Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA REL606 3,318,122 A→G 15.4% I236V (ATC→GTC)  yhcS → predicted DNA‑binding transcriptional regulator, efflux system

Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6063,318,1220A→G15.4% 3.1 ‑4.3 0.041706yhcSpredicted DNA‑binding transcriptional regulator, efflux system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (6/1):  ref base (11/23):  total (17/24)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.41e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00

GACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAG  >  REL606/3318088‑3318157
                                  |                                   
gACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGAt                                    <  1:494855/36‑1 (MQ=255)
 gcGCTTGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATc                                   <  1:1603901/35‑1 (MQ=255)
 aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTc                                   >  1:3828056/1‑36 (MQ=21)
 aCGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTc                                   >  1:19235/1‑36 (MQ=21)
  cGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGGGGCGGGGTCg                                  >  1:5847105/1‑36 (MQ=21)
  cGCTGGTGCGCTGGCGAACGGCGGGTGCCGGGATCg                                  <  1:4347883/36‑1 (MQ=255)
   gCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGc                                 <  1:3666046/36‑1 (MQ=255)
     tGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCt                               <  1:6732979/36‑1 (MQ=255)
      ggTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTa                              <  1:2878880/36‑1 (MQ=255)
       gggcgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAt                             <  1:5703785/34‑1 (MQ=255)
       gTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAt                             <  1:2014572/36‑1 (MQ=255)
        tGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAtg                            <  1:4033591/36‑1 (MQ=255)
         gcgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTAtgt                           <  1:5697379/36‑1 (MQ=255)
          cgcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGGTCGCCTCtgtg                          >  1:2682163/1‑36 (MQ=37)
           gcTGGCTAACGGCGGGTGGCCGGGTCGGCTTtgtgg                         >  1:7281012/1‑35 (MQ=16)
           gcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGc                         <  1:5820596/36‑1 (MQ=255)
           gcTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGc                         <  1:8016664/36‑1 (MQ=255)
               gCTCACGGCGGGTGCTGGGATCGCCTATGTGCCGCt                     <  1:991954/36‑1 (MQ=38)
               gCTAACGGCGGGTGCCGGGGTCGCCTATTTGGCGCt                     >  1:1781044/1‑36 (MQ=25)
                cTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTg                    <  1:5255833/36‑1 (MQ=255)
                   aCGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtg                 >  1:8241545/1‑36 (MQ=255)
                   aCGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtg                 <  1:4820569/36‑1 (MQ=255)
                    cggcggGTGCCGGGGTCGCCTATGTGCCGCTGAtgt                <  1:1420885/36‑1 (MQ=255)
                    cggcggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtgt                >  1:8053911/1‑36 (MQ=255)
                     ggcggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGAtgtg               <  1:5082986/36‑1 (MQ=255)
                       cggGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTggg             <  1:5835813/36‑1 (MQ=255)
                         ggTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTg           >  1:7597949/1‑36 (MQ=255)
                         ggTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTg           <  1:2165314/36‑1 (MQ=255)
                          gggCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGa          <  1:4898359/34‑1 (MQ=255)
                          gTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGTGTGa          >  1:3677269/1‑36 (MQ=255)
                            gCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATc        <  1:5578375/36‑1 (MQ=255)
                              cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa      >  1:1298497/1‑36 (MQ=255)
                              cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa      >  1:2155146/1‑36 (MQ=255)
                              cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa      >  1:4820277/1‑36 (MQ=255)
                              cGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCaa      <  1:5464621/36‑1 (MQ=255)
                               gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc     >  1:6696105/1‑36 (MQ=255)
                               gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc     >  1:6505141/1‑36 (MQ=255)
                               gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc     <  1:4141161/36‑1 (MQ=255)
                               gggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAAc     >  1:5326814/1‑36 (MQ=255)
                                ggATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACg    <  1:886989/36‑1 (MQ=255)
                                 gATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACga   >  1:7524389/1‑36 (MQ=255)
                                  aTCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACgag  >  1:6632956/1‑36 (MQ=255)
                                  aTCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACgag  >  1:7333759/1‑36 (MQ=255)
                                  |                                   
GACGCTGGTGCGCTGGCTAACGGCGGGTGCCGGGATCGCCTATGTGCCGCTGATGTGGGTGATCAACGAG  >  REL606/3318088‑3318157

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 10 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG