Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,483,047 C→A 100% R455S (CGC→AGC)  malT → transcriptional regulator MalT

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,483,0470C→A100.0% 105.9 341363malTtranscriptional regulator MalT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (15/18):  ref base (0/1):  total (15/19)

GAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCC  >  REL606/3483014‑3483078
                                 |                               
gaagaCACCATGCGCGCAGAATTTAACGCTCTgagc                               <  1:5167940/36‑1 (MQ=37)
gaagaCACCATGCGCGCAGAATTTAACGCTCTgagc                               <  1:326911/36‑1 (MQ=37)
gaagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagc                               <  1:3171221/36‑1 (MQ=255)
 aagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagcg                              <  1:5401484/36‑1 (MQ=255)
 aagaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagcg                              >  1:637759/1‑36 (MQ=255)
  agaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTgagcgc                             >  1:4215356/1‑36 (MQ=255)
   gaCACCATGTACTCAGAATTTAACGCTCTGCGCGcc                            <  1:5554283/36‑1 (MQ=38)
   gaCACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGcc                            >  1:4289724/1‑36 (MQ=255)
    acacCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGccc                           <  1:1317362/36‑1 (MQ=255)
    acacCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGccc                           >  1:324870/1‑36 (MQ=255)
     cacCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCa                          <  1:580489/36‑1 (MQ=255)
        cATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGt                       <  1:4947826/36‑1 (MQ=255)
         aTGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTg                      >  1:2796412/1‑36 (MQ=255)
          tGCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGGgg                     >  1:3841789/1‑36 (MQ=38)
           gCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGc                    >  1:4459712/1‑36 (MQ=255)
           gCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGc                    <  1:2694940/36‑1 (MQ=255)
           gCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGc                    <  1:2501972/36‑1 (MQ=255)
           gCACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGc                    <  1:5545085/36‑1 (MQ=255)
            cACGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCg                   <  1:4330935/36‑1 (MQ=255)
             aCGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGa                  >  1:621083/1‑36 (MQ=255)
              cGCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAt                 >  1:3001037/1‑36 (MQ=255)
               gCAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGAtt                >  1:491592/1‑36 (MQ=255)
                cAGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTa               <  1:3263936/36‑1 (MQ=255)
                cAGAATTTAACGCTCGGAGCGCCCAGGTGGCGATTa               >  1:4735129/1‑36 (MQ=38)
                cAGAATTTAACGCTCATAGCACCCAGGGGGCGAGTa               >  1:2670690/1‑36 (MQ=12)
                 aGAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTaa              <  1:1281644/36‑1 (MQ=255)
                  gAATTTAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAAc             <  1:3168778/36‑1 (MQ=255)
                     tttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGAt          <  1:5603949/36‑1 (MQ=255)
                     tttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGAt          <  1:1528181/36‑1 (MQ=255)
                      ttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATg         >  1:258606/1‑36 (MQ=255)
                      ttAACGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAAAGATg         >  1:1539499/1‑36 (MQ=37)
                        caCGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGt       <  1:5548409/35‑1 (MQ=255)
                        aaCGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGt       >  1:723880/1‑36 (MQ=255)
                         aCGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTa      <  1:597551/36‑1 (MQ=255)
                          cGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTaa     <  1:4387149/36‑1 (MQ=255)
                          cGCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTaa     <  1:1969210/36‑1 (MQ=255)
                           gCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAAt    >  1:3295133/1‑36 (MQ=255)
                           gCTCTGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAAt    >  1:2947834/1‑36 (MQ=255)
                            ctctGAGCTCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATc   <  1:1500390/36‑1 (MQ=37)
                             tctGAGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATcc  <  1:3920147/36‑1 (MQ=255)
                                 |                               
GAAGACACCATGCACGCAGAATTTAACGCTCTGCGCGCCCAGGTGGCGATTAACGATGGTAATCC  >  REL606/3483014‑3483078

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 11 ≤  ATCG  < 20 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG