Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 328,441 | 0 | G→T | 9.6% | 1.5 ‑5.6 ‑0.0 | 66 | 964 | codB | cytosine transporter |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (7/0): ref base (24/34): total (32/34) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 3.78e-03 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.96e-01 |
ACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATTCCT > REL606/328408‑328476
|
aCGGTCTGCGCATTATGGCTGTTTTACAATTTTTTc > 1:7341503/1‑36 (MQ=25)
cGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCg < 1:62981/36‑1 (MQ=255)
cGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCg < 1:1477870/36‑1 (MQ=255)
cGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCg < 1:6105383/36‑1 (MQ=255)
cGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCg < 1:6267364/36‑1 (MQ=255)
ggTCTGCGCATTATGGCTGTTTTAAAATTTTTTctg > 1:4720119/1‑34 (MQ=16)
ggTCTGCGCATTATGGCTGTTTCAAAATTTTATccg > 1:94446/1‑34 (MQ=16)
tCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCt < 1:7566375/36‑1 (MQ=255)
tCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCt < 1:1914321/36‑1 (MQ=255)
cTGCGCATTATGGCTGTATAAAAATTTTTTCGGCTg > 1:6259042/1‑36 (MQ=37)
gcgcATTATGGCTGTATAACAATTTTTTCGGCTGGt > 1:5973819/1‑36 (MQ=255)
cgcATTCTGACTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGtt < 1:3170546/36‑1 (MQ=37)
cgcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGtt < 1:1825373/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGTATTACAATTTTTTTGGTTGGttt > 1:4560951/1‑35 (MQ=16)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTTTCTGCTTGttt > 1:5823119/1‑35 (MQ=21)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTg < 1:6341765/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTg < 1:5181373/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTg < 1:1014944/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTg < 1:6990963/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTg < 1:3137010/36‑1 (MQ=255)
gcATTATGGCTGGATAATAATTTTTTCGGCTTGttt > 1:5639041/1‑35 (MQ=16)
tATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAcct < 1:960317/36‑1 (MQ=255)
aTGTCTGTATAACAATTTTGTCGTCTGGTTGAcctt < 1:1127174/36‑1 (MQ=37)
aTGGCTGTATAACAATTTTGTCGTCTGGTTTAcctt > 1:1431823/1‑36 (MQ=38)
aTGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAcctt < 1:4230138/36‑1 (MQ=255)
tGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttc > 1:6744552/1‑36 (MQ=255)
ggCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGTTTGAccttcc < 1:6554236/36‑1 (MQ=255)
ggCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttcc < 1:6219057/36‑1 (MQ=255)
ggCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttcc > 1:7597148/1‑36 (MQ=255)
ggCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttcc < 1:2155822/36‑1 (MQ=255)
gCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAacttcct > 1:2180253/1‑36 (MQ=255)
cTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGAccttcctt < 1:3961094/36‑1 (MQ=255)
tGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCttt < 1:741579/36‑1 (MQ=255)
tGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCttt > 1:2976930/1‑36 (MQ=255)
gTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCtttt > 1:4063222/1‑35 (MQ=255)
gTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTc < 1:5967889/36‑1 (MQ=255)
gTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTc > 1:987316/1‑36 (MQ=255)
gTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTc > 1:1268730/1‑36 (MQ=255)
gTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTc > 1:3177401/1‑36 (MQ=255)
ataACAATTTTGTCGGCTGGTTGTCCTTCCTTTCgg > 1:2221920/1‑36 (MQ=255)
ataACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCgg < 1:2204260/36‑1 (MQ=255)
ataACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCgg > 1:6358864/1‑36 (MQ=255)
ataACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCgg > 1:356826/1‑36 (MQ=255)
taACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGc < 1:5472396/36‑1 (MQ=255)
aaCAATTTTGTCGGCTGGTTTACCTTCCTTTCTGCa > 1:4460278/1‑36 (MQ=37)
aaCAATTTTGTCGGCTGGTTTAACTTCCTTTCGGCa > 1:6451331/1‑36 (MQ=37)
aaCAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCa < 1:4010457/36‑1 (MQ=255)
aCAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAg < 1:6410971/36‑1 (MQ=255)
aCAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAg < 1:4085046/36‑1 (MQ=255)
cAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCTGCAGc > 1:5009225/1‑36 (MQ=255)
aaTTTTGTCGGCTGGTTTACCTTCCTTTCGGCCGCt > 1:5445522/1‑36 (MQ=38)
aTTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTa > 1:2332484/1‑36 (MQ=255)
aTTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCCGCAGCtt > 1:4801005/1‑35 (MQ=255)
ttttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGTCAGCTAt > 1:3500555/1‑36 (MQ=255)
ttttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAt < 1:2060219/36‑1 (MQ=255)
ttttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAt < 1:4787590/36‑1 (MQ=255)
ttttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAt < 1:3235957/36‑1 (MQ=255)
tttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAtt < 1:2850842/36‑1 (MQ=255)
tttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAtt > 1:6245587/1‑36 (MQ=255)
tttGCCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAtt < 1:3554258/36‑1 (MQ=255)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGTCAGTTATtc > 1:6840366/1‑36 (MQ=37)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAttt > 1:4412867/1‑35 (MQ=255)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTAttt > 1:1718026/1‑35 (MQ=255)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtc < 1:6877524/36‑1 (MQ=255)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtc > 1:723281/1‑36 (MQ=255)
ttGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtc < 1:3945347/36‑1 (MQ=255)
gTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtcct < 1:5629100/36‑1 (MQ=255)
gTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtcct > 1:7438233/1‑36 (MQ=255)
gTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtcct < 1:7716648/36‑1 (MQ=255)
gTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATtcct < 1:1290339/36‑1 (MQ=255)
|
ACGGTCTGCGCATTATGGCTGTATAACAATTTTGTCGGCTGGTTGACCTTCCTTTCGGCAGCTATTCCT > REL606/328408‑328476
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 7 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
|