Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,735,117 | 1 | .→G | 2.5% | 1.2 ‑2.1 ‑0.0 | 81 | coding (734/1458 nt) | ascF | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (26/53): total (28/53) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.17e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.98e-01 |
TATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTGTGT > REL606/2735082‑2735152
|
tatCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGt < 1:3901344/36‑1 (MQ=255)
tatCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGt < 1:1320242/36‑1 (MQ=255)
tatCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGt < 1:5270437/36‑1 (MQ=255)
atCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.g < 1:3736280/36‑1 (MQ=255)
atCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.g > 1:2550612/1‑36 (MQ=255)
atCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.g > 1:1502998/1‑36 (MQ=255)
tCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.Ga < 1:1814119/36‑1 (MQ=255)
tCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.Ga < 1:5121825/36‑1 (MQ=255)
cGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.c < 1:7198869/36‑1 (MQ=255)
gAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.gggt > 1:3448713/1‑33 (MQ=255)
gAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.cc < 1:3160329/36‑1 (MQ=255)
gAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.cc < 1:5001519/36‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCa < 1:1117478/36‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCa < 1:1206510/36‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCa < 1:4287827/36‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.CCa > 1:1747539/1‑36 (MQ=25)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.CCa > 1:2346477/1‑36 (MQ=25)
aaCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.CCa > 1:248734/1‑36 (MQ=25)
aaCGCGGGGTGGACAGCATTACCCCGGCGGT.GA.CCa < 1:5936725/36‑1 (MQ=37)
aCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GG.ccca > 1:4720096/1‑34 (MQ=37)
aCGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GA.ccca > 1:7264926/1‑34 (MQ=25)
cGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCaaa < 1:2735564/36‑1 (MQ=255)
cGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCaaa < 1:8463344/36‑1 (MQ=255)
cGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.CCaaa > 1:1811666/1‑36 (MQ=25)
gCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCaaaa < 1:5997318/36‑1 (MQ=255)
gCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.CCaaaa > 1:7749411/1‑36 (MQ=25)
cTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GG.GCaaaaa > 1:4729306/1‑36 (MQ=25)
tGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAAc < 1:7836068/36‑1 (MQ=255)
tGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAAc < 1:6761811/36‑1 (MQ=255)
tGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GC.CGaaaaag > 1:5077487/1‑35 (MQ=18)
gggTGGACAGCATTACACCGGCGGG.GG.GCaaaaaat > 1:6062507/1‑34 (MQ=18)
ggTGGACAGCATTACACCGGCGGTGGG.CCaaaaatt > 1:4823706/1‑34 (MQ=18)
ggTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACtt < 1:4762441/36‑1 (MQ=255)
ggTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACtt < 1:420176/36‑1 (MQ=255)
gTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTc < 1:3368868/36‑1 (MQ=255)
tGGACAGCATTACACCGGCGGTGGG.CCAAAAAATTc > 1:4880154/1‑36 (MQ=16)
tGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTcc < 1:4827162/36‑1 (MQ=255)
tGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTcc < 1:3879139/36‑1 (MQ=255)
ggACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCt < 1:4576029/36‑1 (MQ=255)
ggACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCt < 1:3808582/36‑1 (MQ=255)
ggACAGCATTACACCGGCGGG.GG.GCAAAAAATTccc > 1:870369/1‑35 (MQ=12)
ggACAGCATTACACCGGCGGG.GAGCCAAAAACTCcc > 1:3667756/1‑36 (MQ=12)
gACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTc < 1:2535606/36‑1 (MQ=255)
aCAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCa < 1:2751695/36‑1 (MQ=255)
aCAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCa < 1:5751726/36‑1 (MQ=255)
aCAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCa < 1:3100568/36‑1 (MQ=255)
aCAGCATTACACCGGCGGG.GA.CCAAAAACTTCCTcc > 1:2000030/1‑35 (MQ=255)
cAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCaa < 1:4452999/36‑1 (MQ=255)
aGCATTACACCGGCGGT.GA.CCCAAAACTTCCTCCAg > 1:7988313/1‑36 (MQ=37)
aGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAAATTTCTCAAg > 1:3912012/1‑36 (MQ=37)
gCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGc < 1:4098258/36‑1 (MQ=255)
gCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGc < 1:41124/36‑1 (MQ=255)
gCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGc < 1:7423998/36‑1 (MQ=255)
cATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGcc < 1:2643971/36‑1 (MQ=255)
aTTACACCGGCGGT.GA.ACAAAAACTTCCTCAAGCCa < 1:7956684/36‑1 (MQ=255)
ttACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCaa < 1:5315729/36‑1 (MQ=255)
ttACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCaa < 1:2573356/36‑1 (MQ=255)
ttACACCGGCGGT.GA.CCAAAAAATTTCTCAAGCCaa > 1:3475064/1‑36 (MQ=38)
atACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCaa < 1:3643608/35‑1 (MQ=255)
acacCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATg < 1:5227976/36‑1 (MQ=255)
acacCGGCGGT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATg < 1:1910750/36‑1 (MQ=255)
cacCGGCGGT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGc < 1:3397495/36‑1 (MQ=255)
ccGGCGGT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTg < 1:2848855/36‑1 (MQ=255)
acggcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTg < 1:3333764/35‑1 (MQ=255)
cggcggT.GA.CCAAAAACTTCCCCAAGCCAATGcggg > 1:1466770/1‑33 (MQ=37)
cggcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGa < 1:5058200/36‑1 (MQ=255)
cggcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGa < 1:5220473/36‑1 (MQ=255)
ggcggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAt > 1:7693632/1‑36 (MQ=255)
ggcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAt < 1:2179479/36‑1 (MQ=255)
ggcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAt < 1:5378336/36‑1 (MQ=255)
gcggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt < 1:7481277/36‑1 (MQ=255)
gcggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt > 1:3240323/1‑36 (MQ=255)
gcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt < 1:2171473/36‑1 (MQ=255)
gcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt < 1:4413409/36‑1 (MQ=255)
gcggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt < 1:6720339/36‑1 (MQ=255)
gcggT.GA.ACAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGAtt < 1:5262404/36‑1 (MQ=255)
gcggC.GA.CAAAAAACTTCCTCGAGCCAGTGCTGGtt > 1:6767139/1‑36 (MQ=16)
cggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtg < 1:6529340/36‑1 (MQ=255)
cggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtg < 1:2745071/36‑1 (MQ=255)
gtt.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt < 1:331048/34‑1 (MQ=37)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt < 1:1416389/36‑1 (MQ=255)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt > 1:1275481/1‑36 (MQ=255)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt > 1:6243048/1‑36 (MQ=255)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt > 1:531197/1‑36 (MQ=255)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt > 1:5204208/1‑36 (MQ=255)
ggT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt > 1:3241973/1‑36 (MQ=255)
ggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt < 1:7083226/36‑1 (MQ=255)
ggT.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgt < 1:5951190/36‑1 (MQ=255)
gT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATtgtg > 1:1772531/1‑36 (MQ=255)
t.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTgtgt > 1:3675332/1‑36 (MQ=255)
t.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTgtgt < 1:1923521/36‑1 (MQ=255)
t.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTgtgt < 1:2177004/36‑1 (MQ=255)
t.GA.CAAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTgtgt < 1:5159690/36‑1 (MQ=255)
|
TATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGT.GA.CCAAAAACTTCCTCAAGCCAATGCTGATTGTGT > REL606/2735082‑2735152
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|