Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 481,523 A→T 10.5% D675E (GAT→GAA copA ← copper transporter

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL606481,5230A→T10.5% 2.1 ‑3.4 ‑0.0382025copAcopper transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (4/0):  ref base (13/21):  total (17/21)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.22e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.94e-01

CTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTT  >  REL606/481489‑481558
                                   |                                   
cttctgTGGCGATCGCATTGCCGGTGGTTGGG.TTAt                                    <  1:2975153/36‑1 (MQ=37)
  tcttTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATcc                                  <  1:2331512/36‑1 (MQ=255)
  tcttTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATcc                                  <  1:4601119/36‑1 (MQ=255)
   cttTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATccc                                 <  1:1626683/36‑1 (MQ=255)
    tttGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATcccc                                <  1:5268758/36‑1 (MQ=255)
    tttGGCGATCGCATTGGCGGTGGGTGGG.TTTTtccc                                >  1:6515765/1‑36 (MQ=25)
     ttGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCg                               <  1:3566530/36‑1 (MQ=255)
      tGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCgg                              <  1:3975126/36‑1 (MQ=255)
       ggCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGt                             <  1:5812198/36‑1 (MQ=255)
       ggCGATCGCATTGGCGGGGGGTGGGTTTTTCCCCgg                              >  1:5763557/1‑36 (MQ=16)
        gCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTc                            <  1:684119/36‑1 (MQ=255)
          gATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCaa                          <  1:3405112/36‑1 (MQ=255)
           aTCGCATTGGCGGCTGGTGTG.TTTTTCCCCGTCaaa                         >  1:812503/1‑35 (MQ=2)
             cGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACAt                       <  1:7641613/36‑1 (MQ=255)
              gCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATc                      <  1:4185104/36‑1 (MQ=255)
              gCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATc                      <  1:3053548/36‑1 (MQ=255)
              gCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATc                      <  1:6659152/36‑1 (MQ=255)
              gCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCACCGGTCAACATc                      <  1:7734783/36‑1 (MQ=255)
               cATTGGCGGTGGTTTGG.TTTTTCCCCGTTTACATcc                     >  1:5058496/1‑35 (MQ=9)
                    gCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGa                <  1:2748132/36‑1 (MQ=255)
                      ggtggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACg              <  1:7606319/36‑1 (MQ=255)
                      ggtggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACg              >  1:5744454/1‑36 (MQ=255)
                      ggtggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACg              >  1:6236227/1‑36 (MQ=255)
                      ggtggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACg              >  1:6497275/1‑36 (MQ=255)
                         ggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGata           >  1:7816027/1‑36 (MQ=255)
                         ggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGata           >  1:1694345/1‑36 (MQ=255)
                         ggtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGata           <  1:576953/36‑1 (MQ=255)
                          gtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGatat          >  1:7285966/1‑36 (MQ=255)
                          gtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGatat          >  1:7814041/1‑36 (MQ=255)
                          gtTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGatat          >  1:5104535/1‑36 (MQ=255)
                           ttGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATc         >  1:4962597/1‑36 (MQ=255)
                           ttGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATc         >  1:2529368/1‑36 (MQ=255)
                            tGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATcc        >  1:4364975/1‑36 (MQ=255)
                            tGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATcc        >  1:3644539/1‑36 (MQ=255)
                              gg.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCg      >  1:2337254/1‑36 (MQ=255)
                               g.TTATCCCCGGTCAACAGCACCAGACGATATCCCGc     <  1:1231912/36‑1 (MQ=255)
                                 ttATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCt    <  1:6809552/36‑1 (MQ=255)
                                  tATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCtt   <  1:5477197/36‑1 (MQ=255)
                                   aTCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCttt  >  1:6947945/1‑36 (MQ=255)
                                   aTCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCttt  >  1:893365/1‑36 (MQ=255)
                                   |                                   
CTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGG.TTATCCCCGGTCAACATCACCAGACGATATCCCGCTTT  >  REL606/481489‑481558

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG