Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,415,713 | 0 | T→. | 4.8% | 4.6 ‑1.4 ‑0.4 | 62 | coding (851/1413 nt) | cycA | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/3): ref base (27/32): total (27/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.50e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.89e-01 |
GTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGCCG > REL606/4415678‑4415748
|
tataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgt < 1:1513527‑M2/4‑1 (MQ=255)
gTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgt > 1:2962426/1‑36 (MQ=255)
gTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgt < 1:2219169/36‑1 (MQ=255)
gTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgt > 1:5745378/1‑36 (MQ=255)
gTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgt < 1:74117/36‑1 (MQ=255)
gTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgt < 1:972411/36‑1 (MQ=255)
ataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgtt < 1:7566017‑M2/5‑1 (MQ=255)
ataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgtt < 1:5513434‑M2/5‑1 (MQ=255)
ataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgtt > 1:3668716‑M2/32‑36 (MQ=255)
ataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgtt > 1:5155005‑M2/32‑36 (MQ=255)
ataaaccgtccaacattatggggtcagttcattgtt > 1:10284‑M2/32‑36 (MQ=255)
gAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgtgaa > 1:2953906/1‑33 (MQ=255)
gAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTttgtgaa > 1:687556/1‑33 (MQ=255)
aaaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGa < 1:6583454‑M2/7‑1 (MQ=255)
aaaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGa < 1:6435919‑M2/7‑1 (MQ=255)
aaaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGa < 1:2187432‑M2/7‑1 (MQ=255)
aaaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGa > 1:7324920‑M2/30‑36 (MQ=255)
aaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGaa > 1:3262614‑M2/29‑36 (MQ=255)
aaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGaa < 1:1955429‑M2/8‑1 (MQ=255)
aaccgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGaa > 1:1503796‑M2/29‑36 (MQ=255)
accgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAAc > 1:3017148‑M2/28‑36 (MQ=255)
ttCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACt < 1:899894/36‑1 (MQ=255)
tCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTG.TGAACTgc < 1:2251279/36‑2 (MQ=37)
tCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTG.TGAACTgc < 1:5681569/36‑2 (MQ=37)
cgtccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTg > 1:5221065‑M2/26‑36 (MQ=255)
cGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGt < 1:5488340/36‑1 (MQ=255)
cGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTG.TGAACTgca < 1:6900436/36‑3 (MQ=37)
tccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGtt < 1:2725900‑M2/13‑1 (MQ=255)
ccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAATTGTTc > 1:7378758‑M2/23‑36 (MQ=255)
ccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTc > 1:3639146‑M2/23‑36 (MQ=255)
ccaacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTc > 1:2133263‑M2/23‑36 (MQ=255)
caacattatggtgtcagttcaTTGTTGAACTGTTCg < 1:4216836‑M2/15‑1 (MQ=255)
aacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCgt > 1:4991975‑M2/21‑36 (MQ=255)
aacattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCgt < 1:3489465‑M2/16‑1 (MQ=255)
aGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCgt < 1:5808370/36‑1 (MQ=255)
gTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCgtg < 1:788092/36‑1 (MQ=255)
gTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCgtg < 1:5957469/36‑1 (MQ=255)
gTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCgtg < 1:7220462/36‑1 (MQ=255)
acattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCgtg < 1:3390569‑M2/17‑1 (MQ=255)
acattatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCgtg < 1:1797768‑M2/17‑1 (MQ=255)
attatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGtt > 1:6555366‑M2/18‑36 (MQ=255)
attatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGtt < 1:7332265‑M2/19‑1 (MQ=255)
ttatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTg > 1:5770871‑M2/17‑36 (MQ=255)
ttatggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTg > 1:191832‑M2/17‑36 (MQ=255)
ggAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt > 1:3532795/1‑36 (MQ=255)
ggAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt < 1:7334848/36‑1 (MQ=255)
ggAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt < 1:3335805/36‑1 (MQ=255)
ggAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt > 1:2971468/1‑36 (MQ=255)
atggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt > 1:4504562‑M2/15‑36 (MQ=255)
atggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGt < 1:4651356‑M2/22‑1 (MQ=255)
tggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa < 1:7235297‑M2/23‑1 (MQ=255)
tggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa > 1:1336236‑M2/14‑36 (MQ=255)
tggggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa < 1:4878960‑M2/23‑1 (MQ=255)
gagaAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa < 1:5449001/36‑1 (MQ=255)
gagaAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa > 1:3694716/1‑36 (MQ=255)
gagaAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTa < 1:3707236/36‑1 (MQ=255)
gagaAAAGCCCGTCTGTTGAACTGTGCGTGTTGGTa > 1:1542037/1‑36 (MQ=38)
agaAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAg < 1:6841368/36‑1 (MQ=255)
agaAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGCGTTGGGAg > 1:5678554/1‑36 (MQ=25)
gggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAgg < 1:6847613‑M2/25‑1 (MQ=255)
gaAGAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAgg < 1:1403873/36‑1 (MQ=255)
ggtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAggg < 1:4299738‑M2/26‑1 (MQ=255)
gtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGc < 1:102029‑M2/27‑1 (MQ=255)
gtcagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGc < 1:674958‑M2/27‑1 (MQ=255)
gcagtacaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGct < 1:2065446‑M2/28‑1 (MQ=255)
aaGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGct > 1:5973377/1‑36 (MQ=255)
aaGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGct > 1:6145362/1‑36 (MQ=255)
cagttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGctg < 1:2497315‑M2/29‑1 (MQ=255)
agttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGctgc > 1:6937113‑M2/7‑36 (MQ=255)
agttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGctgc > 1:6714583‑M2/7‑36 (MQ=255)
ttcaTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGctgcct < 1:4829627‑M2/32‑1 (MQ=255)
cGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGctgcctg > 1:507224/1‑36 (MQ=255)
tttGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgct > 1:5165571/1‑36 (MQ=255)
aTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgct > 1:4916574‑M2/2‑36 (MQ=255)
aTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgct > 1:5495282‑M2/2‑36 (MQ=255)
ttgttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgctg > 1:2868237/1‑36 (MQ=255)
ttgttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgctg > 1:4454959/1‑36 (MQ=255)
ttgttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCctgctg > 1:1644665/1‑36 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc < 1:2559415/36‑1 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc > 1:238837/1‑36 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc > 1:5430116/1‑36 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc < 1:1538224/36‑1 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc > 1:7446419/1‑36 (MQ=255)
gttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGcc > 1:7750326/1‑36 (MQ=255)
ttgAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGCCg > 1:138053/1‑36 (MQ=255)
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GTGGAGTTCGGTAGTCCCGGAGAAAAGCCCGTTTGTTGAACTGTTCGTGTTGGTAGGGCTGCCTGCTGCCG > REL606/4415678‑4415748
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 25 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|