Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,763,358 | 0 | A→G | 6.7% | 0.3 ‑11.2 0.0 | 139 | 257 | nlpD | predicted outer membrane lipoprotein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (13/0): ref base (49/76): total (62/77) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.41e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GTACCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGGCTGC > REL606/2763323‑2763393
|
gTACCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGa < 1:2738305/36‑1 (MQ=255)
tACCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGAt < 1:4838679/36‑1 (MQ=255)
tACCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGAt < 1:1743206/36‑1 (MQ=255)
aCCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGtt > 1:8317081/1‑36 (MQ=255)
ccGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGttt > 1:4379551/1‑36 (MQ=255)
ccGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGttt > 1:4471246/1‑36 (MQ=255)
ccGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGttt > 1:4876565/1‑36 (MQ=255)
ccGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGAttt > 1:1734192/1‑36 (MQ=255)
ccGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGAttt < 1:5614224/36‑1 (MQ=255)
cGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGtttt > 1:1466283/1‑35 (MQ=255)
cGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGTTTg > 1:6623752/1‑36 (MQ=255)
cGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTg > 1:4212359/1‑36 (MQ=255)
ggCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGTTTGc > 1:7020725/1‑36 (MQ=255)
ggCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGc > 1:4145607/1‑36 (MQ=255)
gctgctGAGCTACTGGCTGCAGCGGCTGGGTTTGCg > 1:4100735/1‑36 (MQ=25)
tgctgCGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgt < 1:503340/36‑1 (MQ=255)
gctgAGCTTCTGGCTGCAGTGGCTGGATTTGCGgtt < 1:7399880/36‑1 (MQ=37)
gctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgtt < 1:6419569/36‑1 (MQ=255)
gctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgtt < 1:1581059/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCGCTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:1887253/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:6109445/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:6013018/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:6529919/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:5768560/36‑1 (MQ=255)
ctgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttg < 1:965897/36‑1 (MQ=255)
tgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttgt < 1:4927297/36‑1 (MQ=255)
tgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttgt < 1:4659574/36‑1 (MQ=255)
tgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttgt < 1:2016418/36‑1 (MQ=255)
tgAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttgt > 1:2168067/1‑36 (MQ=255)
gAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGGTTTTCGgttgtt > 1:4710274/1‑36 (MQ=25)
aGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGttgttg > 1:1919109/1‑36 (MQ=255)
aGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGttgttg > 1:2607015/1‑36 (MQ=255)
aGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGttgttg < 1:76833/36‑1 (MQ=255)
gCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCTgttgtttg > 1:7359000/1‑34 (MQ=37)
gCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGgttgtttt > 1:6166672/1‑34 (MQ=255)
gCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGa < 1:1283598/36‑1 (MQ=255)
cTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAg < 1:2922019/36‑1 (MQ=255)
tACTGGCTGCACTGGCTGGATTTTCGGTTGTTTAGt > 1:7531587/1‑36 (MQ=37)
tACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGt < 1:8068007/36‑1 (MQ=255)
aCTGGCTGCACTGGCTGGATTTTCGGTTGTTTAGTa > 1:1409965/1‑36 (MQ=37)
aCTGGCTGCACTGGCTGGATTTTCGGTTGTTGGGTa > 1:2609713/1‑36 (MQ=37)
aCTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTTAGTa > 1:923940/1‑36 (MQ=255)
aCTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTa < 1:6697166/36‑1 (MQ=255)
aCTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTa < 1:5657989/36‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTTTTGAGTAg > 1:7206643/1‑36 (MQ=255)
cTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAg < 1:3274331/36‑1 (MQ=255)
cTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGACTAg > 1:3187607/1‑36 (MQ=255)
tGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTTTTGAGTAGc > 1:4997374/1‑36 (MQ=255)
tGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGc < 1:2381188/36‑1 (MQ=255)
tGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGc < 1:3793207/36‑1 (MQ=255)
tGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGc < 1:198315/36‑1 (MQ=255)
ggCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGcc < 1:7190749/36‑1 (MQ=255)
ggCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGcc < 1:7103760/36‑1 (MQ=255)
ggCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGcc > 1:6936877/1‑36 (MQ=255)
ggCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGcc < 1:7597512/36‑1 (MQ=255)
ggCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGcc < 1:2216323/36‑1 (MQ=255)
gCTGCACTGGCTGGCTTCGCGGTTTTTGACTATCCt < 1:2872794/36‑1 (MQ=16)
gCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCt < 1:2445788/36‑1 (MQ=255)
gCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCt < 1:3982576/36‑1 (MQ=255)
cTGCCCTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTg < 1:4635107/36‑1 (MQ=255)
cTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTg < 1:7793507/36‑1 (MQ=255)
cTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTg < 1:3189235/36‑1 (MQ=255)
tGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGa > 1:3562525/1‑36 (MQ=255)
tGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGa < 1:5158213/36‑1 (MQ=255)
gCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTTAGTAGCCTGaa > 1:3668988/1‑36 (MQ=255)
gCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGaa < 1:2214001/36‑1 (MQ=255)
gCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGaa > 1:8094917/1‑36 (MQ=255)
cACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGTCTGAAt > 1:1632277/1‑36 (MQ=255)
cACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAt > 1:6197810/1‑36 (MQ=255)
cACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAt > 1:5854236/1‑36 (MQ=255)
cACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAt < 1:5177993/36‑1 (MQ=255)
aCTGGCTGGATTTGCGGTTGTTTAGTAGTCTGAAtt > 1:4076428/1‑36 (MQ=37)
aCTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAtt < 1:6307616/36‑1 (MQ=255)
aCTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAtt < 1:5365104/36‑1 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAttt < 1:8321282/36‑1 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAttt < 1:3286236/36‑1 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAttt < 1:1151056/36‑1 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAttt > 1:4466019/1‑36 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAAttt < 1:2020052/36‑1 (MQ=255)
ctggctggATTTGCGGGTGTTGAGTAGCCTGAAttt > 1:4291687/1‑36 (MQ=255)
tggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtg > 1:2157012/1‑36 (MQ=255)
tggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtg < 1:8129266/36‑1 (MQ=255)
tggctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtg < 1:469046/36‑1 (MQ=255)
gctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtgtg > 1:8433927/1‑36 (MQ=255)
gctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtgtg > 1:944752/1‑36 (MQ=255)
gctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtgtg > 1:2810261/1‑36 (MQ=255)
gctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtgtg > 1:2882454/1‑36 (MQ=255)
gctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTtgtg < 1:7141973/36‑1 (MQ=255)
ctggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTgg < 1:5771775/36‑1 (MQ=255)
tggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgc > 1:3429636/1‑36 (MQ=255)
tggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgc < 1:1103245/36‑1 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct > 1:3733500/1‑36 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct > 1:8021784/1‑36 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct > 1:1850300/1‑36 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct < 1:411945/36‑1 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct < 1:4152024/36‑1 (MQ=255)
ggATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgct > 1:5559806/1‑36 (MQ=255)
aaTTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgctg > 1:431326/2‑36 (MQ=255)
aTTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgctgt > 1:5949963/1‑35 (MQ=255)
aTTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGgctgc < 1:3875432/36‑1 (MQ=255)
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GTACCGGCTGCTGAGCTACTGGCTGCACTGGCTGGATTTGCGGTTGTTGAGTAGCCTGAATTTGTGGCTGC > REL606/2763323‑2763393
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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