
                 gTTAATGTGGCAGTCGGTTATTTTCTGCCTgctggc                    >  1:7114479/1‑36 (MQ=37)
                 gTTAATGTGGCAGTCGGATTTCTTTTGCCTgctggg                    >  1:4356423/1‑35 (MQ=16)
                  ttAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctggct                   <  1:6322/36‑1 (MQ=255)
                  ttAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctggct                   <  1:2220215/36‑1 (MQ=255)
                  ttAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctggct                   <  1:74978/36‑1 (MQ=255)
                  ttAATGTGGCAGGCGGTTTTCTGCTGCCTgctgggt                   >  1:7622578/1‑34 (MQ=25)
                   tAATGTGGCAGTCGGTTATCTTCTGCCTgcttgctt                  >  1:4326908/1‑35 (MQ=37)
                   tAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTgctggctg                  <  1:1265573/36‑1 (MQ=255)
                    aaTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTTCCTgctggcttg                 >  1:5127245/1‑34 (MQ=37)
                    aaTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGctggctgg                 <  1:4254354/36‑1 (MQ=255)
                    aaTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCCTctggctgg                 >  1:3102448/1‑36 (MQ=37)
                     aTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTTcttgctggg                >  1:4626730/1‑35 (MQ=37)
                     aTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCtggctggc                <  1:6399648/36‑1 (MQ=255)
                     aTGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCtggctggc                >  1:903896/1‑36 (MQ=255)
                      tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTggctggct               <  1:1196835/36‑1 (MQ=255)
                      tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTggctggct               <  1:582825/36‑1 (MQ=255)
                      tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTggctggct               <  1:6365708/36‑1 (MQ=255)
                       gtgGCAGTCGGTTATTTGCTGCCTGCTGGCTGGGtt              >  1:6555376/1‑36 (MQ=37)
                       gtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCtt              <  1:6788692/36‑1 (MQ=255)
                        tgGCAGTCGGTTATCTTCTGCCTGCTGGCTGGCttt             >  1:2968210/1‑35 (MQ=38)
                        tgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGGttt             >  1:3524594/1‑35 (MQ=255)
                        tgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTg             <  1:2818395/36‑1 (MQ=255)
                          gCAGTCGGTTATCTGCTTCCTGCTTTCTTGCtttgt           >  1:36198/1‑33 (MQ=9)
                          gCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCt           <  1:5363716/36‑1 (MQ=255)
                           cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTTCTg          >  1:5931164/1‑36 (MQ=255)
                            aGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTTCTGa         >  1:2537867/1‑36 (MQ=255)
                            aGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTTCTGa         >  1:2679961/1‑36 (MQ=255)
                            aGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGa         <  1:6995565/36‑1 (MQ=255)
                             gTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAt        <  1:1117706/36‑1 (MQ=255)
                             gTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAt        >  1:1453603/1‑36 (MQ=255)
                             gTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAt        <  1:3395787/36‑1 (MQ=255)
                             gTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAt        >  1:244865/1‑36 (MQ=255)
                              tCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtg       <  1:280876/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgt      <  1:6118202/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgt      <  1:2685931/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgt      <  1:4945995/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgt      <  1:2146827/36‑1 (MQ=255)
                               cGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgt      >  1:1956510/1‑36 (MQ=255)
                               aagtttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttca      <  1:1955216‑M1/34‑32 (MQ=255)
                                ggTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgtg     <  1:1266495/36‑1 (MQ=255)
                                ggTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAtgtg     <  1:3615967/36‑1 (MQ=255)
                                 ggtATCTGCGGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTgg    >  1:7355208/3‑36 (MQ=37)
                                 gTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTgg    >  1:1139930/1‑36 (MQ=255)
                                  tttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggc   >  1:3276654‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  tttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggc   <  1:3491264‑M1/36‑35 (MQ=255)
                                  tttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggc   <  1:3974206‑M1/36‑35 (MQ=255)
                                  ttATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGa   <  1:3173133/36‑1 (MQ=255)
                                   ttttttcttcctgtacctgtctgtgtttttcaggct  <  1:165718‑M1/36‑36 (MQ=255)
                                   ttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggct  >  1:4827676‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   ttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggct  >  1:1008726‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   ttttttcttcctgtacctgtctgtgttgttcaggcg  >  1:934563‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                   tATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTTATGTTGAt  >  1:3521199/1‑36 (MQ=37)
                                   tATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGAt  <  1:2465747/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
AATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGAT  >  REL606/3814651‑3814721

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG