Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,976,879 | T→G | 40.5% | intergenic (‑57/‑76) | yedW ← / → yedX | predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,976,879 | 0 | T→G | 40.5% | 35.0 ‑1.3 ‑0.5 | 30 | intergenic (‑57/‑76) | yedW/yedX | predicted DNA‑binding response regulator in two‑component system with YedV/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/4): ref base (8/10): total (16/14) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.84e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.29e-01 |
ATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTTTTT > REL606/1976844‑1976914
|
atatGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAAtt > 1:6219849/1‑36 (MQ=255)
atatGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAAtt > 1:6145162/1‑36 (MQ=255)
atatGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAAtt > 1:2317718/1‑36 (MQ=255)
tatGTTATAGAAACAGCCTGGCTCATTACAAAATTg < 1:725510/36‑1 (MQ=255)
gTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTaa < 1:7288948/36‑1 (MQ=255)
ttATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAAt > 1:4030503/1‑36 (MQ=255)
ataGAAACAGCCTGGTTAATTACAAAATGGTAAtgc > 1:6933590/1‑36 (MQ=37)
taGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAAtgct > 1:7602177/1‑36 (MQ=255)
aGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAAtgctg < 1:4617259/36‑1 (MQ=255)
gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctgc < 1:154657/36‑1 (MQ=255)
gAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAAtgctga > 1:2417511/1‑35 (MQ=255)
aaaCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATgctgct > 1:361484/1‑36 (MQ=255)
aCAGCCTGGTTCCTTACAAAATTGTAATGCTGCTGt < 1:1218295/36‑1 (MQ=255)
aCAGCCTGGTTCATTACAAAATTGGAATGCTGCTGt > 1:1048617/1‑36 (MQ=255)
aCAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGt > 1:5727662/1‑36 (MQ=255)
cAGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTa > 1:5874036/1‑36 (MQ=255)
aGCCTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTaa > 1:7408015/1‑36 (MQ=255)
aGCCTGGTTAATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTaa < 1:6172536/36‑1 (MQ=255)
ccTGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAgg < 1:6031207/36‑1 (MQ=255)
cTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGt < 1:4900174/36‑1 (MQ=255)
cTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGt < 1:7090818/36‑1 (MQ=255)
cTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGt > 1:4307150/1‑36 (MQ=255)
tGGTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGtt > 1:418614/1‑36 (MQ=255)
ggTTCATTACAAAATTGTAATGCTTCTGTAAGGTTa > 1:6974156/1‑36 (MQ=255)
ggTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTa > 1:3605083/1‑36 (MQ=255)
ggTTCATTACAAAATGGTAATGCTGCTGTAAGGTTa < 1:7669330/36‑1 (MQ=255)
cATTACACAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCt < 1:763125/36‑1 (MQ=255)
cATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCt < 1:2544/36‑1 (MQ=255)
aCAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGcc < 1:7349470/36‑1 (MQ=255)
cAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCg > 1:1954393/1‑36 (MQ=255)
cAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCg > 1:2600138/1‑36 (MQ=255)
aaaTGGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCt > 1:5652080/1‑36 (MQ=255)
aTTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCttt < 1:4674680/36‑1 (MQ=255)
ttGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtttt > 1:6044459/1‑36 (MQ=255)
ttGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCtttt > 1:2975017/1‑36 (MQ=255)
tGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCttttt > 1:1016974/1‑36 (MQ=255)
|
ATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGCCGCTTTTT > REL606/1976844‑1976914
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 18 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 34 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|