Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6062,735,7190C→G13.7% 9.8 ‑23.4 0.01261336ascFfused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (19/0):  ref base (24/81):  total (45/81)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 6.99e-11
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

Only 100 of 132 total aligned reads displayed.

TCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAG  >  REL606/2735684‑2735754
                                   |                                   
tCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGc                                     <  1:1951505/36‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGc                                     <  1:2899066/36‑1 (MQ=255)
 cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt                                    <  1:2114503/36‑1 (MQ=255)
 cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt                                    <  1:10753/36‑1 (MQ=255)
 cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt                                    <  1:4501355/36‑1 (MQ=255)
 cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt                                    <  1:5791703/36‑1 (MQ=255)
 cTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCt                                    <  1:4844641/36‑1 (MQ=255)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt                                  <  1:1916800/36‑1 (MQ=255)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt                                  <  1:513698/36‑1 (MQ=255)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt                                  <  1:6729316/36‑1 (MQ=255)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGt                                  <  1:3229205/36‑1 (MQ=255)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGTGGTGt                                  >  1:1523839/1‑36 (MQ=37)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGTGGTGt                                  >  1:4222471/1‑36 (MQ=37)
   gggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGTTGt                                  >  1:3324501/1‑36 (MQ=25)
    gttgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc                                 <  1:8276900/34‑1 (MQ=255)
    ggTGTTCGCGTTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc                                 <  1:1703649/36‑1 (MQ=255)
    ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc                                 <  1:1437962/36‑1 (MQ=255)
    ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTc                                 <  1:4743771/36‑1 (MQ=255)
    ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGtt                                 >  1:6002264/1‑35 (MQ=37)
    ggTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGtt                                 >  1:5988726/1‑35 (MQ=21)
     gtgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTCg                                >  1:3194222/1‑36 (MQ=255)
     gtgtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCg                                <  1:2336626/36‑1 (MQ=255)
       gtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTTGtt                              >  1:5130937/1‑36 (MQ=37)
       gtTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGtt                              <  1:4489129/36‑1 (MQ=255)
       atccgcgTTCATGGCGCTGGGGGTGGTGCTGTCTtt                              <  1:5702000/33‑1 (MQ=16)
        ttCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGttt                             <  1:6474431/36‑1 (MQ=255)
        ttCGCGGTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGTCGttt                             >  1:4026745/1‑36 (MQ=25)
         tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTa                            <  1:1822884/36‑1 (MQ=255)
         tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTa                            <  1:3410955/36‑1 (MQ=255)
         tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGTTGtttt                            >  1:6362431/1‑35 (MQ=25)
         tCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGGGGTGTCGtttt                            >  1:545965/1‑35 (MQ=37)
          cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGGTGTTGttttt                           >  1:1823509/1‑34 (MQ=21)
          cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTAt                           <  1:1155166/36‑1 (MQ=255)
          cgcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTAt                           <  1:3464484/36‑1 (MQ=255)
           gcgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATc                          <  1:862390/36‑1 (MQ=255)
           gcgGTCATGGCGCTGGCGGCGGGGGTGTTGtttttt                          >  1:3746216/1‑33 (MQ=12)
            cgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATcc                         <  1:4963351/36‑1 (MQ=255)
            cgGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATcc                         <  1:6241333/36‑1 (MQ=255)
             ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt                        <  1:7740337/36‑1 (MQ=255)
             ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt                        <  1:465871/36‑1 (MQ=255)
             ggTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCt                        <  1:7414635/36‑1 (MQ=255)
              gTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTATCGTTTATCCTc                       <  1:1435976/36‑1 (MQ=255)
              gTCATGGCGCTGGCGGGGGGGGTGTCGTTTTTTCTc                       >  1:4963607/1‑36 (MQ=12)
               tCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTca                      <  1:6534384/36‑1 (MQ=255)
               tCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTca                      <  1:1036273/36‑1 (MQ=255)
                cATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTcac                     <  1:1180899/36‑1 (MQ=255)
                cATGGCGCTGGCGGTGGGGGCGGCGTTTTTCCTcac                     >  1:487763/1‑36 (MQ=16)
                 aTGGCGCTGGCGGCGGTGCCGTTGTTTTTTCTcacc                    >  1:3725662/1‑35 (MQ=2)
                 aTGGCGCTGGCGGAGGGGGTGTCGTTTGTTCTccca                    >  1:7582008/1‑36 (MQ=9)
