Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,729,2240G→T13.0% 5.6 ‑13.9 0.095453ygbDnitric oxide reductase
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (15/0):  ref base (27/53):  total (42/53)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.94e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

GATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGC  >  REL606/2729189‑2729259
                                   |                                   
gATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTg                                     <  1:1486372/36‑1 (MQ=255)
gATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTg                                     <  1:5236879/36‑1 (MQ=255)
 aTGCCCGTCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGa                                    <  1:8312965/36‑1 (MQ=255)
 aTGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTgt                                    >  1:3140250/1‑35 (MQ=255)
 aTGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGa                                    <  1:3002581/36‑1 (MQ=255)
  tGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAt                                   <  1:2034543/36‑1 (MQ=255)
  tGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAt                                   <  1:7991091/36‑1 (MQ=255)
   gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGGtt                                  <  1:2959805/36‑1 (MQ=255)
   gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAtt                                  <  1:660882/36‑1 (MQ=255)
   gCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGAtt                                  <  1:5859749/36‑1 (MQ=255)
    cccGACGCGTGTTGATTGTNNGCGGTGGTTTGATTg                                 <  1:4283937/36‑1 (MQ=255)
     ccGCCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTgg                                <  1:2918950/36‑1 (MQ=255)
     ccGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTAtttt                                >  1:1552953/1‑34 (MQ=37)
      cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt                               <  1:3635235/36‑1 (MQ=255)
      cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt                               <  1:6214353/36‑1 (MQ=255)
      cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt                               <  1:3669703/36‑1 (MQ=255)
      cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt                               >  1:2928303/1‑36 (MQ=255)
      cGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGt                               <  1:4931402/36‑1 (MQ=255)
        aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTGGTAg                             >  1:1750930/1‑36 (MQ=25)
        aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAg                             >  1:6396229/1‑36 (MQ=37)
        aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTGGTAg                             >  1:2697003/1‑36 (MQ=255)
        aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAg                             <  1:2707429/36‑1 (MQ=255)
        aCGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAg                             <  1:5323554/36‑1 (MQ=255)
         cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc                            <  1:3754423/36‑1 (MQ=255)
         cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc                            <  1:5554985/36‑1 (MQ=255)
         cgcgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGc                            <  1:6169912/36‑1 (MQ=255)
           cgTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTTGTAGCGa                          >  1:3173284/1‑36 (MQ=25)
            gtgtTGATTGTTGGCGGTTTTTTTATTTGTAGCgta                         >  1:97892/1‑34 (MQ=12)
            gtgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGaa                         >  1:7673518/1‑36 (MQ=37)
            gtgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGaa                         <  1:5240834/36‑1 (MQ=255)
             tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTTTCGAAc                        >  1:223371/1‑36 (MQ=21)
             tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc                        <  1:4200265/36‑1 (MQ=255)
             tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc                        <  1:5968898/36‑1 (MQ=255)
             tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc                        <  1:7185206/36‑1 (MQ=255)
             tgtTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAAc                        <  1:6676883/36‑1 (MQ=255)
              tttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACt                       <  1:1410377/35‑1 (MQ=255)
              gtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACt                       >  1:7759211/1‑36 (MQ=37)
              gtTGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTGGTAGGGaaat                       >  1:1770503/1‑34 (MQ=25)
              gtTGATTGTTGGCGGGGGTTTTTTTGGTAGGGGACt                       >  1:3734106/1‑36 (MQ=16)
               ttGATTGTTGGCGGTGGTTTTTTTTGTTGGGAACtt                      >  1:1806206/1‑35 (MQ=12)
               ttGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACTg                      >  1:2989339/1‑36 (MQ=37)
               ttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTg                      >  1:7696930/1‑36 (MQ=255)
               ttGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTg                      <  1:4026272/36‑1 (MQ=255)
                tGATTGTTGGCGGTGGTTTTATTTGTAGCGAACTgg                     >  1:1642855/1‑36 (MQ=37)
                 gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTggt                    >  1:7433051/1‑35 (MQ=255)
                 gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGGGAACTggg                    >  1:434632/1‑35 (MQ=255)
                 gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc                    <  1:455145/36‑1 (MQ=255)
