Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 2,760,731 | 0 | C→T | 16.2% | 12.6 ‑19.6 0.0 | 101 | 770 | ygbN | predicted transporter |
Rejected: Prediction has biased read strand distribution supporting polymorphism. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (18/0): ref base (22/61): total (40/61) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.04e-09 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TATTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCTTG > REL606/2760696‑2760766
|
tATTCCTATCGCGATTATCATGGTGGGTACGGTTTc < 1:8270445/36‑1 (MQ=255)
tATTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTc < 1:1622968/36‑1 (MQ=255)
aTTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTcc < 1:8270727/36‑1 (MQ=255)
aTTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTcc < 1:8170747/36‑1 (MQ=255)
aTTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTcc < 1:5881080/36‑1 (MQ=255)
aTTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTcc < 1:4190497/36‑1 (MQ=255)
ttCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTTCg > 1:5146530/1‑36 (MQ=255)
ttCCTATCGCGATTATCATGGCGGGGAAGGTTTTCg > 1:784281/1‑36 (MQ=21)
gtCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTATGGGTTTCg > 1:7977881/2‑36 (MQ=21)
tCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGc < 1:2470677/36‑1 (MQ=255)
tCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTAAGGGTTTCGc > 1:1299341/1‑36 (MQ=25)
tCCTATCGCGATTATCATGGCGGGGACGGTTTTCGc > 1:3517460/1‑36 (MQ=37)
cTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCaa < 1:4098921/36‑1 (MQ=255)
tATCGCGATTATTATGGCTGGTACGGTTTCCGCAac < 1:4226089/36‑1 (MQ=37)
tATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAac < 1:6164419/36‑1 (MQ=255)
tATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAac < 1:4776167/36‑1 (MQ=255)
tATCGCGATTATCATGGCGGGGAAGGTTTTCGCCac > 1:4433089/1‑36 (MQ=16)
aTCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTTCGCAaca > 1:582802/1‑36 (MQ=255)
tCGCGATTATCATGGCGGGTACGGGTTTCTCCacac > 1:6029697/1‑36 (MQ=16)
cgcgATTATCATGGCGGGTACGGTTTTCGCCacaat > 1:5080652/1‑34 (MQ=25)
cgcgATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACt < 1:8159824/36‑1 (MQ=255)
cgcgATTATCATGGCGGGGACGGGTTTCGCAACACt > 1:6535592/1‑36 (MQ=25)
gcgATTATCATGGCGGGTACGGTTTTCGCAacacat > 1:2194170/1‑34 (MQ=37)
gcgATTATCATGGCGGGGTAGGTTTTCGCAACACTg > 1:1701675/1‑36 (MQ=19)
gcgATTATCATGGCGGGGACGGTTTTCGCCacaccg > 1:7432449/1‑34 (MQ=21)
gcgATTATCATGGCGGGCGCGGGTTTCGCCacaccg > 1:6750473/1‑34 (MQ=9)
cgATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGa < 1:6098606/36‑1 (MQ=255)
cgATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGa < 1:5135776/36‑1 (MQ=255)
aTTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATg < 1:3004796/36‑1 (MQ=255)
aTTATCATGGCGGGGACGGGTTTCGCAAAACTTATg > 1:2436077/1‑36 (MQ=16)
ttATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgc < 1:3650938/36‑1 (MQ=255)
tATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgcc < 1:4110692/36‑1 (MQ=255)
tATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgcc < 1:800310/36‑1 (MQ=255)
tATCATGGCGGGGACGGGTTTCTCAACACCGATgcc > 1:5230053/1‑36 (MQ=12)
aTCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgccg < 1:4468072/36‑1 (MQ=255)
aTCATGGCGGGGGCGGGTTCCGAAAAAATGATtccc > 1:1834507/1‑35 (MQ=2)
tCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgccgc < 1:1194344/36‑1 (MQ=255)
tCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgccgc < 1:7186704/36‑1 (MQ=255)
cATGGCGGGTACGGTTTTCGCCAAACTTATgccgcc > 1:490677/1‑36 (MQ=16)
cATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgccgcc < 1:3709731/36‑1 (MQ=255)
cATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATgccgcc < 1:7773401/36‑1 (MQ=255)
acggCGGGTACGGTTTCCGCACCACTGATGCCGCCt < 1:4077942/34‑1 (MQ=37)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:1920870/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:1331999/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:510197/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:3404044/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:6564630/36‑1 (MQ=255)
aTGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCt < 1:6040880/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt < 1:6758223/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt > 1:731589/1‑36 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt > 1:6717041/1‑36 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt < 1:5451267/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt < 1:5789033/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt < 1:2198187/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt < 1:2773846/36‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt > 1:2932865/1‑36 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt > 1:317153/1‑36 (MQ=255)
tGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCtt > 1:3999485/1‑36 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTc < 1:8021999/36‑1 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTc < 1:1608787/36‑1 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTc > 1:2726735/1‑36 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTc < 1:4788538/36‑1 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTc > 1:1961830/1‑36 (MQ=255)
ggCGGGTACGGTTTCCGCAACACTAATGCCGCCTTc > 1:2308576/1‑36 (MQ=255)
gCGGGTACGGTTTCCGCAATACTGATGCCGCCTTCg > 1:8023902/1‑36 (MQ=255)
gCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCg < 1:1995598/36‑1 (MQ=255)
gCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCg > 1:6847918/1‑36 (MQ=255)
gCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCg < 1:2071304/36‑1 (MQ=255)
gCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCg < 1:4025687/36‑1 (MQ=255)
cGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGc < 1:7112037/36‑1 (MQ=255)
ctgTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCa < 1:6698142/34‑1 (MQ=255)
ggTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCAt < 1:175298/36‑1 (MQ=255)
ggTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCAt < 1:3546168/36‑1 (MQ=255)
ggTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCAt < 1:6382979/36‑1 (MQ=255)
gTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATc > 1:1192837/1‑36 (MQ=255)
tACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATcc < 1:1183075/36‑1 (MQ=255)
tACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATcc < 1:7511856/36‑1 (MQ=255)
tACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATcc < 1:3619209/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATccc < 1:3162644/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATccc < 1:6497155/36‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATccc < 1:2047894/36‑1 (MQ=255)
cGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATcccc < 1:275542/36‑1 (MQ=255)
ggTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCt > 1:356521/1‑36 (MQ=255)
ggTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCt < 1:3561502/36‑1 (MQ=255)
ggTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCt < 1:7914279/36‑1 (MQ=255)
ggTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCt > 1:4168601/1‑36 (MQ=255)
gTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTg > 1:6160968/1‑36 (MQ=255)
gTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTg > 1:7678402/1‑36 (MQ=255)
gTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTg < 1:3519437/36‑1 (MQ=255)
tttCCGCANCACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGc < 1:5913166/36‑1 (MQ=255)
tttCCGCAACACTGATGCTGCCTTCGCATCCCCTGc > 1:2830067/1‑36 (MQ=255)
tttCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGc > 1:2314427/1‑36 (MQ=255)
tttCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGc < 1:3617048/36‑1 (MQ=255)
tttCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGc < 1:2288748/36‑1 (MQ=255)
tttCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGc < 1:5720666/36‑1 (MQ=255)
ttCCGCAACACTTATGCCTCCTTCGCATCCCCTGCt < 1:6308284/36‑1 (MQ=38)
ttCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCt > 1:7958946/1‑36 (MQ=255)
tCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCtt < 1:5558579/36‑1 (MQ=255)
ccGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCTTg > 1:7720120/1‑36 (MQ=255)
ccGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCTTg < 1:8050355/36‑1 (MQ=255)
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TATTCCTATCGCGATTATCATGGCGGGTACGGTTTCCGCAACACTGATGCCGCCTTCGCATCCCCTGCTTG > REL606/2760696‑2760766
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 6 ≤
ATCG
< 20 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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