Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 63,483 +T 5.9% coding (2586/2907 nt) hepA ← ATP‑dependent helicase HepA

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL60663,4831.→T 5.9% 4.3 ‑2.5 ‑0.234coding (2586/2907 nt)hepAATP‑dependent helicase HepA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (8/24):  total (10/24)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 8.02e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.89e-01

TGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT  >  REL606/63449‑63518
                                    |                                   
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.ggg                                     >  1:1723093/1‑35 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t                                    <  1:2817614/36‑1 (MQ=255)
tgcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.t                                    <  1:437104/36‑1 (MQ=255)
 gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt                                    >  1:5875087/1‑34 (MQ=255)
 gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.gggt                                    >  1:1768232/1‑34 (MQ=255)
 gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt                                   <  1:4643846/36‑1 (MQ=255)
 gcCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.tt                                   <  1:1701572/36‑1 (MQ=255)
    ggTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TAaaa                                <  1:698115/36‑1 (MQ=255)
       gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGt                             <  1:2566905/36‑1 (MQ=255)
       gtgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGt                             <  1:1032354/36‑1 (MQ=255)
        tgACGTTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt                            <  1:3225525/36‑1 (MQ=255)
        tgACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGtt                            <  1:1524868/36‑1 (MQ=255)
         gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GTTAAAGttt                           >  1:1862202/1‑36 (MQ=25)
         gACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.GTAAAGGatt                           >  1:1884730/1‑36 (MQ=37)
          aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:4222018/36‑1 (MQ=255)
          aCGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTc                          <  1:84401/36‑1 (MQ=255)
           cGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCa                         <  1:2136153/36‑1 (MQ=255)
            ggTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGtttta                         >  1:2169479/1‑34 (MQ=37)
              ttAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc                      <  1:3158027/36‑1 (MQ=255)
              ttAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAc                      <  1:110764/36‑1 (MQ=255)
               tAACCGCGTTAAGCTGGC.GGTTTAAAGGTTTTaaat                      >  1:865200/1‑35 (MQ=25)
               tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct                     <  1:3056174/36‑1 (MQ=255)
               tAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAAct                     <  1:4654939/36‑1 (MQ=255)
                aaCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActc                    <  1:2122869/36‑1 (MQ=255)
                aaCCGCGTTAAGCGGGC.GG.CGTAAGGGTTCaaatta                    >  1:883467/1‑33 (MQ=9)
                 tccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAATGTTTCAAActct                   <  1:5766590/35‑1 (MQ=255)
                 aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAACctct                   <  1:1468242/36‑1 (MQ=255)
                 aCCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAActct                   <  1:5577328/36‑1 (MQ=255)
                  ccGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTa                  <  1:4851149/36‑1 (MQ=255)
                    gcgTTAAGCTGTC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTAcc                <  1:5277822/36‑1 (MQ=255)
                    gcgTTAAGCTGGCGGG.TTAAGGGTTTTAAAATCAAc                 >  1:5093186/1‑36 (MQ=9)
                     cgTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGGTTTAAACACTAccc               >  1:1236577/1‑35 (MQ=16)
                     cgTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCt               <  1:1970646/36‑1 (MQ=255)
                      gTTAAGCTGGC.GG.TTTAAGGTTTTAAACTCTCCCtt              >  1:5446913/1‑35 (MQ=25)
                       ttAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgc             <  1:3099737/36‑1 (MQ=255)
                       ttAAGCTGGC.GG.TTAAAAGGTTCTAAACCTACCTgc             >  1:2936246/1‑36 (MQ=12)
                        tAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcg            <  1:5363687/36‑1 (MQ=255)
                        tAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTgcg            <  1:4143744/36‑1 (MQ=255)
                         aaGCTGGC.GG.TTAAAAGGTTTAAACACTACCCgcgc           >  1:1861908/1‑36 (MQ=12)
                              ggC.GG.TTAAAGATTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCa      <  1:150692/36‑1 (MQ=255)
                               gC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAg     <  1:3781218/36‑1 (MQ=255)
                                   g.TTAAGGGTTTCAAACTCTCCCGGCGCCGCCAGgtt  <  1:5474195/36‑1 (MQ=37)
                                   g.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGgtt  >  1:4044675/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                   
TGCCGGTGTGACGGTTAACCGCGTTAAGCTGGC.GG.TTAAAGGTTTCAAACTCTACCTGCGCCGCCAGGTT  >  REL606/63449‑63518

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 5 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG