Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 1,325,005 C→G 17.5% pseudogene (1434/1440 nt) yciQ → hypothetical protein; b1268_2

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,325,0050C→G17.5% 3.6 ‑3.3 ‑0.023pseudogene (1434/1440 nt)yciQhypothetical protein; b1268_2
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (4/0):  ref base (7/12):  total (11/12)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.73e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.29e-01

CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT  >  REL606/1324971‑1325040
                                  |                                   
cTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCt                                    <  1:5001804/36‑1 (MQ=255)
  ggcggcggcGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTgg                                  <  1:3166212/36‑1 (MQ=255)
  ggcggcggcGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGGGGGTgg                                  >  1:1778590/1‑36 (MQ=37)
   gcgtcggcaCGGGTGGATGCGGCGGTGGTGTCTGGt                                 <  1:7720171/36‑1 (MQ=9)
   gcggcggcgCGGGTGGCTGAGGCGGTGGTGGCTGGt                                 <  1:5325845/36‑1 (MQ=255)
   gcggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGt                                 <  1:1364348/36‑1 (MQ=255)
   gcggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGt                                 <  1:3430704/36‑1 (MQ=255)
     ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTgggga                               >  1:7518189/1‑33 (MQ=37)
         gcgcGGATGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTaa                           <  1:1809656/36‑1 (MQ=255)
            cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt                        <  1:6218865/36‑1 (MQ=255)
              ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTGGTAATTTAGCTgg                      >  1:6973818/1‑35 (MQ=25)
              ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTGGTAATTAAGGTgg                      >  1:4771437/1‑35 (MQ=25)
                   cGGAGGCGGTGGTGGCTGGTTATTAAGCTGATGttt                 >  1:6528330/1‑35 (MQ=255)
                     gAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAAt               <  1:2950063/36‑1 (MQ=255)
                      aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc              <  1:7668695/36‑1 (MQ=255)
                      aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc              <  1:7365170/36‑1 (MQ=255)
                      aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc              >  1:2151996/1‑36 (MQ=255)
                         cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa           >  1:715325/1‑36 (MQ=255)
                          ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa          >  1:1067451/1‑36 (MQ=255)
                             ggtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACaa       >  1:7732102/1‑36 (MQ=255)
                              gtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAg      >  1:606611/1‑36 (MQ=255)
                               tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc     >  1:4952123/1‑36 (MQ=255)
                                ggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCt    <  1:3669866/36‑1 (MQ=255)
                                  cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt  <  1:6707032/36‑1 (MQ=255)
                                  |                                   
CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT  >  REL606/1324971‑1325040

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 6 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG