Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 63,483 +T 4.9% coding (2586/2907 nt) hepA ← ATP‑dependent helicase HepA

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60663,4831.→T 4.9% 2.7 ‑2.4 ‑0.041coding (2586/2907 nt)hepAATP‑dependent helicase HepA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (11/28):  total (13/28)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 9.51e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.78e-01

CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT  >  REL606/63448‑63518
                                     |                                   
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg                                      <  1:2757629/36‑1 (MQ=255)
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg                                      <  1:5678365/36‑1 (MQ=255)
 tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg                                     >  1:571677/1‑35 (MQ=255)
 tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg                                     >  1:1849939/1‑35 (MQ=255)
  gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt                                   <  1:832367/36‑1 (MQ=255)
   ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggtt                                   >  1:6019107/1‑33 (MQ=255)
   ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTa                                  <  1:3759572/36‑1 (MQ=255)
    cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTaa                                 <  1:5587758/36‑1 (MQ=255)
    cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTaa                                 <  1:4800212/36‑1 (MQ=255)
         tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt                            <  1:5433156/36‑1 (MQ=255)
           aCGGTTAGCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:5884331/36‑1 (MQ=255)
           aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:1941125/36‑1 (MQ=255)
           aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:4401461/36‑1 (MQ=255)
           aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:786355/36‑1 (MQ=255)
             ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGtttta                         >  1:5115745/1‑34 (MQ=37)
             ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGttttta                        >  1:3653595/1‑33 (MQ=37)
             ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGTTTTaa                        >  1:540680/1‑36 (MQ=37)
              gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCaaa                       <  1:4086333/36‑1 (MQ=255)
              gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCaaa                       <  1:3763169/36‑1 (MQ=255)
               ttAACCGCGTTAAGCGGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc                      <  1:4305869/36‑1 (MQ=255)
                tagccGCGTTAATCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct                     <  1:7509610/33‑1 (MQ=25)
                tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct                     <  1:2687070/36‑1 (MQ=255)
                  aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAATGTTTCAATctct                   <  1:4752390/36‑1 (MQ=37)
                  aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct                   <  1:7987629/36‑1 (MQ=255)
                  aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct                   <  1:3291172/36‑1 (MQ=255)
                  aCCGCGTAAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct                   <  1:2009281/36‑1 (MQ=255)
                   ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTa                  <  1:2055631/36‑1 (MQ=255)
                   ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGGTTTAAAatctc                  >  1:2496381/1‑35 (MQ=25)
                     gcgTTAAGCTGGC.GG.TTCAAGGTTTCAAACTCTAcc                <  1:1345462/36‑1 (MQ=255)
                      cgTTAAGCTGGC.GG.TTTAAAGTTTTTAAATCTTCCt               >  1:1393219/1‑36 (MQ=9)
                       gTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTg              <  1:1571392/36‑1 (MQ=255)
                        ttAAGCTGGCGGG.TTAAAGGTTT.AAACTCTCCCttc             >  1:3350549/1‑34 (MQ=12)
                        ttAAGCTGGC.GGTTTAAACGTTTTTAA.TCTACCttc             >  1:3856279/1‑34 (MQ=0)
                        ttAAGCTGGC.GG.TTTAAGTTTTTAAACTCTACCTgc             >  1:6482845/1‑36 (MQ=37)
                        ttAAGCTGGC.GG.TTTAAAGTTTTTAACTCTAccctt             >  1:7975827/1‑33 (MQ=16)
                        ttAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc             <  1:3734325/36‑1 (MQ=255)
                        ttAAGCTGGC.GG.GTTAAGGTTTTAAACTCTCCCttc             >  1:4124644/1‑34 (MQ=16)
                        ttAAGCTGGC.GA.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc             <  1:5124423/36‑1 (MQ=255)
                          aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTTAAACTCTACCTtcgc           >  1:6635321/1‑36 (MQ=37)
                          aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcgc           <  1:5804298/36‑1 (MQ=255)
                          aaGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcgc           <  1:6671196/36‑1 (MQ=255)
                           aGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgcc          <  1:8257346/36‑1 (MQ=255)
                            gCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgccg         <  1:635603/36‑1 (MQ=255)
                               ggC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCgccgccc      >  1:1108975/1‑35 (MQ=255)
                                 c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg    <  1:4201463/36‑1 (MQ=255)
                                 c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg    >  1:3866897/1‑36 (MQ=255)
                                 c.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg    <  1:968316/36‑1 (MQ=255)
                                   gg.TTAAAGGTTTCAACCTCTACCTGCGCCGCCAGgt   <  1:5789261/36‑1 (MQ=255)
                                   gg.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt   <  1:7577119/36‑1 (MQ=255)
                                   gg.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt   <  1:2091134/36‑1 (MQ=255)
                                    g.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgtt  <  1:3542793/36‑1 (MQ=255)
                                     |                                   
CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT  >  REL606/63448‑63518

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG