Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,568,519 G→T 7.1% L63F (TTG→TTT pitA → phosphate transporter, low‑affinity

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,568,5190G→T 7.1% 2.4 ‑2.2 ‑0.057189pitAphosphate transporter, low‑affinity
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (4/0):  ref base (24/28):  total (28/29)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.11e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.76e-01

TCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGC  >  REL606/3568485‑3568554
                                  |                                   
tCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTgg                                    <  1:2586338/36‑1 (MQ=255)
 cGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTggg                                   <  1:1724856/36‑1 (MQ=255)
 cGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTggg                                   <  1:4292652/36‑1 (MQ=255)
    cGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGgtgt                                <  1:853420/36‑1 (MQ=255)
    cGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGgtgt                                <  1:5099888/36‑1 (MQ=255)
     gTGGTTATGGCGGGGGTGTTTAAATTTTTTTGTGtt                               >  1:1521381/1‑36 (MQ=12)
     gTGGTTATGGCGGCGGTGTTCGTCTTTTTGGGTGtt                               <  1:4332898/36‑1 (MQ=37)
     gTGGTTATGGCGGCGGGGTTCAAATTTTTTTGTGtt                               >  1:4961330/1‑36 (MQ=19)
     gTGGTTATGGCGGCCGGGGTTTACTTTTTTGGTGtt                               >  1:7511636/1‑36 (MQ=9)
      tGGTTATTGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGttt                              <  1:4937895/36‑1 (MQ=255)
      tGGTTATGGCGGCCGCGTTTTAATTTTTTTGTGttt                              >  1:7039137/1‑36 (MQ=2)
       ggTTCTGGCGGCGGTGTTCCACTTTTTGGGTGtttt                             <  1:761228/36‑1 (MQ=37)
        gTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTg                            <  1:4460746/36‑1 (MQ=255)
        gTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTg                            <  1:4463060/36‑1 (MQ=255)
         ttATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGc                           <  1:3111608/36‑1 (MQ=255)
            tGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTgg                        <  1:3426710/36‑1 (MQ=255)
            tGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTgg                        <  1:1389859/36‑1 (MQ=255)
            tGGCGGCGGTGTTAAACTTTTTGGGTGTTTTTCTgg                        >  1:2741459/1‑36 (MQ=37)
             ggcggcGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTggg                       <  1:1988330/36‑1 (MQ=255)
              gcggcgGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGggt                      <  1:7651083/36‑1 (MQ=255)
                ggcggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGgttgg                    >  1:1783480/1‑36 (MQ=255)
                ggcggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGggtgg                    >  1:6329553/1‑36 (MQ=255)
                 gcggTGTTCAACTCTTTAGGTGTTTTGCTGggtggt                   <  1:3216925/36‑1 (MQ=37)
                  cggTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTc                  >  1:4470563/1‑36 (MQ=255)
                    gtgtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTg                >  1:4223004/1‑36 (MQ=255)
                     tgtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGa               <  1:7037517/36‑1 (MQ=255)
                      gtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAg              >  1:3957752/1‑36 (MQ=255)
                      gtTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAg              <  1:5063983/36‑1 (MQ=255)
                       ttNACCTTTTTGGGTGTTTNGCTGGGTGGTCTGAgt             <  1:8005681/36‑1 (MQ=37)
                       ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTTAgt             >  1:6000323/1‑36 (MQ=255)
                       ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgt             >  1:7547271/1‑36 (MQ=255)
                       ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgt             <  1:181794/36‑1 (MQ=255)
                        tCAACTTTTTGGTTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg            >  1:6534848/1‑36 (MQ=255)
                        tCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg            <  1:7635577/36‑1 (MQ=255)
                        tCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtg            >  1:541283/1‑36 (MQ=255)
                         catcTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt           <  1:6727536/33‑1 (MQ=255)
                         cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGTGTGGTCTGAgtgt           >  1:2631649/1‑36 (MQ=255)
                         cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGTTGGTCTGAttgt           >  1:2244081/1‑36 (MQ=37)
                         cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt           <  1:4490902/36‑1 (MQ=255)
                         cAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAgtgt           >  1:5322184/1‑36 (MQ=255)
                          aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTTtt          >  1:3464088/1‑36 (MQ=255)
                          aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGtt          <  1:5208913/36‑1 (MQ=255)
                          aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGtt          >  1:8412964/1‑36 (MQ=255)
                            cTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGc        >  1:3178784/1‑36 (MQ=255)
                             tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc       <  1:2798862/36‑1 (MQ=255)
                             tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc       >  1:1882308/1‑36 (MQ=255)
                             tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc       <  1:6839245/36‑1 (MQ=255)
                             tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGcc       >  1:928824/1‑36 (MQ=255)
                             tttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGGCTGTGTGTTGct       >  1:4090273/1‑35 (MQ=37)
                              ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCt      >  1:3414930/1‑36 (MQ=255)
                              ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCt      >  1:4599493/1‑36 (MQ=255)
                               tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGTCTa     >  1:3682495/1‑36 (MQ=255)
                               tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa     >  1:3334919/1‑36 (MQ=255)
                               tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa     <  1:2933396/36‑1 (MQ=255)
                               tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTa     <  1:7471302/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt    >  1:950289/1‑36 (MQ=255)
                                ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt    <  1:2428535/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt    <  1:5527750/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt    <  1:2968161/36‑1 (MQ=255)
                                ttGGGTATTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt    <  1:6135062/36‑1 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  >  1:2026482/1‑36 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  >  1:50712/1‑36 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  <  1:8187245/36‑1 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  >  1:4773543/1‑36 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  <  1:1532453/36‑1 (MQ=255)
                                  gggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGc  >  1:321025/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
TCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTGTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGC  >  REL606/3568485‑3568554

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG