Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 63,483 +T 8.1% coding (2586/2907 nt) hepA ← ATP‑dependent helicase HepA

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60663,4831.→T 8.1% 6.9 ‑2.9 ‑0.037coding (2586/2907 nt)hepAATP‑dependent helicase HepA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (7/27):  total (10/27)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.71e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.22e-01

CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGT  >  REL606/63448‑63517
                                     |                                   
ctgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gg                                      >  1:345808/1‑36 (MQ=255)
 tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t                                    <  1:2056361/36‑1 (MQ=255)
 tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t                                    <  1:3551846/36‑1 (MQ=255)
  gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt                                    >  1:536403/1‑34 (MQ=255)
  gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt                                   <  1:6445914/36‑1 (MQ=255)
   ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggtt                                   >  1:6929055/1‑33 (MQ=255)
   ccGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.a                                 <  1:3720277/36‑1 (MQ=255)
    cGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.ttgt                                 >  1:4188914/1‑34 (MQ=255)
        gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt                            <  1:4944312/36‑1 (MQ=255)
        gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt                            <  1:4618371/36‑1 (MQ=255)
        gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGt                            <  1:7282597/36‑1 (MQ=255)
         tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTT.AAAGGt                            >  1:6848547/1‑36 (MQ=37)
         tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGtt                           <  1:7020630/36‑1 (MQ=255)
         tgACGATTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGtt                           <  1:3960162/36‑1 (MQ=255)
          gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt                          <  1:6370177/36‑1 (MQ=255)
          gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt                          <  1:5294672/36‑1 (MQ=255)
          gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGgtt                          >  1:2174079/1‑36 (MQ=255)
          gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GT.TAAGGttt                          >  1:833499/1‑36 (MQ=37)
          gACGATTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGttt                          <  1:7511467/36‑1 (MQ=255)
           aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGCGGG.TT.AAAGGttt                          >  1:3711320/1‑36 (MQ=37)
           aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTc                         <  1:921535/36‑1 (MQ=255)
             ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTGTAAGGtttaa                        >  1:1620418/1‑34 (MQ=21)
              gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTT.AAAGGTTTTaa                       >  1:3095124/1‑36 (MQ=25)
              gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCaaa                      <  1:4397028/36‑1 (MQ=255)
              gTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCaaa                      <  1:7153925/36‑1 (MQ=255)
                tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct                    <  1:6781069/36‑1 (MQ=255)
                tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct                    <  1:5616978/36‑1 (MQ=255)
                tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAAct                    <  1:3093465/36‑1 (MQ=255)
                  aCCGCGTTAAGCTGGC.GGCTT.AAAGGTTT.AAActct                  >  1:3232948/1‑36 (MQ=21)
                   ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTa                 <  1:2989099/36‑1 (MQ=255)
                    cgcgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTAc                <  1:4274422/36‑1 (MQ=255)
                     gcgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTAcc               <  1:1855556/36‑1 (MQ=255)
                      cgTTAAGCTTGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCt              <  1:1439962/36‑1 (MQ=255)
                      cgTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCt              <  1:1911363/36‑1 (MQ=255)
                       gTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTg             <  1:6094149/36‑1 (MQ=255)
                          aaGCTGGC.GG.TT.TAAGGTTTCTAACTCTCCCCgcgc          >  1:5570703/1‑36 (MQ=19)
                           aGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgcc         <  1:987079/36‑1 (MQ=255)
                            gCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGcgccg        <  1:4312531/36‑1 (MQ=255)
                             cTGGC.GG.CT.AAAGGGTTCAAACTCTACCTGtgccgc       >  1:4354771/1‑36 (MQ=25)
                              tGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCgccgcc      <  1:7839801/36‑1 (MQ=255)
                                gC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg    <  1:7231683/36‑1 (MQ=255)
                                gC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg    <  1:1416204/36‑1 (MQ=255)
                                 c.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg   >  1:3692298/1‑36 (MQ=255)
                                 c.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAgg   <  1:2511953/36‑1 (MQ=255)
                                   gg.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt  >  1:5480105/1‑36 (MQ=255)
                                   gg.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgt  <  1:1906540/36‑1 (MQ=255)
                                     |                                   
CTGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TT.AAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGT  >  REL606/63448‑63517

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 9 ≤  ATCG  < 19 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG