Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
JC JC REL606 4,524,522 IS186 (+) +6 bp 84.3% coding (494‑499/549 nt) fimA → major type 1 subunit fimbrin (pilin)

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 15386 =NA (NA)40 (0.710) 29/64 NT 78.4% noncoding (1/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 = 4524527 11 (0.180)coding (499/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)
* ? REL606 = 16728NA (NA)46 (0.810) 31/64 NT 90.2% noncoding (1343/1343 nt) IS186 repeat region
?REL606 4524522 = 5 (0.080)coding (494/549 nt) fimA major type 1 subunit fimbrin (pilin)

AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493
                                                                         
   CGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGT                                    <  1:5356340/36‑1 (MQ=1)
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                   <  1:7565401/36‑1 (MQ=1)
    GTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTT                                   <  1:5612767/36‑1 (MQ=1)
     TAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTG                                  <  1:2407216/36‑1 (MQ=1)
      AATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGC                                 >  1:4523484/1‑36 (MQ=1)
       ATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCG                                >  1:6013391/1‑36 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTATCGCTTATGGGTTGCGG                               <  1:3784558/36‑1 (MQ=0)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               <  1:4647177/36‑1 (MQ=1)
        TACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGG                               <  1:4212182/36‑1 (MQ=1)
         ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                              >  1:1409268/1‑36 (MQ=1)
         ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                              >  1:5358454/1‑36 (MQ=1)
         ACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGC                              >  1:2011765/1‑36 (MQ=1)
           CACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCC                            >  1:3513277/1‑36 (MQ=1)
             CAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCG                          <  1:72552/36‑1 (MQ=1)
                atCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:7597946/34‑1 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       >  1:6794420/1‑36 (MQ=1)
                CCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTT                       <  1:498486/36‑1 (MQ=1)
                 CCTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTG                      <  1:4119728/36‑1 (MQ=1)
                  CTTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGC                     <  1:605835/36‑1 (MQ=1)
                   TTAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCA                    >  1:7783020/1‑36 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   <  1:4365296/36‑1 (MQ=1)
                    TAAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAA                   >  1:481770/1‑36 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                  <  1:1563108/36‑1 (MQ=1)
                     AAGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGAAAA                  >  1:3711554/1‑36 (MQ=0)
                     AAGGTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAA                  >  1:2357130/1‑36 (MQ=0)
                      AGTTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAA                 <  1:4002364/36‑1 (MQ=1)
                        TTAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATA               >  1:4282991/1‑36 (MQ=1)
                         TAGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAA              >  1:4806779/1‑36 (MQ=1)
                          atCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC             <  1:1616650/34‑1 (MQ=1)
                          AGCGCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAAC             <  1:3474530/36‑1 (MQ=1)
                             GCTTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCG          >  1:6764757/1‑36 (MQ=1)
                               TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC        >  1:4524361/1‑36 (MQ=1)
                               TTATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCC        >  1:5405410/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       >  1:460962/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       >  1:3571826/1‑36 (MQ=1)
                                TATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCT       <  1:6205484/36‑1 (MQ=1)
                                 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG      >  1:8252873/1‑36 (MQ=1)
                                 ATGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTG      >  1:3685538/1‑36 (MQ=1)
                                  TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG     >  1:4594175/1‑36 (MQ=1)
                                  TGGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGG     <  1:3420464/36‑1 (MQ=1)
                                                                         
AGGCGTAATACCACAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGG...................................  <  REL606/15423‑15386
...................................GGGTTGCGGCCCCGGTTGCAAAATAACGCGCCTGGAAC  <  REL606/4524527‑4524493

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG