Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,155,168 G→A 93.0% G296S (GGC→AGC)  ebgR → DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,155,1680G→A93.0% 2.7 0.0 ‑0.357886ebgRDNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (26/27):  ref base (2/2):  total (28/29)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.86e-01

GTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT  >  REL606/3155135‑3155200
                                 |                                
gTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGc                                <  1:4787685/36‑1 (MQ=255)
 tGCTCATCCATTCGGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg                               <  1:4735824/36‑1 (MQ=25)
 tGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCg                               >  1:7112637/1‑36 (MQ=255)
  gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              <  1:7668064/36‑1 (MQ=255)
  gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              >  1:5474033/1‑36 (MQ=255)
  gcgcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGt                              <  1:5694323/36‑1 (MQ=255)
    gcATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTa                            <  1:3091604/36‑1 (MQ=255)
     cATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTaa                           >  1:1543169/1‑36 (MQ=255)
      aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAAc                          >  1:1185293/1‑36 (MQ=255)
      aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc                          <  1:5988938/36‑1 (MQ=255)
      aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc                          >  1:2370930/1‑36 (MQ=255)
      aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc                          >  1:3033856/1‑36 (MQ=255)
      aTCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAc                          >  1:6477167/1‑36 (MQ=255)
       tCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAAcc                         >  1:4722006/1‑36 (MQ=255)
         cATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTg                       <  1:1062256/36‑1 (MQ=255)
         cATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTg                       <  1:489174/36‑1 (MQ=255)
          aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      >  1:7080470/1‑36 (MQ=255)
          aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      >  1:5191635/1‑36 (MQ=255)
          aTTCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTgg                      >  1:4331561/1‑36 (MQ=255)
           ttCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgt                     <  1:4582589/36‑1 (MQ=255)
            tCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGgtg                    >  1:2724341/1‑36 (MQ=255)
            tCCGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtg                    >  1:1129921/1‑36 (MQ=255)
             ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt                   <  1:7167127/36‑1 (MQ=255)
             ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt                   <  1:5866090/36‑1 (MQ=255)
             ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt                   >  1:1462981/1‑36 (MQ=255)
             ccGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGgtgt                   <  1:4491284/36‑1 (MQ=255)
              cGAGATGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTa                  <  1:72877/36‑1 (MQ=255)
               gagaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTAt                 <  1:2956566/36‑1 (MQ=255)
                agaTGATGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATg                >  1:3328470/1‑36 (MQ=255)
                 gatgatGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGa               >  1:8398865/1‑36 (MQ=255)
                 gatgatGGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGa               >  1:1785786/1‑36 (MQ=255)
                  atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAGCCTGGTGTATGaa              <  1:1716436/36‑1 (MQ=38)
                  atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              >  1:8010133/1‑36 (MQ=255)
                  atgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              <  1:3175125/36‑1 (MQ=255)
                  atgatgGGAAGTAAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaa              >  1:2878169/1‑36 (MQ=37)
                   tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             >  1:7460864/1‑36 (MQ=255)
                   tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             <  1:4530824/36‑1 (MQ=255)
                   tgatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             >  1:6271093/1‑36 (MQ=255)
                   tcttgGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGaaa             <  1:4709405/33‑1 (MQ=255)
                    gatgGGAAGTCAGAGCGTTACCCTGGTGTATGaaaa            <  1:1145611/36‑1 (MQ=38)
                    gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa            <  1:8296087/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa            <  1:4623895/36‑1 (MQ=255)
                    gatgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaa            <  1:2298848/36‑1 (MQ=255)
                     atgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaaa           >  1:5105397/1‑36 (MQ=255)
                     atgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGaaaaa           <  1:2309397/36‑1 (MQ=255)
                      tgGGAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAg          <  1:4727763/36‑1 (MQ=255)
                        ggAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGcc        >  1:41214/1‑36 (MQ=255)
                         gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc       <  1:6575144/36‑1 (MQ=255)
                         gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc       >  1:3058967/1‑36 (MQ=255)
                         gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc       <  1:1340819/36‑1 (MQ=255)
                         gAAGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGccc       <  1:779588/36‑1 (MQ=255)
                          aaGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcg      >  1:4408529/1‑36 (MQ=255)
                          aaGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcg      >  1:3120682/1‑36 (MQ=255)
                           aGTCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCcgc     >  1:6046930/1‑36 (MQ=255)
                             tCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGa   >  1:472626/1‑36 (MQ=255)
                             tCAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGa   <  1:7892379/36‑1 (MQ=255)
                              cAGAGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAt  <  1:3904572/36‑1 (MQ=255)
                                 |                                
GTGCGCATCCATTCCGAGATGATGGGAAGTCAGGGCGTTAACCTGGTGTATGAAAAAGCCCGCGAT  >  REL606/3155135‑3155200

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG