Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 860,112 | +G | 5.4% | coding (8/1839 nt) | yliA → | fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 860,112 | 1 | .→G | 5.4% | 3.3 ‑2.9 ‑0.0 | 37 | coding (8/1839 nt) | yliA | fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (2/0): ref base (7/28): total (9/28) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.41e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.52e-01 |
ACACAGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCA > REL606/860077‑860142
|
acacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGc < 1:6246236/36‑1 (MQ=255)
acacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGc < 1:2211305/36‑1 (MQ=255)
cacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.g < 1:3672862/36‑1 (MQ=255)
cacaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.g > 1:3438867/1‑36 (MQ=255)
acaGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.gg > 1:3886022/1‑36 (MQ=255)
caGTGATGAACTTGCTGCCGGTAATGTGCTGTC.GGt < 1:3903383/36‑1 (MQ=25)
caGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt < 1:7330920/36‑1 (MQ=255)
aGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.gggt > 1:8238034/1‑34 (MQ=255)
aGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt.t < 1:5609676/36‑1 (MQ=255)
tgatgaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGt.ttt > 1:706317/1‑34 (MQ=255)
atgaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGaaa < 1:7805876/36‑1 (MQ=255)
gaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGTAAAt > 1:684125/1‑36 (MQ=255)
gaACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAAt < 1:7730065/36‑1 (MQ=255)
aaCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGCGGGT.TGTAAAt > 1:510995/1‑36 (MQ=21)
aaCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TTTAAAtt > 1:7361696/1‑35 (MQ=25)
aCTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCt < 1:2868268/36‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGCGGGT.TGaaaaatt > 1:4821650/1‑33 (MQ=21)
cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg < 1:2844047/36‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg < 1:3939230/36‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTg < 1:2752090/36‑1 (MQ=255)
ttGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGa < 1:7376930/36‑1 (MQ=255)
tGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGaa < 1:3716163/36‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTAATGTGGTGGC.GGT.TGAAAATCTGAat < 1:3040147/36‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAat < 1:3466028/36‑1 (MQ=255)
aTGCCGGTAATGTGCTGGC.GGG.TGGAAATATGTatt > 1:1247064/1‑35 (MQ=16)
tGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAatat < 1:7733281/36‑1 (MQ=255)
tGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAatat < 1:6981240/36‑1 (MQ=255)
gCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATAtt < 1:1419322/36‑1 (MQ=255)
cGGTAATGTGCTGGC.GGTGTGAAAA.ATGAATAtttt > 1:5672410/1‑34 (MQ=12)
gTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCt < 1:5604227/36‑1 (MQ=255)
gTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCt < 1:4770056/36‑1 (MQ=255)
tAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCtt < 1:1607552/36‑1 (MQ=255)
aaTGTGCTGGC.GGT.TTTAAAACTTTATATTTTCttt > 1:24336/1‑36 (MQ=2)
aaTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCttt < 1:2006101/36‑1 (MQ=255)
aTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGGATATTACCTTTa > 1:1582814/1‑36 (MQ=37)
aTGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTa < 1:6513120/36‑1 (MQ=255)
tgtgCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTAt < 1:1576317/36‑1 (MQ=255)
gtgCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATg < 1:5755855/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa < 1:6519626/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa < 1:7393745/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa < 1:5238472/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa < 1:8037403/36‑1 (MQ=255)
gCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCa < 1:902325/36‑1 (MQ=255)
|
ACACAGTGATGAACTTGATGCCGGTAATGTGCTGGC.GGT.TGAAAATCTGAATATTGCCTTTATGCA > REL606/860077‑860142
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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