Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,505,378 | C→G | 9.6% | A319P (GCT→CCT) | asd ← | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,505,378 | 0 | C→G | 9.6% | 3.2 ‑3.5 ‑0.0 | 58 | 955 | asd | aspartate‑semialdehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (6/0): ref base (26/25): total (32/26) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.99e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.99e-01 |
CTACCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCGT > REL606/3505345‑3505413
|
cTACCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTg > 1:1049122/1‑36 (MQ=255)
tACCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTgg < 1:3433687/36‑1 (MQ=255)
tACAGGCGTGGTCCGCGTGCCGGTAACGGCAGCTgg < 1:4475792/36‑1 (MQ=37)
aCCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTggg > 1:6549265/1‑36 (MQ=255)
aCCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTggg > 1:5968709/1‑36 (MQ=255)
aCCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTggg < 1:1397645/36‑1 (MQ=255)
aCCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTggg < 1:5667950/36‑1 (MQ=255)
cGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGt < 1:7670895/36‑1 (MQ=255)
ggCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTGGGGtt > 1:5579031/1‑36 (MQ=255)
gCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTa < 1:3683528/36‑1 (MQ=255)
gCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCCgggggtg > 1:6852812/1‑33 (MQ=37)
cGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAg > 1:893218/1‑36 (MQ=255)
cGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGGTAg > 1:4294234/1‑36 (MQ=255)
tGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCt < 1:5527885/36‑1 (MQ=255)
ggTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGGTAGGTc > 1:3026449/1‑36 (MQ=37)
tCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTGGGGGTTGCTCAc > 1:4377886/1‑36 (MQ=25)
tCAGCGTGCCGGTAACGGCAGGTGGGGGTAGCTCAc > 1:6698733/1‑36 (MQ=37)
tCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCAc < 1:971845/36‑1 (MQ=255)
tCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCAc < 1:1876042/36‑1 (MQ=255)
tCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCAc < 1:194880/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGc < 1:2215864/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGc < 1:5042465/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGc < 1:7002639/36‑1 (MQ=255)
aGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGGTTGCTCACGc > 1:174484/1‑36 (MQ=37)
gCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCa > 1:1352128/1‑36 (MQ=255)
cGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCAt < 1:6466865/36‑1 (MQ=255)
gTGCCGGTAACGGCAGATGGGGTTAGCTCACGCATa < 1:3511496/36‑1 (MQ=255)
tGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTTGCTCACGCATAg > 1:732237/1‑36 (MQ=255)
tGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTTGCTCACGCATAg > 1:1388582/1‑36 (MQ=255)
tGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGGATAg > 1:2417191/1‑36 (MQ=255)
tGCCGGTAACGGCAGCGGGGGGTAGCTTACGCAttg > 1:4213663/1‑34 (MQ=18)
gCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGt > 1:7935860/1‑36 (MQ=255)
gCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGt > 1:5977645/1‑36 (MQ=255)
gCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGt < 1:581521/36‑1 (MQ=255)
ggTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGAt > 1:3234089/1‑36 (MQ=255)
gTAACGGCAGCTGGGGTTTGCTCACGCATAGTGAtt > 1:7597532/1‑36 (MQ=255)
gTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGAtt < 1:7155000/36‑1 (MQ=255)
gTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGAtt > 1:1188791/1‑36 (MQ=255)
aCGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTcc < 1:8092559/36‑1 (MQ=255)
cGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTccc < 1:3319008/36‑1 (MQ=255)
ggCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCg < 1:6359343/36‑1 (MQ=255)
ggCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCg < 1:4645261/36‑1 (MQ=255)
gccgCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGa < 1:1212874/33‑1 (MQ=255)
gCAGCTGGGTTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGa < 1:951627/36‑1 (MQ=255)
gCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGa < 1:6093932/36‑1 (MQ=255)
gCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGa > 1:3591928/1‑36 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt > 1:1055953/1‑36 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt > 1:5147081/1‑36 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt > 1:8286681/1‑36 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt > 1:3422328/1‑36 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt < 1:3885922/36‑1 (MQ=255)
cAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGAt > 1:8043904/1‑36 (MQ=255)
aGCTGTGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATc < 1:946828/36‑1 (MQ=255)
aGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATc > 1:3209786/1‑36 (MQ=255)
aGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATc > 1:3147937/1‑36 (MQ=255)
aGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATc > 1:270789/1‑36 (MQ=255)
aGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATc > 1:4670171/1‑36 (MQ=255)
gCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCg > 1:5288522/1‑36 (MQ=255)
cTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCGt < 1:245786/36‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCGt > 1:907386/1‑36 (MQ=255)
cTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCGt < 1:6224446/36‑1 (MQ=255)
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CTACCGGCGTGGTCAGCGTGCCGGTAACGGCAGCTGGGGTTAGCTCACGCATAGTGATTTCCCGATCGT > REL606/3505345‑3505413
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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