Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,922,670 | +G | 5.1% | coding (681/786 nt) | znuB → | high‑affinity zinc transporter membrane component |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,922,670 | 1 | .→G | 5.1% | 3.4 ‑3.9 ‑0.3 | 39 | coding (681/786 nt) | znuB | high‑affinity zinc transporter membrane component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (4/33): total (6/33) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.02e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.92e-01 |
GTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACGCCG > REL606/1922635‑1922703
|
gtCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGc < 1:3186228/36‑1 (MQ=255)
gccGCTGTTTTGGTGGGGATGTTGGCAGTGACTGGc > 1:4986598/3‑36 (MQ=38)
cGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGTC.gt < 1:1645131/36‑2 (MQ=255)
cGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.gg > 1:7557827/1‑36 (MQ=255)
gCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.ggg > 1:252057/1‑35 (MQ=255)
gCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGt > 1:4806486/1‑36 (MQ=255)
gCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGt < 1:4528631/36‑1 (MQ=255)
gCTGTTTTGGGGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.ggg > 1:4312430/1‑35 (MQ=255)
cTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGtt < 1:4378154/36‑1 (MQ=255)
cTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGtt < 1:3499667/36‑1 (MQ=255)
cTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGtt < 1:3307309/36‑1 (MQ=255)
cTGTTTTGATTGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGtt < 1:2771008/36‑1 (MQ=37)
tGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.ggggt > 1:69211/1‑33 (MQ=255)
tGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGgtt > 1:7781128/1‑36 (MQ=255)
gTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTa < 1:558749/36‑1 (MQ=255)
ttttGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGT.GGgtttg > 1:1641041/1‑34 (MQ=21)
tttGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGgtttat > 1:5489865/1‑33 (MQ=37)
tttGGAGGGGATGGAGGCAGTGACTGGC.GGTTTAAc < 1:6973142/36‑1 (MQ=37)
ttGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAAcc < 1:1385347/36‑1 (MQ=255)
tggtggGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCt < 1:6367951/36‑1 (MQ=255)
gtggGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCttt < 1:6191301/36‑1 (MQ=255)
tggGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCtttt < 1:1903472/36‑1 (MQ=255)
tggGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCtttt < 1:6112490/36‑1 (MQ=255)
gggATGGTGGCAGTGACTGGCGGGTTTAACCTTTTc > 1:2783763/1‑36 (MQ=37)
ggATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCg < 1:3842044/36‑1 (MQ=255)
ggATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCg < 1:2910916/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGGCAGTGACTGGCGGGTTTTACTTTTTctt > 1:7431297/1‑34 (MQ=16)
tggtggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCAt < 1:3790853/36‑1 (MQ=255)
tggtggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCAt < 1:2242620/36‑1 (MQ=255)
tggtggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCAt < 1:4795264/36‑1 (MQ=255)
gtggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCAttt < 1:6127992/36‑1 (MQ=255)
gtggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCAttt < 1:1288001/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTa < 1:4405484/36‑1 (MQ=255)
ggCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTa < 1:7378544/36‑1 (MQ=255)
gCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTAc < 1:3336430/36‑1 (MQ=255)
cAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACg < 1:4675440/36‑1 (MQ=255)
aGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGa < 1:2972116/36‑1 (MQ=255)
gTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGAt < 1:4210118/36‑1 (MQ=255)
gTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGAt < 1:3573532/36‑1 (MQ=255)
tGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATa < 1:647441/36‑1 (MQ=255)
tGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATa < 1:6831154/36‑1 (MQ=255)
aCTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACg < 1:562291/36‑1 (MQ=255)
aCTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACg < 1:566833/36‑1 (MQ=255)
tGGC.TGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACGcc < 1:5974753/36‑1 (MQ=255)
ggC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACGCCg < 1:2750272/36‑1 (MQ=255)
ggC.GGTTTAACCTTTTCAGCATTTTACGATACGCCg < 1:136813/36‑1 (MQ=255)
|
GTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGC.GGTTTAACCTTTTCCGCATTTTACGATACGCCG > REL606/1922635‑1922703
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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