Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | REL606 | 3,331,762 | +C | 7.4% | coding (388/975 nt) | yhdH → | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | REL606 | 3,331,762 | 1 | .→C | 7.4% | 2.0 ‑2.8 ‑0.1 | 27 | coding (388/975 nt) | yhdH | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/2): ref base (20/5): total (20/7) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.98e-02 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.08e-01 |
CGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCC > REL606/3331727‑3331797
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cgcgTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTa > 1:5200818/1‑36 (MQ=255)
cgcgTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTa < 1:4677019/36‑1 (MQ=255)
gcgTAAGCCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.c < 1:3199147/36‑1 (MQ=37)
cgTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.cc < 1:1072470/36‑1 (MQ=255)
gTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCg > 1:5423624/1‑36 (MQ=255)
gTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCg > 1:4937424/1‑36 (MQ=255)
gTAAAGCAATGAGTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCg > 1:5625041/1‑36 (MQ=255)
aaaGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTT.CCGcc > 1:4789432/1‑36 (MQ=255)
aaaGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGcc > 1:5451395/1‑36 (MQ=255)
aaaGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGcc < 1:4229891/36‑1 (MQ=255)
aaaGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGcc > 1:2393728/1‑36 (MQ=255)
aaGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.ACGCCa > 1:5703938/1‑36 (MQ=255)
aGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCaa > 1:5080504/1‑35 (MQ=255)
aGCAATGATTATCGGTACTCCCGGTTTTA.CCGCCAt > 1:5245464/1‑36 (MQ=255)
gCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATg > 1:1702997/1‑36 (MQ=255)
aaTGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCt > 1:5290994/1‑36 (MQ=255)
aTGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCtg > 1:1617132/1‑36 (MQ=255)
aTTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCtgtgt > 1:354466/1‑36 (MQ=255)
tATGGGTACTGCGGTTTTTA.CCGCCATGCtgtgtgt < 1:854014/36‑1 (MQ=21)
aTCGGTACTGCCGGTTTTA.TCGCCATGCtgtgtgtg > 1:5788951/1‑36 (MQ=255)
aTCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCtgtgtgtg > 1:4893777/1‑36 (MQ=255)
cGGTCCGGCCGTTTTTC.CCGCCATGCTGTGTGTGAt < 1:2913844/36‑1 (MQ=19)
tACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGgc > 1:1292532/1‑36 (MQ=255)
tACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGgc > 1:1840503/1‑36 (MQ=255)
ccTGGCGGTTTTACCCGCCATGCTGTGTGTGATGgc < 1:1308491/35‑1 (MQ=21)
cgCCGTTTTGA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCt < 1:3511791/35‑1 (MQ=37)
gCCGGTTTTA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTg > 1:687240/1‑36 (MQ=255)
gcGGTTTTGCCCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTg < 1:3962380/35‑1 (MQ=25)
gtttttC.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGaa < 1:4143968/34‑1 (MQ=38)
ttttA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGa > 1:3904569/1‑36 (MQ=255)
tA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGc > 1:5029283/1‑36 (MQ=255)
ca.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGc < 1:1935629/35‑1 (MQ=255)
a.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGcc < 1:3866114/36‑1 (MQ=255)
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CGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTA.CCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCC > REL606/3331727‑3331797
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 5 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 37 ≤
ATCG
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