New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? REL606 546191 =53 (0.940)3 (0.050) 3/64 NT 5.4% coding (346/384 nt) ybcQ predicted antitermination protein
?REL606 4521571 = NA (NA)noncoding (768/768 nt) IS1 repeat region

GCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACT  >  REL606/546156‑546221
                                   |                              
gCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATcc                                >  1:1086407/1‑36 (MQ=255)
gCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATcc                                >  1:7344665/1‑36 (MQ=255)
 cataaaacactatcaataagttggagtcattaccCg                               <  1:4634209‑M1/2‑1 (MQ=255)
 cATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCg                               >  1:4470598/1‑36 (MQ=255)
   tAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGt                             <  1:5775375/36‑1 (MQ=255)
   tAATTGAAGGGATGTAAATGGCATTAGATATCCGGt                             <  1:6546215/36‑1 (MQ=255)
    aaTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGtt                            >  1:4265831/1‑36 (MQ=255)
     aTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTa                           >  1:2522747/1‑36 (MQ=255)
     aTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTa                           >  1:7321125/1‑36 (MQ=255)
     aTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTa                           <  1:5828120/36‑1 (MQ=255)
     aTTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTa                           <  1:2571851/36‑1 (MQ=255)
      ttGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTag                          <  1:5512153/36‑1 (MQ=255)
      ttGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTag                          >  1:2552182/1‑36 (MQ=255)
      ttGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTag                          >  1:7630326/1‑36 (MQ=255)
      ttGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTag                          >  1:7364216/1‑36 (MQ=255)
       tGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTaga                         >  1:8199385/1‑36 (MQ=255)
       acactatcaataagttggagtcattaccCGGTTaga                         >  1:2705187‑M1/29‑36 (MQ=255)
        gAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTagag                        >  1:2109063/1‑36 (MQ=255)
          aGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGAt                      >  1:1923244/1‑36 (MQ=255)
           gggATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATg                     <  1:628069/36‑1 (MQ=255)
           gggATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATg                     <  1:5334917/36‑1 (MQ=255)
           gggATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATg                     <  1:5194311/36‑1 (MQ=255)
            ggATGTTAATGGCATTCGATATCCGGTTAGAGATgg                    <  1:5684017/36‑1 (MQ=255)
            atcaataagttggagtcattaccCGGTTAGAGATgg                    <  1:7733131‑M1/13‑1 (MQ=255)
             gaagTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGa                   <  1:5249596/33‑1 (MQ=255)
             gATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGa                   <  1:7199814/36‑1 (MQ=255)
             gATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGa                   <  1:7444858/36‑1 (MQ=255)
              aTGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGat                  <  1:7243188/36‑1 (MQ=255)
               tGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGata                 <  1:7878176/36‑1 (MQ=255)
               tGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGata                 >  1:5060544/1‑36 (MQ=255)
               tGTTAAGGGCATTAGATATCCGGTTTGAGATGGata                 >  1:1311451/1‑36 (MQ=38)
                 ttAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATc               <  1:4141692/36‑1 (MQ=255)
                 ttAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATc               >  1:6346489/1‑36 (MQ=255)
                  tAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCg              >  1:1388722/1‑36 (MQ=255)
                   aaTGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgt             <  1:3455242/36‑1 (MQ=255)
                   aaTGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgt             >  1:6053324/1‑36 (MQ=255)
                    gttggagtcattaccCGGTTAGAGATGGATATCgtt            >  1:5089755‑M1/16‑36 (MQ=255)
                    aTGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgtt            <  1:2531265/36‑1 (MQ=255)
                    aTGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgtt            <  1:8150923/36‑1 (MQ=255)
                     tGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttg           <  1:6772970/36‑1 (MQ=255)
                     tGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttg           <  1:5240316/36‑1 (MQ=255)
                      ggCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCgttgt          <  1:6300129/36‑1 (MQ=255)
                        cATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTta        <  1:4527658/36‑1 (MQ=255)
                        cATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTta        >  1:2809414/1‑36 (MQ=255)
                         aTTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaa       <  1:6693587/36‑1 (MQ=255)
                          ttAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat      <  1:5274443/36‑1 (MQ=255)
                          ttAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat      <  1:1237079/36‑1 (MQ=255)
                          ttAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaat      >  1:959406/1‑36 (MQ=255)
                           tAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaata     <  1:4086787/36‑1 (MQ=255)
                           tAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaata     <  1:5397644/36‑1 (MQ=255)
                           tAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaata     <  1:4853996/36‑1 (MQ=255)
                           tAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaata     <  1:4706428/36‑1 (MQ=255)
                            aGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaataa    <  1:3240281/36‑1 (MQ=255)
                            aGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaataa    >  1:3377996/1‑36 (MQ=255)
                            aGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTtaataa    >  1:7822956/1‑36 (MQ=255)
                             gATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAc   <  1:6759860/36‑1 (MQ=255)
                             gATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAc   <  1:2024880/36‑1 (MQ=255)
                             gATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAc   <  1:6399910/36‑1 (MQ=255)
                              atatCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAct  <  1:5863672/36‑1 (MQ=255)
                              atatCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAAct  <  1:8408717/36‑1 (MQ=255)
                                   |                              
GCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACT  >  REL606/546156‑546221

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG