New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 = 12231157 (0.950)5 (0.080) 3/68 NT 10.6% coding (227/855 nt) ampE predicted inner membrane protein
?REL606 4291982 = 27 (0.440)intergenic (‑169/‑190) rpiR/rpiB DNA‑binding transcriptional repressor/ribose‑5‑phosphate isomerase B

TTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGA  >  REL606/4291947‑4292012
                                   |                              
ttgttcaacgttcccacgctactggtgtggctgttt                                >  1:8384056‑M2/36‑36 (MQ=255)
ttgttcaacgttcccacgctactggtgtggctggtt                                >  1:7608573‑M2/36‑36 (MQ=255)
 tttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTa                               >  1:2399169/1‑36 (MQ=255)
 tttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTa                               <  1:7862439/36‑1 (MQ=255)
 tgttcaacgttcccacgctactggtgtggctggttt                               >  1:3248164‑M2/35‑35 (MQ=255)
  ttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTAt                              <  1:5439653/36‑1 (MQ=255)
  ttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTAt                              <  1:6909900/36‑1 (MQ=255)
  ttATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTAt                              <  1:7742353/36‑1 (MQ=255)
  gtATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTAt                              <  1:7250598/35‑1 (MQ=255)
   ttcaacgttcccacgctactggtgtggctgttTTtt                             >  1:145964‑M2/33‑36 (MQ=255)
    tcaacgttcccacgctactggtgtggctgttTGttt                            >  1:8375090‑M2/32‑36 (MQ=255)
     tttCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTg                           <  1:952423/36‑1 (MQ=255)
      ttCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGt                          >  1:5046994/1‑36 (MQ=255)
        cATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGttt                        >  1:6524249/1‑36 (MQ=255)
         aTTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGtttt                       <  1:7982356/36‑1 (MQ=255)
           ttAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTc                     >  1:8450436/1‑36 (MQ=255)
           ttAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTc                     <  1:6568469/36‑1 (MQ=255)
           ttAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTc                     >  1:5142908/1‑36 (MQ=255)
               ttAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGt                 >  1:4021876/1‑36 (MQ=255)
               ttAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGt                 >  1:708056/1‑36 (MQ=255)
                 aGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGttt               >  1:2622830/1‑36 (MQ=255)
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                       aaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAga         >  1:6748611/1‑36 (MQ=255)
                       aaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAga         >  1:3390026/1‑36 (MQ=255)
                       aaaaCATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAga         <  1:2045888/36‑1 (MQ=255)
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                              gatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGa  >  1:2022112/1‑36 (MQ=255)
                              gatgTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGa  <  1:1969566/36‑1 (MQ=255)
                                   |                              
TTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGA  >  REL606/4291947‑4292012

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 13 ≤  ATCG  < 28 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG