Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 122,316 G→T 8.1% G78C (GGT→TGT)  ampE → predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606122,3160G→T 8.1% 2.4 ‑4.1 ‑0.054232ampEpredicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (5/0):  ref base (20/29):  total (25/29)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.68e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01

TCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTT  >  REL606/122281‑122351
                                    |                                   
tCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTg                                     <  1:3922315/36‑1 (MQ=255)
 cAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTgg                                    <  1:5193032/36‑1 (MQ=255)
  aaCGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGGGTTTGGt                                   >  1:7027936/1‑36 (MQ=25)
    cGTTCCCACGCTACTGGTGTGTCT.GTTGATTGGttt                                 <  1:5365583/36‑1 (MQ=255)
    cGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GGTGATTTGttt                                 >  1:1257476/1‑36 (MQ=37)
      ttCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGc                               <  1:3509269/36‑1 (MQ=255)
      ttCCCACGCTACTCGTGTGGATGGTTGTTTGTtttt                                >  1:5002007/1‑35 (MQ=255)
       tCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCt                              <  1:3542689/36‑1 (MQ=255)
        cccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtg                             <  1:3296100/36‑1 (MQ=255)
         ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt                            <  1:6203453/36‑1 (MQ=255)
         ccACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCtgt                            <  1:6281131/36‑1 (MQ=255)
           aCGCTCCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTgtgt                          <  1:5361456/36‑1 (MQ=255)
           aCGCTACTGGTGTGGCT.GTTGGTTTGTTTTCTttgt                          >  1:5027999/1‑36 (MQ=16)
             gCTACTGGTGTGGCT.GTTTGTTTGTTTTCTTTTTAt                        >  1:2636249/1‑36 (MQ=2)
             gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt                        <  1:6770371/36‑1 (MQ=255)
             gCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTAt                        <  1:364188/36‑1 (MQ=255)
              cTACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTTTAtt                       >  1:2513663/1‑36 (MQ=0)
               tACTGGTGTGGCT.GTTTTTTTGTTTTTTGTGTTttt                      >  1:6741545/1‑35 (MQ=0)
               tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg                      <  1:2435364/36‑1 (MQ=255)
               tACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTg                      <  1:4145711/36‑1 (MQ=255)
                aCTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTgg                     <  1:136799/36‑1 (MQ=255)
                 cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc                    <  1:2491741/36‑1 (MQ=255)
                 cTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGgc                    <  1:4297878/36‑1 (MQ=255)
                       tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt              <  1:7882718/36‑1 (MQ=255)
                       tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt              >  1:1636167/1‑36 (MQ=255)
                       tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt              >  1:3846660/1‑36 (MQ=255)
                       tgGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGt              <  1:2920493/36‑1 (MQ=255)
                        ggCT.GTTGATTGGTTTGCTTTGTATTGGCGCAGGTa             >  1:4193758/1‑36 (MQ=255)
                        ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa             >  1:6131459/1‑36 (MQ=255)
                        ggCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTa             <  1:2266844/36‑1 (MQ=255)
                        ggCT.GTTGATTGGTTTGCTCTGTATTGGCGCAGGTa             <  1:6658845/36‑1 (MQ=255)
                         gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa            <  1:5829792/36‑1 (MQ=255)
                         gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa            >  1:5135000/1‑36 (MQ=255)
                         gCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaa            <  1:3433316/36‑1 (MQ=255)
                          cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa           >  1:7316653/1‑36 (MQ=255)
                          cT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTaaa           <  1:3590995/36‑1 (MQ=255)
                           t.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAg          >  1:6582488/1‑36 (MQ=255)
                             gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt         >  1:1366448/1‑36 (MQ=255)
                             gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt         >  1:3172674/1‑36 (MQ=255)
                             gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt         >  1:5385879/1‑36 (MQ=255)
                             gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt         <  1:5538146/36‑1 (MQ=255)
                             gTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGt         >  1:5607073/1‑36 (MQ=255)
                              ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt        <  1:7910483/36‑1 (MQ=255)
                              ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt        <  1:605266/36‑1 (MQ=255)
                              ttGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGtt        >  1:2579892/1‑36 (MQ=255)
                               tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc       <  1:5718376/36‑1 (MQ=255)
                               tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc       <  1:3738064/36‑1 (MQ=255)
                               tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc       >  1:7372102/1‑36 (MQ=255)
                               tGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTc       <  1:4231475/36‑1 (MQ=255)
                                gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg      >  1:6050543/1‑36 (MQ=255)
                                gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg      >  1:3888551/1‑36 (MQ=255)
                                gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg      >  1:397939/1‑36 (MQ=255)
                                gATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCg      <  1:4251956/36‑1 (MQ=255)
                                  ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc    >  1:6980275/1‑36 (MQ=255)
                                  ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc    <  1:7269458/36‑1 (MQ=255)
                                  ttGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTc    >  1:117119/1‑36 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAATTTCGTCtt  <  1:6196299/36‑1 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  <  1:5875758/36‑1 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  >  1:3971522/1‑36 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  >  1:3331121/1‑36 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  >  1:3096571/1‑36 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  <  1:1348753/36‑1 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  >  1:1213179/1‑36 (MQ=255)
                                    ggTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCtt  >  1:975783/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                   
TCAACGTTCCCACGCTACTGGTGTGGCT.GTTGATTGGTTTGCTGTGTATTGGCGCAGGTAAAGTTCGTCTT  >  REL606/122281‑122351

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 23 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG