Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 862,067 | 0 | A→G | 10.3% | 2.1 ‑10.6 0.0 | 69 | 48 | yliB | predicted peptide transporter subunit: periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (8/0): ref base (13/48): total (21/48) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.43e-05 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
GCATTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACGCA > REL606/862032‑862100
|
gCATTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGa < 1:7268965/36‑1 (MQ=255)
gCATTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGa < 1:6487862/36‑1 (MQ=255)
gCATTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGa < 1:4509880/36‑1 (MQ=255)
aTTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATc < 1:6087769/36‑1 (MQ=255)
ttCGCTGCCAAAGCTGTGGTGGTGGCGGTAGGAttg > 1:3208910/1‑34 (MQ=37)
ttCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCg < 1:1881298/36‑1 (MQ=255)
gcGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGa < 1:2627908/35‑1 (MQ=255)
cGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGGTTGaa > 1:1735996/1‑36 (MQ=37)
cGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGaa < 1:3609800/36‑1 (MQ=255)
cGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGaa < 1:265802/36‑1 (MQ=255)
cTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAAtt < 1:6067580/36‑1 (MQ=255)
cTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAAtt < 1:5983112/36‑1 (MQ=255)
gCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTACGATGGAAtttt > 1:7404874/1‑35 (MQ=37)
gCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGGATGGTCGGAtttt > 1:3289874/1‑35 (MQ=16)
gCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGGAGGGTCGCAtttt > 1:2510744/1‑35 (MQ=21)
ccAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTca < 1:3911097/36‑1 (MQ=255)
ccAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTca < 1:5708584/36‑1 (MQ=255)
ccAAAGATGTGGTGGTGGCGGGAGGGTCGGAttttt > 1:2538585/1‑34 (MQ=21)
aaaGATGTGGTGGTGGCGGTTAGATCCGATTTtacc > 1:1045195/1‑36 (MQ=12)
aaaGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcacc < 1:6705396/36‑1 (MQ=255)
aaaGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcacc < 1:2080831/36‑1 (MQ=255)
aaaGATGTGGTGGTGGCGGGAGGGTCGGATTTtacc > 1:4529361/1‑36 (MQ=16)
aaGATGTGGTGGTGGCGGGAGGGTCGAATTTtaccc > 1:4775176/1‑35 (MQ=21)
aGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcaccac < 1:5595639/36‑1 (MQ=255)
aGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcaccac < 1:3564783/36‑1 (MQ=255)
aGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcaccac < 1:4358570/36‑1 (MQ=255)
aGAGGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTcaccac < 1:247276/36‑1 (MQ=255)
gATGTGGTGGTGGCGGGAGGATCGAATTTTACCCCg > 1:3899499/1‑36 (MQ=25)
aTGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGc < 1:722197/36‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCt < 1:7150538/36‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCt < 1:1636403/36‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCt < 1:4209568/36‑1 (MQ=255)
gtggtggtgGCGGTAGGGTCGAATTTTACCCCCCTc > 1:2870204/1‑36 (MQ=16)
gtggtggtgGCGGTAGGGTATTATTTTAACACGCTc > 1:6937413/1‑36 (MQ=9)
gtggtggtgGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTc < 1:2141534/36‑1 (MQ=255)
gtggtggtgGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTc < 1:2940537/36‑1 (MQ=255)
tggtggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCg < 1:7280928/36‑1 (MQ=255)
tggtggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCg < 1:3600841/36‑1 (MQ=255)
ggtggtggCGGTAGGATCTAAATTTACCACGCTcca > 1:6629835/1‑34 (MQ=25)
gtggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGAt < 1:6530538/36‑1 (MQ=255)
gtggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGAt < 1:3746750/36‑1 (MQ=255)
gtggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGAt < 1:1469490/36‑1 (MQ=255)
tggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATc < 1:7236244/36‑1 (MQ=255)
ggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATcc < 1:4388983/36‑1 (MQ=255)
ggtggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATcc < 1:6400987/36‑1 (MQ=255)
ggtggCGGTAGGANCGAATNTCACCACGCTCGATcc > 1:2661640/1‑36 (MQ=39)
gtggCGGTAGGAACTAATTTCACCACGCTCGATCCg < 1:3535897/36‑1 (MQ=38)
tggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGt < 1:3117744/36‑1 (MQ=255)
tggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGt < 1:5886415/36‑1 (MQ=255)
tggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGt < 1:5647503/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTa > 1:7467212/1‑36 (MQ=255)
ggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTa < 1:1448094/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTa < 1:2015439/36‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGATCGAATTTCACCATGCTCGATCCGTAt < 1:3189357/36‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTAt > 1:7098942/1‑36 (MQ=255)
gCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTAt < 1:3962135/36‑1 (MQ=255)
gCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTAt < 1:4059435/36‑1 (MQ=255)
cGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATg < 1:252566/36‑1 (MQ=255)
cGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATg > 1:4249977/1‑36 (MQ=255)
ggTAGGATCGAATTTCACCGCGCTCGATCCGTATGa < 1:530551/36‑1 (MQ=255)
ggTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGa > 1:3043925/1‑36 (MQ=255)
ggTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGa < 1:2764306/36‑1 (MQ=255)
ggTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGa > 1:4795789/1‑36 (MQ=255)
ggTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGa > 1:1863792/1‑36 (MQ=255)
gTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGAc < 1:4708689/36‑1 (MQ=255)
tAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACg < 1:6437956/36‑1 (MQ=255)
tAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACg < 1:4179440/36‑1 (MQ=255)
tAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACg < 1:3380001/36‑1 (MQ=255)
tAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACg < 1:610407/36‑1 (MQ=255)
aGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACGc > 1:2773523/1‑36 (MQ=255)
ggATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACGCa < 1:3848367/36‑1 (MQ=255)
ggATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACGCa < 1:6104519/36‑1 (MQ=255)
|
GCATTCGCTGCCAAAGATGTGGTGGTGGCGGTAGGATCGAATTTCACCACGCTCGATCCGTATGACGCA > REL606/862032‑862100
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 8 ≤
ATCG
< 21 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|