Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,774,124 | 0 | G→T | 8.0% | 0.3 ‑8.5 0.0 | 90 | 848 | yicJ | predicted transporter |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (10/0): ref base (31/49): total (41/49) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.96e-04 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 |
TAGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATAA > REL606/3774089‑3774159
|
tAGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTg > 1:1121094/1‑36 (MQ=255)
aGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGc < 1:4944602/36‑1 (MQ=255)
aGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGc < 1:6657818/36‑1 (MQ=255)
aGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGc < 1:5973503/36‑1 (MQ=255)
gTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTcc > 1:2038081/1‑36 (MQ=255)
gTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGcc < 1:533542/36‑1 (MQ=255)
tGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCa > 1:6190243/1‑36 (MQ=255)
tGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCa > 1:5069633/1‑36 (MQ=255)
tGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCa < 1:6193039/36‑1 (MQ=255)
tGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCa > 1:3849858/1‑36 (MQ=255)
gACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAg < 1:5943188/36‑1 (MQ=255)
gACTTTACATGTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAg < 1:1135714/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt > 1:263644/1‑36 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt > 1:580508/1‑36 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt > 1:3625720/1‑36 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:7062396/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:1590604/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:1490676/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:7903581/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt > 1:5176405/1‑36 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:4329256/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:502776/36‑1 (MQ=255)
aCTTTACATCTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGt < 1:3715880/36‑1 (MQ=255)
cTTTACATTTCCAGTCGGTCATAGGTTTTGCCAGTg < 1:3006343/36‑1 (MQ=255)
cTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTg > 1:5080439/1‑36 (MQ=255)
tttACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTGc > 1:6275119/1‑36 (MQ=255)
tttACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGTCAGTGc > 1:52095/1‑36 (MQ=255)
tttACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGc > 1:128822/1‑36 (MQ=255)
tttACATTTCCAGTCGGCAATAGGTTTTGCAATTGc > 1:4638861/1‑36 (MQ=16)
ttACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCg < 1:4362633/36‑1 (MQ=255)
ttACATATCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCg < 1:6543151/36‑1 (MQ=255)
tACATTTCCAGTCGGTCAGAGNTTTTGCCAGTGCgg < 1:6954435/36‑1 (MQ=255)
tACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTGCgg > 1:795872/1‑36 (MQ=255)
tACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCgg < 1:6887475/36‑1 (MQ=255)
aCATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGa < 1:4200021/36‑1 (MQ=255)
cATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGaa < 1:5231770/36‑1 (MQ=255)
cATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGaa < 1:6949273/36‑1 (MQ=255)
cATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGaa > 1:1304579/1‑36 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTGCGGAAc > 1:1080599/1‑36 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTCCGGAAc > 1:3296902/1‑36 (MQ=37)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc > 1:917775/1‑36 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc < 1:8265612/36‑1 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc < 1:3108758/36‑1 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc < 1:4230549/36‑1 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc < 1:2194052/36‑1 (MQ=255)
aTTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAc > 1:178331/1‑36 (MQ=255)
tttCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAcc < 1:4657198/36‑1 (MQ=255)
tttCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAcc > 1:7860979/1‑36 (MQ=255)
tttCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAAcc < 1:7273649/36‑1 (MQ=255)
ttCCAGTCGGTCAGAGGGTTTTCCAGTGGGGAACCa > 1:4614032/1‑36 (MQ=25)
tCCAGTCTGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCaa < 1:4351709/36‑1 (MQ=255)
tCCAGTCGGTCAGAGGTTTTTCCCGTGCGGGAccca > 1:2850447/1‑34 (MQ=25)
tCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCaa > 1:2708877/1‑36 (MQ=255)
ccAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAAt > 1:4627703/1‑36 (MQ=255)
cAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATc < 1:2278571/36‑1 (MQ=255)
cAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATc < 1:6142656/36‑1 (MQ=255)
cAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATc < 1:3533191/36‑1 (MQ=255)
cAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATc < 1:1430910/36‑1 (MQ=255)
cAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATc < 1:8011910/36‑1 (MQ=255)
aGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCa < 1:6783227/36‑1 (MQ=255)
aGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCa < 1:1648438/36‑1 (MQ=255)
gTCGGTCAGAGGTTTTTCCAGTGCGGAACCAATCAg > 1:5638257/1‑36 (MQ=255)
gTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAg < 1:76891/36‑1 (MQ=255)
gTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAg < 1:316580/36‑1 (MQ=255)
tCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAgg > 1:1550043/1‑36 (MQ=255)
cGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGt < 1:341389/36‑1 (MQ=255)
ggTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGtt < 1:335330/36‑1 (MQ=255)
ggTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGtt > 1:539329/1‑36 (MQ=255)
ggTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGtt < 1:3982228/36‑1 (MQ=255)
ggTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGtt > 1:4250261/1‑36 (MQ=255)
ggTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGtt < 1:4240992/36‑1 (MQ=255)
agagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTAccc > 1:1763732/1‑36 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa > 1:7726/1‑36 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa > 1:119912/1‑36 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa > 1:4683733/1‑36 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa < 1:6265859/36‑1 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa > 1:6657158/1‑36 (MQ=255)
gagGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCa > 1:2625268/1‑36 (MQ=255)
agGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCAc > 1:3157142/1‑36 (MQ=255)
agGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCAc < 1:4957112/36‑1 (MQ=255)
ggTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACg > 1:7085632/1‑36 (MQ=255)
gTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGc > 1:30577/1‑36 (MQ=255)
ttttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCa > 1:6961266/1‑36 (MQ=255)
ttttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCa > 1:7121619/1‑36 (MQ=255)
ttttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCa < 1:1031336/36‑1 (MQ=255)
tttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCaa > 1:4002981/1‑36 (MQ=255)
tttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCaa > 1:1030462/1‑36 (MQ=255)
ttGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAAt < 1:8320196/36‑1 (MQ=255)
tGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATa < 1:3101683/36‑1 (MQ=255)
tGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATa < 1:7613273/36‑1 (MQ=255)
tGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATa < 1:4775306/36‑1 (MQ=255)
gCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATaa < 1:2975218/36‑1 (MQ=255)
gCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATaa > 1:5979246/1‑36 (MQ=255)
gCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATaa > 1:1521239/1‑36 (MQ=255)
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TAGTGACTTTACATTTCCAGTCGGTCAGAGGTTTTGCCAGTGCGGAACCAATCAGGTTACCCACGCAATAA > REL606/3774089‑3774159
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 13 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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