Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,293,142 | G→T | 21.1% | L1092F (TTG→TTT) | gltB → | glutamate synthase, large subunit |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,293,142 | 0 | G→T | 21.1% | 3.5 ‑4.4 0.0 | 55 | 3276 | gltB | glutamate synthase, large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (11/3): ref base (15/26): total (26/29) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.18e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TTGAAACCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGCC > REL606/3293108‑3293176
|
ttgAAACCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGc > 1:3434894/1‑36 (MQ=255)
ttgAAACCCAGCAGGCGCTGGTNGCTAACGGCTTGc < 1:2630595/36‑1 (MQ=255)
tggAAACCCAGCCGGGGCCGGTTGCTAACGGCTTGc < 1:160129/34‑1 (MQ=21)
tgAAACCCAGCAGGAGACGGTTGCTAAAGGCTTgag > 1:7199140/1‑34 (MQ=16)
gAAGCCCAGCACGCGCTAGTTGCTAACGGCTTGCgc < 1:856302/36‑2 (MQ=25)
gAAACCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGAGt > 1:2670228/1‑36 (MQ=255)
aaaCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTc > 1:1843032/1‑36 (MQ=255)
aaaCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTc > 1:3968365/1‑36 (MQ=255)
aaaCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTc < 1:1942055/36‑1 (MQ=255)
aCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTcac > 1:5480838/1‑36 (MQ=255)
aCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTcac < 1:867180/36‑1 (MQ=255)
aCCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTcac < 1:5747567/36‑1 (MQ=255)
cccAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTcaca < 1:3068183/36‑1 (MQ=255)
cccAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTcaca < 1:6028444/36‑1 (MQ=255)
ccAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACaa > 1:4107441/1‑36 (MQ=255)
cagcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTTGTCACAAg > 1:2110834/1‑36 (MQ=37)
cagcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTGGTTACAAg > 1:3109454/1‑36 (MQ=25)
agcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGTGTTCCAAGa > 1:2991005/1‑36 (MQ=25)
agcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGa < 1:1967335/36‑1 (MQ=255)
gcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGAt < 1:6844142/36‑1 (MQ=255)
gcagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGAt < 1:1555001/36‑1 (MQ=255)
cagGCGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACAAGagc < 1:6791062/36‑3 (MQ=38)
cagGCGCTGGCTGATAACGGCTTTCGTCCCAAGATc > 1:4431390/1‑36 (MQ=16)
agGGGCTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACAAGATcc < 1:3077700/36‑1 (MQ=37)
agGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATcc < 1:94710/36‑1 (MQ=255)
agGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATcc > 1:5264329/1‑36 (MQ=255)
agGCGCTGGGTGCTAAAGGCTTTCGTCACAAGAttc > 1:2782707/1‑34 (MQ=18)
gcgcTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACCAGATCCGt > 1:3295508/1‑36 (MQ=37)
gcgcTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGt > 1:2588070/1‑36 (MQ=255)
cgcTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGtt < 1:4607067/36‑1 (MQ=255)
gcTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACAAGATCCGttt > 1:3977024/1‑36 (MQ=255)
gcTGGTTGCTAACGGCTTTCGTCACAAAATCCGttt > 1:439624/1‑36 (MQ=37)
gcTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCCCCAGATCCGttt > 1:3302982/1‑36 (MQ=38)
gcTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGttt > 1:5197438/1‑36 (MQ=255)
gcTGGTTGCTAACGGCTTGCGTAACAAGATCCGttt > 1:6486251/1‑36 (MQ=255)
cTGGTTGCTAACGGCTTGTGTCACAAGATTCGtttt > 1:2112063/1‑35 (MQ=37)
cTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTg < 1:6889102/36‑1 (MQ=255)
tGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGc < 1:7244861/36‑1 (MQ=255)
ttGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAgg > 1:4741167/1‑36 (MQ=255)
ttGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAgg < 1:3610041/36‑1 (MQ=255)
tGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGt < 1:5492128/36‑1 (MQ=255)
tGCTAACGGCTTGCCTCCCAAGATCCGTTTGCAGGt > 1:4027825/1‑36 (MQ=38)
gCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTc < 1:6957758/36‑1 (MQ=255)
cTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCg < 1:2550136/36‑1 (MQ=255)
tAACGGCTTTCGTCGCAGGGTCGGTTTGCAGGTCGa < 1:7419884/36‑1 (MQ=12)
aaCGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGAt < 1:5017539/36‑1 (MQ=255)
cGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATgg < 1:3778625/36‑1 (MQ=255)
ggCTTGCGTCGCAAGATCCGTTTGCAGGTCGATggc < 1:7255773/36‑1 (MQ=255)
ggCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATggc < 1:3116872/36‑1 (MQ=255)
gCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATggcg < 1:335444/36‑1 (MQ=255)
gCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATggag > 1:6475554/1‑34 (MQ=255)
ttGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATggcggc < 1:6626365/36‑1 (MQ=255)
tGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGcc < 1:2602345/36‑1 (MQ=255)
tGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGcc > 1:818900/1‑36 (MQ=255)
tGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGcc > 1:3600734/1‑36 (MQ=255)
tGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGcc > 1:3945293/1‑36 (MQ=255)
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TTGAAACCCAGCAGGCGCTGGTTGCTAACGGCTTGCGTCACAAGATCCGTTTGCAGGTCGATGGCGGCC > REL606/3293108‑3293176
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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