Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 98.5% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)30 (0.730) 19/64 NT 96.8% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 1 (0.130)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)35 (0.850) 27/64 NT 100% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 0 (0.040)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG.................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA  <  REL606/4524527‑4524495
                                                                       
   CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT                                  <  1:616437/36‑1 (MQ=1)
   CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT                                  <  1:2337785/36‑1 (MQ=1)
    GTAATTCCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                 <  1:64882/36‑1 (MQ=0)
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                 <  1:1758086/36‑1 (MQ=1)
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                 >  1:4699319/1‑36 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGTGTTG                                >  1:4862711/1‑36 (MQ=12)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                              <  1:2673679/36‑1 (MQ=38)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCcg                             >  1:4263118/1‑34 (MQ=25)
          CCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCC                           >  1:2154019/1‑36 (MQ=38)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                          <  1:3356146/36‑1 (MQ=35)
               ACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGT                      <  1:3199915/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTCTGGGTTGCGGCCCCGGTT                     <  1:5076047/36‑1 (MQ=0)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                     <  1:939733/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                     <  1:3122010/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                     <  1:1584354/36‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                     <  1:1414326/36‑1 (MQ=1)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                   <  1:4167911/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTAGCA                  >  1:1061476/1‑36 (MQ=0)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                 >  1:3205912/1‑36 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                 >  1:3946199/1‑36 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                <  1:245067/36‑1 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGCTGCAAA                >  1:4791943/1‑36 (MQ=0)
                       GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT              <  1:2124379/36‑1 (MQ=1)
                       GTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAAT              <  1:4349874/36‑1 (MQ=1)
                        ttgGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA             <  1:1912072/33‑1 (MQ=0)
                              CTTATGGGTTGCTGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC       <  1:494805/36‑1 (MQ=0)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTTCAAAATAACGCGC       <  1:2895391/36‑1 (MQ=0)
                              CTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGC       >  1:1302775/1‑36 (MQ=1)
                                 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAGGCGCCTG    >  1:2935418/1‑36 (MQ=0)
                                  TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG   >  1:1907308/1‑36 (MQ=1)
                                                                       
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG.................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGA  <  REL606/4524527‑4524495

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 8 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG