Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,344,273 | A→G | 6.7% | S450S (TCA→TCG) | acrF → | multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,344,273 | 0 | A→G | 6.7% | 5.5 ‑2.9 ‑0.2 | 74 | 1350 | acrF | multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (5/0): ref base (34/35): total (39/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.59e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.04e-01 |
CAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTC > REL606/3344238‑3344308
|
cAGGGCGCCCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCa < 1:209943/36‑1 (MQ=255)
aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg > 1:892815/1‑36 (MQ=255)
aGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAg > 1:2310627/1‑36 (MQ=255)
gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc > 1:6730651/1‑36 (MQ=255)
gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc > 1:5315312/1‑36 (MQ=255)
gggCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc < 1:4740503/36‑1 (MQ=255)
gcgcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCgg > 1:1857633/1‑36 (MQ=255)
gcACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGta > 1:7760824/1‑36 (MQ=255)
ccTGGTGAGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt < 1:6114699/35‑1 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt > 1:6521998/1‑36 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt < 1:591136/36‑1 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt > 1:4652643/1‑36 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt < 1:2548703/36‑1 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt > 1:2293821/1‑36 (MQ=255)
aCTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatt > 1:1121667/1‑36 (MQ=255)
cTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtattt < 1:3624429/36‑1 (MQ=255)
ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat < 1:5359784/36‑1 (MQ=255)
ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat < 1:6198327/36‑1 (MQ=255)
ggtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttat < 1:896096/36‑1 (MQ=255)
ggtcgGTATCGCGCTGGGACTGTCGGCGGtttttgt > 1:1863025/1‑34 (MQ=12)
gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCATCGGtatttatt < 1:1911251/36‑1 (MQ=255)
gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt > 1:7057678/1‑36 (MQ=255)
gtggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGtatttatt > 1:5481043/1‑36 (MQ=255)
tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc < 1:7039108/36‑1 (MQ=255)
tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc > 1:4183838/1‑36 (MQ=255)
tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc < 1:3028609/36‑1 (MQ=255)
tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc < 1:2408699/36‑1 (MQ=255)
tggGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTc < 1:901532/36‑1 (MQ=255)
cggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGtattttttgg > 1:5191356/2‑34 (MQ=17)
ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg > 1:4644583/1‑36 (MQ=255)
ggTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCg > 1:5152276/1‑36 (MQ=255)
ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGttttttttacc > 1:1538378/1‑33 (MQ=17)
ggTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGGATTTTTTCCg > 1:6226845/1‑36 (MQ=11)
gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa < 1:1476285/36‑1 (MQ=255)
gTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGa < 1:5922649/36‑1 (MQ=255)
gTATCGCGATGGTACTGTCGGCGGTTTTTGTTGCgg > 1:864975/1‑35 (MQ=17)
tgtCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt < 1:2624003/34‑1 (MQ=255)
tATCGCGATGTTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt < 1:7734423/36‑1 (MQ=255)
tATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGAt < 1:5701377/36‑1 (MQ=255)
aTCTCGATGGTTCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg < 1:5340125/36‑1 (MQ=25)
aTCTCGATGGTGCTGTCAGGGGTATTTATTCCGATg < 1:5852878/36‑1 (MQ=37)
aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg > 1:4370279/1‑36 (MQ=255)
aTCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATg < 1:7392091/36‑1 (MQ=255)
tCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATgg < 1:937919/36‑1 (MQ=255)
cgcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGc < 1:5482321/36‑1 (MQ=255)
gcgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCa > 1:4224925/1‑36 (MQ=255)
cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCTATGGCAt > 1:2121570/1‑36 (MQ=255)
cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGTTGGCAt > 1:4857324/1‑36 (MQ=255)
cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt < 1:6627497/36‑1 (MQ=255)
cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt < 1:6543773/36‑1 (MQ=255)
cgATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAt > 1:5684432/1‑36 (MQ=255)
gATGGTGCTTTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt < 1:6945574/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt > 1:7592593/1‑36 (MQ=255)
gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt < 1:2536235/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAtt < 1:3800408/36‑1 (MQ=255)
aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc < 1:7515888/36‑1 (MQ=255)
aTGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttc > 1:670897/1‑36 (MQ=255)
tGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttct > 1:1785118/1‑36 (MQ=255)
ggTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttctt < 1:1350934/36‑1 (MQ=255)
gTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCAttcttc > 1:7912077/1‑36 (MQ=255)
tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg > 1:1259882/1‑36 (MQ=255)
tGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcg > 1:7010133/1‑36 (MQ=255)
gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg < 1:7629424/36‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg > 1:2632206/1‑36 (MQ=255)
gCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcgg > 1:5392967/1‑36 (MQ=255)
cTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggc < 1:6566304/36‑1 (MQ=255)
cTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggc > 1:3532881/1‑36 (MQ=255)
tGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcg > 1:6663480/1‑36 (MQ=255)
tGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcg > 1:1713104/1‑36 (MQ=255)
gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgg < 1:7164026/36‑1 (MQ=255)
gTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgg > 1:4968565/1‑36 (MQ=255)
tCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGt < 1:3784787/36‑1 (MQ=255)
tCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGt > 1:1407405/1‑36 (MQ=255)
cAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcggct > 1:3130086/1‑34 (MQ=255)
cAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGtt < 1:2137953/36‑1 (MQ=255)
aGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTcggcgggtt > 1:7367922/1‑33 (MQ=255)
aGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTc < 1:4643652/36‑1 (MQ=255)
|
CAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTC > REL606/3344238‑3344308
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|