Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,842,651 | A→T | 9.1% | L11* (TTA→TAA) | dnaN ← | DNA polymerase III subunit beta |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,842,651 | 0 | A→T | 9.1% | 5.1 ‑4.5 ‑0.0 | 75 | 32 | dnaN | DNA polymerase III subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (31/37): total (38/37) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.15e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.57e-01 |
CACCTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGT > REL606/3842616‑3842686
|
caccTATCGATCCACTCTCCTGTTGTAGCTGTTTta < 1:559220/36‑1 (MQ=255)
ccTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTttat > 1:4677861/1‑36 (MQ=255)
ccTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTttat > 1:2200182/1‑36 (MQ=255)
ccTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTtaat < 1:5201595/36‑1 (MQ=255)
atAACGTACCGATCTCCTGTTGTAGCGGTTTtaata < 1:4842333/35‑1 (MQ=25)
tAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTttataa > 1:5745389/1‑36 (MQ=255)
aaCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTTATaaa > 1:5283892/1‑36 (MQ=255)
aaCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATaaa > 1:80492/1‑36 (MQ=255)
aaCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATaaa < 1:330658/36‑1 (MQ=255)
aaCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGGTTTTATaaa > 1:3472499/1‑36 (MQ=38)
aCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAAt < 1:5277142/36‑1 (MQ=255)
aCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAAt > 1:221022/1‑36 (MQ=255)
aCGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAAt < 1:7724013/36‑1 (MQ=255)
cGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATg < 1:7477502/36‑1 (MQ=255)
ggACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTTATAAAttc > 1:5517949/1‑34 (MQ=38)
ggACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGc < 1:834788/36‑1 (MQ=255)
ggACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGc > 1:2631867/1‑36 (MQ=255)
ggACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGc < 1:4989347/36‑1 (MQ=255)
gACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAAtttt > 1:7116188/1‑33 (MQ=255)
aCCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTTATAAATGCTc > 1:3154782/1‑36 (MQ=255)
ccGCTCGCCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCa < 1:124452/36‑1 (MQ=255)
ccGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCa < 1:4912016/36‑1 (MQ=255)
cGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTTATAAAATCTCAc > 1:2655777/1‑36 (MQ=25)
cGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCAc < 1:3261161/36‑1 (MQ=255)
gCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTTATAAATGCTCCCg > 1:1930603/1‑36 (MQ=37)
gCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACg > 1:681507/1‑36 (MQ=255)
cTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATTCTCACGt > 1:3210883/1‑36 (MQ=255)
cTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCActt > 1:7534457/1‑34 (MQ=255)
cTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGt < 1:6620268/36‑1 (MQ=255)
cTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGt < 1:6373804/36‑1 (MQ=255)
tCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGtt < 1:39394/36‑1 (MQ=255)
tCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAAATCTCACGtt > 1:6817262/1‑36 (MQ=38)
cACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGttt > 1:1793790/1‑35 (MQ=255)
aCCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCt < 1:183672/36‑1 (MQ=255)
ccTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTa < 1:5826246/36‑1 (MQ=255)
tgttgtAGCGGTTTTTATAAATTCTCACGTTCTACg > 1:6073904/1‑36 (MQ=37)
tgttgtAGCGGTTTTAATAAATGGTCACGTTTTACg > 1:7695239/1‑36 (MQ=38)
tgttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACg < 1:2736497/36‑1 (MQ=255)
tgttgtAGCGGGTTTAATAAATACTCACGTTCttct > 1:2885398/1‑33 (MQ=25)
gttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACgg < 1:2282101/36‑1 (MQ=255)
gttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACgg > 1:7201185/1‑36 (MQ=255)
gttgtAGCGGTTTTAATAAAGGCTCACGTTTTACgg > 1:4615194/1‑36 (MQ=37)
ttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTTCGGt > 1:3599067/1‑36 (MQ=255)
ttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGt < 1:2056878/36‑1 (MQ=255)
ttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGt < 1:893893/36‑1 (MQ=255)
ttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGt > 1:5572095/1‑36 (MQ=255)
ttgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGt < 1:1502230/36‑1 (MQ=255)
tgtAGCGGTTTTAATAAATTCTCACGTTCTACGGTa > 1:7383575/1‑36 (MQ=255)
tgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTCCGGTa < 1:568111/36‑1 (MQ=255)
tgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTa < 1:1345615/36‑1 (MQ=255)
tgtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACCTTCTACGTTa > 1:3591596/1‑36 (MQ=38)
gtAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTaa < 1:5328483/36‑1 (MQ=255)
tAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTaaa < 1:7473819/36‑1 (MQ=255)
tAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTaaa > 1:2262560/1‑36 (MQ=255)
tAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTaaa > 1:3357055/1‑36 (MQ=255)
aGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAt < 1:1047808/36‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAt < 1:6622038/36‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAt < 1:3966329/36‑1 (MQ=255)
aGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAt > 1:381681/1‑36 (MQ=255)
gCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAtt > 1:908094/1‑36 (MQ=255)
gCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAtt < 1:4623925/36‑1 (MQ=255)
gCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAtt < 1:4072531/36‑1 (MQ=255)
gCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAtt < 1:5941118/36‑1 (MQ=255)
cgtttttAATAAATGCTCACTTTCTACGGTAAAttt < 1:3323374/33‑1 (MQ=38)
cGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAAttt > 1:1658739/1‑36 (MQ=255)
ggTTTTAATAAATTCTCACCTTCTACGGTAAATTTc < 1:233259/36‑1 (MQ=37)
ggTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTc > 1:7272806/1‑36 (MQ=255)
ggTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTc > 1:5964583/1‑36 (MQ=255)
ggTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTc < 1:3501753/36‑1 (MQ=255)
gTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCa > 1:1129300/1‑36 (MQ=255)
ttttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCAt > 1:399250/1‑36 (MQ=255)
ttttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCAt > 1:7299842/1‑36 (MQ=255)
tttAATAAATGCTCGCGTTCTACGGTAAATTTCATa < 1:6919987/36‑1 (MQ=255)
tttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATa < 1:5999447/36‑1 (MQ=255)
tttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATa < 1:553485/36‑1 (MQ=255)
tttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATa < 1:2795492/36‑1 (MQ=255)
tttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATa > 1:2649370/1‑36 (MQ=255)
ttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAg > 1:925794/1‑36 (MQ=255)
ttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAg < 1:7074564/36‑1 (MQ=255)
ttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAg > 1:5994803/1‑36 (MQ=255)
ttAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAg > 1:3891318/1‑36 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg > 1:5078205/1‑36 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg > 1:39119/1‑36 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg > 1:7763031/1‑36 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg > 1:3435132/1‑36 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg < 1:3217132/36‑1 (MQ=255)
taataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAgg < 1:1018882/36‑1 (MQ=255)
aataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGt < 1:6775016/36‑1 (MQ=255)
aataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGt < 1:4615655/36‑1 (MQ=255)
aataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGt < 1:3395404/36‑1 (MQ=255)
aataaATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGt > 1:3080806/1‑36 (MQ=255)
|
CACCTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGT > REL606/3842616‑3842686
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|