Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 4,108,667 | G→T | 14.5% | intergenic (‑165/‑112) | metJ ← / → metB | transcriptional repressor protein MetJ/cystathionine gamma‑synthase |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,108,667 | 0 | G→T | 14.5% | 5.1 ‑4.2 0.0 | 49 | intergenic (‑165/‑112) | metJ/metB | transcriptional repressor protein MetJ/cystathionine gamma‑synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/0): ref base (21/20): total (29/20) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.48e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
ATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGA > REL606/4108632‑4108702
|
aTAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTg < 1:132705/36‑1 (MQ=255)
tAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGc < 1:1376080/36‑1 (MQ=255)
tAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGc < 1:3337797/36‑1 (MQ=255)
aaTGCATATAATTTTAACGGCTATTTTGGATTTTCt > 1:5279154/1‑36 (MQ=37)
aTGCATATAATTTTAACGGCTATTTTGGGTTTTCtt > 1:5777613/1‑35 (MQ=25)
aTGCATATAATTTTAACGGCTATTTTGGATTTTCTc > 1:1428104/1‑36 (MQ=37)
cATATAATTTTAACGGCTATTTTGGATTTTCTCAAt > 1:4179589/1‑36 (MQ=37)
atatAATTTTAACGGCTATTTTTGATTTTCTCAATc > 1:2932121/1‑36 (MQ=25)
atatAATTTTAACGGCTATTTTGGATTTTCTCAAtt > 1:2143953/1‑35 (MQ=37)
tataATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCt < 1:364583/36‑1 (MQ=255)
tataATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCt < 1:1907831/36‑1 (MQ=255)
ataATTTTAACGGCTATTTTGGTTTTGCTCAATCtt > 1:3637241/1‑35 (MQ=25)
ataATTTTAACGGCTATTTTGGATTTTCTCAATCta > 1:2059186/1‑36 (MQ=37)
taATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCtat < 1:5526042/36‑1 (MQ=255)
aaTTTTAACGGCTATTTTGGATTTGTTCAATCtata > 1:7408948/1‑36 (MQ=37)
aaTTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCtata < 1:5240288/36‑1 (MQ=255)
aaTTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCtata < 1:3208142/36‑1 (MQ=255)
aTTTTAACGGCTATTTTGGGTTTTCTCAATCTATAc > 1:3392362/1‑36 (MQ=25)
ttttAACGGCTATTTTTGATTTGCTTAATCtatttg > 1:4575294/1‑33 (MQ=19)
ttttAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACg > 1:7366705/1‑36 (MQ=255)
ttttAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACg < 1:6089263/36‑1 (MQ=255)
ttttAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACg < 1:2972397/36‑1 (MQ=255)
ttttAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACg < 1:5823615/36‑1 (MQ=255)
tttAACGGCTATTTTGGATTTGCTCAATCTATACGc > 1:471222/1‑36 (MQ=255)
tttAACGGCTATTTGGGCTTTGCTCAATCTATACGc > 1:1171258/1‑36 (MQ=255)
ttAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCa > 1:6980332/1‑36 (MQ=255)
tAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCaa > 1:556313/1‑36 (MQ=255)
aaCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCaaa < 1:1166605/36‑1 (MQ=255)
aCGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAaag < 1:4165941/36‑1 (MQ=255)
cGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAaaga < 1:3591858/36‑1 (MQ=255)
cGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAaaga < 1:7227272/36‑1 (MQ=255)
gCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAaagaag > 1:3495102/1‑36 (MQ=255)
tATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGtt > 1:1406630/1‑36 (MQ=255)
aTTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGttt > 1:674392/1‑36 (MQ=255)
aTTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGttt < 1:732764/36‑1 (MQ=255)
aTTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGttt > 1:3714596/1‑36 (MQ=255)
ttGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAg > 1:6079949/1‑36 (MQ=255)
ttGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAg < 1:191228/36‑1 (MQ=255)
tGGGATTTGCTCATTCTATACGCAAAGAAGTTTAGa > 1:138337/1‑36 (MQ=255)
tGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGa > 1:2735760/1‑36 (MQ=255)
gggATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGAt > 1:2085343/1‑36 (MQ=255)
ggATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATg > 1:4221218/1‑36 (MQ=255)
ggATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATg > 1:4138239/1‑36 (MQ=255)
gATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGt < 1:4372964/36‑1 (MQ=255)
gATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGt < 1:2222055/36‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTATATGTc < 1:2836694/36‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTc > 1:3867232/1‑36 (MQ=255)
aTTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTc > 1:744284/1‑36 (MQ=255)
tGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATTTCCAg > 1:4079306/1‑36 (MQ=255)
tGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAg < 1:280106/36‑1 (MQ=255)
gCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGa > 1:6296994/1‑36 (MQ=255)
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ATAATGCATATAATTTTAACGGCTATTTGGGATTTGCTCAATCTATACGCAAAGAAGTTTAGATGTCCAGA > REL606/4108632‑4108702
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 11 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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