                 gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc                    <  1:6435696/36‑1 (MQ=255)
                 gATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGc                    <  1:3498981/36‑1 (MQ=255)
                  aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAACTGGCg                   >  1:4289214/1‑36 (MQ=255)
                  aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCg                   <  1:3860468/36‑1 (MQ=255)
                  aTTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCg                   <  1:5593380/36‑1 (MQ=255)
                   ttgttgGCGGTGGTTTTGTTTGTAGGGGACTggggg                  >  1:7542322/1‑33 (MQ=9)
                    tgttgGCGGTGGTTTGATTTGTAGCGAAATGGCGAt                 >  1:641861/1‑36 (MQ=37)
                    tgttgGCGGTGGGTTTATTGGTAGGGGACTGGGGAt                 >  1:6005426/1‑36 (MQ=12)
                     gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg                <  1:7392770/36‑1 (MQ=255)
                     gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg                <  1:3868067/36‑1 (MQ=255)
                     gttgGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATg                <  1:1990281/36‑1 (MQ=255)
                      ttgTCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATgg               <  1:7621456/36‑1 (MQ=255)
                        ggCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAt             >  1:5205328/1‑36 (MQ=255)
                         gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt            >  1:2645100/1‑36 (MQ=255)
                         gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt            <  1:7825645/36‑1 (MQ=255)
                         gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt            <  1:1600074/36‑1 (MQ=255)
                         gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt            >  1:3654980/1‑36 (MQ=255)
                         gCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtt            >  1:8341719/1‑36 (MQ=255)
                          cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt           >  1:8131586/1‑36 (MQ=255)
                          cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt           >  1:1293398/1‑36 (MQ=255)
                          cGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttt           >  1:6880229/1‑36 (MQ=255)
                          cGGTGGTTTGACTGGTAGCGAACTGGCTATGGAttt           <  1:1925185/36‑1 (MQ=37)
                           ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGCtttt          >  1:41862/1‑36 (MQ=255)
                           ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt          >  1:3561961/1‑36 (MQ=255)
                           ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt          >  1:6054394/1‑36 (MQ=255)
                           ggtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAtttt          >  1:456431/1‑36 (MQ=255)
                            gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGGttttt         >  1:3653189/1‑36 (MQ=255)
                            gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttt         >  1:1688542/1‑36 (MQ=255)
                            gtggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttt         <  1:7329663/36‑1 (MQ=255)
                             tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg        <  1:7300549/36‑1 (MQ=255)
                             tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg        <  1:2575347/36‑1 (MQ=255)
                             tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg        <  1:2673244/36‑1 (MQ=255)
                             tggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTg        <  1:6270058/36‑1 (MQ=255)
                              ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGAttttttt       >  1:7652047/1‑34 (MQ=255)
                              ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt       <  1:2017061/36‑1 (MQ=255)
                              ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt       <  1:8162500/36‑1 (MQ=255)
                              ggtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGt       >  1:6400894/1‑36 (MQ=255)
                               gtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTc      <  1:5232256/36‑1 (MQ=255)
                               gtTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTc      <  1:608387/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt    >  1:5921833/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt    <  1:3970718/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGt    >  1:3267026/1‑36 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCTATGGATTTTTGTCGTg   <  1:7391600/36‑1 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg   <  1:7725667/36‑1 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg   <  1:8473184/36‑1 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg   <  1:7472661/36‑1 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg   <  1:2336390/36‑1 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTg   >  1:6851281/1‑36 (MQ=255)
                                  tGATTGGTAGCGAAATGGCGATGGATTTTTGTTGTg   >  1:1974498/1‑36 (MQ=38)
                                  tGATTGGTAGAGAACTGGCGATGGATTTTTTTGGTg   >  1:1282296/1‑36 (MQ=21)
                                   gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc  <  1:3596123/36‑1 (MQ=255)
                                   gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc  <  1:5047959/36‑1 (MQ=255)
                                   gATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGc  >  1:3026610/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
GATGCCCGACGCGTGTTGATTGTTGGCGGTGGTTTGATTGGTAGCGAACTGGCGATGGATTTTTGTCGTGC  >  REL606/2729189‑2729259

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 8 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG