Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,883,217 | 1 | .→C | 5.4% | 1.2 ‑2.1 ‑0.0 | 37 | intergenic (‑411/+206) | atpI/gidB | F0F1 ATP synthase subunit I/glucose‑inhibited division protein; b3740_1 |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/2): ref base (24/11): total (24/13) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.17e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.73e-01 |
AAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCA > REL606/3883182‑3883252
|
aaaaaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTaa > 1:3986606/1‑36 (MQ=255)
aaaaaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTaa > 1:4834779/1‑36 (MQ=255)
aaaaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.c > 1:3856933/1‑36 (MQ=255)
aaaaCCACACATTGACATTTTTAATAATGCTTTaaa > 1:3435455/1‑35 (MQ=37)
aaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAg > 1:800643/1‑36 (MQ=255)
aaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAg > 1:116921/1‑36 (MQ=255)
aaCCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAg < 1:4626271/36‑1 (MQ=255)
accaccCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGc > 1:5276405/1‑36 (MQ=255)
accaccCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGc > 1:4313648/1‑36 (MQ=255)
caccCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCa < 1:1956797/36‑1 (MQ=255)
accCATTGACATTTTTAATAATGTTGTAA.CAGCCaa > 1:1895908/1‑36 (MQ=255)
cATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAatga > 1:3202245/1‑36 (MQ=255)
cATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAatga > 1:3260331/1‑36 (MQ=255)
aTTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAatgat > 1:5330483/1‑36 (MQ=255)
aTTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAatgat > 1:5213211/1‑36 (MQ=255)
ttGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAatgatg > 1:3764004/1‑36 (MQ=255)
tGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATgg > 1:2411497/1‑36 (MQ=255)
gACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGt > 1:4475511/1‑36 (MQ=255)
cATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTc > 1:417174/1‑36 (MQ=255)
cATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTc > 1:4624693/1‑36 (MQ=255)
aTTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCt > 1:1153490/1‑36 (MQ=255)
ttttAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTa < 1:3512197/36‑1 (MQ=255)
ttAATAATTTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAgc < 1:3728354/36‑1 (MQ=255)
ttAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAgc < 1:3025466/36‑1 (MQ=255)
ttAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAgc > 1:682389/1‑36 (MQ=255)
taataaTGTTTTAC.CAGCCAATGATGGTTCTTAgcg < 1:940298/36‑1 (MQ=255)
taataaTGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAgcg > 1:2724219/1‑36 (MQ=255)
aataatGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAgcgc > 1:1651452/1‑36 (MQ=255)
ataatGTTTAAC.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGcc < 1:2207229/36‑1 (MQ=38)
taatGTTTAAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCg < 1:427989/36‑1 (MQ=255)
aatGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGa > 1:2415607/1‑36 (MQ=255)
atGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAt > 1:2719556/1‑36 (MQ=255)
ttttttAC.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtt < 1:3994637/34‑1 (MQ=38)
gTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAttt > 1:5536804/1‑36 (MQ=255)
ttttAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtttt > 1:233048/1‑36 (MQ=255)
ttttAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtttt < 1:496311/36‑1 (MQ=255)
tttaAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtttt < 1:4582810/36‑1 (MQ=255)
tttAACCAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtttt < 1:3683000/36‑1 (MQ=38)
tttAACCAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAtttt < 1:4351208/36‑1 (MQ=38)
tttAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGAttttt > 1:1643830/1‑36 (MQ=255)
taca.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTa < 1:138499/33‑1 (MQ=255)
tAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAg > 1:4952755/1‑36 (MQ=255)
aa.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGc > 1:3927931/1‑36 (MQ=255)
aa.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGc < 1:1327511/36‑1 (MQ=255)
aa.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGc > 1:1148204/1‑36 (MQ=255)
a.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCa < 1:5066196/36‑1 (MQ=255)
a.CAGCCAATGATGGTTCATAGCGCCGATTTTTCGCa < 1:5739456/36‑1 (MQ=38)
|
AAAAACCACCCATTGACATTTTTAATAATGTTTTAA.CAGCCAATGATGGTTCTTAGCGCCGATTTTTAGCA > REL606/3883182‑3883252
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 10 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|