Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 4,437,366 | 0 | C→T | 6.8% | 1.4 ‑3.8 0.0 | 71 | 534 | yjfF | predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (5/0): ref base (29/36): total (35/36) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.30e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGTATA > REL606/4437332‑4437401
|
tgctgATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTcc < 1:3689113/36‑1 (MQ=255)
tgctgATGTGGGCGGTGGTGGATATCGGTATTTTcc < 1:2416508/36‑1 (MQ=37)
gctgATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCt < 1:5162317/36‑1 (MQ=255)
ctgATGTTGGCGGTGGTGGTTTTTGGTTTTTTTCtt > 1:4460543/1‑35 (MQ=16)
ctgATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTc < 1:3375929/36‑1 (MQ=255)
ctgATGTTGGCGGTGGGGGGTTTTGGGATTTTTCTc > 1:2913159/1‑36 (MQ=9)
tgATGTTGGCGGTGGTGGTTTTTGGTTTTTTTCTcg > 1:5857405/1‑36 (MQ=16)
tgATGTTGGCGGTGGTGGTTGTTGGTATTTTTCTcg > 1:264713/1‑36 (MQ=21)
tGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATc < 1:1626156/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCg < 1:1876498/36‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGTGGTTATCGGGATTTTGCTCCCGCagtg > 1:2098676/1‑33 (MQ=16)
ggCGGTGGTGGGTATAGGGATTTTTCTCGCGCATCg > 1:1617773/1‑36 (MQ=16)
cGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTa < 1:7136498/36‑1 (MQ=255)
cGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTa > 1:3165095/1‑36 (MQ=255)
ggtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAc > 1:2010036/1‑36 (MQ=255)
ggtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAc < 1:1769321/36‑1 (MQ=255)
ggtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAc > 1:2163111/1‑36 (MQ=255)
ggtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAc > 1:3280033/1‑36 (MQ=255)
ggtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAc > 1:2880418/1‑36 (MQ=255)
gtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAcc < 1:5426650/36‑1 (MQ=255)
gtggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAcc < 1:2451826/36‑1 (MQ=255)
tggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAccc > 1:6905510/1‑36 (MQ=255)
tggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAccc < 1:3373162/36‑1 (MQ=255)
tggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAccc < 1:5599370/36‑1 (MQ=255)
tggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAccc < 1:4026581/36‑1 (MQ=255)
tggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTAccc < 1:1781732/36‑1 (MQ=255)
ggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCg > 1:453444/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCg < 1:2679291/36‑1 (MQ=255)
ggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCg > 1:5337546/1‑36 (MQ=255)
ggtggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCg > 1:4189352/1‑36 (MQ=255)
atggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGt < 1:3113580/35‑1 (MQ=255)
tggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGtt > 1:6023050/1‑36 (MQ=255)
tggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGtt < 1:1746791/36‑1 (MQ=255)
ggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:4657474/36‑1 (MQ=255)
ggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:7104276/36‑1 (MQ=255)
ggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:1055561/36‑1 (MQ=255)
ggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:3187338/36‑1 (MQ=255)
ggtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGttt > 1:7881092/1‑36 (MQ=255)
gtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt > 1:6403715/1‑36 (MQ=255)
gtTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt > 1:399611/1‑36 (MQ=255)
ttATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTg > 1:3135104/1‑36 (MQ=255)
ttATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTg > 1:2908983/1‑36 (MQ=255)
tATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTgg < 1:7472565/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGt < 1:7483068/36‑1 (MQ=255)
aTCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGt > 1:6711781/1‑36 (MQ=255)
aTCGGTATTGTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGt > 1:538116/1‑36 (MQ=255)
tCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTa < 1:1182961/36‑1 (MQ=255)
tCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTa < 1:4287065/36‑1 (MQ=255)
tCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTa < 1:4622327/36‑1 (MQ=255)
tCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTa > 1:1010059/1‑36 (MQ=255)
tCGGGATTTTCCTCGCGCATCGCACCCGTTTTGGTa > 1:5616718/1‑36 (MQ=37)
cGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTaa > 1:2980919/1‑36 (MQ=255)
ggTATTTTCCTCGCGCATCGTGCCCGTTTTGGTAAt < 1:2062722/36‑1 (MQ=255)
ggTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTNAt > 1:4506558/1‑36 (MQ=255)
ggTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAAt < 1:81880/36‑1 (MQ=255)
ggTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAAt < 1:3194029/36‑1 (MQ=255)
gTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATc > 1:3757825/1‑36 (MQ=255)
gTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATc < 1:7433616/36‑1 (MQ=255)
tATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCa < 1:1711573/36‑1 (MQ=255)
tATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCa < 1:2264486/36‑1 (MQ=255)
tATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCa > 1:4121301/1‑36 (MQ=255)
ttttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAgg > 1:2280291/1‑36 (MQ=255)
ttttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAgg < 1:3471323/36‑1 (MQ=255)
ttttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAgg > 1:3302883/1‑36 (MQ=255)
tttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGt > 1:6755308/1‑36 (MQ=255)
tttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGt < 1:4318301/36‑1 (MQ=255)
ttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGta < 1:3366013/36‑1 (MQ=255)
ttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGta < 1:2801329/36‑1 (MQ=255)
ttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGta < 1:3517389/36‑1 (MQ=255)
ttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGta > 1:4446883/1‑36 (MQ=255)
ttCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGta > 1:4927279/1‑36 (MQ=255)
tCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGtat > 1:2988789/1‑36 (MQ=255)
tCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGtat < 1:7184902/36‑1 (MQ=255)
ccTCTCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGtata < 1:2040132/36‑1 (MQ=255)
ccTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGtata < 1:2435057/36‑1 (MQ=255)
ccTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGtata < 1:7678805/36‑1 (MQ=255)
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TGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGTATTTTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGGTAATCAGGTATA > REL606/4437332‑4437401
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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