Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 129,997 +G 5.1% coding (1499/1893 nt) aceF → dihydrolipoamide acetyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606129,9971.→G 5.1% 3.2 ‑2.4 ‑0.139coding (1499/1893 nt)aceFdihydrolipoamide acetyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (10/27):  total (12/27)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.91e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.37e-01

GACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCA  >  REL606/129962‑130032
                                    |                                   
gACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGt                                      <  1:5194620/36‑1 (MQ=255)
 aCCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.g                                    <  1:3847378/36‑1 (MQ=255)
 aCCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.g                                    >  1:6678562/1‑36 (MQ=255)
  cccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.gg                                   <  1:1248890/36‑1 (MQ=255)
  cccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.gg                                   <  1:3166448/36‑1 (MQ=255)
  cccTGAAGAAATACATCAACAGCGGTGTGGCGGT.gg                                   <  1:3456147/36‑1 (MQ=255)
   ccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGa                                  <  1:42134/36‑1 (MQ=255)
   ccTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGa                                  <  1:3811898/36‑1 (MQ=255)
      gaagaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAc                               <  1:32827/36‑1 (MQ=255)
       aagaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAcc                              <  1:4697013/36‑1 (MQ=255)
         gaaATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATAcccc                            <  1:3900193/36‑1 (MQ=255)
           aaTACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGa                          <  1:2964322/36‑1 (MQ=255)
             tACATCAACATCGGTGTGGCGGA.GGATACCCCGAAc                        <  1:2583873/36‑1 (MQ=255)
              aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGGTAACCCGaaac                       >  1:3589406/1‑34 (MQ=21)
              aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACg                       <  1:2968589/36‑1 (MQ=255)
              aCATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACg                       <  1:3181095/36‑1 (MQ=255)
               cATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGGTAATCCCAACgg                      >  1:1098994/1‑36 (MQ=16)
                aTCAACATCGGTGTGGCGGG.GGGTATCCCCAACggg                     >  1:16636/1‑35 (MQ=16)
                 tCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTc                    <  1:448332/36‑1 (MQ=255)
                   aaCATCGGTGTGGCGGTGGGTTACCCCCAACggctg                   >  1:5981502/1‑33 (MQ=9)
                     cATCGGTGTGGCGGTGGGTTACCCCCAACGGCCTgt                 >  1:1526258/1‑35 (MQ=9)
                     cATCGGTGTGGCGGG.GGGTACACCCCACGGGCTGgt                >  1:3847241/1‑36 (MQ=9)
                      agcGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:764961/34‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:5480052/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:7105123/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:4533024/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:7371014/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:1055098/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:2846365/36‑1 (MQ=255)
                      aTCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGgtt               <  1:3665397/36‑1 (MQ=255)
                       tCGGTGTGGCGGT.GGGTACCCCCAACGGGCTGggtg              >  1:7040695/1‑36 (MQ=16)
                          gtgtGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTc           <  1:6939362/36‑1 (MQ=255)
                          gtgtGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTc           <  1:6469926/36‑1 (MQ=255)
                           tgtgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTcc          <  1:4595136/36‑1 (MQ=255)
                            gtgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCg         <  1:2693445/36‑1 (MQ=255)
                             tgGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTTCgg        >  1:6813711/1‑36 (MQ=255)
                              ggCGGT.GGATACCCCGAGCGGTCTGGTTGTTCCGGt       <  1:7382925/36‑1 (MQ=255)
                              ggCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGt       >  1:5918259/1‑36 (MQ=255)
                              cgCGGA.GGATCCCCCGAGCGGTCTGGTTGTTCCGGt       <  1:2638371/35‑1 (MQ=21)
                                cGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAt     <  1:3877122/36‑1 (MQ=255)
                                 ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTTCGGTAtt    >  1:2873954/1‑36 (MQ=255)
                                 ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAtt    >  1:5604653/1‑36 (MQ=255)
                                 ggT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTAtt    <  1:7451778/36‑1 (MQ=255)
                                  gT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTc   >  1:2860988/1‑36 (MQ=255)
                                  gT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTc   <  1:7315046/36‑1 (MQ=255)
                                   t.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCa  <  1:6414856/36‑1 (MQ=255)
                                   t.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCa  >  1:313247/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                   
GACCCTGAAGAAATACATCAACATCGGTGTGGCGGT.GGATACCCCGAACGGTCTGGTTGTTCCGGTATTCA  >  REL606/129962‑130032

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG