Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 61.1% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)16 (0.290) 14/64 NT 50.0% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 16 (0.260)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)28 (0.500) 20/64 NT 70.0% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 12 (0.200)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763
                                   |                                   
ttcAGATGGTTCAGCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:1016520‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:7447543‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:6767127‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:1316113‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:6668190‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:645107‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:5948402‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     <  1:3969179‑M1/36‑1 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:341275‑M1/1‑36 (MQ=255)
ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG                                     >  1:185060‑M1/1‑36 (MQ=255)
 tcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGc                                    <  1:1773295‑M1/36‑2 (MQ=255)
  cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGcc                                   <  1:7427683‑M1/36‑3 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  >  1:521101‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  >  1:2712266‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccg                                  >  1:2472392‑M1/1‑33 (MQ=255)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  >  1:888449/1‑36 (MQ=32)
   aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATc                                  <  1:160204/36‑1 (MQ=32)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgc                                 >  1:3356954‑M1/1‑32 (MQ=255)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:4046514/36‑1 (MQ=35)
    gATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:3541944/36‑1 (MQ=35)
    gATGGTTCAACCCATAAGTTAGCGCTTATGGGATCa                                 <  1:6599243/36‑1 (MQ=255)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCAc                                <  1:5263686/36‑1 (MQ=38)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCAc                                >  1:6469931/1‑36 (MQ=38)
     aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTGATGGGccgca                                >  1:7647249‑M1/1‑31 (MQ=255)
      tGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACt                               >  1:2583434/1‑36 (MQ=40)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              <  1:1533057/36‑1 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              >  1:1528606/1‑36 (MQ=255)
       ggTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTc                              >  1:2398083/1‑36 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccc                            <  1:3294312‑M1/36‑10 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                            >  1:6998079/1‑36 (MQ=255)
         ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTccc                            <  1:5576550/36‑1 (MQ=255)
          ttaaccCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacccc                           >  1:6835638‑M1/3‑26 (MQ=255)
          tCAACCCTTAATTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:4179687/36‑1 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacccc                           <  1:490759‑M1/36‑11 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaacccc                           <  1:1223911‑M1/36‑11 (MQ=255)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:2645791/36‑1 (MQ=40)
          tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTcccc                           <  1:4262111/36‑1 (MQ=40)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccg                          <  1:7235455‑M1/36‑12 (MQ=255)
           cAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccg                          >  1:7530986/1‑36 (MQ=38)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgg                         >  1:2776955‑M1/1‑24 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgg                         >  1:3652032‑M1/1‑24 (MQ=255)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         <  1:6094005/36‑1 (MQ=38)
            aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgc                         >  1:1120318/1‑36 (MQ=38)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccggg                        <  1:5619271‑M1/36‑14 (MQ=255)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccggg                        <  1:3000885‑M1/36‑14 (MQ=255)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCccgcc                        <  1:4601928/36‑1 (MQ=40)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGATCTccccact                        <  1:5327519/36‑4 (MQ=1)
             aCCCTTAAGTTAGCGCTTAGGGGATCACTCCccgcc                        <  1:1389967/36‑1 (MQ=255)
              cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggt                       <  1:4500986‑M1/36‑15 (MQ=255)
                 ttAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTg                    >  1:204691/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctg                   >  1:1650628‑M1/1‑18 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctg                   <  1:4457500‑M1/36‑19 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctg                   >  1:3288968‑M1/1‑18 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   >  1:1177220/1‑36 (MQ=255)
                  tAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGc                   <  1:1620405/36‑1 (MQ=255)
                    atttAGCGCTTATGGGATCGCTCCCCGCCGTTGCAc                 <  1:7746614/34‑1 (MQ=21)
                    aGTTAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgct                 <  1:750232‑M1/36‑21 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCAc                 <  1:2171938/36‑1 (MQ=255)
                    aGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCAc                 >  1:1604833/1‑36 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGccgcaaccccggttgctgctaat              <  1:153577‑M1/36‑24 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaat              <  1:6135238‑M1/36‑24 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa              >  1:2827982/1‑36 (MQ=255)
                       tAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTa              >  1:3238620/1‑36 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatg             <  1:1802188‑M1/36‑25 (MQ=255)
                        aGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTAc             >  1:5103302/1‑36 (MQ=255)
                         gcgtTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:2550501/36‑1 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACt            <  1:5719147/36‑1 (MQ=255)
                         gcgcTTATGGGATCACTCCACGCCGTTGCACTTACt            >  1:7348530/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:6484490/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:6410954/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          >  1:6320580/1‑36 (MQ=255)
                           gcTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCg          <  1:7468825/36‑1 (MQ=255)
                            cTTATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcgga         <  1:7318405‑M1/36‑29 (MQ=255)
                             ttATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcggat        <  1:1986219‑M1/36‑30 (MQ=255)
                              tATGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatg       <  1:5794824‑M1/36‑31 (MQ=255)
                              tATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAt       >  1:5457429/1‑36 (MQ=255)
                               aTGGGATCCCCCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      <  1:4073145/36‑1 (MQ=255)
                               aTGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGAtt      >  1:6863181/1‑36 (MQ=255)
                                tGGGccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcg     <  1:7084599‑M1/36‑33 (MQ=255)
                                tGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     <  1:1539480/36‑1 (MQ=255)
                                tGGAATCACACCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     <  1:7514089/36‑1 (MQ=38)
                                ggggATCCCTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTc     <  1:3899919/35‑1 (MQ=255)
                                 gggccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcga    >  1:4945899‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                 gggccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcga    >  1:4732735‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                 gggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCg    >  1:6489963/1‑36 (MQ=255)
                                 gggACCACCCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCg    <  1:5381364/36‑1 (MQ=255)
                                  ggccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcgac   >  1:1464678‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  ggccgcaaccccgggtgctgctaatgcggatgcgac   >  1:3569619‑M1/1‑2 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:5665538/1‑36 (MQ=255)
                                  ggATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGt   >  1:4649144/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTa  >  1:106837/1‑36 (MQ=255)
                                   gATCACTCCCAGCCGTTGCACTTACTCGGATTGGTa  >  1:549732/1‑36 (MQ=38)
                                   |                                   
TTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATCACTCCCCGCCGTTGCACTTACTCGGATTCGTA  >  REL606/16693‑16763

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 13 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG