Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 15,389 | 0 | A→C | 5.3% | 1.3 ‑6.6 0.0 | 131 | intergenic (+93/‑54) | dnaJ/insL‑1 | chaperone Hsp40, co‑chaperone with DnaK/IS186 hypothetical protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (10/0): ref base (55/65): total (66/65) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.34e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATGCGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > REL606/15354‑15423
|
ccaggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCa > 1:4594175‑M1/33‑36 (MQ=255)
ccaggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCa < 1:3420464‑M1/4‑1 (MQ=255)
tGCGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCAt < 1:5016016/36‑1 (MQ=255)
caggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCAt > 1:3685538‑M1/32‑36 (MQ=255)
gCGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGGTCACGCCCCTa > 1:201404/1‑36 (MQ=25)
aggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCATa < 1:6205484‑M1/6‑1 (MQ=255)
aggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCATa > 1:460962‑M1/31‑36 (MQ=255)
aggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCATa > 1:3571826‑M1/31‑36 (MQ=255)
ggcgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCATaa > 1:5405410‑M1/30‑36 (MQ=255)
cGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTaa > 1:6625362/1‑36 (MQ=37)
cGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATaa < 1:1211579/36‑1 (MQ=255)
gAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAg > 1:4448177/1‑36 (MQ=37)
gAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg < 1:7876528/36‑1 (MQ=255)
gAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAg < 1:3767140/36‑1 (MQ=255)
gAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCACAAg > 1:6678525/1‑36 (MQ=255)
cgcgttattttgcaaccggggccgcaaCCCATAAgc > 1:6764757‑M1/28‑36 (MQ=255)
aGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAgc < 1:2646543/36‑1 (MQ=255)
cACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAgcgc < 1:3505873/36‑1 (MQ=255)
gttattttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCt < 1:3474530‑M1/12‑1 (MQ=255)
aCCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCTAAGCGCt > 1:6642108/1‑36 (MQ=255)
ttattttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTa > 1:4806779‑M1/24‑36 (MQ=255)
tattttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTaa > 1:4282991‑M1/23‑36 (MQ=255)
cTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTaa < 1:4796802/36‑1 (MQ=255)
tGAAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAACGCTAAc > 1:7288992/1‑36 (MQ=37)
tGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAAc < 1:7669167/36‑1 (MQ=255)
ttttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACt < 1:4002364‑M1/16‑1 (MQ=255)
gAAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAGCGCTAACt > 1:6405546/1‑36 (MQ=21)
gAAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCATAAGCGCTAACt > 1:278124/1‑36 (MQ=255)
tttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTACCtt > 1:2357130‑M1/20‑36 (MQ=255)
tttgcaaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACtt < 1:1563108‑M1/17‑1 (MQ=255)
aaaaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACtt < 1:4062296/36‑1 (MQ=255)
aaaGTGGCGGGGGTCACTCCCCCAAGCGCTTACTTa > 1:2611131/1‑36 (MQ=255)
aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTaa < 1:5316996/36‑1 (MQ=255)
aGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:2411029/36‑1 (MQ=255)
aGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:5327863/36‑1 (MQ=255)
caaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAgg < 1:4119728‑M1/21‑1 (MQ=255)
tgtcGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:477768/33‑1 (MQ=255)
tGGCGGGGATCACGCCCATAAGCGCTAACTTAAggg > 1:2409040/1‑36 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTaagat < 1:7597946‑M1/22‑3 (MQ=255)
aaccggggccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 1:498486‑M1/22‑1 (MQ=255)
ggCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt > 1:689926/1‑36 (MQ=40)
ggCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGt > 1:8356848/1‑36 (MQ=40)
gCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt < 1:7242929/36‑1 (MQ=38)
gCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt < 1:5356032/36‑1 (MQ=38)
acGGGGATCACTCCCATCAGCTCTACCTTACGGGtt < 1:6134512/35‑1 (MQ=12)
cGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg > 1:6185948/1‑36 (MQ=38)
cGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg > 1:1556715/1‑36 (MQ=38)
ggggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt < 1:6041742/36‑1 (MQ=40)
gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg > 1:4570486/1‑36 (MQ=255)
ggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg > 1:3789823/1‑36 (MQ=255)
ggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:5924076/36‑1 (MQ=255)
gccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt > 1:1409268‑M1/8‑36 (MQ=255)
gccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt > 1:5358454‑M1/8‑36 (MQ=255)
gccgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt > 1:2011765‑M1/8‑36 (MQ=255)
gATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGt < 1:2358895/36‑1 (MQ=255)
ccgcaaCCCATAAGCGATAACTTAAGGGTTGTGGTa < 1:3784558‑M1/30‑1 (MQ=255)
tCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:1660806/36‑1 (MQ=40)
cgcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:6013391‑M1/6‑36 (MQ=255)
gcaaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:4523484‑M1/5‑36 (MQ=255)
cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:6484789/1‑36 (MQ=38)
cACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt < 1:4832122/36‑1 (MQ=38)
caaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa < 1:2407216‑M1/33‑1 (MQ=255)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa < 1:6104892/36‑1 (MQ=35)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:8433688/1‑36 (MQ=35)
aCTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:2724458/1‑36 (MQ=35)
cTCCCATAAGCGCTATCTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:4365205/36‑1 (MQ=12)
aaCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:5612767‑M1/34‑1 (MQ=255)
CCCCTAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:6583476‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTACGGGTTGTGGTATTACGc < 1:6359272‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:8136677‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:633820‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:7711983‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:61716‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:5583079‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:1119738‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:1191941‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:5131973‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:448494‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:4199073‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:2450045‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAGCTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:8197177‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:858535‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:1373338‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:1788001‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:1870587‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:214293‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:7431940‑M1/1‑36 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:3902122‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:4266723‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:55475‑M1/36‑1 (MQ=255)
CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc > 1:5730681‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:3098586‑M1/36‑1 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:6901494‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:7315849‑M1/36‑1 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:3564982‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:409736‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:6640872‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:1728269‑M1/36‑1 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:497745‑M1/1‑36 (MQ=255)
CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:5156766‑M1/36‑1 (MQ=255)
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ATGCGAGCACCTGAAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > REL606/15354‑15423
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|