Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 4,486,160 G→T 18.4% G71C (GGT→TGT)  yjhB → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6064,486,1600G→T18.4% 4.4 ‑3.8 ‑0.047211yjhBpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (8/1):  ref base (16/22):  total (24/23)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.26e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.60e-01

CCTTCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATG  >  REL606/4486125‑4486195
                                   |                                   
ccTTCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTg                                     <  1:5079184/36‑1 (MQ=255)
 cTTCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTgg                                    <  1:3716515/36‑1 (MQ=255)
  ttCATAGCCATAGGTATTGGGGGTGTTTTTTTTGGt                                   <  1:4453330/36‑1 (MQ=16)
   tCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTg                                  <  1:2397476/36‑1 (MQ=255)
   tCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTg                                  <  1:5870810/36‑1 (MQ=255)
    cATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGc                                 <  1:5425866/36‑1 (MQ=255)
     aTAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTTTTGcc                                >  1:4996608/1‑36 (MQ=37)
     aTAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTTTTGcc                                >  1:80737/1‑36 (MQ=37)
     aTAGCCAGACCTATTGGAGGTGGGTTTTTTGGTGcc                                >  1:1705445/1‑36 (MQ=255)
      tAGCCAGCCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCa                               <  1:1235656/36‑1 (MQ=255)
       aGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTTGTGCCAt                              >  1:3804654/1‑36 (MQ=255)
        gCCAGGCCTATTGGCGGTGGTTTTTTTTTTGCCAtt                             <  1:5422500/36‑2 (MQ=12)
        gCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATg                             <  1:3463915/36‑1 (MQ=255)
         ccAGACCTATTGGTGGTGGTTTTTTTTTTTCCATgg                            >  1:1065928/1‑36 (MQ=16)
         ccAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATgg                            <  1:1426951/36‑1 (MQ=255)
          cAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGc                           <  1:3229196/36‑1 (MQ=255)
          cAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGc                           <  1:983535/36‑1 (MQ=255)
           aGACCTATTGGCGGTGGGTTTTTTTGTTCCATGGCt                          >  1:4657149/1‑36 (MQ=19)
            gACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTTTTTCCATGGCTg                         >  1:2366527/1‑36 (MQ=25)
            gACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTg                         <  1:5944976/36‑1 (MQ=255)
             aCCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGa                        >  1:4999555/1‑36 (MQ=255)
              ccTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGAt                       <  1:3934869/36‑1 (MQ=255)
                 aTTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATaaa                    <  1:884015/36‑1 (MQ=255)
                   tGGAGGTGGGTTTTTTGTTGCCATGGCTGATAAata                  >  1:1175999/1‑36 (MQ=37)
                   tGGAGGTGGGTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAata                  <  1:3846378/36‑1 (MQ=255)
                    ggAGGTGGTTTTTTTTTTGCCATGGCTGATAAatat                 >  1:2563952/1‑36 (MQ=37)
                    ggAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAatat                 >  1:2834840/1‑36 (MQ=255)
                    ggAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAatat                 >  1:1800477/1‑36 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGTCTGATAAATATg                >  1:3639314/1‑36 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATg                <  1:3530858/36‑1 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATg                >  1:667073/1‑36 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATg                <  1:530809/36‑1 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATg                >  1:2236404/1‑36 (MQ=255)
                     gAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATg                <  1:876522/36‑1 (MQ=255)
                      aGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATgg               >  1:1714456/1‑36 (MQ=255)
                      aGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATgg               >  1:4238091/1‑36 (MQ=255)
                       ggtggtTTTTTTTGTGCCATGGCTGATAAATATGGt              >  1:3221830/1‑36 (MQ=255)
                       ggtggtTTTTTTGGGGCCATGGCTGATAAATATGGt              >  1:3978988/1‑36 (MQ=255)
                        gtggtTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTc             <  1:5587639/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTc             <  1:3851786/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTc             <  1:324376/36‑1 (MQ=255)
                        gtggtTTTTTTGGTGACATGGCTGATAAATATGGTc             >  1:4751924/1‑36 (MQ=255)
                            tttttttGGTGCCCTTGCTGATAAATATGGTCTTaa         <  1:4555048/36‑1 (MQ=21)
                              tttttGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGc       <  1:5329568/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGGTGCCATGTCTGATAAATATGGTCGTAAGCCaa    <  1:105459/36‑1 (MQ=255)
                                 ttGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCaa    >  1:4892342/1‑36 (MQ=255)
                                 ttGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCaa    >  1:2151416/1‑36 (MQ=255)
                                  tGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAat   >  1:3962823/1‑36 (MQ=255)
                                  tGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAat   >  1:804632/1‑36 (MQ=255)
                                   ggTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAatg  >  1:4698762/1‑36 (MQ=255)
                                   ggTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAatg  >  1:2832292/1‑36 (MQ=255)
                                   ggTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAatg  >  1:2695909/1‑36 (MQ=255)
                                   ggTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAatg  <  1:1663000/36‑1 (MQ=255)
                                   |                                   
CCTTCATAGCCAGACCTATTGGAGGTGGTTTTTTTGGTGCCATGGCTGATAAATATGGTCGTAAGCCAATG  >  REL606/4486125‑4486195

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 8 ≤  ATCG  < 18 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG