Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 1,325,005 | C→G | 17.5% | pseudogene (1434/1440 nt) | yciQ → | hypothetical protein; b1268_2 |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 1,325,005 | 0 | C→G | 17.5% | 3.6 ‑3.3 ‑0.0 | 23 | pseudogene (1434/1440 nt) | yciQ | hypothetical protein; b1268_2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (4/0): ref base (7/12): total (11/12) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.73e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.29e-01 |
CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT > REL606/1324971‑1325040
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cTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCt < 1:5001804/36‑1 (MQ=255)
ggcggcggcGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTgg < 1:3166212/36‑1 (MQ=255)
ggcggcggcGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGGGGGTgg > 1:1778590/1‑36 (MQ=37)
gcgtcggcaCGGGTGGATGCGGCGGTGGTGTCTGGt < 1:7720171/36‑1 (MQ=9)
gcggcggcgCGGGTGGCTGAGGCGGTGGTGGCTGGt < 1:5325845/36‑1 (MQ=255)
gcggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGt < 1:1364348/36‑1 (MQ=255)
gcggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGt < 1:3430704/36‑1 (MQ=255)
ggcggcgCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTgggga > 1:7518189/1‑33 (MQ=37)
gcgcGGATGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTaa < 1:1809656/36‑1 (MQ=255)
cgGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCt < 1:6218865/36‑1 (MQ=255)
ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTGGTAATTTAGCTgg > 1:6973818/1‑35 (MQ=25)
ggTGGCGGAGGCGGTGGTGGGTGGTAATTAAGGTgg > 1:4771437/1‑35 (MQ=25)
cGGAGGCGGTGGTGGCTGGTTATTAAGCTGATGttt > 1:6528330/1‑35 (MQ=255)
gAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAAt < 1:2950063/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc < 1:7668695/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc < 1:7365170/36‑1 (MQ=255)
aGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATc > 1:2151996/1‑36 (MQ=255)
cGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaa > 1:715325/1‑36 (MQ=255)
ggtggtGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGaaa > 1:1067451/1‑36 (MQ=255)
ggtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACaa > 1:7732102/1‑36 (MQ=255)
gtggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAg > 1:606611/1‑36 (MQ=255)
tggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGc > 1:4952123/1‑36 (MQ=255)
ggCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCt < 1:3669866/36‑1 (MQ=255)
cTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCttt < 1:6707032/36‑1 (MQ=255)
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CTGGCGGCGGCGCGGGTGGCGGAGGCGGTGGTGGCTGGTAATTAAGCTGATGTTAATCGAAACAAGCTTT > REL606/1324971‑1325040
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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