Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,292,478 | 0 | A→. | 2.6% | 1.6 ‑0.7 ‑0.1 | 77 | coding (2612/4554 nt) | gltB | glutamate synthase, large subunit |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/2): ref base (38/37): total (38/39) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.94e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.56e-01 |
CACGCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCAA > REL606/3292443‑3292513
|
cACGCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGa > 1:3797025/1‑36 (MQ=255)
aCGCGGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGaa > 1:4836270/1‑36 (MQ=255)
cGCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGaaa < 1:4971148/36‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGaaaa < 1:7060209/36‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGaaaa > 1:7429249/1‑36 (MQ=255)
cTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAAc > 1:2760866/1‑36 (MQ=255)
gcgcGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAATcgc > 1:4030874/1‑36 (MQ=255)
gcgcGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAAcgc > 1:919838/1‑36 (MQ=255)
gcgATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCgg > 1:4016435/1‑36 (MQ=255)
gcgATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCgg < 1:7923255/36‑1 (MQ=255)
cggtCTGATGGTAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGt < 1:2310525/33‑1 (MQ=25)
cgATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTG.AAACGCGGTc < 1:646302/36‑1 (MQ=38)
cgATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTG.AAACGCGGTc < 1:619931/36‑1 (MQ=38)
gATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTc > 1:3047977/1‑36 (MQ=255)
gATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTc > 1:2399319/1‑36 (MQ=255)
gATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTc > 1:2245818/1‑36 (MQ=255)
gATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTc < 1:6332754/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:7463818/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:5686497/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:7223803/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:720585/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:3963736/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa < 1:6690880/36‑1 (MQ=255)
aTCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCa > 1:2936535/1‑36 (MQ=255)
tCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCaa < 1:1948364/36‑1 (MQ=255)
tCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCaa < 1:7475427/36‑1 (MQ=255)
tCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCaa > 1:555178/1‑36 (MQ=255)
tCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCaa < 1:2916616/36‑1 (MQ=255)
tCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCaa < 1:3220582/36‑1 (MQ=255)
tgctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACa < 1:3472343/36‑1 (MQ=255)
tgctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACa > 1:7599709/1‑36 (MQ=255)
tgctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACa < 1:266193/36‑1 (MQ=255)
tgctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACa < 1:955004/36‑1 (MQ=255)
gctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAt > 1:3440170/1‑36 (MQ=255)
gctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAt > 1:7203049/1‑36 (MQ=255)
gctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAt > 1:1373674/1‑36 (MQ=255)
gctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAt > 1:5748196/1‑36 (MQ=255)
ctgGTAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAtt < 1:4742207/36‑1 (MQ=255)
ctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAtt > 1:720576/1‑36 (MQ=255)
ctgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACAtt > 1:1491114/1‑36 (MQ=255)
tgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTg > 1:1804955/1‑36 (MQ=255)
tgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTg > 1:6988801/1‑36 (MQ=255)
tgGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTg > 1:7689182/1‑36 (MQ=255)
ggCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGc < 1:7587748/36‑1 (MQ=255)
ggCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGc < 1:1539862/36‑1 (MQ=255)
ggCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGc > 1:7282271/1‑36 (MQ=255)
gCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCt > 1:2412130/1‑36 (MQ=255)
cAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTg > 1:3965029/1‑36 (MQ=255)
cAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTg < 1:2433356/36‑1 (MQ=255)
aaTTACGCCGGGTGAAAACGCGGGCAACATTGCTGa > 1:1196853/1‑36 (MQ=255)
aTTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGAt < 1:4087377/36‑1 (MQ=255)
ttACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATg < 1:2916542/36‑1 (MQ=255)
ttACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATg > 1:1250603/1‑36 (MQ=255)
tACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGt < 1:3110441/36‑1 (MQ=255)
tACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGt > 1:6678402/1‑36 (MQ=255)
actccGGGTGAAAACGCTGTCAACATTGCTGATGtt < 1:3268524/33‑1 (MQ=37)
aagCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGtt < 1:5568215/34‑1 (MQ=255)
aCGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGtt < 1:2457879/36‑1 (MQ=255)
aCGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGtt < 1:4740002/36‑1 (MQ=255)
aCGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGtt > 1:7352291/1‑36 (MQ=255)
aCGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGtt < 1:1054602/36‑1 (MQ=255)
cGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTg > 1:655975/1‑36 (MQ=255)
cGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTg > 1:504576/1‑36 (MQ=255)
gCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGa < 1:5778116/36‑1 (MQ=255)
gCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGa > 1:7676143/1‑36 (MQ=255)
ccGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGaa > 1:5545743/1‑36 (MQ=255)
cGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAc < 1:6009127/36‑1 (MQ=255)
cGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAc > 1:5794450/1‑36 (MQ=255)
cGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAc > 1:7241189/1‑36 (MQ=255)
cGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAc < 1:7321319/36‑1 (MQ=255)
cGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAc > 1:3639653/1‑36 (MQ=255)
gggTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAcc > 1:1226424/1‑36 (MQ=255)
gggTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAcc < 1:2103207/36‑1 (MQ=255)
gggTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAcc > 1:4930064/1‑36 (MQ=255)
gggTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAcc < 1:549654/36‑1 (MQ=255)
gggTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAAcc < 1:6659139/36‑1 (MQ=255)
gTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCgg < 1:5535148/36‑1 (MQ=255)
gTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCgg > 1:310478/1‑36 (MQ=255)
tGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGc > 1:937382/1‑36 (MQ=255)
gAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCa > 1:7425545/1‑36 (MQ=255)
gAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCa < 1:5947371/36‑1 (MQ=255)
gAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCa < 1:1028506/36‑1 (MQ=255)
aaaaCGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCaa < 1:7466961/36‑1 (MQ=255)
aaaaCGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCaa > 1:3907266/1‑36 (MQ=255)
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CACGCTGCGCGATCTGCTGGCAATTACGCCGGGTGAAAACGCGGTCAACATTGCTGATGTTGAACCGGCAA > REL606/3292443‑3292513
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 16 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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