                  tctcgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac                   <  1:5257883/33‑1 (MQ=255)
                  tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTTTTCTCacac                   >  1:733774/1‑36 (MQ=25)
                  tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac                   <  1:2769347/36‑1 (MQ=255)
                  tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac                   <  1:2045594/36‑1 (MQ=255)
                  tGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCacac                   <  1:6831923/36‑1 (MQ=255)
                   ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt                  <  1:4169022/36‑1 (MQ=255)
                   ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt                  <  1:7572008/36‑1 (MQ=255)
                   ggCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACt                  <  1:6828619/36‑1 (MQ=255)
                   ggCGCTGGCGGCGGTGGTGGGGTTTATCCTaacccc                  >  1:7435712/1‑33 (MQ=2)
                     cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt                <  1:7572228/36‑1 (MQ=255)
                     cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt                <  1:7754968/36‑1 (MQ=255)
                     cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt                <  1:6384876/36‑1 (MQ=255)
                     cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt                <  1:5094369/36‑1 (MQ=255)
                     cgcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAt                <  1:8333648/36‑1 (MQ=255)
                      gcTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTAtt               <  1:15483/36‑1 (MQ=255)
                       cTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTg              <  1:8387138/36‑1 (MQ=255)
                        tGGCTGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc             <  1:2597436/36‑1 (MQ=255)
                        tGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc             <  1:6676490/36‑1 (MQ=255)
                        tGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGc             <  1:540129/36‑1 (MQ=255)
                         ggCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTTAAACTAttcat            >  1:2198838/1‑33 (MQ=25)
                         ggCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCt            <  1:1502699/36‑1 (MQ=255)
                          gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc           <  1:5283852/36‑1 (MQ=255)
                          gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc           >  1:3451628/1‑36 (MQ=255)
                          gCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTc           >  1:8010357/1‑36 (MQ=255)
                           cGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCg          >  1:4980903/1‑36 (MQ=255)
                           cGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCg          <  1:78342/36‑1 (MQ=255)
                            ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg         <  1:8208747/36‑1 (MQ=255)
                            ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg         >  1:3662518/1‑36 (MQ=255)
                            ggtggtGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCgg         <  1:6367144/36‑1 (MQ=255)
                             gtggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGc        <  1:3151693/36‑1 (MQ=255)
                              tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt       <  1:6653847/36‑1 (MQ=255)
                              tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt       <  1:2009335/36‑1 (MQ=255)
                              tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt       >  1:7027163/1‑36 (MQ=255)
                              tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt       >  1:2058366/1‑36 (MQ=255)
                              tggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCt       >  1:3604812/1‑36 (MQ=255)
                               ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt      >  1:8432076/1‑36 (MQ=255)
                               ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt      <  1:3639746/36‑1 (MQ=255)
                               ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt      >  1:3618395/1‑36 (MQ=255)
                               ggtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtt      >  1:5458282/1‑36 (MQ=255)
                                gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt     <  1:4924041/36‑1 (MQ=255)
                                gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt     <  1:5530311/36‑1 (MQ=255)
                                gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt     >  1:5734258/1‑36 (MQ=255)
                                gtgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCttt     <  1:7566335/36‑1 (MQ=255)
                                 tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGGTCGGCTTTg    >  1:1542963/1‑36 (MQ=255)
                                 tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCtttt    >  1:3328557/1‑35 (MQ=255)
                                 tgCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTg    <  1:2764861/36‑1 (MQ=255)
                                  gCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGa   >  1:6766723/1‑36 (MQ=255)
                                  gCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGa   >  1:8361792/1‑36 (MQ=255)
                                   cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg  >  1:1901594/1‑36 (MQ=255)
                                   cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg  <  1:6456360/36‑1 (MQ=255)
                                   cTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAg  <  1:4196458/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
TCTGGGTGTTCGCGGTCATGGCGCTGGCGGTGGTGCTGTCGTTTATCCTCACACTATTGCTCGGCTTTGAG  >  REL606/2735684‑2735754

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 21 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG