Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6061,393,5951.→A 5.0% 0.6 ‑4.0 ‑0.040coding (697/1032 nt)ynaIconserved inner membrane protein
Rejected: E-value exceeds prediction threshold.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (4/34):  total (6/34)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.92e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.97e-01

ACGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATCGACG  >  REL606/1393560‑1393627
                                    |                                
aCGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGt                                   <  1:2425780/36‑1 (MQ=255)
 cGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.c                                 <  1:3791514/36‑1 (MQ=255)
   tAAACCAATTGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAt                               <  1:5612440/36‑1 (MQ=255)
   tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTTGtgtt                                >  1:3385823/1‑33 (MQ=37)
   tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAt                               <  1:5172855/36‑1 (MQ=255)
   tAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGGTTGT.ctt                               >  1:357739/1‑34 (MQ=37)
    aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt                              <  1:344186/36‑1 (MQ=255)
    aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt                              <  1:5753799/36‑1 (MQ=255)
    aaaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CAtt                              <  1:3815546/36‑1 (MQ=255)
     aagcAATGGGCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTc                             <  1:1338332/33‑1 (MQ=37)
     aaCCGACGGTCGTGATAATGCGGCGGTTGGT.CATTc                             <  1:2658836/36‑1 (MQ=25)
     aaCCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTc                             <  1:3724059/36‑1 (MQ=255)
       ccAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGt                           <  1:136131/36‑1 (MQ=255)
       ccAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGt                           <  1:4884670/36‑1 (MQ=255)
        cAATGGTCGTGGTAATTCGGCGGTTGGT.CATTCGTc                          <  1:2566851/36‑1 (MQ=255)
             gTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTggg                     <  1:5687057/36‑1 (MQ=255)
              tCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGt                    <  1:515637/36‑1 (MQ=255)
              tCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGt                    <  1:5926109/36‑1 (MQ=255)
               cGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGtt                   <  1:2363452/36‑1 (MQ=255)
                 tGGTAATGCGGGGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGtttt                 <  1:3508913/36‑1 (MQ=255)
                  ggTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTc                <  1:3855314/36‑1 (MQ=255)
                  ggTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTc                <  1:1012751/36‑1 (MQ=255)
                  ggTAATGCGGCGGGTGGTACATTC.TCCTTGGttttt                >  1:5746591/1‑35 (MQ=12)
                   gTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCt               <  1:800099/36‑1 (MQ=255)
                   gTAAGGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCt               <  1:5010874/36‑1 (MQ=255)
                    tAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTa              <  1:1899905/36‑1 (MQ=255)
                    tAATGCGGCGGTGGGTACATTGTTTCGGGGtttttt               >  1:4722512/1‑34 (MQ=0)
                     aaTGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTAc             <  1:2887295/36‑1 (MQ=255)
                      aTGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACg            <  1:520899/36‑1 (MQ=255)
                       tGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGc           <  1:682642/36‑1 (MQ=255)
                       tGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGc           <  1:2180998/36‑1 (MQ=255)
                        gctgcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCt          <  1:2956456/33‑1 (MQ=255)
                        gcggcgGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCt          <  1:5917187/36‑1 (MQ=255)
                           gcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGAt       <  1:692635/36‑1 (MQ=255)
                           gcggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGAt       <  1:1390982/36‑1 (MQ=255)
                           gcggTTGGT.CATTCGTCCGGGGTTTTNNNAGCTgct       >  1:2004172/1‑34 (MQ=25)
                            cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc      <  1:3674339/36‑1 (MQ=255)
                            cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc      <  1:2518429/36‑1 (MQ=255)
                            cggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATc      >  1:2475562/1‑36 (MQ=255)
                             tgTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcg     <  1:1003713/35‑1 (MQ=255)
                             ggTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcg     >  1:2171690/1‑36 (MQ=255)
                              gTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcga    >  1:3106972/1‑36 (MQ=255)
                               ttGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATcgac   <  1:5318726/36‑1 (MQ=255)
                                tGGT.CATTCGTCCTGGTTTTTCTACGCTGATcgacg  <  1:3345438/36‑1 (MQ=255)
                                    |                                
ACGTAAACCAATGGTCGTGGTAATGCGGCGGTTGGT.CATTCGTCCTGGGTTTTCTACGCTGATCGACG  >  REL606/1393560‑1393627

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG