New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 546191 =53 (0.940)3 (0.050) 3/64 NT 5.4% coding (346/384 nt) ybcQ predicted antitermination protein
?REL606 4521571 = NA (NA)noncoding (768/768 nt) IS1 repeat region

Only 100 of 123 total aligned reads displayed.

GGTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT  >  REL606/4521536‑4521606
                                   |                                   
ggTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCgg                                     <  1:4115447/36‑1 (MQ=255)
ggTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCgg                                     <  1:7308364/36‑1 (MQ=255)
 gTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGAggg                                    >  1:7337809/1‑36 (MQ=255)
   tttGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTa                                  <  1:5302112/36‑1 (MQ=255)
    ttGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTaa                                 <  1:4632526/36‑1 (MQ=255)
    ttGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTaa                                 <  1:3345852/36‑1 (MQ=255)
    ttGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTaa                                 <  1:5823117/36‑1 (MQ=255)
     tGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAAt                                >  1:1032036/1‑36 (MQ=255)
      gCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATg                               <  1:3767810/36‑1 (MQ=255)
      gCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATg                               >  1:1954056/1‑36 (MQ=255)
       cTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGa                              <  1:8036981/36‑1 (MQ=255)
        tttGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGAc                             >  1:154242/1‑36 (MQ=255)
        tttGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGAc                             <  1:3476937/36‑1 (MQ=255)
        tttGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGAc                             >  1:2485366/1‑36 (MQ=255)
          tGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGCCTc                           <  1:3573659/36‑1 (MQ=255)
          tGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTc                           >  1:3259097/1‑36 (MQ=255)
          tGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTc                           >  1:4287382/1‑36 (MQ=255)
          tGGCGAATACGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTc                           <  1:1948220/36‑1 (MQ=255)
           ggCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTcc                          <  1:616491/36‑1 (MQ=255)
            gCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCa                         >  1:4773413/1‑36 (MQ=255)
              gAAGATGCGAATATATACTTGCTTAATGACTCCAAc                       <  1:6443974/36‑1 (MQ=2)
              aacgatatccatctctaaccgGGTAATGACTCCAAc                       >  1:5089755‑M2/22‑36 (MQ=255)
               aaTATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACt                      <  1:6563634/36‑1 (MQ=255)
               aaTATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACt                      >  1:7912519/1‑36 (MQ=255)
               aaTATGGGAATAGATACGCCGGTAATGACTCCAACt                      <  1:1675974/36‑1 (MQ=255)
                atatGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACtt                     <  1:13060/36‑1 (MQ=255)
                atatGGGAATAGATACGCGGGAAATGAATCAAAAtt                     >  1:4940957/1‑36 (MQ=19)
                 tatGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTa                    >  1:4164315/1‑36 (MQ=255)
                 tatGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTa                    >  1:1303824/1‑36 (MQ=255)
                  atGGGAATAGATAAGCGGGTAATGACTCCAACGTAt                   >  1:6469369/1‑36 (MQ=25)
                   tGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTAtt                  <  1:3480259/36‑1 (MQ=255)
                    gggAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTg                 <  1:391696/36‑1 (MQ=255)
                     ggAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGa                >  1:7675815/1‑36 (MQ=255)
                     ggAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGa                >  1:518690/1‑36 (MQ=255)
                      gAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGAt               >  1:7086024/1‑36 (MQ=255)
                      ccatctctaaccgGGTAATGACTCCAACTTATTGAt               <  1:7733131‑M2/23‑1 (MQ=255)
                       aaTAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATa              >  1:1742166/1‑36 (MQ=255)
                         tAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt            >  1:6789304/1‑36 (MQ=255)
                         tAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt            <  1:3372428/36‑1 (MQ=255)
                         tAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt            <  1:5094889/36‑1 (MQ=255)
                          aGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg           >  1:3713680/1‑36 (MQ=255)
                          aGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg           <  1:3184065/36‑1 (MQ=255)
                          aGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg           <  1:4421249/36‑1 (MQ=255)
                          aGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg           <  1:3477472/36‑1 (MQ=255)
                           gATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt          <  1:4921601/36‑1 (MQ=255)
                            aTACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtt         <  1:5781198/36‑1 (MQ=255)
                             tACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt        <  1:5952157/36‑1 (MQ=255)
                              aCGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt       <  1:3200113/36‑1 (MQ=40)
                               cgcgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa      <  1:7952889/36‑1 (MQ=38)
                                gcgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt     >  1:7605657/1‑36 (MQ=35)
                                 cgGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg    <  1:4634209‑M2/34‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATCGTGTTTTATGtt  <  1:5615613‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:6406159‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2621940‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2301706‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2283451‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2200625‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:6901026‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:2185375‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:7264563‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:188092‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:7321230‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:169624‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:756586‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:1685164‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:7646825‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:1441633‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:1423770‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:7742855‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:1413614‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:1170495‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:8259516‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:83827‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:8421539‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:8423334‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:4678655‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:4762823‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:4603018‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:4839877‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:446103‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:4231444‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:4132613‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:408948‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:3727630‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:3531742‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:5442887‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:5544381‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:5698665‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:3391318‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2965026‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:5880889‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:2885176‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:6057153‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:6124584‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:6132951‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:2775996‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:6290378‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  >  1:6398232‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGGTTTATGtt  >  1:848632‑M2/1‑36 (MQ=255)
                                   GGTAATGACTACAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt  <  1:1233258‑M2/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
GGTTTTGCTTTGGCGAATATGGGAATAGATACGCGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT  >  REL606/4521536‑4521606

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG