Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,760,913 | 0 | A→G | 10.5% | 4.7 ‑15.7 0.0 | 97 | 952 | ygbN | predicted transporter |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (12/0): ref base (18/65): total (31/66) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.58e-07 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAA > REL606/2760878‑2760948
|
ttATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGa < 1:1738295/36‑1 (MQ=255)
tATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAt < 1:5791249/36‑1 (MQ=255)
tATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAt < 1:2469851/36‑1 (MQ=255)
tATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAt < 1:5181630/36‑1 (MQ=255)
tATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAt < 1:6247241/36‑1 (MQ=255)
aTGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTGGTGGtt > 1:4749445/1‑36 (MQ=37)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGGttt > 1:2323150/1‑36 (MQ=255)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAttt < 1:4705416/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAttt < 1:4324469/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAttt < 1:4075162/36‑1 (MQ=255)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGGAGTGAttt > 1:3595740/1‑36 (MQ=255)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGGAGGGGttt > 1:2480651/1‑36 (MQ=25)
tGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGCGGTGGttt > 1:4264298/1‑36 (MQ=25)
gggCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGGtttt > 1:7678229/1‑36 (MQ=255)
gggCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAtttt < 1:3065461/36‑1 (MQ=255)
gggCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGAtttt < 1:5270057/36‑1 (MQ=255)
ggCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTGGGGGttttt > 1:1442155/1‑35 (MQ=25)
ggCTCAGCCATTCCCACTGCGGCGGGTGTGTttttt > 1:3829540/1‑35 (MQ=16)
gCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTgg < 1:2324833/36‑1 (MQ=255)
gCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGGAGGGGtttttt > 1:3409384/1‑34 (MQ=21)
cTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTgtt < 1:507350/36‑3 (MQ=255)
cTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGt < 1:5176951/36‑1 (MQ=255)
cTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGACAttttttt > 1:74034/1‑33 (MQ=25)
tCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGtt < 1:2014381/36‑1 (MQ=255)
tCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGtt < 1:4845923/36‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTa < 1:4008968/36‑1 (MQ=255)
cAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTa < 1:4041285/36‑1 (MQ=255)
gCCCTTGCCACTGCGGCTGTAGTGATTTTGGTTACt < 1:8087588/36‑1 (MQ=38)
gCCCTTCCCACTGCGGCGGTGGTGGTTTTTGTTTCt > 1:7511996/1‑36 (MQ=16)
gCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACt < 1:2018359/36‑1 (MQ=255)
gCCCTTCCCACTGCGGCGGGTGTGGTTTTTGTTACt > 1:2906935/1‑36 (MQ=19)
cccTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTg < 1:6539558/36‑1 (MQ=255)
cccTTCCCACTGCGGCGGGAGGGGTTTTTGTTTCtt > 1:4709862/1‑35 (MQ=12)
ccTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTgg < 1:8122296/36‑1 (MQ=255)
ccTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTgg < 1:319277/36‑1 (MQ=255)
ccTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTgg < 1:8062121/36‑1 (MQ=255)
cTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGt < 1:4525077/36‑1 (MQ=255)
cTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGt < 1:4503477/36‑1 (MQ=255)
cTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGt < 1:18568/36‑1 (MQ=255)
ttCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTg < 1:5335213/36‑1 (MQ=255)
tCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGc < 1:359441/36‑1 (MQ=255)
tCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGc < 1:7850277/36‑1 (MQ=255)
tCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGc < 1:4055015/36‑1 (MQ=255)
tCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGc < 1:1185684/36‑1 (MQ=255)
cccACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCt < 1:5876187/36‑1 (MQ=255)
cccACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCt < 1:3115677/36‑1 (MQ=255)
ccACTGCGGCGGTAGTGGTTTTTGTTTCTTGTggtt > 1:7220706/1‑33 (MQ=16)
ccACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTg < 1:1822163/36‑1 (MQ=255)
ccACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTg < 1:7048013/36‑1 (MQ=255)
cACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTgg < 1:7132456/36‑1 (MQ=255)
cACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTgg < 1:6288152/36‑1 (MQ=255)
aCTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGa < 1:3157485/36‑1 (MQ=255)
aCTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGa < 1:2417753/36‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAg < 1:7789199/36‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAg < 1:2065823/36‑1 (MQ=255)
tGCTGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAgg < 1:1739322/36‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAgg < 1:4472000/36‑1 (MQ=255)
gcggcgGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAggg < 1:1040143/36‑1 (MQ=255)
cggcggTAGTGATTTTGGTTGCTGGTGCTGGAgggg < 1:79351/36‑1 (MQ=255)
cggcggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAgggg < 1:4028726/36‑1 (MQ=255)
ggcggTAGTGATTTTTGTTACTTGTGCTGGAGGGGt > 1:1601178/1‑36 (MQ=37)
gcggTAGTGCTTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa < 1:3408176/36‑1 (MQ=255)
gcggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa < 1:472877/36‑1 (MQ=255)
gcggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa > 1:4708486/1‑36 (MQ=255)
gcggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTa < 1:5153761/36‑1 (MQ=255)
cggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAt < 1:4665359/36‑1 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt > 1:7920003/1‑36 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt > 1:2291418/1‑36 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt > 1:3277582/1‑36 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt < 1:7981458/36‑1 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt < 1:3326898/36‑1 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt < 1:1751646/36‑1 (MQ=255)
ggTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAtt < 1:577507/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt > 1:8420833/1‑36 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:3376995/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt > 1:513822/1‑36 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:4753944/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:2613354/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:4753545/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:4584431/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:1930688/36‑1 (MQ=255)
gTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTAttt < 1:1573981/36‑1 (MQ=255)
tAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTg < 1:3812647/36‑1 (MQ=255)
tAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTg > 1:8378679/1‑36 (MQ=255)
aGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTgg > 1:1499531/1‑36 (MQ=255)
aGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTgg > 1:7080364/1‑36 (MQ=255)
aGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTgg > 1:7438320/1‑36 (MQ=255)
aGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTgg > 1:6651863/1‑36 (MQ=255)
aGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTgg < 1:2765490/36‑1 (MQ=255)
gTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGc < 1:7513487/36‑1 (MQ=255)
gTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGc > 1:3399189/1‑36 (MQ=255)
gTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGc > 1:1340433/1‑36 (MQ=255)
tGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCa > 1:3992856/1‑36 (MQ=255)
tGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCa < 1:60390/36‑1 (MQ=255)
gATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaa < 1:3855653/36‑1 (MQ=255)
aTTTTTGTTCCTTGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaaa < 1:1216842/36‑1 (MQ=25)
aTTTTGGTTAGTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaaa < 1:6520887/36‑1 (MQ=255)
aTTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaaa > 1:7745196/1‑36 (MQ=255)
aTTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaaa > 1:2478630/1‑36 (MQ=255)
aTTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCaaa < 1:4375322/36‑1 (MQ=255)
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TTATGGGCTCAGCCCTTCCCACTGCGGCGGTAGTGATTTTGGTTACTGGTGCTGGAGGGGTATTTGGCAAA > REL606/2760878‑2760948
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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