Read alignment evidence...
  seq id position change freq score reads annotation genes product
*REL6064,211,0871.→G 4.0% 2.9 ‑0.7 ‑0.150coding (1078/1350 nt)lysCaspartate kinase III
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands.
Reads supporting (aligned to +/- strand):  new base (2/0):  ref base (24/24):  total (26/24)
Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.91e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.21e-01

CAGCAGAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACG  >  REL606/4211052‑4211121
                                    |                                  
cagcagAGATTGCGTCAGCAACGAATCGCCAGGGGa                                     >  1:3473154/1‑36 (MQ=37)
 agcagAGATTGCGTCAGCAGCGTATCGCCAGTGGA.g                                   <  1:2078312/36‑1 (MQ=255)
 agcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.g                                   >  1:615651/1‑36 (MQ=255)
 agcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.g                                   <  1:1612584/36‑1 (MQ=255)
  gcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gg                                  <  1:199588/36‑1 (MQ=255)
  gcagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gg                                  <  1:1855764/36‑1 (MQ=255)
   cagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGt                                 <  1:2911556/36‑1 (MQ=255)
   cagAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGt                                 <  1:2516785/36‑1 (MQ=255)
    atagaTTACGTCAGCAACTTATCGCCAGTGGA.GGtt                                <  1:1510467/34‑1 (MQ=25)
    agagATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gggt                                >  1:812040/1‑34 (MQ=255)
     gagaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.gggtt                               >  1:2568265/1‑33 (MQ=255)
     gagaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTg                               <  1:3015601/36‑1 (MQ=255)
      agaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGa                              >  1:10223/1‑36 (MQ=255)
      agaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGa                              >  1:5057890/1‑36 (MQ=255)
       gaTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGaa                             >  1:2764660/1‑36 (MQ=255)
        aTTTCGTCAGCACCGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAc                            <  1:1251739/36‑1 (MQ=37)
        aTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTTaaa                            >  1:3701811/1‑35 (MQ=255)
        aTTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAc                            <  1:4286082/36‑1 (MQ=255)
         tggCGTGAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAcc                           <  1:4407843/34‑1 (MQ=37)
          tccGTCAGAAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCg                          <  1:2614752/34‑1 (MQ=37)
            cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggt                        <  1:5498779/36‑1 (MQ=255)
            cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggt                        <  1:2519909/36‑1 (MQ=255)
            cGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACAggg                        >  1:5196682/1‑35 (MQ=255)
             gTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggtg                       <  1:1612990/36‑1 (MQ=255)
             gTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAACggtg                       >  1:5386740/1‑36 (MQ=255)
              tCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGAAACggggg                      >  1:3466368/1‑36 (MQ=21)
               cAGCAACGTATCGCGAGTGGA.GGTTGAACCggtggt                     <  1:21121/36‑1 (MQ=255)
               cAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCggtggt                     <  1:2373802/36‑1 (MQ=255)
                aGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAAACgggggga                    >  1:5216344/1‑34 (MQ=25)
                aGCAAAGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTa                    <  1:3828044/36‑1 (MQ=255)
                 gCAACGTATCGCCATTGGA.GGTTGAACCGGTTGTAt                   <  1:5088888/36‑1 (MQ=25)
                 gCAACGTATCGCCAGTGGAGGGTTAAACCgggggat                    >  1:4981384/1‑34 (MQ=16)
                 gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt                   <  1:3041363/36‑1 (MQ=255)
                 gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt                   <  1:1078998/36‑1 (MQ=255)
                 gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTAt                   <  1:4468752/36‑1 (MQ=255)
                 gCAACGTATCGCCAGTGGA.GGGTGAACCGGGGGCAt                   >  1:1199/1‑36 (MQ=25)
                  cAACGTATCGCCAGTGGAGGGTTTAACCGGGGGGAt                   >  1:3532720/1‑36 (MQ=12)
                   aaCGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCa                 >  1:4766338/1‑36 (MQ=255)
                    aCGTATCGCCAGTGGA.GGTTTAACCGGTGGGATCaa                >  1:968356/1‑36 (MQ=37)
                        aTCGCCAGTGGA.GTTTGCACCGGTGGTATCAAGGGt            <  1:5014774/36‑1 (MQ=37)
                          cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAggggtt          >  1:3831264/1‑33 (MQ=255)
                          cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTa          <  1:3763240/36‑1 (MQ=255)
                          cGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGGGGTATCAAGGGTTa          >  1:5139660/1‑36 (MQ=255)
                          cGCCAGTGGA.GGTTGAAACGGTGGTATCAAGGGTTa          >  1:947441/1‑36 (MQ=255)
                             cAGTGGA.GGTTTAACCGGTGGGATCAAGGGTTAATg       >  1:157806/1‑36 (MQ=38)
                             cAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGGTAATg       >  1:5089373/1‑36 (MQ=255)
                               gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc     >  1:4540588/1‑36 (MQ=255)
                               gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc     >  1:4812237/1‑36 (MQ=255)
                               gTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGcc     <  1:2383585/36‑1 (MQ=255)
                                tGGA.GGTTGAACTGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCa    >  1:2801058/1‑36 (MQ=255)
                                tGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCa    >  1:4376731/1‑36 (MQ=255)
                                tGGA.GGTTGAACCGGTGGTATAAAGGGTTAATGCCa    >  1:1235733/1‑36 (MQ=255)
                                tGGA.GGTTGAAACGGTGGTATCAAGGGGTAATGCCa    >  1:1112576/1‑36 (MQ=37)
                                 gta.GGTTTAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc   <  1:5494392/34‑1 (MQ=38)
                                 ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc   <  1:900650/36‑1 (MQ=255)
                                 ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc   <  1:3686471/36‑1 (MQ=255)
                                 ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCAc   <  1:1749441/36‑1 (MQ=255)
                                 ggA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGGTAATGCCAc   >  1:2568442/1‑36 (MQ=255)
                                  gA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACg  >  1:268986/1‑36 (MQ=255)
                                    |                                  
CAGCAGAGATTGCGTCAGCAACGTATCGCCAGTGGA.GGTTGAACCGGTGGTATCAAGGGTTAATGCCACG  >  REL606/4211052‑4211121

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 7 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 27 ≤  ATCG  < 37 ≤  ATCG