Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,745,080 | 0 | A→T | 7.7% | 1.9 ‑10.4 0.0 | 91 | 216 | hycA | regulator of the transcriptional regulator FhlA |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/0): ref base (19/62): total (29/62) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.14e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATG > REL606/2745046‑2745115
|
ttGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTaa < 1:6267972/36‑1 (MQ=255)
tGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTaaa < 1:3176174/36‑1 (MQ=255)
tGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTaaa < 1:59368/36‑1 (MQ=255)
tGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTaaa < 1:49650/36‑1 (MQ=255)
tGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTaaa < 1:3337172/36‑1 (MQ=255)
gTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAg < 1:7127209/36‑1 (MQ=255)
gTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAg < 1:1301447/36‑1 (MQ=255)
gTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAg < 1:2068458/36‑1 (MQ=255)
gTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAg < 1:1644595/36‑1 (MQ=255)
tttCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGc < 1:6328193/36‑1 (MQ=255)
tttCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGc < 1:3396306/36‑1 (MQ=255)
tttCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGc < 1:5651397/36‑1 (MQ=255)
ttCGACGTAATACTCGATTGTGTGGCT.GTTAAAGcc < 1:2304709/36‑1 (MQ=255)
ttCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGcc < 1:4914291/36‑1 (MQ=255)
gACGTAATACTCGATGGTGTGGCTGGTTAAACcctt > 1:7526863/1‑34 (MQ=18)
gACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTTAAAACATc > 1:6419505/1‑36 (MQ=21)
gACGTAATACTCGATGGTGAGGCT.GTTAAAGCCATc < 1:190737/36‑1 (MQ=255)
aCGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTTAAGACaatc > 1:411106/1‑33 (MQ=21)
cGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCg < 1:8461874/36‑1 (MQ=255)
cGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCg < 1:1138507/36‑1 (MQ=255)
cGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCg < 1:6442100/36‑1 (MQ=255)
gTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTTAAAACATcccc > 1:1255317/1‑34 (MQ=18)
gTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGc < 1:1791145/36‑1 (MQ=255)
gTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGc < 1:3239568/36‑1 (MQ=255)
gTAATACTCGATGGTGTGGCT.GGTTAAGCCCTcccc > 1:2972392/1‑34 (MQ=18)
tAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTGAAACCCTcctca > 1:468642/1‑33 (MQ=16)
tAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTGAAAACATACGcc > 1:5201446/1‑36 (MQ=16)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GTTTAAAACATCCCccc > 1:1062858/1‑35 (MQ=16)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCa < 1:1391770/36‑1 (MQ=255)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCa < 1:6085015/36‑1 (MQ=255)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCa < 1:6280105/36‑1 (MQ=255)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GGTTAAACCCTCCCccc > 1:97773/1‑35 (MQ=9)
aaTACTCGATGGTGTGGCT.GGTTAAACCATCCCccc > 1:1159019/1‑35 (MQ=16)
tACTCGATGGTTTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:233328/36‑1 (MQ=255)
tACTCGATGGTGTGGGT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:1542380/36‑1 (MQ=255)
tACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:72103/36‑1 (MQ=255)
tACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:3917115/36‑1 (MQ=255)
tACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:1627225/36‑1 (MQ=255)
tACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAgg < 1:5074211/36‑1 (MQ=255)
aCTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAggg < 1:3258400/36‑1 (MQ=255)
aCTCGATGGTGTGGCT.GGTTAATACATCCGCCCggg > 1:6812140/1‑36 (MQ=12)
cTCTATGTTTTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGt < 1:4751498/36‑1 (MQ=25)
cTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGt < 1:1572531/36‑1 (MQ=255)
cTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGt < 1:657183/36‑1 (MQ=255)
atCGATGGTGTGGCT.GGTAAATACCTCCGCCCgggg > 1:7634882/2‑35 (MQ=9)
tCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTg < 1:7798883/36‑1 (MQ=255)
tCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTg < 1:1740123/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCCGGGTGAc < 1:4828646/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGAc < 1:908688/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGAc < 1:3478329/36‑1 (MQ=255)
gATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGAc < 1:2726303/36‑1 (MQ=255)
aTGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACg < 1:4115029/36‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCT.GTTAAAGCCCTCCGCCAGGGTGACGt < 1:6387299/36‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGt < 1:3887893/36‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGt < 1:3384256/36‑1 (MQ=255)
ggTGTGGCT.ATTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTa < 1:5395946/36‑1 (MQ=255)
gtgtGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaa > 1:1355354/1‑36 (MQ=255)
gtgtGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaa > 1:3787264/1‑36 (MQ=255)
gtgtGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaa < 1:3569748/36‑1 (MQ=255)
gtgtGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaa < 1:552460/36‑1 (MQ=255)
tgtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaaa < 1:1038093/36‑1 (MQ=255)
tgtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTaaa < 1:6863228/36‑1 (MQ=255)
gtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCGTGGTGACTTAAAt < 1:3043851/36‑1 (MQ=25)
gtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAAt < 1:8242288/36‑1 (MQ=255)
gtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAAt < 1:2115884/36‑1 (MQ=255)
gtgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAAt < 1:3292257/36‑1 (MQ=255)
tgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATg < 1:4186330/36‑1 (MQ=255)
tgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATg > 1:8306874/1‑36 (MQ=255)
tgGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATg < 1:2905005/36‑1 (MQ=255)
ggCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGc > 1:3958834/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGc > 1:2883324/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGc > 1:5379921/1‑36 (MQ=255)
ggCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGc < 1:6227766/36‑1 (MQ=255)
gCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCg < 1:5498402/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGa < 1:1537468/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGa > 1:7233289/1‑36 (MQ=255)
cT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGa < 1:7220589/36‑1 (MQ=255)
cT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGa > 1:3006334/1‑36 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa < 1:3014390/36‑1 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa < 1:1207486/36‑1 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa < 1:2333974/36‑1 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa > 1:5591529/1‑36 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa > 1:8060257/1‑36 (MQ=255)
t.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaa < 1:7535811/36‑1 (MQ=255)
gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaa > 1:3926121/1‑36 (MQ=255)
gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaa > 1:518143/1‑36 (MQ=255)
gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaa > 1:5794959/1‑36 (MQ=255)
gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaa < 1:6687737/36‑1 (MQ=255)
gTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaa < 1:2407654/36‑1 (MQ=255)
ttAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaaa > 1:1647034/1‑36 (MQ=255)
ttAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaaa > 1:7544166/1‑36 (MQ=255)
ttAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaaa < 1:6343463/36‑1 (MQ=255)
ttAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaaa > 1:6948929/1‑36 (MQ=255)
ttAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGaaaa < 1:4184479/36‑1 (MQ=255)
tAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAAt < 1:7242758/36‑1 (MQ=255)
tAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAAt > 1:1556717/1‑36 (MQ=255)
aaaGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATg < 1:3226155/36‑1 (MQ=255)
aaaGCCATCCGCCAGGGTGACGGAAATGCGAAAATg > 1:2004442/1‑36 (MQ=255)
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TTGTTTCGACGTAATACTCGATGGTGTGGCT.GTTAAAGCCATCCGCCAGGGTGACGTAAATGCGAAAATG > REL606/2745046‑2745115
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|