Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,958,499 | G→T | 11.0% | D126Y (GAT→TAT) | xerC → | site‑specific tyrosine recombinase XerC |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,958,499 | 0 | G→T | 11.0% | 3.3 ‑4.6 0.0 | 70 | 376 | xerC | site‑specific tyrosine recombinase XerC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (9/0): ref base (34/27): total (43/27) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.02e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
CGACGTCGACGATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCA > REL606/3958465‑3958534
|
cgacgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa < 1:6021945/36‑1 (MQ=255)
cgacgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa < 1:2166334/36‑1 (MQ=255)
cgacgtcgaagATATGAATCGGCTGCTGGATATTGa < 1:6727177/36‑1 (MQ=255)
acgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGata > 1:3500532/1‑36 (MQ=255)
cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat < 1:2428467/36‑1 (MQ=255)
cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat > 1:5947124/1‑36 (MQ=255)
cgtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGatat < 1:81332/36‑1 (MQ=255)
ttcgacgATATGAATCGGATAATGGATATTGATATc < 1:6087228/35‑1 (MQ=21)
gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGGTATTTATATc > 1:4629572/1‑36 (MQ=37)
gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTTATCTc > 1:5758721/1‑36 (MQ=37)
gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATc > 1:1708209/1‑36 (MQ=255)
gtcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATc < 1:2797261/36‑1 (MQ=255)
tcgacgATATGAATCGGCTGCTGGATATTGCTATCa > 1:2043795/1‑36 (MQ=255)
cgacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCaa > 1:3304928/1‑36 (MQ=255)
cgacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCaa > 1:1031454/1‑36 (MQ=255)
gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCaaa > 1:4395022/1‑35 (MQ=255)
gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATTTCAAc > 1:6001522/1‑36 (MQ=255)
gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAAc > 1:1923671/1‑36 (MQ=255)
gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAAc < 1:1430626/36‑1 (MQ=255)
gacgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATACCAAc > 1:185337/1‑36 (MQ=255)
acgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACg > 1:3720362/1‑36 (MQ=255)
acgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACg > 1:7386474/1‑36 (MQ=255)
acgaTATGAATCGGCTGCTGCATATTGATATCAACg > 1:2142324/1‑36 (MQ=255)
cgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATTAACGa > 1:7434229/1‑36 (MQ=255)
cgaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGa > 1:3775531/1‑36 (MQ=255)
gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGAt > 1:5353395/1‑36 (MQ=255)
gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATTTCAACGAt > 1:3404412/1‑36 (MQ=255)
gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGAt < 1:3420343/36‑1 (MQ=255)
gaTATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGAt < 1:4374531/36‑1 (MQ=255)
atatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATc > 1:7072844/1‑36 (MQ=255)
atatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATc > 1:1471423/1‑36 (MQ=255)
tatGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATcc > 1:3457422/1‑36 (MQ=255)
atGAATCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATccc > 1:5817459/1‑36 (MQ=255)
atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc < 1:3790398/36‑1 (MQ=255)
atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc < 1:6722125/36‑1 (MQ=255)
atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc > 1:1909262/1‑36 (MQ=255)
atGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATccc < 1:1531372/36‑1 (MQ=255)
gAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCt > 1:5358083/1‑36 (MQ=255)
gAAGCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCt < 1:6302472/36‑1 (MQ=255)
aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACTATCCCCTc > 1:6456351/1‑36 (MQ=255)
aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTc < 1:5043304/36‑1 (MQ=255)
aaTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTc > 1:2641982/1‑36 (MQ=255)
aTCGGCTGCTGGGTATTGATTTCAACGATCCCCTCg > 1:3738186/1‑36 (MQ=37)
aTCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATCCCCTCg > 1:4857555/1‑36 (MQ=255)
aTCGGCTGCTGGATATTTATATCAACGATCCCCTCg > 1:413297/1‑36 (MQ=255)
aTCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCg < 1:1160119/36‑1 (MQ=255)
tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc > 1:7353480/1‑36 (MQ=255)
tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc > 1:1365043/1‑36 (MQ=255)
tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc > 1:7432529/1‑36 (MQ=255)
tCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGc > 1:7494809/1‑36 (MQ=255)
cGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCt < 1:658286/36‑1 (MQ=255)
cGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCt > 1:2828650/1‑36 (MQ=255)
ggCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTg > 1:5368742/1‑36 (MQ=255)
gctgctGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGt > 1:7022520/1‑36 (MQ=255)
gctgctGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGt < 1:7369057/36‑1 (MQ=255)
gctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcg > 1:377517/1‑36 (MQ=255)
gctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcg > 1:226182/1‑36 (MQ=255)
ctgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcgc < 1:4868340/36‑1 (MQ=255)
tgGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTAcgcg < 1:819770/36‑1 (MQ=255)
ggATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGa > 1:4110584/1‑36 (MQ=255)
gATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAc > 1:5196164/1‑36 (MQ=255)
gATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAc < 1:4436955/36‑1 (MQ=255)
atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc < 1:6553377/36‑1 (MQ=255)
atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc < 1:4971551/36‑1 (MQ=255)
atatTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGAcc < 1:2230564/36‑1 (MQ=255)
atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt < 1:6124530/36‑1 (MQ=255)
atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt > 1:4765156/1‑36 (MQ=255)
atTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGt < 1:2712629/36‑1 (MQ=255)
ttGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTg > 1:6253352/1‑36 (MQ=255)
tGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGc < 1:3601762/36‑1 (MQ=255)
gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCa > 1:5835363/1‑36 (MQ=255)
gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCa > 1:1063167/1‑36 (MQ=255)
gATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACAGTGCa > 1:6078641/1‑36 (MQ=255)
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CGACGTCGACGATATGAATCGGCTGCTGGATATTGATATCAACGATCCCCTCGCTGTACGCGACCGTGCA > REL606/3958465‑3958534
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 9 ≤
ATCG
< 17 ≤
ATCG
< 29 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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